2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果及肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的 分析2013-2019年柳州市手足口病病原学监测结果,掌握该地区手足口病的病原组成以及肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学特征,为当地手足口病的防控提供科学依据。方法 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(RTPCR)对收集的手足口病病例标本进行病原学检测。对重症或死亡病例的病原进行分型检测,选取2017年的5例EV71阳性手足口病重症或死亡病例标本进行VP1基因序列测定和特征分析。结果 2013-2019年柳州市共检测6 038例手足口病病例标本,肠道病毒通用型阳性标本4 210例(69.73%),其中EV71阳性659例(15.65%)、柯萨奇病毒A16型(Cox A16)阳性1 159例(27.53%)、其他肠道病毒阳性2 392例(56.82%)。2013年、2015年、2017年、2019年以其他肠道病毒为主(阳性率均>50.00%),2014年以EV71和其他肠道病毒为主,2016年、2018年以Cox A16和其他肠道病毒为主。2014-2019年重症或死亡病例的病原学分型显示,重症或死亡病例的主要病原是EV71、Cox A16、柯萨奇病毒A6型(Cox A6)、柯萨奇病毒A2型(Cox A2)。2017年该市手足口病重症或死亡病例中分离到的5株EV71毒株的病原基因亚型均为C4a亚型,毒株序列之间的核苷酸同源性为95.20%~100.00%,氨基酸同源性为97.50%~100.00%。结论 2013-2019年柳州市手足口病的优势病原发生了变化,主要病原由EV71逐渐转变为Cox A16和其他肠道病毒。引发重症或死亡病例的病原主要有EV71、Cox A16、Cox A6、Cox A2,EV71的优势基因型为C4a亚型。今后应进一步加强病原监测和相关分子流行病学研究,为落实手足口病综合性防控措施提供依据。

A型塞内卡病毒VP1蛋白的原核表达及多克隆抗体制备

A型塞内卡病毒(SVA)是一种新兴的猪病原体,可引起母猪水泡样病变和仔猪急性死亡。本研究将SVA的VP1基因分别克隆到原核表达载体pCold-I和pCold-TF,并将测序正确的重组质粒VP1-pCold-I、VP1-pCold-TF转化BL21(DE3)大肠杆菌中,诱导表达重组蛋白。结果显示:VP1-pCold-I表达的目的蛋白在沉淀(包涵体)中,VP1-pCold-TF表达的蛋白为可溶性蛋白。分别纯化上述表达的蛋白,并免疫BALB/c小鼠,经四次免疫后得到多克隆抗体。经Western blot和间接免疫荧光(IFA)鉴定,制备的多克隆抗体具有良好的Western blot效价和IFA效价,为相关基础研究和应用研究提供了工具。

表达鸡传染性贫血病毒VP1蛋白的新型重组血清4型禽腺病毒的构建

为研制新型鸡传染性贫血(CIA)高效疫苗以解决国内商品鸡群中普遍存在的鸡传染性贫血病毒(CIAV)感染问题,试验利用CRISPR-Cas9技术和Cre-LoxP系统,以血清4型禽腺病毒(FAdV-4)为载体,构建表达CIAV VP1蛋白的重组FAdV-4。通过间接免疫荧光试验和蛋白免疫印迹试验对重组病毒进行验证,通过体外病毒生长曲线来研究其复制效率。结果显示:该重组病毒构建成功,能有效表达CIAV VP1蛋白,命名为rFAdV-4-CIAV-VP1,且发现rFAdV-4-CIAV-VP1在LMH细胞中的复制效率远低于野生型FAdV-4。研究表明构建的重组病毒rFAdV-4-CIAV-VP1为CIAV和FAdV-4的联防联控提供了二联候选疫苗株。

鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析

为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。

猪萨佩罗病毒HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征

猪萨佩罗病毒(PSV)VP1蛋白是位于病毒粒子表面的结构蛋白,发挥主要的抗原效应。为了弄清PSV HNHB-01株VP1基因的表达与分子特征,本研究设计针对VP1基因的特异性引物,通过RT-PCR扩增获得VP1基因,并重组到真核表达载体pCAGGS上,经Western blot、间接免疫荧光鉴定,成功表达VP1蛋白。随后基于PSV HNHB-01株全基因序列以及VP1基因序列与其他参考毒株的基因序列构建遗传进化树,分析遗传进化关系。结果表明:实验室分离的HNHB-01株与2017年分离的HNXX-01株亲缘关系最近,与日本株JPSV-1315关系接近;HNHB-01 VP1基因与国内2016-2017年流行的毒株HNXX-01、PSV-A2、JXXY-a2的VP1基因高度同源,与国外2009年流行的日本毒株JPSV1315的VP1基因亲缘关系较近;HNHB-01株VP1氨基酸与HNXX-01株VP1氨基酸同源性最高,同源性为99.32%。三级结构分析表明,VP1蛋白存在3条位于蛋白结构外侧的抗原表位区,对应的氨基酸序列分别为20~30 aa、90~100 aa和265~275 aa。本研究为PSV感染的诊断与预防提供依据,并为今后研究VP1基因的功能和开发疫苗奠定基础。

柯萨奇病毒A组10型VP1蛋白线性中和表位的筛选和鉴定

柯萨奇病毒A组10型(CV-A10)是引起手足口病(HFMD)的常见病原体之一。应用重叠肽法筛选出覆盖CV-A10全长VP1区氨基酸序列的39条候选表位肽段,以间接酶联免疫吸附试验(ELISA)及微量中和抑制试验验证。结果发现,候选表位P6(CV-A10 VP1区第39~53位氨基酸)与CV-A10全病毒抗血清具有高反应性,且在3.91μg/mL的稀释质量浓度时仍具有中和抑制作用,为潜在中和表位。用P6肽免疫小鼠制备相应的抗血清,并以微量中和试验验证其保护能力,结果显示,P6抗血清的几何平均中和效价为1:8.97,可确定P6为CV-A10的中和表位。为了解P6序列在CV-A10型内的保守性,将P6的氨基酸序列与CV-A10各基因型代表株进行比对分析,结果显示,P6在CV-A10型内高度保守,表明P6为CV-A10的广谱性中和表位,可应用于CV-A10表位疫苗的研发。本研究旨在筛选鉴定CV-A10 VP1蛋白上的线性中和表位,为CV-A10表位疫苗的研发和HFMD的防控奠定基础。

北京地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其中1株进行致病性试验。结果显示,2018-2022年4月阳性率分别为36.98%、34.30%、41.33%、40.46%和34.39%,总阳性率为37.93%。5株FCV分离株VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~85.4%和83.6%~91.0%;5株FCV分离株与国内疫苗株255株核苷酸和氨基酸同源性分别为74.8%~84.5%和83.7%~91.6%;与国内疫苗株255株、国外疫苗株F9株在不同的小分支上。致病性试验结果显示,猫感染BJH13株FCV后出现精神沉郁、食欲减退、体温升高、体重下降、眼鼻分泌物增多和舌泛红、溃疡等典型感染FCV临床症状;FCV感染猫的舌和肺脏组织病理切片结果显示,FCV侵染猫舌和肺脏并呈典型感染FCV病理特征。以上结果表明,FCV阳性率高;分离株BJH13株致病力强;FCV VP1基因序列变异大,与目前临床使用的疫苗株255、F9株VP1基因存在明显差异,存在疫苗免疫失败的风险。这对现阶段FCV防控带来了巨大挑战,同时为今后的疫苗研发提供了候选毒株和科学依据。

肠道病毒C组96型VP1蛋白线性B细胞表位筛选与鉴定

目的鉴定肠道病毒C组96型(enterovirus C96,EV-C96)VP1蛋白的线性B细胞表位。方法采用IEDB网站提供的在线分析工具分析、预测EV-C96 VP1蛋白的线性B细胞表位,结合其二级结构、β-转角、抗原性、亲水性等多项参数,筛选出优势候选表位;应用间接ELISA法检测候选表位与EV-C96免疫血清的反应性以及与21种其他常见手足口病病原血清的交叉反应性;应用微量中和试验测定表位抗体的中和效价;采用序列比对分析表位的序列保守性;应用结构对齐分析表位的结构特异性。结果通过生物信息学筛选出EVC96 VP1蛋白7个候选表位(P1~P7);ELISA法检测发现P7(氨基酸序列位置为282~304)与EV-C96多克隆抗体有强反应性,与其他常见EV多克隆抗体不发生明显反应;微量中和试验显示,P7抗体的中和效价低于1∶2;序列及结构分析结果显示,P7的氨基酸序列在EV-C96型内具有较高保守性,与其他EV相应位点氨基酸序列的结构有明显差异。结论P7表位为EV-C96特异的非中和性B细胞表位,可作为开发EV-C96检测试剂盒的候选抗原表位。

表达O型口蹄疫病毒VP1蛋白的重组塞内卡病毒的构建与鉴定

A型塞内卡病毒(SVA)是近年来新流行的一种传染性病原,与口蹄疫病毒(FMDV)具有相似的基因组结构,所致临床症状也十分相似。为了研发一种新型的基因工程活载体疫苗,用于预防塞内卡病毒感染和口蹄疫,以SVA全长感染性克隆pSVA-GX01为基础,在SVA 2A与2B基因之间插入O型FMDV的VP1基因,经双酶切及测序鉴定,成功获得了重组质粒pSVA-FMDV-VP1-O。将重组质粒转染BHK-21细胞,拯救获得重组病毒rSVA-FMDV-VP1-O,间接免疫荧光试验鉴定显示,该重组病毒可在细胞中表达O型FMDV的VP1蛋白。对该重组病毒进行体外生长增殖特性以及遗传稳定性分析表明,重组毒株和亲本毒株在BHK-21细胞上具有相似的增殖特性,插入的FMDV VP1基因可在细胞传代过程中稳定存在6代。研究结果为开发以塞内卡病毒为载体构建表达口蹄疫病毒VP1蛋白的重组基因工程活载体疫苗提供了参考。

口蹄疫病毒结构蛋白VP1生物信息学分析

VP1是组成口蹄疫病毒衣壳的重要蛋白,具有该病毒的主要抗原位点,其基因序列分析已被广泛用于分子流行病学调查研究。从GenBank数据库检索并下载我国上传的FMDV VP1基因序列36个,以贵州A型FMDV VP1为参考,对蛋白理化性质、二级结构、同源性等进行分析。结果显示VP1基因编码区长度为636bp,共编码212个氨基酸,含有α-螺旋、β-转角等丰富的二级结构。同源性分析表明我国FMDV VP1基因核苷酸相似性为50.3%~99.2%。

表达GⅡ.4型诺如病毒VP1复制缺陷型腺病毒构建与鉴定

人诺如病毒(norovirus,NoV)在体外难以培养,不宜采用经典疫苗的方式进行疫苗研发,以腺病毒为载体的重组腺病毒疫苗为诺如病毒疫苗的研发提供另一种路线选择。构建表达人GⅡ.4型诺如病毒VP1蛋白的重组腺病毒为该技术路线的疫苗研发奠定基础。首先使用PCR扩增诺如病毒VP1片段,通过酶切、连接、转化,克隆含VP1基因的pshuttle-CMV-VP1穿梭质粒,再与腺病毒骨架质粒进行同源重组,重组质粒鉴定正确后使用PacⅠ酶切线性化,转染至HEK293细胞进行病毒包装,包装成复制缺陷型的完整腺病毒颗粒命名为rAd-VP1,病毒传代后进行滴度测定,并感染HEK293细胞,通过Western Blot方法鉴定重组腺病毒外源蛋白VP1的表达情况。结果表明,包装传代后的重组腺病毒浓缩后滴度达到CCID_(50)=5×10^(9)/mL,并且能在HEK293细胞成功表达VP1蛋白。研究为rAd-VP1的动物免疫评价和诺如病毒的疫苗研发提供基础。

猪塞内卡谷病毒VP1蛋白原核表达及多克隆抗体制备

【目的】原核表达猪塞内卡谷病毒(Seneca valley virus,SVV)VP1蛋白,制备SVV-CH-HB2016 VP1蛋白多克隆抗体并分析其抗原性,为进一步研发SVV病毒诊断试剂盒和亚单位疫苗提供参考依据。【方法】对SVV-CHHB2016 VP1基因序列进行密码子优化,构建质粒pUCK/VP1-opt,双酶切后连接至pET-28a(+)载体,构建原核表达质粒pET-28a-VP1。将重组质粒pET-28a-VP1转化大肠杆菌BL21(DE3)分子伴侣感受态细胞,经IPTG诱导表达获得重组VP1蛋白。采用Western blotting方法分析VP1蛋白的反应原性,并以包涵体变性和复性方式纯化。随后将VP1蛋白免疫新西兰白兔,分离血清获得重组VP1蛋白的多克隆抗体。以间接酶联免疫吸附试验(ELISA)法测定抗体的效价水平,以Protein A+G Agarose抗体纯化试剂盒纯化多克隆抗体。通过Western blotting和间接免疫荧光抗体试验(IFA)法验证多克隆抗体与SVV-CH-HB2016毒株反应的特异性。【结果】成功构建原核表达质粒pET-28a-VP1,在IPTG终浓度为0.1 mmol/L、37℃诱导4 h条件下,重组VP1蛋白成功表达并主要以包涵体形式存在;Western blotting分析结果显示,重组VP1蛋白可与His-Tag Mouse mAb发生特异性结合,具有良好的反应原性;经变性和复性纯化的重组包涵体蛋白纯度和浓度均较高;采用间接ELISA法检测多克隆抗体的效价为1∶32000;纯化后的抗体无明显杂带,纯度大于90.0%;Western blotting和IFA鉴定结果表明,多克隆抗体可特异性识别SVV-CH-HB2016毒株,重组VP1蛋白具有较好的免疫原性。【结论】通过原核表达SVV VP1蛋白获得的重组VP1蛋白具有较好的抗原性,制备的多克隆抗体特异性良好,可作为诊断试剂盒及亚单位疫苗研制的候选抗原。

2021年中国部分地区鸡传染性贫血病毒VP1基因遗传变异分析

为全面了解鸡传染性贫血病毒(CIAV)在我国的流行情况和VP1基因遗传变异情况,研究对2021年全国25个省市421份疑似CIAV或其他病原感染的临床样本进行鉴定。结果显示,共有64份临床样本的VP1基因PCR鉴定为阳性,序列对分析发现有59株VP1基因位于基因A型分支,5株VP1基因位于基因C型分支,氨基酸位点分析发现第394位氨基酸为谷氨酰胺(Q),与3-1株、CAV-10株等高致病性CIAV一致,且第75、89、125、139、141、144位氨基酸位点也出现了不同程度的变异。研究表明目前我国鸡群流行的CIAV以A型为主,且VP1基因存在变异,结果为了解CIAV在我国的变异情况及传染性贫血防控提供了数据参考。

埃可病毒14型分离株VP1区序列基因特征分析

目的分析全球近30年埃可病毒14型(echovirus14,Echo14)分离株VP1区遗传进化规律,探索其分子流行病学特征。方法应用生物信息学软件,分析GenBank核苷酸数据库收录的全球Echo14分离株全长VP1区基因序列,构建系统进化树,比较分析分离株核苷酸和氨基酸同源性。采用Datamonkey在线软件筛选正向选择位点,采用Bioedit软件测算氨基酸置换熵值。结果共纳入Echo14分离株140株,毒株分离于1990—2019年,主要来自中国(占69.3%),主要分离自急性迟缓性麻痹监测样品(占72.1%)。分离株血清型由多到少依次为基因型D(占44.3%)、B(占30.0%)、C(占23.6%)和A(占2.1%),其中C和D型均流行于中国;分离株核苷酸和氨基酸同源性为80.0%和96.2%;发现1个正向选择位点和11个氨基酸易突变位点;核苷酸碱基总突变数6833 bp,总突变率为5.5%。结论Echo14流行水平较低,其分离株进化较为活跃,亲缘性关系较远,存在共循环流行特征。

简析“VP1+不+VP2”“VP2+不+VP1”“不+VP1+VP2”“不+VP2+VP1”四种格式的语义差异

现代汉语语境中,存在着"VP1+不+VP2"和"VP2+不+VP1"的表意形式,如"开车不喝酒""喝酒不开车"一类。该格式中,由于"VP1、VP2、不"这三构成要素前后顺序的不同,会形成选择、预设条件等不同的表意模式。这应该和"不"的否定辖域及VP1、VP2的内部动宾关系有关。通过对比分析"VP1+不+VP2、VP2+不+VP1、不+VP1+VP2、不+VP2+VP1"四种格式,探讨其语义差异。

VP1甲基化修饰对传染性法氏囊病病毒的复制至关重要

传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)属于禽双RNA病毒科双RNA病毒属,IBDV主要感染雏鸡,3日龄至8周龄鸡均可感染,以5周龄鸡最为易感。1997年我国首次在广州发现并分离到病毒,IBDV现已全球流行。有关其病毒学特征、致病性等方面的研究尚不全面,依然存在很多未知。VP1是该病毒的唯一RNA依赖的RNA聚合酶,负责病毒基因组复制与转录,也是抗病毒药物研发最佳设计靶点。病毒蛋白翻译后修饰在调节病毒复制中发挥重要作用,修饰位点是非常重要的抗病毒药物研发靶点,有关IBDV VP1翻译后修饰研究较少,2009年报道VP1可以发生盐酸胍修饰。

外周血中抗EV71 VP1特异性抗体分泌细胞检测方法的建立

目的应用酶联免疫斑点(ELISPOT)技术,建立一种检测外周血中抗EV71VP1特异性抗体分泌细胞的方法,并评价该方法在检测EV71感染诊断中的应用价值。方法无菌分离外周血中单个核细胞,建立一系列特异性ELISPOT检测外周血VP1抗原特异性抗体分泌细胞的参数:包括抗原最佳包被浓度、反应体系中细胞浓度以及HRP标记抗体工作浓度的确定,与ELISA比较,检测方法的敏感性和特异性。结果当抗原包被浓度为20μg/mL时,不同细胞浓度反应曲线最稳定;细胞浓度为5×10^(6)/mL时,不同包被浓度形成的斑点数适量,易于计数;HRP标记抗体释稀度为1:10000时,背景最浅容易识别。ELISPOT敏感性为90.0%,特异性96.7%。与ELISA检测抗EV71抗体方法比较,ELISPOT优于ELISA。结论该方法有较高的特异性和灵敏度,有望成为诊断EV71感染的一种理想方法。

口蹄疫病毒VP1蛋白在酵母中的表达及免疫原性分析

目的 :利用毕赤酵母表达系统表达牛O型口蹄疫外壳蛋白(FMDVVP1) ,并对表达的蛋白进行免疫原性鉴定。方法 :将FMDVvp1基因克隆到毕赤酵母Pichiapastoris分泌性表达载体pSuperY中 ,构建重组表达载体pSuperY/vp1,经测序证明vp1基因序列的正确性。将纯化的重组质粒经线性化酶切后 ,用电转化法将pSuperY/vp1导入毕赤酵母菌种SMD116 8H中。对表达产物用SDS PAGE和Westernblot进行分析 ,并用酵母表达的FMDVVP1蛋白免疫小鼠。结果 :以重组质粒pSuperY/vp1转化毕赤酵母菌后 ,能表达相对分子量 (Mr)为 6 6 0 0 0和4 30 0 0的FMDVVP1蛋白。动物免疫结果表明 ,FMDVVP1蛋白能诱导小鼠产生特异性的体液和细胞免疫应答。结论 :在毕赤酵母中成功地表达FMDVVP1蛋白 。

CIAV VP1 C端基因片段克隆及其在大肠杆菌中的表达

将从组织病料中提取到的鸡传染性贫血病毒核酸经PCR扩增得到vp1基因,用DNAStar分析软件分析预测VP1的抗原表位,它们主要位于VP1氨基酸序列的第1～95、134～303、327～435位,分别命名为Ⅰ区、Ⅱ区、Ⅲ区。欲表达C端基因片段,含部分Ⅱ区和完整的Ⅲ区。把vp1基因克隆到表达载体pGEX＿6p＿1上,用BamHI消化重组表达质粒pGEX＿vp1,回收含C端基因的大片段,自连转化大肠杆菌感受态细胞,得到重组质粒pGEX＿vp1(C)。重组菌经IPTG诱导,SDS＿PAGE分析,结果VP1C端基因片段在大肠杆菌中成功表达,表达的融合蛋白以包涵体形式存在,分子量约为49kDa。蛋白纯化后作ELISA检测,可与阳性血清反应。本研究为研制应用重组抗原制备ELISA诊断试剂盒奠定了基础。

两种二倍体野生花生ABI3/VP1的全基因组鉴定与分析

ABI3/VP1在植物生长发育过程中起重要调节作用。该研究以模式生物拟南芥为参考,在2个二倍体野生花生的全基因组序列中鉴定了ABI3/VP1基因家族成员,并用一系列生物信息学方法对其进行了系统发育、理化性质、二级结构预测、染色体定位及启动子顺式作用元件分析。研究成功从花生基因组中鉴定出17个ABI3/VP1基因,这些基因不均匀地分布在11条染色体上。与拟南芥相比,花生的ABI3/VP1基因数量较多,可能由于两者祖先物种分歧时的基因丢失或加倍。系统发育分析表明,花生古老支中的许多基因与拟南芥有较近的亲缘关系。观察两个不同的花生种在三个亚家族中的分布,发现Adu和Aip两种在古老支中的基因数量相同,但在中间支和现代支中,Aip的基因数量明显小于Adu。这可能是由于地理差异或种间相关基因的差异。值得注意的是,Aip的相关基因从中间支到现代支经历了数量变化,推测这与基因的丢失或古老基因的加倍与进化有关。花生ABI3/VP1基因被推测参与多个信号通路,调控花生的生长发育过程和对环境刺激的响应。研究结果为后续开展花生ABI3/VP1基因调控脱落酸信号转导相关的研究提供了科学依据,对花生生长发育与果实成熟具有重要意义。