利用CRISPR/Cas9技术敲除XPO1基因对胰腺癌细胞株生物学功能的影响

目的利用CRISPR/Cas9技术构建XPO1基因敲除的胰腺癌细胞株MIA-Paca2,初步探讨XPO1敲除对细胞生物学功能的影响。方法构建sgRNA-XPO1质粒,包装成慢病毒感染MIA-Paca2细胞,用合适浓度的嘌呤霉素筛选获得XPO1敲除的稳转株,DNA测序及蛋白质印迹法检测XPO1敲除效率;流式细胞分析及CCK8实验分别检测细胞凋亡、细胞周期及其对吉西他滨的半数抑制浓度(IC_(50))。结果 DNA测序显示编码XPO1蛋白的基因序列发生移码突变,蛋白质印迹法、流式细胞技术及CCK8结果显示XPO1基因敲除后的MIA-Paca2细胞株XPO1蛋白表达量明显降低,细胞凋亡增多,G2/M期细胞比例增加,对吉西他滨IC50降低。结论利用CRISPR/Cas9成功构建XPO1基因敲除的MIA-Paca2细胞株,XPO1基因敲除可促进细胞凋亡,引起细胞周期G2/M期阻滞,增强吉西他滨化疗敏感性。

基因DCAF8在多发性骨髓瘤中的临床意义

目的:寻找多发性骨髓瘤(MM)基因芯片数据集中的潜在致病基因、疾病诊断和预后相关因子并阐明其作用机制。方法:获取基因芯片数据集GSE13591和Zhan Myeloma,使用R语言进行基因差异表达分析。对共同高表达基因进行Meta分析,得到P值中位秩次TOP10基因。CCLE数据库分析TOP10基因在各肿瘤细胞系中的mRNA表达情况,筛选出蛋白酶体通路相关基因8(DCAF8)。cBioPortal数据库中分析DCAF8基因在各肿瘤细胞系的突变率。WB检测DCAF8蛋白在骨髓瘤细胞系中的表达情况。SPSS和Graph Pad软件分析DCAF8表达量和MM患者临床特征之间的相关性,进行受试者工作特征曲线(ROC曲线)绘制和生存分析。R语言Custer Profiler Package和Metascape数据库对DCAF8互作蛋白基因和共表达基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果:数据集GSE13591和Zhan Myeloma的上调基因取交集得到477个共同高表达基因。在合并数据集中对上述基因进行Meta分析,得到P值中位秩次TOP10基因,DCAF8在MM细胞系中的平均表达水平最高。DCAF8基因在浆细胞骨髓瘤中的突变率位于各肿瘤细胞系的第一位。DCAF8蛋白在多种MM细胞系中的表达量显著升高(P<0.01)。DCAF8表达量与MM患者的肿瘤负荷显著正相关,1q21扩增阳性组的DCAF8的表达量显著高于1q21阴性组。ROC曲线显示DCAF8的表达水平可以很好地区分MM患者和正常人(P<0.01)。DCAF8高表达组比DCAF8低表达组中位生存时间显著缩短。蛋白互作网络显示DCAF8可与XPO1蛋白直接相互作用。GO和KEGG功能富集分析结果表明,DCAF8与蛋白酶体功能、剪切体活性、组蛋白乙酰化酶活性、RNA转运等功能相关。结论:DCAF8在MM中显著高表达,其表达水平可以很好地区分MM患者和正常人;其高表达与MM患者的生存预后显著负相关,且与1q21扩增和XPO1蛋白相关。

两例2p15-p16.1微缺失综合征的产前诊断

目的明确2例畸形流产患儿染色体拷贝数变异,分析引起2p15-p16.1缺失综合征畸形表型的相关基因以及关键区域。方法应用染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)技术对畸形流产儿全基因组拷贝数目进行检测,并用计算机软件及生物信息学方法进行分析。结果CMA检测到2例患儿的染色体2p15-16.1区段有约255 kb的DNA拷贝数变异,2例患儿表型符合2p15-p16.1微缺失综合征遗传特征,缺失区域包含XPO1和USP34基因。结论2pl5近端73 kb的片段(chr2:61659957〜61733075,hg19)可能是引起2p15-p16.1微缺失综合征畸形表型的关键区域之一,XPO1和USP34为该缺失综合征的候选基因。