蓝舌病新疆分离株VP7蛋白编码基因序列分析及一步法RT-PCR方法的建立

【目的】分析蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,建立蓝舌病新疆分离株一步法RT-PCR方法,为新疆BTV分子流行病学调查及防控提供技术支持。【方法】采用二代测序技术获得新疆分离株S7基因序列,登陆GenBank对序列进行同源性Blast比对,用软件MEGA 5.0分析序列差异,根据蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,运用软件Oligo6.0设计引物,对蓝舌病新疆分离株S7基因进行RT-PCR扩增,并验证该方法的特异性及敏感性。【结果】蓝舌病中国新疆分离株编码VP7蛋白S7基因序列与哈尔滨报道BTV分离株S7基因片段相似度较高为89.64%,与中国云南报道BTV-29型分离株、蒙古国BTV分离株S7基因片段相似度分别为87.49%和87.39%;与德国BTV分离株S7基因片段相似度为80.70%,其余均无同源性序列。中国新疆分离株S7基因片段序列与4条同源序列间存在26处核苷酸差异,9处氨基酸差异。【结论】建立的蓝舌病中国新疆分离株S7基因片段一步法RT-PCR方法具有良好的特异性,仅BTV中国新疆分离株扩增获得目的条带,该方法的敏感性为4.0×10^(3)copies/mL。

一种灰色关联分析优化ICEEMDAN的VP倾斜仪信号降噪模型

VP倾斜仪固体潮信号受仪器监测复杂环境限制,多含有大量环境噪声。为获得真实固体潮曲线,提出一种基于灰色关联分析优化改进的自适应噪声完备集合经验模态分解(ICEEMDAN)VP倾斜仪信号降噪模型(GRA-ICEEMDAN)。该方法首先将含噪信号进行ICCEMDAN处理,得到若干个固有模态函数(IMF),并依次排列与标记;然后基于这些IMF分别计算相关系数、互信息、R^(2)、Adj-R^(2)、MSE、SSE、RMSE、MAE、MAPE、样本熵等10个评价指标值,构建IMF可信度评价指标矩阵;最后借助灰色关联分析(GRA)计算各评价指标与不同IMF之间的关联系数和关联度,依据关联度大小对各个IMF进行排序,将排名靠前的IMF进行线性重构,即可完成信号降噪。仿真去噪实验和实测去噪实验均表明,GRA-ICEEMDAN模型优于卡尔曼滤波、70阶低通FIR滤波、Savitzky-Golay等经典降噪模型,能显著区分噪声成分和有效成分,原始信号分解后的重构误差与信号损失极小,可推广至其他仪器的复杂信号降噪中。

临武土话的“有咯/冇咯+VP”结构

临武土话中有“有咯/冇咯+VP”结构,其中“咯”为语气助词。与其他南方方言中的“有+VP”结构相比,“有咯/冇咯+VP”结构中“咯”的介入,话语层次和句法层次有了形式上的界线,结构各构成成分承担的语义也能明确区分。“有/冇”表示存在的肯定与否定,“咯”表示主观确认,VP表示事态,“有咯/冇咯+VP”的结构义为“确认事态存在的肯定/否定”。“有咯/冇咯”具有话语标记功能的插入成分。

2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果及肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果,掌握该地区手足口病的病原组成以及肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学特征,为当地手足口病的防控提供科学依据。方法 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RTPCR)对收集的手足口病病例标本进行病原学检测。对重症或死亡病例的病原进行分型检测,选取2017年的5例EV71阳性手足口病重症或死亡病例标本进行VP1基因序列测定和特征分析。结果 2013-2019年柳州市共检测6 038例手足口病病例标本,肠道病毒通用型阳性标本4 210例(69.73%),其中EV71阳性659例(15.65%)、柯萨奇病毒A16型(Cox A16)阳性1 159例(27.53%)、其他肠道病毒阳性2 392例(56.82%)。2013年、2015年、2017年、2019年以其他肠道病毒为主(阳性率均>50.00%),2014年以EV71和其他肠道病毒为主,2016年、2018年以Cox A16和其他肠道病毒为主。2014-2019年重症或死亡病例的病原学分型显示,重症或死亡病例的主要病原是EV71、Cox A16、柯萨奇病毒A6型(Cox A6)、柯萨奇病毒A2型(Cox A2)。2017年该市手足口病重症或死亡病例中分离到的5株EV71毒株的病原基因亚型均为C4a亚型,毒株序列之间的核苷酸同源性为95.20%~100.00%,氨基酸同源性为97.50%~100.00%。结论 2013-2019年柳州市手足口病的优势病原发生了变化,主要病原由EV71逐渐转变为Cox A16和其他肠道病毒。引发重症或死亡病例的病原主要有EV71、Cox A16、Cox A6、Cox A2,EV71的优势基因型为C4a亚型。今后应进一步加强病原监测和相关分子流行病学研究,为落实手足口病综合性防控措施提供依据。

辽宁沈阳株猫泛白细胞减少症病毒VP2基因扩增及生物信息学分析

【目的】通过生物信息学方法分析1株2022年辽宁沈阳地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus, FPV)LN3株VP2蛋白的分子特征。【方法】利用FPV胶体金试纸条对临床上表现呕吐、腹泻等症状的患病猫粪便进行检测,提取该病猫粪便的病毒DNA进行FPV VP2基因PCR扩增及测序,使用Seqman软件对序列进行拼接。将所获序列与NCBI数据库中FPV和犬细小病毒(Canine parvovirus, CPV)的VP2基因进行相似性比对及遗传进化分析。使用生物信息学软件对该毒株VP2蛋白进行预测,包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构等。【结果】FPV LN3株VP2基因全长1 755 bp,编码584个氨基酸;与GenBank上登录的15株FPV同属一个大分支,相似性为98.9%~99.7%;与CPV处于不同分支上。生物信息学软件预测显示,FPV LN3株VP2蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;含有7个潜在N-糖基化位点、86个O-糖基化位点和50个磷酸化位点;VP2蛋白在细胞质、细胞核、线粒体中的可能性分别为43.5%、34.8%和21.7%;VP2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、延伸链、β-转角分别占61.82%、8.90%、24.32%及4.97%,三级结构预测结果与其一致;VP2蛋白共有20个抗原表位。【结论】VP2是FPV遗传变异的关键基因,FPV LN3株VP2蛋白属于亲水性、非跨膜稳定蛋白,共存在20个抗原表位。试验结果为进一步研究FPV VP2蛋白功能及研发新型疫苗提供理论依据。

伪狂犬病病毒VP22蛋白单克隆抗体制备及其抗原表位鉴定

为制备伪狂犬病病毒(PRV)VP22蛋白单克隆抗体,将目的基因克隆至原核表达载体pET-28a(+),构建pET-28a-VP22原核表达质粒,并利用大肠杆菌表达系统,获得重组VP22蛋白。将纯化后的蛋白免疫6~8周龄BALB/c雌鼠,通过杂交瘤细胞融合技术及间接ELISA方法筛选,经3次亚克隆后获得4株PRV VP22蛋白的单克隆抗体1D6、1D9、1B12和2C10。间接ELISA检测4株杂交瘤细胞传至15代均能稳定分泌抗体,且细胞上清液抗体效价均为1∶6400。经亚型鉴定,4株单克隆抗体的重链均是IgG1亚类,轻链皆属于κ型。Western blot和间接免疫荧光试验(IFA)结果表明,制备的单克隆抗体均可与PRV发生特异性反应,并鉴定出2个抗原表位;Western blot和共聚焦试验结果表明,VP22蛋白是病毒早期蛋白,且早期存在于细胞质,晚期移位至细胞核并在核中积累。本研究制备的单克隆抗体将为后续探索PRV VP22蛋白的功能提供材料支撑。

A型塞内卡病毒VP2蛋白多克隆抗体的制备及间接ELISA检测方法的建立

[目的]制备A型塞内卡病毒(Senecavirus A,SVA)VP2蛋白多克隆抗体,建立检测SVA抗体的间接ELISA方法,以期为SVA致病机制及诊断提供研究基础。[方法]利用同源重组技术将VP2基因克隆至原核表达载体pET-28a中,构建重组表达质粒pET-28a-VP2,并转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞进行IPTG诱导表达,表达产物经纯化后皮下多点注射新西兰大白兔制备多克隆抗体。利用间接免疫荧光试验(IFA)、Western blotting和中和试验鉴定多克隆抗体的特异性、反应性和中和活性。以VP2为抗原包被酶标板,通过矩阵优化、临界值确定、特异性鉴定及敏感性和重复性分析建立检测SVA抗体的间接ELISA方法。采集50份临床血清样品,分别用间接ELISA与IFA方法进行检测,分析间接ELISA方法的符合率。[结果]重组VP2蛋白以包涵体形式表达,大小为40 ku。制备的多克隆抗体能与重组VP2蛋白和SVA特异性结合,与其他病毒无交叉反应,且具有较高的中和活性。经对间接ELISA条件的优化,确定VP2包被浓度为4μg/mL,阳性血清稀释浓度为1∶250,封闭液为5%脱脂乳+5%BSA,血清样品和二抗孵育时间均为90 min, TMB底物反应时间为10 min,临界值为0.182。建立的间接ELISA方法与常见的猪病毒阳性血清不反应,与IFA符合率达94.0%。[结论]原核表达系统表达的VP2蛋白具有良好的免疫原性,制备的多克隆抗体能与SVA和VP2发生特异性反应。建立的间接ELISA方法特异性高,与IFA符合率高,适用于临床SVA抗体检测和疫苗效力评价。

表达鸡传染性贫血病毒VP1蛋白的新型重组血清4型禽腺病毒的构建

为研制新型鸡传染性贫血(CIA)高效疫苗以解决国内商品鸡群中普遍存在的鸡传染性贫血病毒(CIAV)感染问题,试验利用CRISPR-Cas9技术和Cre-LoxP系统,以血清4型禽腺病毒(FAdV-4)为载体,构建表达CIAV VP1蛋白的重组FAdV-4。通过间接免疫荧光试验和蛋白免疫印迹试验对重组病毒进行验证,通过体外病毒生长曲线来研究其复制效率。结果显示:该重组病毒构建成功,能有效表达CIAV VP1蛋白,命名为rFAdV-4-CIAV-VP1,且发现rFAdV-4-CIAV-VP1在LMH细胞中的复制效率远低于野生型FAdV-4。研究表明构建的重组病毒rFAdV-4-CIAV-VP1为CIAV和FAdV-4的联防联控提供了二联候选疫苗株。

Ⅱ型鹅星状病毒VP27蛋白生物信息学分析

为探究Ⅱ型鹅星状病毒(GAstⅤ-Ⅱ)VP27蛋白的结构和功能,运用生物信息学软件,对具有良好免疫原性的GAstⅤ-ⅡZYL02株进行分析。通过Expasy-ProtParam、PSORTⅡPrediction、ProtScale、SignalP 4.1、TMHMM 2.0和SOPMA等在线软件预测分析VP27蛋白的生物学特性,运用BepiPred-2.0、ABCpred、IEDB、ToxinPred2和VaxiJenv2.0等在线软件预测分析VP27蛋白的B细胞抗原表位,从中筛选出优势抗原表位;使用Phyre2在线软件对VP27蛋白进行建模,运用PyMOL软件准确定位预测的优势表位在模型中的分布。结果显示:VP27蛋白是不稳定的亲水蛋白,其亚细胞定位位于细胞质,无跨膜结构域和信号肽;二级、三级结构中无规卷曲平均占比为41.91%,延伸链平均占比为29.05%,α螺旋平均占比为22.41%,β转角平均占比为6.64%;共预测出26条B细胞抗原表位,筛选出4条B细胞优势抗原表位,分别位于26~41aa(FGIPQADSRSRYNANI)、48~57 aa(RGRTSTSFTL)、111~126 aa(TSTGGQITELRNRLNI)、174~189 aa(PVLINWSVSDSQEQYN);三级结构定位发现,4条优势B细胞表位均位于该蛋白表面。结果表明,GAstⅤ-ⅡVP27蛋白有多处可诱导体液免疫的潜在位点。本研究运用生物信息学分析方法预测了GAstⅤ-ⅡVP27蛋白的理化性质和结构,对进一步深入研究VP27蛋白功能,研发相应疫苗具有重要指导意义。

鸡传染性法氏囊病病毒VP5的原核表达、多抗制备及初步应用

传染性法氏囊病(infectious bursal disease virus,IBD)是由传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)引起的一种主要危害雏鸡的急性传染病。在IBDV编码的5个蛋白中,VP5是IBDV唯一可以缺失基因的蛋白。本研究克隆了IBDV优势流行毒株的VP5蛋白编码基因,利用原核表达系统表达了VP5蛋白,通过免疫BALB/c小鼠制备VP5多抗,并对多抗进行了鉴定和检测不同IBDV毒株的应用。结果显示,IBDV优势流行毒株的VP5蛋白实现了可溶性表达,分子质量约为17 kDa;制备的VP5多抗特异性良好,ELISA效价可达1:64000;VP5多抗可通过IFA和Western Blot检测识别IBDV rHLJ0504-HT株,不识别VP5基因缺失株。结果表明:试验成功表达了IBDV优势流行毒株的VP5蛋白,并制备了VP5多抗;VP5多抗可对IBDV及其VP5编码基因缺失毒株进行鉴别检测。本研究对于IBDV检测方法的建立以及VP5编码基因功能的进一步研究提供了物质基础。

鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析

为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。

基于VP6蛋白的牛轮状病毒抗体间接ELISA检测方法的建立与应用

为了建立牛轮状病毒(BRV)血清抗体的检测方法,从病料中克隆牛轮状病毒VP6基因,构建其表达载体,利用原核表达技术表达重组VP6蛋白,建立牛轮状病毒血清抗体间接ELISA检测方法。结果显示,重组VP6蛋白大小为40 ku,以包涵体形式表达,Western blot证实重组VP6蛋白有良好的反应原性;以4μg/mL浓度的抗原包被酶标板,一抗血清50倍稀释,酶标二抗稀释10000倍稀释,为最佳工作条件,阴阳临界值为0.233,表明该方法具有良好的特异性和敏感性。建立的检测BRV抗体的间接ELISA可用于临床BRV感染的检测。

A型塞内卡病毒VP3蛋白的原核表达及多克隆抗体制备

为制备A型塞内卡病毒(SVA)VP3蛋白多克隆抗体,采用同源重组技术将SVA VP3基因连接至原核表达载体pET-28a中,构建了重组表达质粒pET-SVA-VP3。将重组质粒转化至大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3),以1 mmol/L的IPTG进行诱导表达并纯化表达产物,随后将纯化的VP3重组蛋白皮下多点注射新西兰白兔制备多克隆抗体,利用间接ELISA、间接免疫荧光试验(IFA)和Western blot分别对抗体效价、反应性和特异性进行鉴定。结果显示:重组VP3蛋白以包涵体形式表达,相对分子质量约36 kDa;制备的VP3蛋白多克隆抗体能与VP3重组蛋白和SVA发生特异性反应,其ELISA效价达1:10000以上,Western blot和IFA效价达1:5000。综上,本研究成功制备了SVA VP3多克隆抗体,其具有较高的效价和特异性,可为后续SVA致病机制及检测方法等研究奠定基础。

犬细小病毒CPV-2c型亚洲株分离鉴定及VP2基因序列分析

为探明北京某犬场犬的死亡原因,从患有肠道出血的犬肛拭子中分离出1株犬细小病毒,试验通过PCR、血凝和间接免疫荧光试验方法对毒株进行鉴定,并对VP2基因进行克隆测序和序列分析,确定其遗传分支。结果表明,该分离株属于犬细小病毒CPV-2c型,命名为CPV-BJ21株。应用犬细小病毒单克隆抗体进行间接免疫荧光检测,结果为阳性;基因序列分析表明,分离株与犬细小病毒为同一进化分支,VP2基因核苷酸序列与中国四川的CPV-2c(MH476581.1)同源性达99%,与亚洲分离的犬细小病毒之间亲缘关系较近。VP2氨基酸序列在第A5G、S297A、D426E位出现了氨基酸突变;在F81细胞上传3代后,病毒液的血凝效价稳定于210。本研究可为犬细小病毒的流行情况及新疫苗的研究提供参考依据。

猪萨佩罗病毒HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征

猪萨佩罗病毒(PSV)VP1蛋白是位于病毒粒子表面的结构蛋白,发挥主要的抗原效应。为了弄清PSV HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征,本研究设计针对VP1基因的特异性引物,通过RT-PCR扩增获得VP1基因,并重组到真核表达载体pCAGGS上,经Western blot、间接免疫荧光鉴定,成功表达VP1蛋白。随后基于PSV HNHB-01株全基因序列以及VP1基因序列与其他参考毒株的基因序列构建遗传进化树,分析遗传进化关系。结果表明:实验室分离的HNHB-01株与2017年分离的HNXX-01株亲缘关系最近,与日本株JPSV-1315关系接近;HNHB-01 VP1基因与国内2016-2017年流行的毒株HNXX-01、PSV-A2、JXXY-a2的VP1基因高度同源,与国外2009年流行的日本毒株JPSV1315的VP1基因亲缘关系较近;HNHB-01株VP1氨基酸与HNXX-01株VP1氨基酸同源性最高,同源性为99.32%。三级结构分析表明,VP1蛋白存在3条位于蛋白结构外侧的抗原表位区,对应的氨基酸序列分别为20~30 aa、90~100 aa和265~275 aa。本研究为PSV感染的诊断与预防提供依据,并为今后研究VP1基因的功能和开发疫苗奠定基础。

“V个VP”句的语义功能及其主观性

本文以“V得VP”为参照对象,从动作自主性、动作性强弱以及与施事成分的相关性方面对“V个VP”的句法特征进行考察。结合“V得VP”的句法特征及其表示主观大量的语义特征,我们认为“V个VP”具有表达动作主体强烈意向的语用功能。同时,本文指出“V个VP”的主观性是由“个”和VP二者相互烘托而形成的,其中“个”具有凸显动作主体主观预期的语用功能。

2219/5A06异种铝合金脉冲VP-TIG焊工艺

为了获取最优的焊接接头性能,采用脉冲VP-TIG焊方法,对5.5 mm厚的2219-T87和5A06-H112异种铝合金进行单层单道对接试验,设计了5种工艺参数3个因素水平的L_(27)(3^(9))型正交试验,同时考虑3种因素间的交互作用,分析各因素对接头抗拉强度的影响,结果显示工艺参数对接头性能的影响从主到次依次为:焊接速度-坡口角度-峰值电流-脉冲频率-送丝速度;通过正交优化,获得了理想的无缺陷焊接接头,对优化后焊接接头的力学性能、微观组织与腐蚀性能进行试验.结果表明,接头断裂沿着2219侧熔合线附近最大应变处发生,该位置是整个接头中硬度最低的区域,2219侧熔合线和焊缝耐蚀性最差,是点蚀优先发生的位置.

“有+VP的NP”与“有+NP+VP”的变换限制——兼论“有+NP+VP”的情态表达功能

“有+VP的NP”和“有+NP+VP”结构之间存在互相变换的可能性,不过,这种变换是有一定条件限制的。以“VP的NP”结构为切入点,通过分析自指和转指的“有+VP的NP”向“有+NP+VP”变换的语义限制条件,得出以下结论:“有(VP的NP)转指”都可以变换成“有+NP+VP”结构,对NP的语义没有严格的限制;同指性“有+(VP的NP)自指”均不能变换成“有+NP+VP”;限定性“有+(VP的NP)自指”结构中,只有由[+条件义][+附属义]特征的事件属性名词构成的“有+VP的NP”,才能完成结构变换。在这一基础上,探讨了这两种结构变换受限的原因,以及“有+NP+VP”结构的情态表达功能。

《庄子·内篇》“VP_(1)而VP_(2)”“NP之VP”结构研究

连词“而”是一个高频虚词,当它连接两个动词性词语VP_(1)、VP_(2)时,用法较为复杂。根据两个VP之间的句法语义关系,《庄子·内篇》中的“VP_(1)而VP_(2)”结构可以分析为四种类型:连谓、偏正、联合、紧缩。“NP之VP”结构在《内篇》中的出现频率也比较高。结构助词“之”置于主谓结构“NP+VP”中间,形成体词性偏正结构“NP之VP”,相当于现代汉语“NP的VP”。该结构在句法上只能分布于主、宾位;在语义上不具有独立性,是谓语核心动词的论元成分;在语用上具有指称功能。

北京地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其中1株进行致病性试验。结果显示,2018-2022年4月阳性率分别为36.98%、34.30%、41.33%、40.46%和34.39%,总阳性率为37.93%。5株FCV分离株VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~85.4%和83.6%~91.0%;5株FCV分离株与国内疫苗株255株核苷酸和氨基酸同源性分别为74.8%~84.5%和83.7%~91.6%;与国内疫苗株255株、国外疫苗株F9株在不同的小分支上。致病性试验结果显示,猫感染BJH13株FCV后出现精神沉郁、食欲减退、体温升高、体重下降、眼鼻分泌物增多和舌泛红、溃疡等典型感染FCV临床症状;FCV感染猫的舌和肺脏组织病理切片结果显示,FCV侵染猫舌和肺脏并呈典型感染FCV病理特征。以上结果表明,FCV阳性率高;分离株BJH13株致病力强;FCV VP1基因序列变异大,与目前临床使用的疫苗株255、F9株VP1基因存在明显差异,存在疫苗免疫失败的风险。这对现阶段FCV防控带来了巨大挑战,同时为今后的疫苗研发提供了候选毒株和科学依据。