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巍山红雪梨PpPAL基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
董娇
周军
+4 位作者
辛培尧
唐军荣
陶磅
原晓龙
孟富宣
《经济林研究》
北大核心
2014年第1期51-57,F0002,共8页
为了进一步研究红皮梨花色素苷的合成调控机制,以巍山红雪梨为试验材料,采用同源克隆方法,克隆得到了苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的cDNA片段,名之为PpPAL,登录号为JQ749640,并利用相关生物软件对该基因及其相应蛋白质进行了生物信...
为了进一步研究红皮梨花色素苷的合成调控机制,以巍山红雪梨为试验材料,采用同源克隆方法,克隆得到了苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的cDNA片段,名之为PpPAL,登录号为JQ749640,并利用相关生物软件对该基因及其相应蛋白质进行了生物信息学分析。结果表明:PpPAL长1919bp,编码628个氨基酸;其与西洋梨eyrus communis的PAL基因(DQ230992)、鸭梨Pyrus bretschneideri的PAL基因(GU906268、JQ247318)、甜樱桃Prunus avium的PAL基因(AF036948)和覆盆子Rubus idaeus的PAL基因(AF237955)在核苷酸水平上的同源性分别为98%、95%、95%、88%和83%。氨基酸序列比对中发现,PAL序列包含L180、V181、L230、A231等脱氨基氨基酸残基,其催化活性位点分别为N234、G235、N356、D357、N358、H370、HNQDV(460~464)。PpPAL基因不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,定位于细胞质中,肽链表现为亲水性;α-螺旋和无规则卷曲是其蛋白质二级结构中量最大的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中。在对其编码的蛋白的预测中发现,该蛋白含有苯丙氨酸解氨酶.组氨酸解氨酶(PAL-HAL)和苯丙氨酸解氨酶(phe-am-lyase)。
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关键词
巍山红雪梨
克隆
PpPAL基因
生物信息学分析
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职称材料
题名
巍山红雪梨PpPAL基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
董娇
周军
辛培尧
唐军荣
陶磅
原晓龙
孟富宣
机构
西南林业大学西南山地森林保育与利用省部共建教育部重点实验室
中华全国供销合作总社昆明食用菌研究所
云南省农业科学研究院园艺作物研究所
出处
《经济林研究》
北大核心
2014年第1期51-57,F0002,共8页
基金
国家林业局948项目"仁果类果树综合栽培管理技术引进"(2010-4-7)
西南林业大学云南省重点学科森林培育学科资助项目(XKZ200906)
云南省省院省校教育合作咨询共建重点学科林学和西南林业大学重点建设学科林木遗传育种共同资助项目(XKX-200904)
文摘
为了进一步研究红皮梨花色素苷的合成调控机制,以巍山红雪梨为试验材料,采用同源克隆方法,克隆得到了苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的cDNA片段,名之为PpPAL,登录号为JQ749640,并利用相关生物软件对该基因及其相应蛋白质进行了生物信息学分析。结果表明:PpPAL长1919bp,编码628个氨基酸;其与西洋梨eyrus communis的PAL基因(DQ230992)、鸭梨Pyrus bretschneideri的PAL基因(GU906268、JQ247318)、甜樱桃Prunus avium的PAL基因(AF036948)和覆盆子Rubus idaeus的PAL基因(AF237955)在核苷酸水平上的同源性分别为98%、95%、95%、88%和83%。氨基酸序列比对中发现,PAL序列包含L180、V181、L230、A231等脱氨基氨基酸残基,其催化活性位点分别为N234、G235、N356、D357、N358、H370、HNQDV(460~464)。PpPAL基因不存在导肽和信号肽,无跨膜结构域,定位于细胞质中,肽链表现为亲水性;α-螺旋和无规则卷曲是其蛋白质二级结构中量最大的结构元件,β-转角和延伸链散布于整个蛋白质中。在对其编码的蛋白的预测中发现,该蛋白含有苯丙氨酸解氨酶.组氨酸解氨酶(PAL-HAL)和苯丙氨酸解氨酶(phe-am-lyase)。
关键词
巍山红雪梨
克隆
PpPAL基因
生物信息学分析
Keywords
weishan red skin pear (pyrus pyrifolia naki)
clone
PpPAL gene
bioinformatics analysis
分类号
S603.2 [农业科学—园艺学]
Q785 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
巍山红雪梨PpPAL基因的克隆及生物信息学分析
董娇
周军
辛培尧
唐军荣
陶磅
原晓龙
孟富宣
《经济林研究》
北大核心
2014
1
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职称材料
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