限制性内切酶SmaⅠ和HincⅡ存在切割序列多态性

ＰＣＲ扩增产物基因组Ｇ—ＣＳＦ基因被克隆至ｐＵＣ１９，在对其进行序列分析时发现，Ｓｍａ Ⅰ和ＨｉｎｃⅡ共同使用对回收片段进行亚克隆时，有一段序列缺失，序列分析表明这可能是由于Ｓｍａ Ⅰ和Ｈｉｎｃ Ⅱ同时使用造成的。Ｓｍａ Ⅰ和Ｈｉｎｃ Ⅱ可能存在切割序列多态性。

限制性内切酶MluⅠ基因的合成、克隆和初步表达

在已知基因序列但缺乏DNA模版的情况下,人工设计合成多条引物,采用重叠PCR技术体外人工合成899bp的MluⅠ基因和1 312bp的M.MluⅠ基因.并将合成的MluⅠ基因连接到表达载体pet30a上,重组表达载体构成pet30a-MluⅠ,将M.MluⅠ基因连接到表达载体PUC19上,重组表达载体构成PUC19-M.MluⅠ.测序结果显示,载体构建成功后利用体外重组转化技术,将pet30a-MluⅠ和PUC19-M.MluⅠ转入T7expression E.coli表达菌株中.重组工程菌经IPTG诱导,用SDS-PAGE鉴定,发现限制性内切酶MluⅠ成功表达.该酶的成功表达不仅为后续研究提供了材料,而且为实验室制备限制性内切酶在方法上开辟了新的途径,为更多新发现的内切酶基因的成功克隆提供了参考.

限制性内切酶NcoⅠ的高效重组表达、硒代与结晶条件初步筛选

来源于珊瑚诺卡氏菌Nocardia corallina的限制性内切酶NcoⅠ是基因工程中常用的工具酶之一。然而目前NcoⅠ蛋白质三维结构尚未被解析,对其基因改造缺乏理论指导。为了解析NcoⅠ的三维结构,采用大肠杆菌表达系统,高效重组表达和纯化,获得了纯度>95%的NcoⅠ野生型和Se-NcoⅠ硒代蛋白。质谱分析表明,重组Se-NcoⅠ蛋白中所有硫原子成功被硒原子取代。酶切实验表明,硒代蛋白与野生型具有相似的限制酶活性。采用坐滴法筛选重组NcoⅠ蛋白结晶条件,已在3种条件下获得针状晶体,1种条件下获得颗粒状晶体。X射线衍射初步分析晶体分辨率在0.8 nm左右,为下一步解析NcoⅠ三维结构提供了基础。

基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体的构建

目的:制备基于XcmⅠ酶切的高效TA克隆载体,并检测其克隆PCR产物的效果。方法:设计一对互补配对的寡核苷酸,经过变性及退火后插入质粒pUC19的多克隆位点,从而在该多克隆位点中引入2个XcmⅠ酶切位点,用XcmⅠ酶切后即获得含有3'突出T碱基的T载体;为了提高该T载体的克隆效率,优化了2个XcmⅠ酶切位点之间的碱基数目,排除了载体自连产生白色克隆的可能性,使假阳性大大减少;此外,为了便于完全酶切与未完全酶切载体的分离,在2个XcmⅠ之间插入了一段无关DNA片段。结果:改进得到的T载体可以有效克隆PCR产物,其阳性克隆率可达95%。结论:构建了基于XcmⅠ酶切的TA克隆载体,经过改进的T载体具有很高的克隆效率。

重组限制性内切酶Pst Ⅰ发酵条件优化

由于限制性内切酶在重组表达时具有切割宿主DNA的细胞毒性,生产难度大,其供应一直被国外企业垄断。实验室前期通过广谱甲基化保护,初步实现了部分限制性内切酶的国产化,但工艺仍停留在低密度摇瓶培养水平,产量无法满足市场需求。研究以限制性内切酶Pst Ⅰ为对象,通过单因素试验筛选了诱导温度、诱导时间、诱导剂浓度、补充碳源、pH值与诱导时机等多个发酵条件。结果表明,在37℃下,开始发酵后6 h,添加终浓度1.4 mmol/L IPTG进行诱导发酵8 h,以甘油为补充碳源,控制发酵体系pH为8.0时Pst Ⅰ的表达量最高,Pst Ⅰ蛋白产量为0.0129 g/L,为未优化的2.15倍,同时酶产率为1.926×10^(6)U/L,为未优化的3.74倍。

等位基因特异性-PCR联合限制性内切酶消化法检测JAK2V617F突变

目的:建立敏感特异的JAK2V617F点突变的临床检测方法。方法:基因组DNA从HEL细胞或正常志愿者外周血中提取。采用等位基因特异性-PCR(Allele specific-PCR,AS-PCR)和限制性内切酶消化的方法检测基因组中JAK2V617F突变。结果:本AS-PCR法可对JAK2基因扩增出364bp的内参照条带,当存在JAK2V617F突变时,又可以扩增出203bp的突变条带。只有野生型内参照条带364bp可被BsaXⅠ消化切割。结论:AS-PCR法和限制性内切酶法是检测JAK2V617F突变的敏感特异的检测方法,可以成功应用于临床检测。

基于Xcm I酶切的pUC19-T载体的构建

[目的]构建以pUC19质粒为基础可利用XcmI内切酶制备的T载体。[方法]化学合成2条含有双XcmI酶切位点的互补寡聚核苷酸链,经过变性、复性后克隆入pUC19质粒的HindIII和BamHI位点之间,通过XcmI酶切后得到一个线性化的带有3'末端突出一个T碱基的T载体。[结果]经TA克隆验证,制备的pUC19-HB-T载体对PCR产物的克隆率达到95%以上。[结论]构建的pUC19-HB-T载体可用于PCR产物的克隆、测序及后续分子生物学操作。

BsaH Ⅰ对猪激素敏感脂肪酶基因外显子Ⅰ的PCR-RFLP分析

以华北野猪、东北野猪和山西黑猪、长白猪、大白猪、马身猪共计287头猪作为研究对象,对其HSL基因外显子Ⅰ区域进行了PCR-RFLP多态性研究,发现不同品种猪间存在多态性。瘦肉型大白猪、长白猪全部表现为GG基因型;山西黑猪表现为AA、AG和GG三种基因型;脂肪型地方猪种马身猪为单一的AA基因型;华北杂种野猪、东北纯种野猪及杂种野猪表现为AG和GG两种基因型。等位基因A、G及三种基因型的频率在不同猪种中不同。该研究首次对华北及东北野猪HSL基因进行了多态性研究,丰富了国内外对野猪的分子生物学研究,为野猪遗传资源的合理开发利用提供了依据。

Construction of a pUC19-T Vector Based on Xcm Ⅰ

[Objective] The paper aimed to construct a new T vector based on plasmid pUC19 digested with Xcm Ⅰ. [Method] Two complementary oligonucleotide chains containing two Xcm Ⅰ sites were synthesized. After denaturation and renaturation,the adaptor was cloned into plasmid pUC19 between the Hind Ⅲ and BamH Ⅰ sites. The new plasmid,pUC19-HB-T vector,was digested with Xcm Ⅰ to derive a T-vector with 3′ end overhanging a T base. [Result] The constructed pUC19-HB-T vector was efficient in cloning PCR products,with an efficiency of 95% at least. [Conclusion] A new Xcm Ⅰ-based pUC19-HB-T vector was constructed,which could be applied to cloning of PCR products and other microbiology operations.

青海省汉族妊娠期高血压疾病与维生素D受体基因FokⅠ多态性的关系

目的 探讨维生素D受体(VDR)基因单核苷酸多态性(SNP)FokⅠ(rs2228570/rs10735810)位点多态性与青海省汉族妇女妊娠期高血压疾病(HDCP)的相关性。方法 选择青海省汉族HDCP患者137例(HDCP组),正常汉族孕妇146例(对照组),使用聚合酶链式反应-限制性核酸内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测HDCP组和对照组FokⅠ位点的基因分型并测序验证,使用SPSS 19.0统计学软件检验两组一般临床资料、基因型及等位基因频率分布差异是否具有统计学意义。结果 HDCP组和对照组FokⅠ位点FF、Ff、ff基因型频率分别为51.82%、37.96%、10.22%和34.93%、43.15%和21.92%(χ^(2)=11.099,P<0.05),HDCP组FF基因型(OR=2.004,95%CI=1.243~3.231)频率高于对照组;HDCP组和对照组FokⅠ位点F和f等位基因频率分布差异有统计学意义(χ^(2)=12.454,P<0.001),HDCP组F等位基因(OR=1.253,95%CI=1.105~1.421)频率高于对照组。结论 VDR基因FokⅠ位点多态性与青海省汉族HDCP相关,其中F等位基因可能是HDCP的易感基因,FF基因型可能是HDCP的易感基因型。

限制性内切酶Mlu Ⅰ蛋白及其硒代衍生物的制备

【背景】限制性内切酶Mlu Ⅰ是一种常用的工具酶,在分子生物学领域发挥着重要的作用,其三维结构尚未被解析。【目的】在大肠杆菌中克隆表达、纯化重组Mlu Ⅰ蛋白及其硒代蛋白,并进行结晶条件的研究。【方法】构建重组表达载体pET28b-Mlu Ⅰ,在大肠杆菌BL21(DE3)pLysS中诱导表达,利用亲和层析和凝胶过滤层析纯化重组Mlu Ⅰ蛋白和硒代Mlu Ⅰ蛋白。对蛋白进行质谱检测、圆二色谱检测以及酶活检测,利用坐滴法进行结晶条件的筛选。【结果】构建了重组表达载体pET28b-Mlu Ⅰ并纯化获得达到结晶纯度的蛋白,通过质谱检测确定硒代Mlu Ⅰ蛋白中的8个甲硫氨酸全部被取代,结合酶活测试及圆二色谱检测确定了硒代对Mlu Ⅰ蛋白的活性、结构无明显影响。采用坐滴法进行初步的晶体生长研究,重组蛋白目前已在1种条件下获得针状晶体并进行初步衍射,获得分辨率在0.32 nm左右的衍射数据。【结论】Mlu Ⅰ蛋白及硒代Mlu Ⅰ蛋白纯化体系的构建和结晶条件的研究,可为下一步解析Mlu Ⅰ三维结构、作用机制的探讨及定向改造奠定基础。

融合酶表达载体的构建及出现问题的初探

目的:将限制性内切酶FokⅠ催化区域基因(631bp)和PI-SceⅠ识别区域的基因(546bp)连接到一起,克隆入载体质粒pET28a+中,为表达新的限制性内切酶融合酶做准备。方法:分别以啤酒酵母和海床黄杆菌作模板,PCR扩增PI-SceⅠ和FokⅠ基因片段,再将它们克隆入载体质粒pET28a+,然后对整合质粒进行双酶切检测。结果:整合过程中,无论是PI-SceⅠ还是FokⅠ基因片段,都能单独成功插入载体,但当插入第二段基因片段时,酶切结果显示大约600bp的基因片段缺失了。结论:缺失可能因为两段连在一起的新基因在转化过程中对宿主细胞有毒性,宿主细胞对其进行了剪切;也可能这两段基因会形成某种高级结构而导致其不能很好的连接,产生缺失现象。

限制性内切酶EcoRI的分离纯化

以大肠杆菌ＲＹ＿（１３），Ｋ＿（１２１１００）为酶源菌株，采用聚乙烯亚胺分离纯化了限制性内切酶ＥｃｏＲＩ，并对λ－ＤＮＡ有５个专一的切割位点，将λ－ＤＮＡ切割成６个分子量不同的片段，经琼脂糖凝胶电泳后，可得６个迁移位置不同的条带。这些特性使它特别适合于作为ＤＮＡ结构功能等方面研究的工具酶。在遗传工程研究中，限制酶更起了决定性作用。

正体与斜体使用规则

物种的学名属名、种名(包括亚种、变种)用拉丁文斜体,首字母大写,其余小写;属以上用拉丁文正体,首字母大写。限制性内切酶前3个字母用斜体,后面的字母和编码正体平排,例如:Bam HⅠ、Eco RⅠ、MspⅠ、Sau 3AⅠ等。

禽腺病毒-Ⅰ群PCR-RFLP分型方法的建立

为快速确定临床禽腺病毒-Ⅰ群(FAdVs)的血清型,本研究根据FAdVs的Hexon基因设计引物,对12个血清型FAdVs标准毒株进行PCR扩增,并根据扩增目的片段进行酶切位点分析和相应酶切反应研究,建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法。结果显示,利用该引物可同时扩增12个血清型FAdVs标准毒株,扩增片段大小为894 bp;扩增片段酶切位点分析显示,Eco130Ⅰ、Pf123Ⅱ、MluⅠ、PsyⅠ和BgⅡ为主要酶切位点,这5种酶切反应结果显示12个血清型FAdVs标准毒株可以得到不同的酶切图谱,且能区分12种血清型FAdVs;应用该酶切方法对本实验室保存的2株已知血清型的分离株进行分析,其结果与已确定的血清型一致。表明本试验建立的PCR-RFLP方法简便、特异性和区分度好,可用于12个血清型FAdVs的分型。

一种特殊虫草与冬虫夏草的表型和DNA条形码特征比较分析及鉴别方法研究

目的:通过对子座和虫体部分进行表型与DNA条形码序列分析,探讨一种发现于四川的特殊冬虫夏草(以下简称特殊虫草)与常见冬虫夏草的区别。方法:体视显微镜观察虫草样品的外部特征;聚合酶链式反应(PCR)扩增得到真菌部位内转录间隔区(ITS)序列和宿主蝙蝠蛾昆虫的细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列;利用CodonCode Aligner和MEGA软件进行序列分析,建立邻接(NJ)系统进化树;对ITS序列进行限制性内切酶图谱分析,寻找具有鉴别意义的酶切位点,并通过PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)鉴别进行验证。结果:特殊虫草与常见冬虫夏草相比,虫体头部的颜色明显不同;子座真菌的ITS序列存在7个差异位点,虫体COⅠ序列存在56个差异位点,基于ITS序列及COⅠ序列的NJ系统进化树分析均显示,两者不能聚为一支;在两者差异区域,冬虫夏草存在1个XhoⅠ的酶切位点,因此其ITS序列的PCR产物可被限制性内切酶XhoⅠ切割为2个片段,特殊虫草不能被XhoⅠ切割,所以酶切前后的PCR产物在琼脂糖凝胶图上没有变化,通过该方法可对两者进行鉴别。结论:发现了一种特殊虫草,其与常见冬虫夏草的真菌子座和宿主蝙蝠蛾昆虫部分均有明显不同,并为鉴别两者提供了有效方法。

基于Eam1105Ⅰ酶切的p18K-T载体的构建

TA克隆是PCR产物克隆最简单的方法,而T载体的改良对提高TA克隆效率、简化克隆片段后续的酶切、连接等实验步骤有着十分重要的意义。本研究以pMD18-T载体为基础,将原有的氨苄青霉素抗性筛选标记基因替换成卡那霉素抗性筛选标记基因,克服了原载体筛选抗性(氨苄青霉素)容易失活的问题,并在原有酶切位点的基础上增加了NsiⅠ、BsaⅠ、BglⅡ、NheⅠ和AclⅠ五个酶切位点,方便了克隆片段后续的酶切和连接操作,同时在XbaⅠ和BglⅡ之间引入了两个Eam1105I限制性核酸内切酶位点,构建成一个环状中间载体p18KT-M。利用Eam1105I酶切中间载体p18KT-M可以制备3’端带有T尾的线性化p18K-T载体。经TA克隆验证,p18K-T载体连接PCR产物的效率与原pMD18-T载体的效率相当。

正体与斜体使用规则

物种的学名属名、种名(包括亚种、变种)用拉丁文斜体,首字母大写,其余小写;属以上用拉丁文正体,首字母大写。限制性内切酶前3个字母用斜体,后面的字母和编码正体平排,例如:Bam HⅠ、Eco RⅠ、MspⅠ、Sau 3AⅠ等。

正体与斜体使用规则

物种的学名属名、种名(包括亚种、变种)用拉丁文斜体,首字母大写,其余小写;属以上用拉丁文正体,首字母大写。限制性内切酶前3个字母用斜体,后面的字母和编码正体平排,例如:BamHⅠ、EcoRⅠ、MspⅠ、Sau3AⅠ等。

区别鹅细小病毒和番鸭细小病毒的PCR-RFLP方法的建立

根据GenBank登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)非结构蛋白(NS)基因特征,本研究设计1对特异性引物对GPV和MDPV基因组DNA进行PCR扩增,目的片段大小均为810bp,并对PCR产物进行切胶回收。用EcoRⅠ酶对GPV和MDPV特异性胶回收产物进行酶切鉴定,结果显示MDPV经EcoRⅠ酶切后琼脂糖凝胶电泳检测片段为2段,大小为530和280bp;而GPV经EcoRⅠ酶切后琼脂糖凝胶电泳检测片段大小不变。本研究建立了一种快速区别GPV和MDPV感染的检测方法,可对番鸭感染水禽细小病毒的情况进行快速鉴别诊断。