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基于分子动力学模拟的VmoLac非特异性底物催化活性的理论研究
1
作者
李聪聪
刘明皓
+3 位作者
韩佳睿
朱镜璇
韩葳葳
李婉南
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期2518-2528,共11页
采用分子动力学模拟方法研究了VmoLac的非特异性底物催化活性,模拟了VmoLac/3-oxo-C10-AHL,VmoLac/3-oxo-C6-AHL,VmoLac/γ-nonalacton和VmoLac/ethyl-paraoxon 4个复合物.分析了分子动力学模拟过程中不同底物结合引起VmoLac构象变化的...
采用分子动力学模拟方法研究了VmoLac的非特异性底物催化活性,模拟了VmoLac/3-oxo-C10-AHL,VmoLac/3-oxo-C6-AHL,VmoLac/γ-nonalacton和VmoLac/ethyl-paraoxon 4个复合物.分析了分子动力学模拟过程中不同底物结合引起VmoLac构象变化的主要原因.结果表明,3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton的结合会使VmoLac活性口袋附近的Loop8结构域运动明显,利于底物结合在Loop8疏水通道外侧进而引起催化反应;VmoLac活性口袋周围的门控残基W264和Y230之间距离的变化会影响底物的结合;Y98与长链内酯、壬内酯的羰基碳之间形成的进攻距离较小,而与短链内酯的羰基碳以及对氧磷的磷原子之间形成的进攻距离较大,短的距离更有利于发生亲核进攻反应;D257是引发VmoLac催化反应的关键残基;当VmoLac催化3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton时,D257与极化水以及底物形成更多的氢键,使底物与酶更容易结合.从理论催化机制角度解释了VmoLac催化长链内酯(3-oxo-C10-AHL)比短链内酯(3-oxo-C6-AHL)的能力强,催化壬内酯(γ-nonalacton)比对氧磷(ethyl-paraoxon)能力强的原因,为实验结果提供了理论证明.
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关键词
嗜热磷酸三酯酶样内酯酶
vmolac
分子对接
分子动力学模拟
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职称材料
题名
基于分子动力学模拟的VmoLac非特异性底物催化活性的理论研究
1
作者
李聪聪
刘明皓
韩佳睿
朱镜璇
韩葳葳
李婉南
机构
吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第8期2518-2528,共11页
基金
吉林省科技发展计划项目批准号资助~。
文摘
采用分子动力学模拟方法研究了VmoLac的非特异性底物催化活性,模拟了VmoLac/3-oxo-C10-AHL,VmoLac/3-oxo-C6-AHL,VmoLac/γ-nonalacton和VmoLac/ethyl-paraoxon 4个复合物.分析了分子动力学模拟过程中不同底物结合引起VmoLac构象变化的主要原因.结果表明,3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton的结合会使VmoLac活性口袋附近的Loop8结构域运动明显,利于底物结合在Loop8疏水通道外侧进而引起催化反应;VmoLac活性口袋周围的门控残基W264和Y230之间距离的变化会影响底物的结合;Y98与长链内酯、壬内酯的羰基碳之间形成的进攻距离较小,而与短链内酯的羰基碳以及对氧磷的磷原子之间形成的进攻距离较大,短的距离更有利于发生亲核进攻反应;D257是引发VmoLac催化反应的关键残基;当VmoLac催化3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton时,D257与极化水以及底物形成更多的氢键,使底物与酶更容易结合.从理论催化机制角度解释了VmoLac催化长链内酯(3-oxo-C10-AHL)比短链内酯(3-oxo-C6-AHL)的能力强,催化壬内酯(γ-nonalacton)比对氧磷(ethyl-paraoxon)能力强的原因,为实验结果提供了理论证明.
关键词
嗜热磷酸三酯酶样内酯酶
vmolac
分子对接
分子动力学模拟
Keywords
Phosphotriesterase-like lactonases(PLLs)
vmolac
Autodock
Molecular dynamics simulation
分类号
O641 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
基于分子动力学模拟的VmoLac非特异性底物催化活性的理论研究
李聪聪
刘明皓
韩佳睿
朱镜璇
韩葳葳
李婉南
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
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