WNT9B基因多态性与宁夏地区非综合征型唇腭裂的相关性及生物信息学分析

目的探讨WNT9B单核苷酸多态性(SNP)与宁夏地区非综合征型唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法收集宁夏医科大学总医院口腔颌面外科504例NSCL/P患儿的外周静脉血样本及本地区同期出生的正常新生儿血样455例。对WNT9B基因上常见的18个SNP进行基因分型及连锁不平衡和单倍型分析,筛选具有统计学差异的SNP位点;通过3DSNP、RegulomeDB数据库对所筛选SNP位点的三维互作基因、三维互作SNPs、染色质状态进行分析总结。结果WNT9B基因2个SNP位点的等位基因频率在病例组和对照组中的差异具有统计学意义(rs62071984,P=0.0318,OR=1.477;rs1530364,P=0.0284,OR=1.250);连锁分析结果表明,18个SNP共形成3个Block,Block 2中的WNT9B AAGCGCAATCG单倍型在病例组和对照组间的差异具有统计学意义(P=0.0478,OR=0.696);三维互作分析结果发现,与差异性目标SNP位点相关的三维互作基因包括GOSR2和WNT9B;相关的三维互作SNPs包括rs4968282等11个SNP位点。染色质状态分析结果表明,rs62071984在120种细胞或组织中与抑制性多梳蛋白(polycomb)有关;rs1530364在62种细胞或组织中位于沉默子区域。结论WNT9B基因rs62071984、rs1530364与宁夏地区非综合征型唇腭裂的发生存在相关性,WNT9B AAGCGCAATCG单倍型与非综合征型唇腭裂风险降低相关;同时polycomb与WNT信号通路之间的联系,可为NSCL/P的病因学研究提供新的思路。