WD40重复蛋白43在肺腺癌中的表达及其对细胞紫杉醇耐药的影响

目的·分析WD40重复蛋白43 (WD 40 repeat protein 43, WDR43) mRNA在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)细胞中的表达及其与LUAD患者预后的相关性,并探讨WDR43对LUAD细胞发生紫杉醇耐药的影响。方法·通过癌症治疗反应门户网站(Cancer Therapeutics Response Portal,CTRP),下载LUAD细胞的紫杉醇敏感性与其基因表达的相关性系数,筛选紫杉醇耐药相关基因,行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)通路分析,并以相关基因WDR43作为研究对象行后续分析及验证。检索人类蛋白图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库,分析WDR43蛋白在LUAD组织中的表达和定位。检索癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,分析WDR43 mRNA在LUAD组织和正常肺组织中的表达差异、LUAD患者的WDR43突变情况以及WDR43 mRNA与不同临床病理因素的相关性。检索CaArray数据库,分析WDR43 mRNA与LUAD患者预后之间的相关性。检索肿瘤浸润性免疫细胞分析(Tumor Immune Estimation Resource,TIMER)数据库,分析WDR43表达与LUAD组织中免疫细胞浸润水平的相关性。通过癌症细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia,CCLE)数据库比较不同LUAD细胞中WDR43基因表达,构建差异表达WDR43的LUAD细胞,并采用MTT实验和平板克隆形成实验验证WDR43表达对紫杉醇耐药性的影响。结果·通过CTRP筛选出了LUAD细胞紫杉醇敏感性相关基因WDR43。GO功能分析和KEGG通路分析的结果显示,WDR43等基因与rRNA合成、细胞形态调控等相关,且主要富集在单纯疱疹病毒1感染信号通路和胞浆DNA感受器信号通路。HPA数据库的分析结果显示,WDR43蛋白主要表达于LUAD细胞的细胞核、细胞质及细胞膜中。TCGA数据库的分析结果显示,WDR43 mRNA在LUAD组织中的表达明显高于正常肺组织(P=0.000),在LUAD吸烟患者的癌组织中的表达明显高于非吸烟者(P=0.000),在TP53突变型患者中的表达亦高于TP53野生型患者(P=0.000)。CaArray数据库的分析结果显示,WDR43 mRNA高表达的LUAD患者的预后较差(均P=0.000)。TIMER数据库的分析结果显示,WDR43表达可促进LUAD组织中的中性粒细胞、CD8^(+)T细胞、骨髓来源的抑制性细胞、巨噬细胞的浸润,抑制CD4^(+)T细胞的浸润。体外实验证实,过表达WDR43可增强LUAD细胞对紫杉醇的耐药能力。结论·WDR43在LUAD组织中的表达显著增加且与患者预后呈负相关,WDR43的过表达可增强LUAD细胞的紫杉醇耐药能力。

紫色番茄SlWD40-like基因克隆与表达分析

WD-重复蛋白(WD-repeat protein)是一类含有WD40基序的蛋白,在植物响应非生物逆境胁迫的过程中具有重要调控作用。为揭示紫色番茄中WD40重复蛋白的功能,从富含花青素紫色番茄品种‘砚紫1号’中克隆 SlWD40-like基因,并对该基因在不同组织部位和不同胁迫条件下的表达模式进行分析。结果表明, SlWD40-like基因编码1个含有460个氨基酸的蛋白质。蛋白序列分析显示,SlWD40-like蛋白含有6个WD40基序,是典型的WD40重复蛋白。预测分析发现,该蛋白为亲水性蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主;该蛋白序列在物种间具有高度的保守性,系统发生进化树分析表明紫番茄SlWD40-like氨基酸序列与潘那利番茄蛋白亲缘关系最近,其次是胡萝卜。应用qRT-PCR分析 SlWD40-like基因组织特异表达发现,该基因在叶和紫色果实中表达量最高。qRT-PCR分析表明, SlWD40-like基因受到盐胁迫、干旱胁迫脱落酸(ABA)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导表达,推测该基因可能参与紫色番茄逆境胁迫应答。该研究为后续进一步分析紫色番茄 SlWD40-like基因功能奠定了基础。

大豆GmTTG1-like基因的克隆与分析及植物表达载体构建

在大豆(Glycine max L.Merr.)中克隆了一个1008bp的表皮毛相关基因GmTTG1-like(Glycine max Transparent Testa Glabra 1-like);生物信息学分析表明,GmTTG1-like蛋白在结构上具有4个WD40重复(WD40-repeat)结构域,与烟草中NtTTG2(Nicotiana tabacum Testa Glabra 2)具有较高同源性。推测GmTTG1-like与大豆表皮毛的生物学功能有关,并可能作用于大豆发育和防卫反应过程。采用RTPCR和q-RT-PCR两种方法检测GmTTG1-like在植物根、茎、叶、花和种子中的表达。构建GmTTG1-like植物表达载体并获得可以侵染的农杆菌阳性克隆。

酸性核质DNA结合蛋白1的研究进展

酸性核质DNA结合蛋白1(And-1/WDHD1)是一种天然嵌合蛋白,其包含WD40重复序列(WD-repeat)和高迁移率组蛋白框结构域(HMG-box motif)两大蛋白家族特性。And-1在多种肿瘤细胞中过表达,在整个细胞周期过程中参与了预复制复合体(Pre-RC)的组装、DNA复制、检查点激活、DNA修复以及姐妹染色单体内聚等多种功能调控。And-1可作为细胞周期调控的新型靶点,用于广谱抗癌新药的开发。本文重点针对近年来And-1的结构特征、生化功能及在癌中的潜在作用等研究进行综述,以期望为And-1进一步的研究和新药开发提供参考。

宫颈癌组织中FBW7和c-Myc的表达及相关性分析

目的:检测F盒/WD40重复域蛋白7(FBW7)和c-Myc在宫颈癌组织中的表达情况及临床意义,并分析两者表达的相关性。方法:收集我院2008年1月～2012年12月病理科存档的宫颈癌和正常宫颈组织标本70例,采用免疫组化SP法分别检测46例宫颈癌及24例正常宫颈组织中FBW7及cMyc的表达情况。结果:FBW7和c-Myc在宫颈癌组织中的阳性表达率分别为30.4%(14/46)和69.6%(32/46),在正常宫颈组织中的阳性表达率分别为66.7%(16/24)和25.0%(6/24),两组比较差异有统计学意义(χ2=8.454,P=0.004;χ2=12.622,P=0.000)。FBW7表达与宫颈癌临床分期(P=0.036)和病理学分级(P=0.023)显著相关,c-Myc表达与宫颈癌临床分期(P=0.036)、淋巴结转移(P=0.003)和病理学分级(P=0.003)也显著相关。宫颈癌组织中FBW7与c-Myc蛋白表达呈显著负相关(r=-0.667,χ2=6.694,P=0.010)。结论:宫颈癌组织中FBW7低表达,且与c-Myc表达呈负相关,提示FBW7可能通过调控c-Myc泛素化降解参与肿瘤发生、发展。

WDR1在肝癌组织中的表达及其与长期预后的关系

目的:探究WD40重复包含蛋白1(WDR1)在原发性肝癌组织中的表达以及临床价值。方法:免疫组织化学法检测106例肝细胞癌(HCC)患者的肝癌组织标本中WDR1的表达情况,统计分析WDR1与病理资料的关系及其与HCC患者长期预后的关系。结果:较之于癌旁组织,WDR1在肝癌组织中为阳性高表达。HCC中WDR1的高低表达情况与甲胎蛋白(AFP)、肝硬化、微血管侵犯、Child-Pugh分级、TNM分期等临床病理特征存在显著的相关性(P<0.05),而和肿瘤大小、性别等其余临床病理特征的相关性不明显(P>0.05)。COX回归分析表明WDR1是HCC患者总体生存预后的独立影响因素(HR=1.764,95%CI:1.270-2.841,P<0.05),也是HCC患者无瘤生存预后的独立影响因素(HR=1.803,95%CI:1.328-2.755,P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示WDR1高表达组的总体生存率和无瘤生存率均显著低于WDR1低表达组。结论:WDR1是HCC患者的独立预后危险因素,且WDR1高表达者预后差。

菠萝AcSAP转录因子对非生物胁迫和生物胁迫的应答响应

STERILE APETALA (SAP)是调节花序、花和胚珠发育,调控分生组织细胞的增殖和器官大小的多功能基因。本研究利用生物信息学的方法对菠萝SAP转录因子进行序列分析,并通过qRT-PCR技术研究了非生物胁迫和生物胁迫对菠萝SAP基因表达的影响。结果表明,菠萝SAP蛋白为稳定疏水酸性蛋白且含有3个WD40重复区域,蛋白质二级结构显示,菠萝SAP蛋白主要结构元件为延伸链和无规则卷曲;qRT-PCR分析显示,逆境胁迫下,AcSAP的表达量与对照差异显著。在H2O2、NaCl、SA、ABA、Eth、低温(4℃)和病菌侵染胁迫下,AcSAP的表达量显著升高。研究表明,逆境胁迫能使AcSAP基因的表达受到影响,进而直接或间接影响植物生长发育,为今后菠萝的抗逆研究和分子育种提供了理论依据。

靶向MYC小分子抑制剂的研究进展

MYC基因由3个旁系同源基因C-MYC、N-MYC和L-MYC组成,是人类癌症中最常见的失调驱动基因之一,在超过一半的癌症类型中被异常激活。由于MYC在癌症的形成、维持和发展中起着重要的作用,因此,靶向MYC蛋白是治疗癌症的一种有效的策略。但由于缺乏适合小分子配体进行结合的口袋,MYC蛋白被认为是“不可成药”的抗癌靶点。然而,近年来,相关蛋白质结构信息愈加丰富以及越来越多新型计算工具出现,衍生了许多间接靶向抑制MYC的策略,并在肿瘤模型中展现了不错的抗肿瘤效果。本文根据其作用机制,将目前的间接靶向MYC的小分子分为作用于MYC PPI(protein-protein interaction,蛋白-蛋白相互作用)的抑制剂和调控MYC作用的靶点抑制剂,并针对不同机制的化合物分别进行了介绍和评述,以期为MYC抑制剂的进一步研究提供参考。