柞蚕核型多角体病毒基因组编码VmiRNA的预测与功能分析

柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)是危害柞蚕的主要病原物之一。病毒microRNAs(VmiRNA)是由病毒基因组编码的小RNA分子,在病毒繁殖及与宿主的相互作用中发挥作用。采用高通量测序Solexa技术测定ApNPV感染柞蚕后的VmiRNA,并通过vMir软件预测ApNPV基因组可能编码的VmiRNA前体序列。在预测得到的16条前体序列中,有13条能够从病毒感染的柞蚕蛹脂肪体中扩增出条带,并有10条能在病毒基因组中找到同源序列。在ApNPV MicroRNA Solexa测序数据库中搜索到与这10条前体VmiRNAs相匹配的序列,用RT-PCR方法证明有9条能扩增出大小相应的片段,确定其为病毒基因组编码的VmiRNA的成熟序列。利用靶基因在线预测程序RNAhybrid预测到这些VmiRNA作用的135个可能的靶基因,其中有与免疫应答过程相关的基因36个,与免疫系统进程相关的基因19个,与免疫调节相关的基因8个,与免疫系统发育相关的基因9个。推测这些ApNPV基因组编码的VmiRNA在病毒与宿主之间的相互作用中扮演重要角色。