目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and a...目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选黄药子-夏枯草-五味子的有效成分及作用靶点;利用人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)及DrugBank获取SAT相关靶点;运用venny 2.1.0软件取黄药子-夏枯草-五味子有效成分相关靶点与SAT疾病靶点的交集,即为黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的潜在作用靶点;在STRING数据库中获得潜在靶点蛋白相互作用关系,使用Cytoscape 3.7.2进行可视化,并进行拓扑分析筛选黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的关键靶点;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2构建“关键成分-潜在靶点-通路-疾病”网络;选取度值排名前3位的关键靶点和有效成分作为受体蛋白和配体小分子,使用AutoDockTools 1.5.6对配体和受体进行分子对接,并使用Pymol将分子对接结果可视化。结果:共筛选到28个有效成分及220个有效成分相关靶点;获得SAT相关靶点826个,潜在作用靶点103个;拓扑分析发现19种关键成分和42个潜在关键靶点;GO富集分析筛选出6 448个条目,涉及生物过程5 374个,细胞组成407个,分子功能667个;KEGG通路富集分析得到438条通路;分子对接发现受体与配体之间结合良好。结论:黄药子-夏枯草-五味子可能通过多成分、多靶点调节肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素信号通路等发挥治疗亚急性甲状腺炎的作用。展开更多
目的提出一种融合组合赋权、聚类、决策、评价等多种机器学习算法用于保健食品配方设计及评价的方法。方法以五味子Schisandre Chinensis Fructus为例,构建含五味子处方数据库,筛选与五味子配伍高频药味并挖掘其关联规则。同时结合传统...目的提出一种融合组合赋权、聚类、决策、评价等多种机器学习算法用于保健食品配方设计及评价的方法。方法以五味子Schisandre Chinensis Fructus为例,构建含五味子处方数据库,筛选与五味子配伍高频药味并挖掘其关联规则。同时结合传统中医药理论和现代科学研究建立评价指标体系,采用兼顾主观性和客观性的层次分析(analytic hierarchy process,AHP)-CRITIC(criteria importance though intercrieria correlation)组合赋权法和优选的聚类算法对高频药味进行加权和聚类,结合中医药理论设计配方并进行逼近理想解排序(technique for order preference by similarity to an ideal solution,TOPSIS)综合评价。结果频次统计得到黄芪、茯苓、人参等与五味子配伍高频药味31个,关联规则分析显示高频药味间更易产生强关联。构建含3个一级指标、7个二级指标的评价指标体系,AHP-CRITIC组合赋权法计算出的指标组合权重从大到小依次为药味传统功效、现代文献研究、在数据库中的出现频次,符合主观认识和客观数据。根据与专业知识的匹配度、算法运行效率及对数据的包容度优选模糊C均值(fuzzy C-means,FCM)聚类,将高频药味分为5类。结合中医药理论及上述结果设计可能的新配方共11个,TOPSIS综合评价排序的结果显示,五味子-黄芪-白术-党参是五味子保胃护肝保健食品可能的最优新配方。结论该模型在中医药理论的指导下,提供了既能体现传统中医药配伍理论又有足够现代科学研究成果支撑的中药类保健食品配方设计与研发的创新思路与方法。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄药子-夏枯草-五味子治疗亚急性甲状腺炎(subacute thyroiditis,SAT)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)筛选黄药子-夏枯草-五味子的有效成分及作用靶点;利用人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)及DrugBank获取SAT相关靶点;运用venny 2.1.0软件取黄药子-夏枯草-五味子有效成分相关靶点与SAT疾病靶点的交集,即为黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的潜在作用靶点;在STRING数据库中获得潜在靶点蛋白相互作用关系,使用Cytoscape 3.7.2进行可视化,并进行拓扑分析筛选黄药子-夏枯草-五味子治疗SAT的关键靶点;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2构建“关键成分-潜在靶点-通路-疾病”网络;选取度值排名前3位的关键靶点和有效成分作为受体蛋白和配体小分子,使用AutoDockTools 1.5.6对配体和受体进行分子对接,并使用Pymol将分子对接结果可视化。结果:共筛选到28个有效成分及220个有效成分相关靶点;获得SAT相关靶点826个,潜在作用靶点103个;拓扑分析发现19种关键成分和42个潜在关键靶点;GO富集分析筛选出6 448个条目,涉及生物过程5 374个,细胞组成407个,分子功能667个;KEGG通路富集分析得到438条通路;分子对接发现受体与配体之间结合良好。结论:黄药子-夏枯草-五味子可能通过多成分、多靶点调节肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、甲状腺激素信号通路等发挥治疗亚急性甲状腺炎的作用。
文摘目的提出一种融合组合赋权、聚类、决策、评价等多种机器学习算法用于保健食品配方设计及评价的方法。方法以五味子Schisandre Chinensis Fructus为例,构建含五味子处方数据库,筛选与五味子配伍高频药味并挖掘其关联规则。同时结合传统中医药理论和现代科学研究建立评价指标体系,采用兼顾主观性和客观性的层次分析(analytic hierarchy process,AHP)-CRITIC(criteria importance though intercrieria correlation)组合赋权法和优选的聚类算法对高频药味进行加权和聚类,结合中医药理论设计配方并进行逼近理想解排序(technique for order preference by similarity to an ideal solution,TOPSIS)综合评价。结果频次统计得到黄芪、茯苓、人参等与五味子配伍高频药味31个,关联规则分析显示高频药味间更易产生强关联。构建含3个一级指标、7个二级指标的评价指标体系,AHP-CRITIC组合赋权法计算出的指标组合权重从大到小依次为药味传统功效、现代文献研究、在数据库中的出现频次,符合主观认识和客观数据。根据与专业知识的匹配度、算法运行效率及对数据的包容度优选模糊C均值(fuzzy C-means,FCM)聚类,将高频药味分为5类。结合中医药理论及上述结果设计可能的新配方共11个,TOPSIS综合评价排序的结果显示,五味子-黄芪-白术-党参是五味子保胃护肝保健食品可能的最优新配方。结论该模型在中医药理论的指导下,提供了既能体现传统中医药配伍理论又有足够现代科学研究成果支撑的中药类保健食品配方设计与研发的创新思路与方法。