Omicron变异株XBB.1.16刺突蛋白对人非小细胞肺癌细胞的生物学功能的影响

目的探讨新型冠状病毒Omicron变异株XBB.1.16刺突蛋白(XBB.1.16-S)感染人非小细胞肺癌细胞H1299-ACE2的病毒学特征及其对H1299-ACE2细胞线粒体受损的影响。方法以亲本pCMV3-SARS-CoV-2-S质粒为模板构建XBB.1.16-S基因真核表达载体(pCMV3-XBB.1.16-S质粒)后转染H1299-ACE2细胞,比较两者诱导细胞形成合胞体的能力。利用双质粒系统包装SARS-CoV-2-S和XBB.1.16-S假病毒后分别感染H1299-ACE2细胞,测定感染后宿主细胞荧光素酶强度并采用Western blot实验检测细胞中S蛋白的切割效率,采用MitoTracker Green探针观察染色细胞的线粒体形态,采用流式细胞仪检测细胞的线粒体膜电位(mitochondrial membrane potential,MMP)水平和活性氧(reactive oxygen species,ROS)水平。结果与亲本pCMV3-SARS-CoV-2-S质粒相比,pCMV3-XBB.1.16-S质粒的T19I、V83A、G142D等关键氨基酸突变位点突变成功,且转染H1299-ACE2细胞后所形成的合胞体面积明显减小(P<0.0001)。与SARS-CoV-2-S相比,XBB.1.16-S感染H1299-ACE2细胞后荧光素酶强度、S蛋白切割效率及ROS水平均降低(均P<0.05),线粒体长度更长(P<0.0001),MMP水平升高(P<0.001)。结论Omicron变异株XBB.1.16-S对非小细胞肺癌细胞H1299-ACE2的感染能力和线粒体损伤能力较亲代病毒有一定程度减弱,这为肺癌合并新型冠状病毒肺炎的细胞学变化及治疗靶点的研究奠定了重要基础。

三亚市首例新冠病毒进化分支XBB.1.16的基因特征及风险因素分析

目的分析三亚市首例新冠病毒(SARS-CoV-2)XBB.1.16的基因特征并评估风险因素,为预防和控制疫情提供科学依据。方法收集三亚市2022年8月—2023年4月的260例新冠病毒感染者咽拭子样本,用RT-PCR方法检测SARS-CoV-2核酸,对ORF1ab和N基因检测Ct值小于32的样本使用Nanopore三代测序进行全基因组测序。根据测序结果将感染者分为XBB.1.16和其他进化分支,以感染者年龄、性别、社会和经济风险指数(SERI)等,人口统计和健康行为,作为风险因素,使用单变量和多变量逻辑回归推断SARS-CoV-2阳性与自变量之间的关联,并使用向前和向后逐步赤池信息准则(AIC)进行变量选择。结果基因测序显示三亚首例XBB.1.16感染者NextStrain分型为23B,覆盖率为100%。同武汉参考株(NC_045512.2)相比,核苷酸变异位点101个,氨基酸变异63个,XBB.1、XBB.1.5和XBB.1.16的突变频率>0.9,突变区为NSP6、NSP14、Spike和ORF8等。与病例密切接触、未接种疫苗和高风险社会和经济风险指数普查区是感染的危险因素。结论减少与患者密接并接种疫苗可以减少XBB.1.16等SARS-CoV-2感染。

Omicron变异株XBB.1.16流行情况和病原学特征

奥密克戎变异株XBB.1.16于2023年1月9日在印度首次被发现,其病毒表面刺突(Spike,S)蛋白的E180V、T478R、F486P突变增加了病毒的传播力、致病性和免疫逃逸能力,使得在美国、印度等国家的新冠病例数激增。2023年4月17日,世界卫生组织指定XBB.1.16为感兴趣的变异株(variant of interest,VOI),但未观察到疾病严重程度的增加或额外的公共健康风险,其全球评估风险较低。本文通过文献阅读和数据库检索分析,对XBB.1.16流行情况和病原学特征进行总结,为新冠病毒防控策略的制定及疫苗、药物的研究提供科学参考。

新型冠状病毒Omicron变异株亚型XBB的流行特征及其科学防控

目前新型冠状病毒感染仍处于全球大流行状态,Omicron变异株仍是全球优势株,在流行过程中不断进化和变异出现了许多新的亚型。XBB是由Omicron变异株BA.2.10.1和BA.2.75重组而成,于2022年8月在印度首次被发现,此后迅速传播成为新加坡、马来西亚及一些欧美国家的主要流行株,并演变出XBB.1、XBB.1.5等亚分支。与Omicron变异株其他亚型相比,XBB的免疫逃逸能力显著增强,但目前尚无证据表明XBB感染所致的疾病严重程度与Omicron其他亚型有差异。建议加强病毒变异监测、开展重点人群疫苗加强针接种、加速疫苗和药物研发、开展多源监测动态评估风险,及时采取科学防控措施,减少XBB毒株的威胁。

境外输入新型冠状病毒XBB.1.5分支变异株基因组特征分析

目的了解境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)XBB.1.5的基因组特征,为病毒溯源及疫情防控提供参考。方法通过二代测序获得新型冠状病毒全基因组,应用序列拼接软件和在线分析网站,获得基因分型;通过MEGA X进行多序列比对,分析病毒突变位点并构建系统进化树。结果获得6例2023年2月初至3月中旬经北京口岸输入的XBB.1.5毒株的全基因组序列。全基因组核苷酸突变位点分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比,6例XBB.1.5的基因组序列核苷酸突变数量显著增加,约为120~127个。突变位点在SARS-CoV-2不同基因的分布不一致,突变较多的分别是S、ORF1a、N和ORF1b基因。氨基酸突变分析显示,6例毒株S蛋白存在38个XBB分支病毒的特征性突变位点和1个非特征性突变位点,其中在病毒受体结合域,XBB.1.5携带F486P突变,而在XBB则携带F486S突变。最大似然法系统进化树分析显示,输入病毒与来源国或来源国周边地区流行毒株相似度较高。结论有必要持续开展输入性新型冠状病毒的全基因组监测,以了解境外毒株的分子学特征,为新冠病毒溯源及防控提供参考依据。

基于RT-qPCR方法对新冠病毒4种基因型鉴定的可行性研究

严重急性呼吸道综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的广泛传播强调了对该病毒进行持续监测的紧迫性,以便早发现并采取预防措施。虽然全基因组测序(Whole genome sequencing, WGS)作为SARS-CoV-2检测的金标准,但是其专业性和昂贵成本限制了其在各种情境下的广泛应用。在资源匮乏的地区,迫切需要一种低成本高效率的替代方法。实时荧光定量PCR(Real-timereverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)提供了一种经济、快速的方法,同时有效补充了WGS方法。本研究旨在验证SARS-CoV-2 Omicron BF.7/BA.5.2/XBB/BQ.1及亚分支变异株单重核酸检测试剂盒(RT-qPCR法)的性能,并通过对101例SARS-CoV-2阳性临床样本进行评估,验证其在实际应用中的可行性。研究结果显示,该试剂盒与“野生型”SARS-CoV-2、Alpha、Beta、Delta变异株和甲型流感病毒参考株之间无交叉反应,最低检测限为100拷贝/mL。在101例新冠病毒核酸阳性样本中,该试剂盒对Omicron BF.7/BA.5.2/XBB/BQ.1及亚分支变异的检测结果与WGS检出结果完全一致。因此,该RT-qPCR试剂盒为SARS-CoV-2 Omicron变异株亚型的快速鉴定提供了一种简单、经济且高效的方法,可作为WGS的有效补充方案。

HRM技术快速检测新冠病毒变异株

建立基于高分辨率融解曲线(High resolution melting,HRM)的快速检测新冠病毒变异株的方法,为新冠变异株快速检测提供技术支撑。针对新冠病毒S基因的氨基酸突变位点G339H/D、D796Y、V83A设计HRM引物,将新冠病毒实时定量荧光PCR(RT-PCR)阳性的核酸逆转录后进行HRM分析,并对33份新冠病毒RT-PCR阳性核酸标本进行检测,与二代测序结果进行比较。建立的HRM方法能区分Delta、Omicron及XBB亚型,33份标本的HRM分析结果显示其中2份为Delta株,31份为Omicron株,12份为XBB亚型。HRM分析结果与二代测序结果一致。本实验建立的HRM方法能够准确检测出新冠病毒变异株中的Delta、Omicron及XBB亚型,可应用于快速鉴定新冠病毒型别。

北京市朝阳区2023年2月——5月新冠病毒新型变异株感染者特征分析

目的分析新冠病毒新型变异株感染者的临床和流行病学特征,为科学开展新型变异株疫情防控提供参考。方法对北京市朝阳区2023年2月1日—2023年5月31日接报的除BA.5.2和BF.7及其亚分支外,其他未在北京市本土流行的新冠病毒新型变异株感染者进行个案调查,对收集到的信息进行描述性流行病学分析。结果共调查110例新型变异株感染者,其中100例(90.91%)检出XBB及其亚分支。感染者中,男性64例,女性46例,年龄中位数为32岁,72例(65.45%)为境外感染;境外感染者的年龄、疫苗接种率、再次感染率均高于本土感染者(P<0.05)。100例(90.91%)感染者在此次病程中出现临床症状,主要表现为发热(66.00%)、咽痛(53.00%)、咳嗽(52.00%),35.00%的病例符合流感样病例定义;再次感染者出现临床症状的比例低于首次感染者(P=0.004)。感染者核酸或抗原转阴时间为(5.92±2.95)d,病程为5.00(4.00~8.75)d;再次感染者转阴时间(5.08±2.60)d短于首次感染者(6.49±3.06)d(P=0.026)。未发现XBB及其亚分支与非XBB感染者在临床症状、转阴时间等方面存在差异(P>0.05)。共判定核心密接252人,续发率为12.70%,非XBB感染者的续发率(38.46%)高于XBB及其亚分支感染者(11.30%)(P=0.015)。结论2023年2月—5月朝阳区新冠病毒新型变异株感染者主要为境外感染,本土感染者多为首次感染,首次感染者在本次病程中出现临床症状的比例均高于再次感染者,核酸或抗原转阴时间更长。非XBB感染者的续发率高于XBB及其亚分支感染者,需引起关注。