基于泛癌分析法的WASH基因亚型在肿瘤中的意义

目的:利用泛癌分析法初步探讨WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的意义。方法:从TCGA数据库下载33种癌症的转录组数据,利用Perl软件提取WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的表达水平。采用R软件的limma包鉴定部分肿瘤类型(癌旁样本≥5)中的差异基因,结合TCGA的临床信息,利用Kaplan-Meier和Cox分析WASH亚型的临床预后意义。通过ESTIMATE包探讨WASH与肿瘤免疫浸润微环境的相关性,结合TCGA数据,分析WASH亚型与干细胞指数、免疫亚型间的相关性。最后,分析WASH亚型与单个肿瘤的免疫亚型、干细胞指数、临床分期及肿瘤免疫浸润微环境间的关系。结果:WASH3P和WASH8P在33种癌症类型中总体表达水平相对其他亚型呈高表达。WASH基因亚型在大部分肿瘤中(癌旁样本≥5)显著差异表达,共同协作影响肿瘤进展。生存分析显示其与多种癌症的预后相关(P<0.05)。在大部分肿瘤中,WASH基因亚型与肿瘤干细胞指数呈正相关。WASH基因亚型在C6免疫亚型中低表达,在C1~C4中等水平表达,在C5中高表达。WASH基因亚型表达水平越高,免疫成分、基质成分越少。单肿瘤分析结果显示,在部分单个肿瘤中,WASH基因亚型与TNM分期、免疫亚型、肿瘤微环境、干细胞指数存在相关性。结论:WASH在肿瘤发生发展中扮演重要角色,有望成为多种类型癌症的临床评估标志物。