传染性法氏囊病病毒YL051、YL052的分离及其VP2基因高变区序列的比较分析

应用鸡胚绒毛尿囊膜接种的方法，从一个疑患传染性法氏囊病的鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒（IBDV）（分别命名为YL051和YL052）；利用反转录-聚合酶链式反应技术扩增分离株VP2基因的高变区序列，并采用限制性内切酶分析技术和核苷酸序列测定技术，对分离株进行致病型鉴定及其基因差异的分析。结果表明：分离株YL051属IBDV的超强毒株（vvIBDV），而YL052株既具有强毒株的特征即七肽区（SWSASGS）和279D，但同时也具有284T的弱毒株特征，可能属于介于强毒株与弱毒株之间的一个中间型。与国内外参考毒株的序列比较分析发现：YL051与其他vvIBDV的核苷酸同源性达94％～97％；YL052则与经典毒株STC、疫苗株B87的核苷酸同源性均为94．3％。

传染性法氏囊病病毒VP2基因高变区序列分析

根据传染性法氏囊病病毒 (IBDV)VP2基因cDNA序列 ,在VP2基因高变区设计一对引物 ,用RT_PCR方法扩增IBDV分离株JS3和JS4。将扩增片段克隆后以双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。JS3和JS4的同源性最高达 98% ,与已发表的vvIBDV、IBDV变异株、IBDV经典株及IBDV弱毒株核苷酸序列的同源性在 92 %～ 98%之间。根据IBDV的大ORF推导出该片段编码蛋白的氨基酸序列 ,JS3和JS4的同源性最高达 97% ,与上述其它病毒的同源性在 91 %～ 97%之间 ;七肽区的氨基酸序列 ,在强毒株完全相同 ,而在弱毒株有一个丝氨酸突变成了其它氨基酸。

广西地区传染性囊病病毒超强毒株的分离鉴定及其VP2基因高变区的序列分析

研究通过鸡胚绒毛尿囊膜（CAM）接种、琼脂扩散试验、致细胞病变和RT-PCR等方法，成功从广西疑似病鸡的腔上囊组织中获得了8个传染性囊病病毒（IBDV）毒株，分离株可致攻毒鸡发病率100％，死亡率60％～90％；分子特征上，8个分离株VP2高变区在酶切位点和特征性氨基酸上均属于vvIBDV的特征。同源性分析表明，8个分离株之间在核苷酸和氨基酸上的同源性分别为96．8％～99．1％和95．9％～99．3％，与其他参考vvIBDV毒株的同源性分别为94％～97．7％和92．5％～97．3％，而与常用疫苗株Bursine-2、B87（in），变异株GLS，经典强毒株的同源性仅有90％左右。遗传进化树上，8个分离株与国内外参考vvIBDV同处于一个大分支，与疫苗株和经典强毒株的距离较远，8个分离株与中国内地毒株SD1／97的亲缘关系最近。研究表明，广西仍然存在vvIBDV的流行。

IBDV地方野毒株(XX株)VP2基因高变区的克隆与序列分析

参考GenBank发表的传染性法氏囊病病毒(IBDV)基因组序列,设计并合成了1对特异扩增IBDVVP2基因高变区的引物。应用RT-PCR法,对分离于新乡地区典型发病鸡群的IBDV(XX株)进行了VP2基因高变区的克隆与序列分析,并和相关毒株进行了比较。结果表明,XX株与超强毒株UK661,OKYM高度相似,核苷酸同源性分别为98.73%,99.15%,氨基酸同源性都为100%,而与经典强毒株、弱毒株和变异株相差较大。

鸡传染性法氏囊病病毒河南分离株HeYD VP2基因高变区基因克隆及序列分析

为初步确定新分离的鸡传染性法氏囊病毒(IBDV)河南株HeYD的毒力,根据GenBank数据库中已报道的IBDV基因组序列,设计合成了1对VP2基因高变区特异性引物,应用RT-PCR方法对分离自河南省某发病鸡场的IBDV野毒株HeYD的VP2基因高变区进行了基因克隆及序列分析,并与其他参考毒株高变区进行了序列比对。序列分析结果表明,HeYD株的VP2基因高变区具有IBDV超强毒株典型的氨基酸序列特征,即222位(A)、256位(I)、294位(I)和299位(S),表明HeYD为超强毒株。利用VP2基因高变区序列构建基因进化树,发现HeYD株与国内超强毒株如xin-1、GX8-99以及国外超强毒株如日本的OKYM和欧洲的DV86毒株亲缘关系较近。

鸡传染性法氏囊病病毒分离鉴定及其VP2基因高变区序列分析

利用SPF鸡胚培养法,自安徽两个不同鸡场分离到2株传染性法氏囊病病毒(IBDV),分别命名为AH01和AH02。为了解其致病特性,进行了鸡胚半数致死量(ELD50)测定、动物回归实验、VP2基因片段的扩增与分析。结果显示,AH01和AH02第一代尿囊膜悬液病毒的ELD50值分别为104.7/0.2 mL和105.3/0.2mL,人工感染致死率分别为60%和73.3%;两分离株间的核苷酸同源性为97.8%,与国内外参考超强毒株的核苷酸同源性为96.0%～97.2%和96.7%～98.6%,提示其VP2高变区序列符合IBDV超强毒株特征。

猪瘟病毒新疆南疆野毒株E_2基因高变区扩增及序列分析

参考已发表在GenBank中CSFVAlfort毒株的E2 蛋白基因序列 ,选择其抗原编码高变区作为扩增的靶区域 ,设计了一对特异性引物。用异硫氰酸胍 -酚 -氯仿一步法提取猪瘟病料细胞总RNA ,对其进行了RT -PCR扩增。结果得到了与设计大小 2 72bp完全相符的核酸带 ,并对PCR产物直接进行了核苷酸序列测定。将所测序列与中国C株同段序列进行了比较和分析。结果发现与中国C株核苷酸的同源性均为 82 .8% ;推导的氨基酸同源性为 88.3% ;两野毒株均有 33个碱基发生改变。并用此病料对 4 0日龄易感仔猪成功进行了人工感染试验 ,结果发现能引起比较典型的猪瘟临床症状和病理变化 。

安徽地区IBDV超强毒株的分离鉴定和VP2基因序列分析

经鸡胚绒毛尿囊膜(CAM)接种、易感鸡接种试验、电镜观察,从安徽地区疑似病鸡的法氏囊组织分离到3株传染性法氏囊病毒。分离株人工感染4周龄鸡,致死率分别为92%、83%、67%。接种9～10SPF鸡胚测得的鸡胚半数致死量(ELD50)分别为10-6.8/0.2mL、10-5.4/0.2mL、10-4.6/0.2mL。应用Nested-PCR分别对3株分离株VP2基因高变区进行克隆测序和序列分析,结果表明:3个分离株与国内外参考超强毒株的核苷酸同源性为97.2%～99.5%,氨基酸同源性为99.3%～100%,VP2高变区核苷酸和推导的氨基酸符合传染性法氏囊病病毒超强毒株特征。

IBDV流行强毒HQ-b株与其细胞适应毒生物学特性比较及VP2、VP5基因序列分析

为了解IBDV流行强毒HQ-b株囊毒与其细胞适应毒间生物学特性差异及2毒株毒力变化与VP2、VP5基因变异的关系,对2毒株的细胞适应性、致病性等进行比较,同时对其VP2、VP5基因序列进行分析。结果表明,HQ-b株囊毒对CEF、CEK、CELi、DF-1和Vero均不适应,而细胞适应毒HQ株仅不能适应Vero细胞、且批内及批间毒价稳定。致病性结果显示HQ-b株对4周龄SPF鸡致死率高达80%,是真正的超强毒,而细胞适应毒致死率已降为0%。对VP2基因高变区研究表明,HQ-b株具备IBDV超强毒株的分子特征,即222A、256I、294I和299S;其细胞适应毒HQ株除222A→P、256I→V、294I→L和299S→N外,在VP2公认的毒力位点253(Q→H)、279(D→N)、284(A→T)位氨基酸也发生改变,导致细胞适应毒具备经典弱毒株的分子特征,即222P、256V、279N、284T、294L和299N。对VP5基因研究表明:流行强毒HQ-b株也具有IBDV超强毒株的分子特征;其细胞适应毒VP5基因有12个位点碱基突变并导致9处氨基酸变异,尤其是ORF区第2个碱基由"T"突变为"C"后,导致细胞适应毒VP5的N端丢失了4个氨基酸,这种突变与现有的疫苗毒完全一致。本研究提供了超强毒HQ-b培育、驯化后致病性和细胞适应性转变的分子机理,也丰富了IBDV分子流行病学的理论。

传染性法氏囊病病毒四川分离株VP2基因序列分析

为了解四川地区传染性法氏囊病病毒(IBDV)的变异规律,本研究对2011年分离自四川的10个毒株进行了VP2基因高变区的克隆与测序。序列分析表明,10个分离株之间核苷酸序列同源性在95.3%～99.9%之间,其推导氨基酸序列同源性在99.2%～100%之间;所有分离株与国内外IBDV超强毒株(HK46、OKYM、UK661)的核苷酸同源性在94.4%～98.5%之间,其推导氨基酸序列同源性在98.6%～100%之间。遗传进化分析表明,分离株与超强毒株属同一分支,亲缘关系较近,并且与超强毒株VP2高变区内的特征性氨基酸相符合,据此推测四川省目前流行的毒株仍以超强毒株为主。本研究分离株与常用疫苗株的亲缘关系较远,一定程度上反映了当前四川省IBDV流行毒株与疫苗毒株之间的进化距离。

乳腺癌组织中EZH2、SOX4蛋白表达变化及其意义

目的探讨乳腺癌组织中果蝇zeste基因增强子的人类同源物2(EZH2)、Y染色体性别决定区相关高迁移率盒蛋白4(SOX4)蛋白表达变化及其临床意义。方法选择97例乳腺癌患者的乳腺癌组织标本为观察组,癌旁正常组织标本为对照组,采用免疫组化SP法检测两组标本中的EZH2、SOX4蛋白,分析乳腺癌组织EZH2、SOX4蛋白表达与乳腺癌患者临床病理参数的关系。用Kaplan-Meier法绘制患者生存曲线,比较EZH2蛋白阳性、阴性表达者及SOX4蛋白阳性、阴性表达者的累积生存率和总生存时间。结果观察组、对照组EZH2蛋白表达阳性率分别为80.41%(78/97)、48.45%(47/97),两组相比,P<0.05;SOX4蛋白阳性表达率分别为82.47%(80/97)、57.73%(56/97),两组相比,P<0.05。乳腺癌组织中EZH2蛋白表达与患者的年龄、肿瘤大小、TNM分期均无关(P均>0.05),与淋巴结转移和分化程度相关(P均<0.05);乳腺癌组织中SOX4蛋白表达与患者的年龄、肿瘤大小、TNM分期、分化程度均无关(P均>0.05),与淋巴结转移相关(P<0.05)。Spearman秩相关检验结果显示乳腺癌组织EZH2、SOX4蛋白表达呈显著正相关(γs=0.251,P=0.013)。患者随访13~71个月,中位随访时间44个月。EZH2蛋白表达阴性、阳性者累积生存率分别为89.47%(17/19)、65.38%(51/78),总生存时间分别为(67.14±2.62)、(54.30±2.30)个月,EZH2蛋白表达阴性、阳性者累积生存率和总生存时间相比,P均<0.05。SOX4蛋白表达阴性、阳性者累积生存率分别为94.41%(16/17)、65.00%(52/80),总生存时间分别为(68.75±2.15)、(54.35±2.27)个月,SOX4蛋白表达阴性、阳性者累积生存率和总生存时间相比,P均<0.05。结论乳腺癌组织EZH2、SOX4蛋白阳性表达率高于癌旁正常组织。检测乳腺癌组织EZH2、SOX4蛋白有助于判断患者病情和预后。

三株传染性法氏囊病病毒A节段全长基因组结构和编码蛋白的序列分析

用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR)。它们在核苷酸和推导的四种病毒蛋白VP2、VP3、VP4、VP5的氨基酸水平上高度同源 ,并具有位于VP2高变区的特征性氨基酸H2 53、N2 79、T2 84、R330 ,这些氨基酸是弱毒株和几个强毒株的标志。野毒株ZJ2 0 0 0的高强毒力可能与VP2高变区和VP2 VP4剪切位点附近的几个突变有关。序列比较进一步支持VP2并非是决定IBDV毒力的唯一因素。不同毒力表型毒株的两端NCR序列高度保守提示NCR可能与IBDV毒力并不直接相关。另外 ,根据VP5在十种不同表型毒株中高度保守 。

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒(human bocavirus,HBoV)主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722,应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增,对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016 bp,编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架(ORF)的情况下,由VP1蛋白编码区内起始合成,并与VP1终止于同一终止密码子,长度为1629 bp,编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较,BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％,但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较,同源性较低,其中核苷酸序列同源性低于60％,而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示, BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中,也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序(HDXXY)及Ca2+结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因,将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。

我国部分省区鸡传染性法氏囊病病毒的分子流行病学研究

应用RT-PCR技术,对2000-2006年间收集于广西、江苏、浙江、安徽、海南的临床疑似传染性法氏囊病病鸡的法氏囊、脾脏和骨髓样品进行检测,对检测呈阳性的病料采用9～11日龄的鸡胚通过绒毛尿囊膜或鸡胚成纤维细胞接种的方法进行鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的分离和传代,结果成功分离到23株IBDV;设计针对IB-DVVP2基因高变区(用vVP2表示)的引物对这些分离株及5株常用的中等毒力商品疫苗株进行RT-PCR扩增并对其进行酶切分析和核苷酸序列测定,分析比较23个分离株与参考毒株的vVP2的序列并绘制遗传系谱树。结果表明BH09、BH11、JS1、JS7、YY1、YY6、YL051、050222、TSC-2(9)、TZ(3)、HN0602共11个分离株属于超强毒株,与已发表的vvIBDV其它中国分离株、日本分离株OKYM、欧洲分离株DV86和UK661的亲源关系均较近;040124、YL052、020180、YLZF2、040131、BH15、YY2、050045、050057、050258、TSC-1(3)、A038共12株属于经典毒株,其中040124、YL052 2株属于中等偏强毒力疫苗株,其余10株则属于弱毒疫苗株。本研究的结果表明,近6年来在我国5个省区养鸡业中流行的IBDV主要为vvIBDV毒株,而且所有分离株VP2基因高变区均缺乏明显的时间和地域的遗传特征。

超强毒IBDV GX8/99株4株克隆化毒F20代免疫效果分析

本研究将以vvIBDV GX8/99株4株克隆化细胞毒为研究对象,通过鸡胚成纤维细胞连传至20代,得到4株克隆化毒F20代:GX-IBDVE10C25CL1-20、GX-IBDVE10C25CL2-20、GX-IBDVE10C25CL4-20、GX-IBDVE10C25CL5-20。分别提取RNA,通过Nested-PCR、基因克隆、核苷酸序列测定和分析,从而摸索出了vvIBDV GX8/99株四株克隆株在细胞传代过程中VP2核苷酸序列和推导出的氨基酸序列的变化规律。与原始囊毒和D78疫苗毒相比,4个细胞适应毒克隆株F20 VP2高变区的约145个氨基酸中,有12个位点发生了相同的变异,变得与适应细胞的疫苗毒D78株基本一致。实验表明VP2高变区大多数氨基酸的变异与对细胞培养或组织的亲和性的关系更为密切。将4株克隆毒株的20代细胞毒免疫SPF鸡,40日龄进行攻毒实验,免疫效果明显,保护率几乎达到100%,二免后第14 d左右抗体浓度达到高峰。从抗体水平和病理组织学变化看,4株克隆化毒F20代中GX-IBDVE10C25CL4-20株免疫效果稳定,病理变化不明显,有望成为理想的疫苗株,为控制vvIBDV的感染提供一条新的途径。

传染性法氏囊病病毒分离株变异的研究

为了了解我国传染性法氏囊病病毒 (IBDV)的变异现状 ,并为研究高效疫苗打下基础 ,用琼脂糖凝胶电泳 ,SDS PAGE和序列分析等分子生物学方法 ,分析IBDV病毒RNA ,结构蛋白的变异情况。结果表明 :⑴ 3种不同源IBDV均由双节段RNA组成 ,大小基因片段的电泳迁移率各病毒间无差异 ;⑵不同源IBDV的结构蛋白带谱相同 ,但各蛋白带的百分含量有差异 ;⑶IBDV血清Ⅰ型不同亚型的JS3和JS4毒株主要保护性抗原VP2高变区核酸序列的同源性最高达 98% ,与已发表的vvIBDV ,IBDV变异株 ,IBDV经典株及IBDV弱毒株核苷酸序列同源性在 92 %～ 98%之间。根据IBDV的大开放读框推导出该片段编码蛋白的氨基酸序列 ,JS3和JS4的同源性最高达 97% ,与上述其它毒株的同源性在 91%～ 97%之间 ;七肽区的氨基酸序列 ,在强毒株完全相同 ,而在弱毒株有一个丝氨酸突变成其它氨基酸。

组蛋白伴侣VPS72驱动H2AFZ的表达并协同促进肝癌进展

目的:探讨组蛋白伴侣VPS72和H2AFZ在肝细胞癌(肝癌)的表达调控和促进肝癌发展的机制。方法:利用Lenti-shNC和Lenti-shVPS72-1、Lenti-shVPS72-2慢病毒感染相对高表达VPS72的肝癌细胞系SNU398、Hep3B、SNU449,构建VPS72稳定敲低肝癌细胞系,并使用qRT-PCR和Western blot在转录水平和蛋白水平验证敲低效率。采用CCK-8实验、平板克隆实验、划痕实验、Transwell迁移实验检测各种处理下肝癌细胞的增殖迁移能力,并通过回复实验验证VPS72与H2AFZ的调控关系。使用qRT-PCR、Western blot在转录水平和蛋白水平检测不同分组肝癌细胞VPS72、H2AFZ的表达情况。多组间实验数据比较采用方差分析。结果:Lenti-shNC和Lenti-shVPS72-1、Lenti-shVPS72-2慢病毒感染相对高表达VPS72的肝癌细胞系SNU398、Hep3B、SNU449,成功构建了VPS72稳定敲低肝癌细胞系。Lenti-shVPS72-1、Lenti-shVPS72-2相较于对照组Lenti-shNC均成功干扰了VPS72的表达,并且敲低VPS72明显抑制了H2AFZ的表达,这一结果在3种细胞系中均得到验证。在SNU398细胞中,相较于对照组Lenti-shNC,Lenti-shVPS72-2组的H2A.Z红色荧光减弱,并证明H2A.Z的亚细胞定位在细胞核。细胞增殖实验和克隆形成实验证明,敲低VPS72明显抑制Hep3B、SNU449细胞的增殖能力。细胞划痕实验和Transwell迁移实验证明,与对照组Lenti-shNC相比,Hep3B、SNU449细胞的Lenti-shVPS72-1、Lenti-shVPS72-2组的迁移能力被明显抑制。H2AFZ过表达回复实验显示Hep3B、SNU449被抑制的增殖、迁移表型并未完全缓解,提示VPS72与H2AFZ之间存在潜在协同作用。结论:组蛋白伴侣VPS72可驱动肝癌组蛋白变体H2AZ1的表达,并可能与H2AFZ协同促进肝癌进展,VPS72可作为肝癌表观遗传治疗靶点。

贵州省区试小麦品系Glu-1位点的PCR研究

本文利用SDSPAGE电泳方法鉴定了2001～2003年参加省区试的18份小麦品系的高分子量麦谷蛋白亚基组成,并根据GluDly位点的基因序列设计的一对引物,通过PCR技术对这些小麦品系的基因组DNA进行扩增,可以准确鉴别亚基组成为2+12和5+10的不同小麦品系。同时,用不同亚基组成亲本的杂交后代进行扩增,可以从F2后代群体中选择含有5+10亚基的单株,为分子标记辅助选择在小麦品质育种中的应用提供了基础。

贲门腺癌中转化生长因子βⅡ型受体基因启动子区高甲基化及其与TGF-β1表达的相关性分析

目的:探讨贲门腺癌中转化生长因子-βⅡ型受体(transforming growth factor-beta receptor type 2,TGFBR2)基因启动子区的甲基化状态及其与TGF-β1蛋白表达之间的相关性。方法:分别应用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)、RT-PCR和免疫组织化学法检测贲门腺癌组织及相应癌旁组织中TGFBR2基因启动子区甲基化情况、TGFBR2 mRNA和蛋白表达情况,并应用免疫组织化学法检测相应组织中TGF-β1的蛋白表达情况。结果:TGFBR2基因在贲门腺癌组织中甲基化率为47.3%(52/110),显著高于癌旁正常组织(P<0.01);Ⅲ期和Ⅳ期贲门癌患者中TGFBR2基因发生甲基化的比率显著高于Ⅰ期和Ⅱ期患者(P<0.05);TGFBR2基因在高、中、低分化的贲门癌组织中甲基化率差异亦有统计学意义(P<0.05)。贲门癌组织中TGFBR2 mRNA及蛋白表达显著低于癌旁正常组织(P<0.05)且与其甲基化状态之间有明显的相关性(P<0.01)。TGF-β1在贲门癌组织中的表达(65.5%)明显升高,与相应癌旁正常组织相比差异有统计学意义(P<0.01),且随着肿瘤分期的增高和肿瘤分化程度的降低,TGF-β1的阳性表达率明显升高(P<0.05)。TGFBR2和TGF-β1蛋白在贲门腺癌中的表达呈明显的负相关(P<0.05)。结论:TGFBR2受体基因启动子区的高甲基化及其TGF-β1的过表达可能均参与了贲门腺癌的发生发展过程。TGFBR2基因启动子区发生甲基化导致的基因沉默可能是贲门腺癌发生的机制之一。

传染性腔上囊病病毒与禽腺病毒混合感染的分子鉴定

应用设计的分别针对传染性腔上囊病病毒(IBDV)VP2蛋白基因高变区(vVP2)和Ⅰ群禽腺病毒(FAV)六邻体(hexon)蛋白基因的特异性PCR引物,对临床疑似IBD病例的2只鸡的腔上囊样品和泄殖腔拭子样品分别进行IBDV和FAV的分子检测。结果显示,通过巢式PCR从2份腔上囊样品中均扩增出了471 bp的IBDV vVP2特异性目的片段;SspⅠ和SacⅠ的酶切分析以及序列测定分析证实,该目的片段属超强毒IBDV(very virulent IBDV,vvIBDV)的特征性序列,与常用疫苗株的亲缘关系较远。从2份泄殖腔拭子样品中均扩增出了900 bp的FAV特异性目的片段;序列测定和遗传进化分析表明,该片段在分子水平上属于血清1型FAV(FAV-1)。结果表明,该病例同时感染了vvIBDV和FAV-1。