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茄子Whirly基因家族鉴定和表达分析
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作者 梁书卿 周晓慧 +4 位作者 杨艳 张静娴 刘松瑜 刘军 庄勇 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期120-128,共9页
Whirly是一类能与单链DNA分子结合的植物特异转录因子,在细胞核以及细胞器内都起着广泛且复杂的作用。为探究茄子Whirly基因的功能和进化关系,本研究开展了基因家族成员生物信息学鉴定,包括系统进化关系、基因结构、保守基序及启动子中... Whirly是一类能与单链DNA分子结合的植物特异转录因子,在细胞核以及细胞器内都起着广泛且复杂的作用。为探究茄子Whirly基因的功能和进化关系,本研究开展了基因家族成员生物信息学鉴定,包括系统进化关系、基因结构、保守基序及启动子中的顺式作用元件,分析了其在不同组织、外源激素处理和逆境胁迫下表达模式。结果表明,茄子Whirly基因家族包含两个家族成员,分别命名为SmWHY1和SmWHY2,它们与番茄中Whirly基因亲缘关系最近。SmWHY1和SmWHY2在不同组织中均能表达,在叶片中SmWHY1的表达水平高于SmWHY2,在其他组织中SmWHY2的表达水平高于SmWHY1。两个基因的表达均受到脱落酸、茉莉酸甲酯、水杨酸、低温胁迫和病原菌诱导,但不同处理或基因型响应程度存在差异,在抗绵疫病种质G114中能够保持较高的表达水平。以上结果表明SmWHY1和SmWHY2可能在调控茄子生长发育和逆境响应中具有重要作用。 展开更多
关键词 茄子 whirly转录因子 生物信息学 表达分析
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Whirly转录因子对非寄主菌诱导水稻HR反应的负调控作用 被引量:9
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作者 姚沁涛 张文蔚 +3 位作者 刘莉 韩榕 简桂良 齐放军 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2008年第5期53-58,共6页
用RNA干扰技术研究了Whirly转录因子对水稻非寄主抗性反应HR的调控作用。PCR扩增编码Whirly转录因子的Oswhirly基因片段,分别以正向、反向顺序连接到载体pTCK303的两个多克隆位点中,构建Oswhirly基因沉默的RNA干扰载体pTCK303-Oswhy,经... 用RNA干扰技术研究了Whirly转录因子对水稻非寄主抗性反应HR的调控作用。PCR扩增编码Whirly转录因子的Oswhirly基因片段,分别以正向、反向顺序连接到载体pTCK303的两个多克隆位点中,构建Oswhirly基因沉默的RNA干扰载体pTCK303-Oswhy,经农杆菌EHA105菌株转化水稻细胞,结果发现转基因水稻细胞受非寄主菌诱导后,HR反应明显,细胞死亡率显著高于野生型及空载体转化水稻细胞。Oswhirly基因沉默导致HR反应增强,初步揭示Whirly转录因子可能是调控水稻HR反应的负调控因子。 展开更多
关键词 水稻 whirly转录因子 RNA干扰 过敏反应(HR) 负调控因子
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拟南芥WHIRLY2基因超表达引起拟南芥角果发育异常的分子细胞学分析 被引量:7
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作者 黄晨星 任育军 +1 位作者 李燕云 缪颖 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第3期277-281,共5页
通过构建拟南芥WHIRLY2基因超表达植株和鉴定这个基因的突变体,对WHIRLY2基因调控拟南芥角果的发育过程进行了分析.表型观察结果显示过量表达WHIRLY2基因的植株角果发育异常,出现变黄、干瘪和早衰现象,角果果皮细胞中叶绿体的数量明显... 通过构建拟南芥WHIRLY2基因超表达植株和鉴定这个基因的突变体,对WHIRLY2基因调控拟南芥角果的发育过程进行了分析.表型观察结果显示过量表达WHIRLY2基因的植株角果发育异常,出现变黄、干瘪和早衰现象,角果果皮细胞中叶绿体的数量明显比野生型少,叶绿体中淀粉粒的数目比野生型明显增多.进一步对角果发育、能量代谢、线粒体基因组稳定、叶绿体淀粉粒代谢相关基因的表达丰度进行qRT-PCR分析,发现WHIRLY2超表达植株角果中与线粒体能量代谢相关的nad1、cytc382、rad50和同时作用于线粒体和叶绿体的atp9基因的表达发生变化.通过线粒体基因组的结构分析和蛋白质凝胶迁移试验,发现WHIRLY2蛋白可以结合在线粒体基因组的nad1和cytc382基因启动子的4个端粒重复序列AAAATCCCC上,推测WHIRLY2可能通过调控nad1和cytc382基因的转录从而参与角果发育的调控. 展开更多
关键词 拟南芥 角果发育 拟南芥whirly2 nad1 cytc382
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辣椒Whirly基因家族的鉴定及表达分析 被引量:7
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作者 吕艳艳 魏小春 +10 位作者 赵艳艳 原玉香 王志勇 杨双娟 郑小兰 姜俊 李艳 张梦园 姚秋菊 张强 张晓伟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期72-78,共7页
为了探索辣椒Whirly基因家族成员的功能和进化关系,通过生物信息学分析了其基因结构、保守基序、进化关系及表达模式,通过荧光定量PCR测定其在脱落酸、高温、低温、疫病等胁迫下的表达量。结果表明,从辣椒CM334中鉴定了2个Whirly基因家... 为了探索辣椒Whirly基因家族成员的功能和进化关系,通过生物信息学分析了其基因结构、保守基序、进化关系及表达模式,通过荧光定量PCR测定其在脱落酸、高温、低温、疫病等胁迫下的表达量。结果表明,从辣椒CM334中鉴定了2个Whirly基因家族成员,CaWHY1和CaWHY2。辣椒CaWHY1和CaWHY2同其他物种Whirly基因理化性质相比,差别不大,结构相似性高,CaWHY2基因和番茄的SlWHY2基因结构完全一样,在系统进化树中聚在一起。CaWHY1与SlWHY1聚在一起,但它们的基因结构不同,说明Whirly蛋白在进化过程中,结构保守。表达模式分析发现,CaWHY1和CaWHY2在辣椒CM334中均能表达,但在不同组织和果实发育时期的表达水平存在差异。CaWHY1和CaWHY2在不同胁迫处理下受到不同程度的诱导,其中CaWHY1明显受疫病的诱导,CaWHY2在低温处理和脱落酸胁迫下的表达量变化趋势相反。由此可知,Whirly基因家族在辣椒的生长发育中起调控作用,在各种逆境胁迫中也发挥一定作用。 展开更多
关键词 辣椒 whirly基因家族 全基因组鉴定 胁迫 表达分析
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杧果Whirly基因鉴定及其在病菌侵染过程中的表达分析 被引量:8
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作者 孙宇 刘志鑫 +3 位作者 叶子 罗睿雄 蒲金基 张贺 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期37-45,共9页
Whirly家族是一类植物特异的转录因子,无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能。该研究以杧果全基因组数据为基础,采用生物信息学的方法对杧果Whirly家族基因进行序列分析,并通过qRT-PCR技术分析杧果胶孢炭疽菌(Collet... Whirly家族是一类植物特异的转录因子,无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能。该研究以杧果全基因组数据为基础,采用生物信息学的方法对杧果Whirly家族基因进行序列分析,并通过qRT-PCR技术分析杧果胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides,Cg)和细菌性黑斑病菌(Xanthomonas campestris pv.mangiferaeindicae,Xcm)侵染过程中杧果Whirly家族基因的相对表达量。结果表明:(1)从杧果基因组中鉴定了3个Whirly基因家族成员,分别命名为MiWHY1、MiWHY2和MiWHY3。(2)杧果Whirly蛋白均为不稳定亲水碱性蛋白;系统发育树显示,杧果Whirly基因与木薯、毛果杨、番茄Whirly基因亲缘关系最近,杧果与木薯、毛果杨、番茄Whirly家族共有1个高度保守的基序Motif1;杧果Whirly家族均含有Whirly超家族保守域,主要结构元件为无规则卷曲和α-螺旋;保守结构域的四聚体结构与马铃薯Whirly蛋白四聚体结构具有高度相似性。(3)qRT-PCR结果显示,Cg侵染过程中,杧果Whirly基因的相对表达量均显著上调;Xcm侵染12 h时,MiWHY1和MiWHY3相对表达量显著上调,初步确定杧果Whirly基因表达响应胶孢炭疽菌和细菌性黑斑病菌的侵染。研究认为,杧果中有3个Whirly基因家族成员,病菌侵染过程中可激发其表达活性,为后续研究杧果Whirly基因家族成员的功能和机制奠定基础。 展开更多
关键词 杧果 whirly基因家族 全基因组鉴定 表达分析
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三明野生蕉Whirly转录因子的克隆及其在低温胁迫下的定量表达分析 被引量:7
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作者 杨洋 赖恭梯 赖钟雄 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第8期1533-1538,共6页
以三明野生蕉叶片为材料,通过克隆获得Whirly基因的ORF,并研究Whirly基因在不同温度处理下的转录水平。结果表明:采用PT-PCR结合RACE技术,克隆得到三明野生蕉Whirly基因,其在GenBank的登录号为KC127691。Whirly的开放阅读框为738 bp,编... 以三明野生蕉叶片为材料,通过克隆获得Whirly基因的ORF,并研究Whirly基因在不同温度处理下的转录水平。结果表明:采用PT-PCR结合RACE技术,克隆得到三明野生蕉Whirly基因,其在GenBank的登录号为KC127691。Whirly的开放阅读框为738 bp,编码245个氨基酸。生物信息学分析显示,Whirly蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽,二级结构由α螺旋、β折叠和无规则卷曲组成,保守结构域预测显示该基因属于植物Whirly转录因子基因家族。实时荧光定量PCR分析显示,Whirly转录因子在不同低温胁迫下表达水平有较大差异,随着温度的降低,相对表达量呈"M"型变化模式,在20℃和4℃时达到较高的转录水平,结合前人研究结果可知,三明野生蕉Whirly转录因子可能参与了包括抗寒等多个抗逆途径的调控。 展开更多
关键词 三明野生蕉 whirly 基因克隆 生物信息学 荧光定量PCR
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植物单链DNA结合蛋白WHIRLY2研究进展 被引量:4
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作者 蔡倩 任育军 +1 位作者 黄晨星 缪颖 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第3期267-273,共7页
本文综述了近年来植物中WHIRLY2蛋白的研究成果,并结合研究与实践,重点阐述了WHIRLY2在调控植物叶片衰老、花粉管活力以及角果发育等方面的一些进展,以期为植物中WHIRLY2蛋白的功能研究提供依据.
关键词 单链DNA结合蛋白 whirly2蛋白 衰老 花粉管 角果 转录因子 细胞定位
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大豆Whirly基因家族的鉴定和表达分析 被引量:6
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作者 李清 王洪 +1 位作者 郭禄芹 罗秋兰 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期204-211,共8页
Whirly家族是一类植物特异的转录因子,它们能与单链DNA分子结合,无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能。然而,目前还没有关于大豆Whirly基因的研究报道。本研究首次在全基因组水平鉴定和综合描述大豆Whirly基因家族... Whirly家族是一类植物特异的转录因子,它们能与单链DNA分子结合,无论在细胞核还是在细胞器内都有着广泛而复杂的生物学功能。然而,目前还没有关于大豆Whirly基因的研究报道。本研究首次在全基因组水平鉴定和综合描述大豆Whirly基因家族成员,以期为它们的后续功能研究提供理论基础。该研究在大豆基因组中鉴定到了7个Whirly基因,并对其理化性质、亚细胞定位、进化关系、基因结构、蛋白基序组成、三维结构和基因表达模式等进行综合分析。根据它们的进化关系、基因结构和蛋白基序组成,将其分为两大类。蛋白三维结构分析结果表明,GmWHY5蛋白由于N端的缺失,缺少了β1-4和α1,与其它大豆Whirly蛋白结构差异很大。利用已公布的转录组数据进一步研究了大豆Whirly基因的表达谱,结果显示其组织和胁迫表达模式差异很大。例如GmWHY1、GmWHY2、GmWHY6和GmWHY7的表达水平明显高于GmWHY3、GmWHY4和GmWHY5。总之,这些发现将为大豆Whirly基因家族的研究提供重要的资源,并为进一步阐明其分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 大豆 whirly基因家族 基因表达 干旱 盐害
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青花菜Whirly基因的克隆、系统进化及表达特征分析
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作者 荆赞革 裴徐梨 +2 位作者 李成慧 唐征 冯鹏宇 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第12期2719-2723,共5页
【目的】克隆青花菜Whirly基因,并分析其序列特征和表达模式,为进一步深入研究其渍水胁迫响应机制及其生物学功能奠定基础。【方法】以“KU20-7”为材料,利用RT-PCR技术克隆得到青花菜Whirly基因,并对其分子量、等电点和二级结构进行分... 【目的】克隆青花菜Whirly基因,并分析其序列特征和表达模式,为进一步深入研究其渍水胁迫响应机制及其生物学功能奠定基础。【方法】以“KU20-7”为材料,利用RT-PCR技术克隆得到青花菜Whirly基因,并对其分子量、等电点和二级结构进行分析。利用软件MEGA 6.0对部分植物代表种的Whirly蛋白进行序列比对,而后构建系统进化树。【结果】从青花菜中克隆到Whirly基因家族的3个成员,命名为BoWHY1、BoWHY2和BoWHY3,其基因长度分别为795、723和783 bp,推导分别编码264、240和260个氨基酸。系统进化分析表明,低等植物(藻类、苔藓和裸子植物)Whirly成员位于进化树的底端,被子植物Whirly成员则聚为1个大组。被子植物中乌油樟、葡萄、杨树和木瓜相对独立,挑选的十字花科物种则聚在一起。青花菜BoWHY2与BoWHY1/BoWHY3的亲缘关系相对较远。qRT-PCR分析显示,在渍水胁迫下BoWHY1的表达量随胁迫时间的延长逐渐递减。BoWHY2和BoWHY3的表达量呈现出先上升(2 d)后下降(6 d)的趋势,且BoWHY2的响应更加剧烈。【结论】植物Whirly基因家族可能由一个祖先基因进化而来。在长期进化过程中青花菜旁系同源基因BoWHY1和BoWHY3可能发生了亚功能化,渍水胁迫的表达特征也印证了此观点。 展开更多
关键词 青花菜 whirly 系统进化 渍水胁迫 表达特征
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茶树Whirly基因家族的鉴定与表达分析
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作者 张续周 周艳华 +6 位作者 王悦燕 李波 王缓 郑仪倩 王玉 郎旭旭 钱文俊 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2537-2546,共10页
【目的】对茶树Whirly基因家族成员进行鉴定及表达分析,为进一步探究Whirly基因家族在茶树生长发育和逆境响应的作用机理提供参考。【方法】以茶树品种北茶36、龙井43和大面白的叶片为材料,基于Whirly基因家族的保守结构特征,从茶树基... 【目的】对茶树Whirly基因家族成员进行鉴定及表达分析,为进一步探究Whirly基因家族在茶树生长发育和逆境响应的作用机理提供参考。【方法】以茶树品种北茶36、龙井43和大面白的叶片为材料,基于Whirly基因家族的保守结构特征,从茶树基因组鉴定CsWhys基因家族成员,利用生物信息学软件对其进行可视化分析,并对组织特异性和时空表达模式分析。【结果】从舒茶早茶树基因组中鉴定获得2个CsWhy基因,命名为CsWhy1(XP_028085682.1)和CsWhy2(XP_028102803.1)。系统进化树分析结果显示CsWhy1和CsWhy2蛋白分别与已知的定位于叶绿体和线粒体的Whirly蛋白聚为一类。CsWhys基因启动子区域富含激素、胁迫和MYB转录因子结合位点等顺式作用元件,种类呈多样性。组织表达特性分析显示,CsWhy1在茶树叶片和芽中具有较高的表达丰度;CsWhy2则在茶树不同组织中均具有较高的表达丰度。时空表达模式分析结果发现,CsWhys的表达在不同时间点受低温、干旱、ABA、GA和HO处理诱导上调。冷驯化条件下,CsWhy1在抗寒品种龙井43和不抗寒品种大面白中呈现相反的表达模式,而CsWhy2在2个品种中均下调表达。【结论】茶树基因组中2个CsWhys基因具有Whirly基因家族的典型特征,茶树CsWhys基因的表达具有明显的组织特异性,推测CsWhys基因家族在茶树芽叶生长和抗逆过程中起发挥了重要调控作用。 展开更多
关键词 茶树 whirly基因 组织特异性 非生物胁迫 冷驯化 表达分析
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雨生红球藻转录因子Whirly1的获得及其表达分析 被引量:1
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作者 刘纹甫 黄丹琼 +1 位作者 胡群菊 王潮岗 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期248-256,共9页
Whirly转录因子广泛存在于植物中,参与植物生长发育进程和逆境胁迫耐受,对其功能的研究有助于我们理解雨生红球藻响应胁迫的机制。因此,先根据雨生红球藻192.80转录组测序数据,分离克隆到一个Whirly转录因子序列,并对其结构及表达进行... Whirly转录因子广泛存在于植物中,参与植物生长发育进程和逆境胁迫耐受,对其功能的研究有助于我们理解雨生红球藻响应胁迫的机制。因此,先根据雨生红球藻192.80转录组测序数据,分离克隆到一个Whirly转录因子序列,并对其结构及表达进行分析。该转录因子的cDNA序列为924 bp,基因组序列为2556 bp,由有5个外显子和4个内含子组成,命名为HpWhirly1。HpWhirly1预测由244个氨基酸组成,拥有Whirly转录因子的保守结构域。HpWhirly1在醋酸钠和水杨酸胁迫早期表达上调,在强光-醋酸钠联合胁迫和缺氮胁迫条件下表达下调,表明其在雨生红球藻受到胁迫时发挥一定的作用。以上研究结果将有助于进一步研究Whirly转录因子的功能及其在雨生红球藻响应胁迫时的作用。 展开更多
关键词 雨生红球藻 whirly 转录因子 克隆 表达分析
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Whirly转录因子研究进展 被引量:10
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作者 孔凡英 邓永胜 +1 位作者 周斌 孟庆伟 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期643-653,共11页
Whirly蛋白是广泛存在于植物细胞内的一种转录因子。它既能与单链DNA结合,也能与RNA结合,无论在细胞核还是在质体内都有着广泛而复杂的生物学功能。本文概述了Whirly蛋白的结构、种类、分布及其作用机制,并重点讨论了其在细胞核及质体... Whirly蛋白是广泛存在于植物细胞内的一种转录因子。它既能与单链DNA结合,也能与RNA结合,无论在细胞核还是在质体内都有着广泛而复杂的生物学功能。本文概述了Whirly蛋白的结构、种类、分布及其作用机制,并重点讨论了其在细胞核及质体内的功能,最后对Whirly蛋白研究中需要解决的问题做了展望。 展开更多
关键词 转录因子 whirly蛋白 单链DNA结合蛋白
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植物Whirly蛋白调控叶片衰老的研究进展 被引量:9
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作者 林文芳 任育军 缪颖 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1274-1284,共11页
植物衰老是植物细胞生长发育的最后一个阶段,其启动的早晚对植物生物量和品质的形成有很大影响。叶片衰老是植物衰老的主要形式,受到内外环境因素的诱导,并被多种转录因子介导的信号传导途径所调控。对叶片衰老调控机制的研究一直是植... 植物衰老是植物细胞生长发育的最后一个阶段,其启动的早晚对植物生物量和品质的形成有很大影响。叶片衰老是植物衰老的主要形式,受到内外环境因素的诱导,并被多种转录因子介导的信号传导途径所调控。对叶片衰老调控机制的研究一直是植物衰老研究中的重点。Whirly蛋白作为一类广泛存于植物中的特异转录因子小家族,能与单链DNA分子结合,双定位于细胞器(线粒体或叶绿体)与细胞核中,在植物细胞核和细胞器中发挥多种功能,参与对植物叶片衰老的调控。本文概述了植物Whirly蛋白的结构和定位,重点阐述了Whirly蛋白的功能与细胞衰老关系及其对叶片衰老调节机理的研究进展等,并对未来的研究方向进行了展望。 展开更多
关键词 植物衰老 叶片衰老 whirly蛋白 转录因子 双定位蛋白
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Phosphorylation of WHIRLY1 by CIPK14 Shifts Its Localization and Dual Functions in Arabidopsis 被引量:4
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作者 Yujun Ren Yanyun Li +2 位作者 Youqiao Jiang Binghua Wu Ying Miao 《Molecular Plant》 SCIE CAS CSCD 2017年第5期749-763,共15页
Plastid-to-nucleus retrograde signaling is critical for normal growth and development in plants. The dualfunction and dual-located ssDNA binding protein WHIRLY1 (WHY1) has been proposed to coordinate the retrograde ... Plastid-to-nucleus retrograde signaling is critical for normal growth and development in plants. The dualfunction and dual-located ssDNA binding protein WHIRLY1 (WHY1) has been proposed to coordinate the retrograde signaling from plastids to the nucleus. However, the regulatory mechanism governing the functional switch of WHY1 for mediating plastid-to-nucleus retrograde signaling remains unknown. Here, we report that the Calcineurin B-Like-Interacting Protein Kinase14 (CIPK14) interacts with and phosphorylates WHY1 in Arabidopsis. Phosphorylation of WHY1 results in increased accumulation in the nucleus and enhanced binding with the promoter of WRKY53, which encodes a key transcription factor regulating leaf senescence in Arabidopsis. Transgenic plants overexpressing CIPK14 showed an increased nuclear isoform but decreased plastid isoform of WHY1, among which 95% of transgenic lines showed the stay-green phenotype and 5% of lines showed the variegated pale-green phenotype. Interestingly, the phenotypes of both types of transgenic plants could be recovered by overexpression of plastid-form WHY1. In contrast, knockdown of ClPK14 caused early senescence and even seedling-lethal phenotypes along with elevated expression of senescence-related genes such as WRKY53, SAG12, and NDHF but decreased expression of MER11, RAD50, and POR genes, which could be rescued by overexpression of CIPK14 but not by overexpressing plastid-form or nuclear-form WHY1; the stay-green plants overexpressing ClPK14 showed reduced expression of WRKY53, SAG12, NDHF, and large plastid rRNA. Consistently, the accu- mulation of nuclear-form WHY1 was significantly reduced in the CIPK14 knockdown lines, resulting in a low ratio of nuclear-/plastid-form WHY1. Taken together, our results demonstrate that CIPK14 regu- lates the phosphorylation and organeUar distributions of WHY1 and pinpoint that ClPK14 may function as a cellular switch between leaf senescence and plastid development for coordinating the intercellular signaling in Arabidopsis. 展开更多
关键词 whirly1 CIPK14 Retrograde Signalling Leaf Senescence Plastid Development
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