苹果树腐烂病菌丝氨酸蛋白酶基因VM1G_08720的功能分析

苹果是我国种植面积最广的温带水果之一,由苹果黑腐皮壳菌(Valsa mali)引起的苹果树腐烂病(Valsa canker of apple)是危害我国苹果树最为严重的病害之一。明确病原菌生长发育、响应环境胁迫及致病作用,解析病原菌的适应性及致病分子机制,有利于提出病害新的防控措施。本研究应用Double-joint PCR以及gap-repair方法获得基因VM1G_08720的缺失突变体和回补菌株。利用十字交叉法和伤口接种等方法,研究了基因VM1G_08720对病菌生长发育和致病性的影响。通过在PDA培养基中分别添加400μg/mL的荧光增白剂、200μg/mL的刚果红、0.01%的SDS三种细胞壁干扰剂和0.5M的NaCl、0.5M山梨醇两种渗透胁迫因子,研究了该基因对病菌细胞壁完整性的维持及渗透胁迫的影响。通过设置不同pH的培养基,研究了基因VM1G_08720在不同pH下对病菌生长发育的影响。研究结果显示,与野生型sdau11-175相比,基因VM1G_08720缺失突变体在菌落颜色、菌丝致密度、生长速率无显著差异,分生孢子器产生数量减少;在含有200μg/mL刚果红、0.01%SDS的培养基上,抑制率显著降低,在含有0.5 M NaCl的培养基上的抑制率显著增加,而在含有400μg/mL荧光增白剂和0.5 M山梨醇的培养基上,无显著差异;在pH为4-10时,生长速率显著降低,而在pH为11-12时,无显著性差异;在苹果果实和苹果枝条上的病斑大小无显著性差异,回补菌株均恢复到野生型水平。表明基因VM1G_08720在病菌分生孢子器的产生、酸碱度的响应、维持细胞壁完整性以及渗透胁迫方面发挥重要作用。

4个春化基因在山东省小麦品种(系)中的分布研究

利用Vrn—A1、Vrn—B1、Vrn—D1和Vrn—B34个春化基因，对105份山东省2006～2007年度待审定品种和32份审定品种进行分子标记检测，结果表明，供试材料在A1、B1和B3位点均检测为隐性基因；在D1位点，13份材料检测为显性基因，其余材料检测为隐性基因。4个基因的分布频率与当地小麦的春化习性和生育期特点相吻合，这也是生态环境适应和育种选择压力的综合结果。

病毒宏基因组学技术及其在医学领域的应用

病毒宏基因组学(Viral metagenomics,VM)无需知晓核酸序列,直接以环境中的病毒群落为研究对象,对研究环境中病毒的多样性、快速鉴定出已知和未知病毒,实时监测特定病毒的动态变化等具有重要价值。下一代测序(Next-generation sequencing,NGS)平台具备快速、自动化和高通量等综合优势,因此相对于一代Sanger测序技术,其测序能力大大提高。同时,近年来测序技术的不断改进、成本的不断降低、数据分析流程的普及以及对数据深入挖掘能力的显著性改进表明,在可预见的未来,病毒宏基因组测序将会成为常规检测项目,为未知病毒检测提供新的技术手段和思路。本文将从病毒宏基因组学的兴起,研究过程和在医学领域中的应用等方面进行综述。

江苏泰州地区HIV感染人群的血浆病毒群落研究

为探讨人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)感染人群血浆病毒群落组成,分析HIV感染人群血浆病毒群落的特点,研究病毒载量对HIV感染人群血浆病毒群落的影响,本研究通过Miseq高通量测序,对江苏泰州地区203份HIV感染人群的血浆样本进行了病毒宏基因组学分析。结果显示,高通量测序共得到243824条注释为病毒的序列,可注释到至少17个不同的病毒科(包括未分类病毒),包括12种哺乳动物类病毒(占99.87%),2种昆虫病毒(占0.05%),1种植物病毒(占不到0.01%),2种其他病毒(占0.02%)及未分类病毒;检出HIV病毒载量组的病毒群落中占据主导地位的是细小病毒科,其次是黄病毒科和指环病毒科,未检出病毒载量组中的主要病毒为黄病毒科,其次为指环病毒科和细小病毒科;系统进化分析显示,注释为细小病毒的序列与已知病毒的同源性较高,而注释为指环病毒和人佩吉病毒的序列中有部分序列与已知病毒同源性较高,另有部分序列与已知病毒的差异较大,疑似有新型病毒的存在;应用PCR扩增对部分病毒序列进行验证,将验证后的部分序列与原始序列进行比对,一致性达到近99%。