北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型VP4区基因特征分析

目的分析2009年北京市西城区手足口病柯萨奇病毒A5型(CoxA5)的VP4区基因特征,了解其变异情况。方法采集手足口病患儿咽试子,提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和GenBank Blast比对确定肠道病毒型别,并对其VP4区进行序列和进化分析。结果共鉴定出5株CoxA5,GenBank登录号为JN981017-JN981021。在VP4区,5株CoxA5与中国株HQ728261核苷酸及氨基酸序列同源性分别为96%～99%和98%～100%。进化分析表明,5株CoxA5与中国株HQ728261遗传距离为0.005～0.045,共同构成一个独立的进化树分支。5株CoxA5在VP4区无氨基酸的缺失和插入,未发现特有的氨基酸置换。结论 2009年北京市西城区手足口病病原体CoxA5VP4区与中国株HQ728261在进化上密切相关,其序列未发生明显变异。

基于VP4区基因序列进行肠道病毒分型的可行性研究

目的评估基于VP4区基因序列的肠道病毒分型方法准确性,建立快速简便的肠道病毒分型方法。方法应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对126株已用VP1区基因序列完成分型鉴定的肠道病毒进行VP4区基因扩增,对扩增产物测序分析,获得VP4区分型结果。结果 126株肠道病毒经VP4区基因序列分型共分出30个型别,包括肠道病毒A组37株8个型别,肠道病毒B组85株20个型别,肠道病毒C组2株2个型别。与VP1区分型结果比较,A、C组肠道病毒所测型别符合率100%;B组肠道病毒所测型别仅有5个符合,符合率21%。结论基于VP4区基因序列的肠道病毒分型方法对A组肠道病毒能准确分型,对B组肠道病毒分型准确率欠佳,C组肠道病毒株较少,分型准确率有待进一步验证。

2021年南京市手足口病流行特征及柯萨奇A组4型VP1区基因特征分析

目的了解南京市手足口病(HFMD)流行特征,分析柯萨奇病毒A组(CVA)4型基因特征。方法收集2021年来自南京市12个区的监测样本,使用实时荧光定量PCR方法检测肠道病毒并分型,对排除CVA6、16、10型和肠道病毒(EV)71型阳性的其他未分型肠道病毒,用反转录·聚合酶链反应(RT-PCR)的方法扩增VP4-VP2区,双向测序确定基因型,最后巢式扩增CVA4型的VP1区,确定其基因亚型。结果2021年南京市手足口病呈季节性流行,不同月份之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=80.06,P<0.05)。易感人群为3~<6岁儿童,该年龄段阳性数占总阳性数的57.05%(178/312)。不同年龄段之间的肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=73.70,P<0.05)。地区分布中,肠道病毒阳性率占前三位的依次是玄武区94.74%(18/19)、浦口区94.00%(47/50)和江北新区83.33%(65/78),不同地区肠道病毒阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=177.42,P<0.05)。550份标本中,荧光定量PCR法检测肠道病毒阳性312份,主要型别为CVA6型,占总阳性数的83.01%(259/312),其次依次为CVA16型(21份)和CVA10型(5份),未分型肠道病毒27份。经VP4-VP2区测序得到CVA4型6份,对其VP1区扩增测序后获得目的片段。结论南京市2021年手足口病主要型别以CVA6型为主,与其他毒株(CVA16型、CVA4型、CVA10型等)共同循环流行;其中CVA4型毒株均属于C2亚型,未发现新的亚型,需持续监测。

基于VP4/VP2结合区基因序列对手足口病病原分型的初步研究

目的评估基于VP4/VP2结合区基因序列对手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原分型方法的准确性,建立快速简易的手足口病病原分型方法。方法用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对2020年云南省曲靖市送检的49株已用VP1区基因序列分型的肠道病毒进行VP4/VP2结合区基因扩增并测序,获得VP4/VP2结合区分型结果。将VP4/VP2结合区基因分型结果与VP1区分型结果进行一致性评价,利用Mega 5.2软件对毒株基因组序列进行分析。结果49株肠道病毒经VP4/VP2结合区基因序列分型,共分出5个型别,包括肠道病毒(enterovirus,EV)-A组48株4个型别,EV-B组1株1个型别,未分离到EV-C、EV-D。与VP1区分型结果比较,EV-A、EV-B组病毒分型符合率100%,但EV-B组病毒只检测到1株。结论基于VP4/VP2结合区的手足口病病原分型方法对EV-A组病毒能准确分型,对EV-B、EV-C和EV-D组病毒的分型准确率有待积累更多病毒型别进一步研究。

EV71肠道病毒VP4基因序列与重症手足口病的相关性研究

目的研究肠道病毒71型病毒分离株VP4区基因序列特征及其与重症手足口病的相关性,为儿童重症手足口病的防控工作提高理论指导。方法选取2017年4月-2020年3月本院接诊重症手足口患儿120例,采用RT-PCR分离EV71病毒株,对病毒VP4区全长基因进行扩增和序列检测,探究其与重症手足口病的相关性。结果经肠道病毒荧光RT-PCR检测发现,EV71病毒阳性检出89例,检出率为74.17%(89/120);EV71株VP4基因核普酸序列及氨基酸序列均与C4a基因型相似性最高。基因编码区核苷酸同源性高达93.6%~99.9%,氨基酸同源性高达98.7%~100.0%;通过进化树分析,EV71肠道病毒VP4基因可分C4a和C4b2个亚型。EV71 VP4片段氨基酸序列26位苏氨酸(T)变异为丙氨酸(A),偶有K52R突变。结论儿童重症手足口病EV71肠道病毒流行株均属C基因型的C4a亚型,其中VP4片段偶有K52R突变,其基因突变与HFMD患儿疾病危重密切相关。

2021年宁夏回族自治区银川市流感样病例人鼻病毒感染情况及基因分型研究

目的了解2021年宁夏回族自治区银川市流感样病例人鼻病毒(HRV)感染情况及基因型别,为呼吸道感染有关疾病防治及控制提供依据。方法选取2021年1—12月银川市2家国家流感监测哨点医院具有呼吸道感染症状的鼻咽拭子样本,通过实时荧光定量反转录聚合酶链式反应法检测,对筛选的HRV阳性样本VP4/VP2区基因扩增测序,使用Mafft软件进行序列比对,MEGA 11.0软件构建亲缘关系进化树,DNA Star软件分析核苷酸和氨基酸同源性。结果1100份样本中,HRV的总检出率为8.00%(88/1100),其中单一HRV感染阳性率为7.64%(84/1100),合并其他病毒感染阳性率为0.36%(4/1100)。对扩增的57例VP4/VP2基因序列分析,其中A种40例、B种4例、C种13例,涉及28个血清型,A16血清型感染病例最多。HRV-A序列之间的核苷酸(氨基酸)同源性为73.10%~100.00%(78.40%~100.00%),HRV-B为78.50%~98.30%(89.20%~100.00%),HRV-C为68.90%~100.00%(76.10%~100.00%)。结论HRV是引起2021年银川市急性上呼吸道感染患者主要的病毒性病原之一,感染率较高,呈现以HRV-A感染为主,HRV-C次之的多个血清型共流行特点。

重庆市3960例流感病毒阴性流感样病例肠道病毒检测及分型分析

目的了解肠道病毒(Enterovirus,EV)在重庆市流感病毒阴性流感样病例(Influenza-like illness,ILI)中的流行特征以及基因型分布,为重庆市EV防控提供科学依据。方法收集重庆市流感监测点送检流感病毒阴性ILI病例咽拭子标本,使用荧光RT-PCR检测EV,EV阳性样本扩增VP4区片段并测序分型。结果2021年1~12月共收到3960例流感病毒阴性ILI标本,检出EV阳性316例(7.98%);重庆市流感病毒阴性ILI病例全年均能检出EV,检出率较高月份为1月(11.60%)、4月(10.56%)、5月(11.79%)、6月(12.62%)、7月(10.33%),不同区域、不同性别、不同年龄组的ILI病例EV检出率差异有统计学意义(X^(2)=29.647,X^(2)=4.192,X^(2)=69.176,P<0.05);213例阳性EV被成功分型,包含EV-A、EV-B、EV-C的17个型别和鼻病毒B组(HRV-B)的5个型别,优势型别为CV-A4(32.86%)、CV-A2(23.00%)、CA-6(12.21%)、CA-10(11.74%),未鉴定出EV-D和新型EV。结论EV是重庆市ILI病例的重要病原体,重庆市ILI病例中流行的EV具有典型区域性、季节性、以及人群特点,应根据EV流行特征在重庆地区开展防控工作。

2013-2020年重庆市急性弛缓性麻痹病例非脊灰肠道病毒分离株分型鉴定分析

目的对2013—2020年期间从重庆市急性弛缓性麻痹病例(acute flaccid paralysis,AFP)中分离到的53株(non-polio enterovirus,NPEV)进行分型鉴定,了解NPEV型别分布特点。方法使用商品化荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,real-time PCR)试剂对NPEV快速鉴定,结合VP1区和VP4区核苷酸序列特征进行分型。结果鉴定出50株肠道病毒,A组33株(66.00%),B组17株(34.00%),不包含C、D组肠道病毒,3株不能分型。EV-A71为优势型别,11株(22.00%),2016年及以后未分离到EV-A71。研究中,VP4区和VP1区序列在NPEV分组上完全一致。结论使用商品化荧光定量PCR试剂对肠道病毒分型时,高CT值的鉴定结果有可能不准确。NPEV分型中,先使用VP4区序列进行分组,然后在使用VP1区进行基因分型,可简化实验流程。重庆市AFP病例NPEV分离株的型别多样性较差,为丰富和完善重庆市肠道病毒基因数据库,有必要开展呼吸道传播的肠道病毒相关研究。