稻瘟菌WD重复功能域中SSR的变异及其对蛋白结构的影响

含WD重复功能域的蛋白能够参与信号传导、转录调控、RNA剪切、细胞的凋亡等多种功能,在病原菌与寄主植物蛋白互作的过程中扮演着重要的角色。本研究分析了稻瘟病菌基因组中94个WD功能域基因编码区和调控区中SSR的组成、分布,并检测了7个蛋白编码区中SSR的变异及其对蛋白二级结构的影响。结果表明,WD功能域基因的编码区和调控区中都含有大量的SSR,但是SSR在这些基因的外显子区、内含子区、5'-UTR和3'-UTR区中SSR的组成和分布均不相同;编码区中三碱基和六碱基SSR分布较多,这些SSR基序大都表现为GC含量较高和其所编码的亲水性氨基酸出现的频率远远高于疏水性氨基酸的特点。且检测的7个WD功能域基因的编码区中的SSR位点均具有丰富的多态性,通过Antheprot(DPM)软件预测发现:SSR的变异对蛋白的二级结构有一定影响。这暗示着SSR的变异对致病相关基因的变异起着十分重要的作用。