一株野鸟源H1N1亚型禽流感病毒的遗传进化特征及其系统学分析

从2007年秋季在黑龙江省三江国家级自然保护区采集的绿头鸭(Anas platyrhynchos)泄殖腔样品中,分离到一株A型禽流感病毒,亚型鉴定结果为H1N1,命名A/Mallard/Sanjiang/390/2007(H1N1),简称为MD/San-jiang/390/2007(H1N1)。对8个基因片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS)进行了扩增与序列测定,其中HA基因序列的氨基酸裂解位点序列为PSIQSR↓GLFGAI,符合低致病性禽流感病毒(LPAIV)的序列特征。从该病毒基因组的系统进化分析看出:除PA基因属于北美群系禽流感病毒外,其余基因均属于欧亚群系禽流感病毒;与猪流感病毒、季节性人流感病毒、2009年新型H1N1流感病毒的比较来看,亲缘性较远,均处于不同分支,HA亚型分类属于h1.1.2。NP基因与家鸭分离株A/duck/Hokkaido/Vac-3/2007(H5N1)的核苷酸同源性为99.4%,M基因与家鸭分离株A/duck/Hokkaido/W90/2007(H10N7)的核苷酸同源性达99.6%,PB1基因与NP基因和猪分离株A/swine/Korea/C12/2008(H5N2)的核苷酸同源性分别达99.2%、99.1%,提示该病株可能是一个整合了来源于家鸭和猪的多个亚型AIV基因片段的重组病毒。