香苏杂交猪KAT2B基因多态性与其生长性状的关联分析

【目的】了解香苏杂交猪组蛋白乙酰转移酶P300/CBP结合因子(KAT2B)基因在组织中的表达量,筛选其单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点,并分析基因多态性与生长性状的关联性,为香苏杂交猪新品系培育提供参考依据。【方法】以香苏杂交猪为研究对象,采用实时荧光定量PCR检测KAT2B基因在3日龄和6月龄不同组织中的相对表达量,通过直接测序检测KAT2B基因的SNP位点,统计SNP位点等位基因频率、基因型频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及平均多肽信息含量(PIC)等,以卡方(χ^(2))检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,分析不同基因型与香苏杂交猪生长性状的关联性。【结果】实时荧光定量PCR结果显示,KAT2B基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6个组织中均有表达,与3日龄相比,6月龄KAT2B基因相对表达量在肝脏和脾脏组织中极显著升高(P<0.01,下同),在肺脏中极显著降低。KAT2B基因Exon-2、Exon-14和Exon-15区域均分别存在1个外显子突变,分别为g.36682G>A、g.104540G>T和g.106651A>G,3个SNPs位点PIC均处于中度多态性水平且Hardy-Weinberg平衡。g.36682G>A位点优势基因型为GA型,等位基因频率G>A;g.104540G>T位点优势基因型为GG型,等位基因频率G>T;g.106651A>G位点优势基因型为AA型,等位基因频率A>G。关联分析结果表明,g.36682G>A位点各基因型生长性状之间无显著差异(P>0.05),g.106651A>G位点AA基因型与AG基因型胸深存在显著差异(P<0.05)。【结论】香苏杂交猪KAT2B基因在各组织中均有表达且存在3个SNPs位点(g.36682G>A、g.104540G>T和g.106651A>G),KAT2B基因可作为与香苏杂交猪生长性状相关的候选基因。

香苏杂交猪IGFBP2基因克隆、组织表达及生物信息学分析

【目的】探究胰岛素样生长因子结合蛋白2基因(IGFBP2)在香苏杂交猪不同生长时期及组织中的表达差异,为进一步分析IGFBP2基因对香苏杂交猪生长发育分子机制提供基础数据。【方法】采用PCR扩增得到香苏杂交猪IGFBP2基因的编码区(CDS)序列,利用在线软件对IGFBP2基因的CDS序列进行生物信息学分析,利用克隆的CDS构建系统发育进化树。使用实时荧光定量PCR检测IGFBP2基因在香苏杂交猪不同阶段各组织中表达情况。【结果】猪IGFBP2基因CDS全长951 bp,共编码316个氨基酸残基,蛋白二级和三级结构以无规卷曲为主,为亲水性稳定蛋白,且IGFBP2蛋白氨基酸序列中以甘氨酸(13.0%)和亮氨酸(12.3%)为主。同源性分析发现,香苏杂交猪IGFBP2基因与野猪、牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果显示,IGFBP2基因在3日龄、6月龄和12月龄香苏杂交猪的心脏中相对表达量存在极显著差异(P<0.01,下同),且3日龄的相对表达量较高;在肝脏中,12月龄的相对表达量显著高于3日龄和6月龄(P<0.05,下同),3日龄与6月龄无显著差异(P>0.05,下同);在脾脏中,3日龄的相对表达量极显著高于6月龄和12月龄,12月龄的相对表达量显著高于6月龄;在肺脏中,3日龄的相对表达量极显著高于6月龄和12月龄,而6月龄与12月龄的相对表达量无显著差异;在肾脏中,3日龄、6月龄和12月龄的相对表达量间均存在显著差异;在背最长肌中,6月龄与12月龄的相对表达量存在显著差异,且IGFBP2基因在3个年龄阶段的背最长肌中的相对表达量均较低。【结论】IGFBP2基因在香苏杂交猪不同生长时期各组织中均差异表达,且在与甘油三酯和脂肪酸合成代谢相关组织(肝脏)中高特异性表达,可能表明IGFBP2基因对脂肪的合成、代谢和沉积具有重要调控作用。

F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因多态性与生长性状的关联性

【目的】筛选出F_(3)代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的方法对164头F_(3)代香苏杂交猪群体DKK1基因进行SNPs鉴定,采用Excel 2017计算不同基因型的基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC),以卡方(χ;)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并在此基础上分析F_(3)代香苏杂交猪SNPs位点与生长性状的关联性。【结果】在F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因的Exon-3,4区域发现6个SNPs位点,分别是A2010T、G2012C、C2014T、A2040C、C2042A和G2044C。6个SNPs位点的Ho均高于He,其中,A2010T、G2012C、A2040C、C2042A和G2044C等5个SNPs位点的PIC处于中度多态水平,C2014T位点的PIC则处于低度多态水平。χ;检验结果表明,仅C2042A位点处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),其他5个SNPs位点(A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点的不同基因型在体高、胸围、管围、胸深和腿臀围方面表现出差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)。【结论】F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点不同基因型与体高、胸围、管围、胸深和腿臀围呈显著或极显著相关,可作为培育新品系的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。