多个Y-STR等位基因缺失及AZF分析

本文探讨多个Y-STR基因座等位基因分型缺失特点及其与AZF(无精子因子)缺失相关性,为法医学应用提供参考。使用Y-STR试剂盒(Yfller Platinum、SureID PathFinder Plus)对23461份男性家系个体血样分析,发现4个及4个以上Y-STR分型缺失样本共14例,使用Y染色体微缺失检测试剂盒检测序列标签位点(sequence-tagged site,STS),根据缺失STS,评价样本Y染色体AZF区缺失情况。结果显示:多个Y-STR分型缺失比例为0.0597%(14/23461),短臂1例,长臂13例,来自不同家系,分型互不相同;13例长臂多个分型缺失样本在AZF区均检出STS缺失,1例短臂多个分型缺失样本未检见异常。本研究提示发生于Y染色体长臂多个STR分型缺失与AZF区微缺失存在对应性,该类分型个体存在不育的生物学基础。

基于Y-SNP和Y-STR揭示汉族人群父系遗传关系

汉族是中国人口最多的民族,现有研究多集中于汉族人群的起源、迁徙、融合等遗传历史,以及局部地区汉族人群的父系遗传关系,鲜有全局视角下的汉族人群父系遗传结构研究。本研究检测了362份青海、四川和辽宁的汉族无关男性样本,整合已发表文献相关数据,最终获得了国内15个省份16个汉族人群1830人份样本,覆盖89个Y-SNP、16个Y-STR的数据。通过统计Y-SNP单倍群频率、Y-STR单倍型多样性,使用主成分分析(principal component analysis,PCA)、系统发育树、单倍型网络等分析,综合Y-SNP和Y-STR两个反映不同时间尺度的遗传标记,研究不同地区汉族人群之间的遗传分化、汉族人群与其周边少数民族的遗传关系。单倍群频率统计结果显示单倍群O-M175是汉族人群主体单倍群(青海汉族60.53%~广东汉族92.7%),其下游亚单倍群呈现地域差异化分布。单倍群O2-M122高频分布于各地汉族,总体分布趋势北高南低;单倍群O1b-M268分布频率由南向北递减,尤其在岭南地区汉族人群中分布显著;单倍群O1a-M119在中部汉族人群中分布频率较高。汉族人群遗传结构研究表明,其主要分为北部、中部及南部三个聚类簇,其中青海汉族与其他地区汉族存在一定的遗传分化。在合并少数民族的遗传关系研究中,汉族人群彼此之间遗传关系更紧密,但北部汉族与回族遗传关系更近,而南部汉族则与仡佬族、黎族遗传关系更近。总之,本文基于89个Y-SNP和16个Y-STR,系统地研究了中国不同地域的汉族人群的单倍群分布、遗传亚结构及其与周边少数民族的遗传关系,为群体遗传学、法医遗传学补充理论依据,为Y染色体的法医学应用提供数据支撑。Y-SNP单倍群结合Y-STR单倍型对于分析汉族人群遗传亚结构以及法医学应用具有重要作用。

59个Y-STR基因座的法医学多态性应用效能评估

为了评估法医学DNA数据库建设中涉及的59个Y-STR基因座的遗传多态性和法医学应用效能,通过AGCU Y SUPP PLUS试剂盒和AGCU Y37试剂盒检测374个广东汉族无关男性个体,将检测出的59个Y-STR基因座按照突变率的高低进行分类组合和统计分析。结果显示,59个Y-STR基因座联合运用在374个无关男性个体中检出了374个单倍型,其中44个中低突变Y-STR组合、15个高快突变Y-STR组合分别检出373和372个单倍型。59个Y-STR的基因多态性数值分布在0.0551(DYS645)~0.9580(DYF387S1 a/b)之间。结果表明,这59个Y-STR在广东汉族群体中均具有良好的多态性,按中低突变Y-STR组合和高快突变Y-STR组合研发新的检测体系可更好地满足法医实践的不同需求。

内蒙古赤峰地区蒙古族35个Y-STR和3个Y-InDel的遗传多态性

调查35个Y-STR基因座和3个Y-InDel标记在内蒙古赤峰地区蒙古族的分布情况并计算与其他蒙古族男性群体的遗传距离。应用YfilerTM Platinum复合扩增试剂盒检测1318名赤峰地区蒙古族无亲缘关系的男性个体在35个Y-STR基因座和3个Y-InDel标记的基因分型。32个Y-STR单拷贝基因座分别检测到4~16种“等位”基因;3个Y-STR多拷贝基因座(DYS527、DYF387S1、DYS385)分别检测到60、59、79种“等位”基因组合。单倍型多样性为0.999974。经与YHRD数据库中其他蒙古族男性群体共有的25个Y-STR基因座统计数据比较,发现赤峰地区蒙古族男性与呼和浩特蒙古族遗传距离最近(Rst=0.0516),与呼伦贝尔蒙古族遗传距离最远(Rst=0.1091)。所检测35个Y-STR基因座和3个Y-InDel标记在内蒙古赤峰地区蒙古族男性群体中具有丰富的遗传多态性。

新Y-STR DYS605在山西汉族人群中的多态性分布

为了应用更多的Y染色体特异性STR基因座以用于法医学和人类遗传学研究,用PCR结合PAGE技术检测128例山西汉族无关男性DYS605等位基因分布状况。结果显示:山西地区汉族男性DYS605基因座观察到22,21,20,19,18共5个等位基因,基因频率分别为0.0156.0.1797;0.4531;0.2891;0.0625。等位基因20和19之间的电泳距离在非变性胶上非常接近,要有足够的电泳距离才能区分。测序表明该基因座包括3个串联重复区,其中一个为可变重复区。20例女性DNA未发现扩增产物。

17个Y-STR基因座在广东汉族人群中的单倍型频率及突变率

目的调查Y-filer检测系统中17个Y-STR基因座在广东汉族中的多态性及遗传稳定性,研究其法医学应用效能。方法应用Y-filer检验体系对广东汉族1000个男性无关个体及1000对确定亲子关系的父子进行Y-STR分型,计算17个Y-STR基因座的的单倍型频率,对发生突变的基因座进行单基因座扩增和测序验证后计算突变率。结果 1000个广东男性无关个体中没有发现相同的单倍型,单倍型多样性达到1.0000,17个Y-STR基因座的基因多样性值在0.4285（DYS391）~0.9654（DYS385a/b）之间。1000对父子17个基因座共观察17 000次减数分裂,共发现46次突变,平均突变率为0.0027（95%CI,0.0020~0.0036）。结论 Y-filer检测系统在广东汉族人群中具有高度多态性,在父权鉴定、个体识别等法医学应用中具有重要价值。

云南4个少数民族8个Y-STR位点的多态分布

对云南蒙古族、纳西族、普米族和藏族 4个少数民族共 1 83份样本进行了 8个Y STR位点的多态性分析。结果显示 :4个民族都保留着较高的Y STR遗传多态性 ,在测出的 5 5个等位基因中共构建了 1 0 1种单倍型 ,其中蒙古族有 2 9种 ,纳西族有 1 7种 ,普米族有 2 6种 ,藏族有 4 5种。Rst距阵表明 ,云南蒙古族与普米族和纳西族的遗传距离最远 ,分别为 0 2 894 5和 0 2 5 86 2 ;云南藏族与普米族的遗传距离较远 ,为 0 2 0 1 0 9;云南藏族与纳西族的遗传距离最近 ,比其他民族两两之间的距离小 1个数量级 ,仅为 0 0 94 75。结合历史学和民族学对

4个Y-STR基因座的多态性及其法医学应用的研究

通过荧光标记引物结合ABI 377型全自动DNA测序仪检测自动分型方法对中国壮族及汉族人群中各 10 0例无关男性个体的A10、C4、A7 1、A7 2等 4个Y染色体特异的基因座的等位基因及单倍型的分布进行了调查。结果发现A10、C4、A7 1、A7 2基因座分别有 7、6、6、6个等位基因 ,基因多样性 (GD)分别为 0 7776 0 6 2 9(壮 汉 )、0 773 0 732、0 5 978 0 72 72、0 6 6 6 4 0 6 4 5 8。在 2 0 0个观察样本中共发现 114种单倍型 (haplotype) ,单倍型多样性 (haplotypediversity,HD)分别为 0 9786 0 9772 (壮 汉 )。通过测序确认基因座核心重复序列及等位基因核心序列重复数。建立了这 4个基因座的复合扩增体系 ,分型准确清晰。还对这 4个基因座的男性特异性、遗传稳定性、灵敏度等法医学有关指标进行了考察并且在实际案例中进行了应用 ,结果证明 ,这 4个Y STRs基因座非常适应于法医检验 。

16个Y-STR基因座在广西苗族、瑶族、侗族人群中的遗传多态性

目的调查16个Y-STR基因座在广西苗族、瑶族、侗族人群中的遗传多态性,考察其法医学应用价值。方法应用AmpF詛STR誖YfilerTMPCR扩增试剂盒对广西地区253名健康志愿者(67名苗族、99名瑶族和87名侗族)进行Y-STR基因座分型检测,统计16个Y-STR基因座的等位基因分布频率和群体遗传学参数,并对3个民族之间的分布差异进行分析。结果在3个民族中DYS385基因座检到的等位基因数最多,而DYS437基因座检到的等位基因数最少。苗族人群中基因多样性(GD)在0.2619(DYS438)～0.9417(DYS385),瑶族人群中GD在0.317 0(DYS391)～0.955 9(DYS385),侗族人群中GD在0.305 3(DYS391)～0.943 3(DYS385)。DYS391和DYS438基因座在3个民族之间差异无统计学意义(P>0.05)。结论这16个常见Y-STR基因座在广西地区3个主要民族中具有法医学应用价值,可用于检案和基础研究。

中国汉族及日本群体7个Y-STR位点及单倍型的遗传多态性和群体差异

目的调查Y染色体7个STR位点及单倍型的遗传多态性并分析其群体差别。方法应用PCR、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显色分型技术,检测45例中国汉族及59例日本男性DNA样品。结果在DYS393、DYS389Ⅰ、DYS19、DYS390、DYS389Ⅱ、DYS392等6个位点中共检出33个等位基因,DYS385位点检出39个等位基因组,其频率分布在0.0169～0.6444之间,DP值分布在0.5406～0.9579之间,以DYS385位点最高。7个位点数据综合比较,二组群体间在遗传学上存在显著性差异P<0.05。由7个位点组成的单倍型有95种,中国汉族有41种,DP值为0.9960,日本群体有54种,DP值为0.9965,2群体间未发现相同的单倍型。结论上述7个STR位点属于高鉴别能力位点,单倍型具有很高的遗传多态性并显示出明显的民族特征。

17个Y-STR基因座在亲子鉴定中的应用研究

本研究探讨AmpFlSTR YfilerTM复合扩增系统中的17个Y-STR基因座在法医学亲子鉴定案检实际工作中的非父排除能力,以及在中国人群中的基因突变情况。采用业已经Reliagene Y-PLEXTM6和本实验室建立的"9个短片段长度Y-STR复合扩增系统"检测的36对非父子和84对真父子,用YfilerTM试剂盒进行PCR复合扩增,PCR产物用ABI3100基因测序仪基因扫描方法检测和分析;统计每一非父子对中排除亲子关系的Y-STR基因座的个数,观察真父子对中Y-STR基因座基因突变情况;并与以往采用Reliagene Y-PLEXTM6系统和"9个短片段长度Y-STR复合扩增系统"的检测结果进行对比。结果表明:YfilerTM系统检测36对非父子,其中1对非父子不能排除,其余35对均有3个以上Y-STR基因座可以排除亲子关系;有3个以上Y-STR排除的非父子对占97.22%(35/36),高于Y-PLEXTM6系统的92.11%(35/38)和"9个短片段长度Y-STR复合扩增系统"的91.67%(33/36);除1例Y-STR不能排除的非父子对外,其余的35对平均每一非父子对有11.3个Y-STR基因座可以排除亲子关系。YfilerTM系统检测84对真父子,观察到DYS437、DYS439、DYS635、DYS389Ⅱ和DYS19等5个基因座各出现1次基因突变事件,均表现为相差1个核心序列,每一基因座每次减数分裂的平均突变率为3.50×10-3;Y-STR基因突变案例占检测案例的5.95%(5/84),高于Y-PLEXTM6系统的2.15%(2/93)和"9个短片段长度Y-STR复合扩增系统"(0/84)。结论:YfilerTM系统检测的Y-STR基因座较多,在亲子鉴定实践中具有较高的非父排除能力,但该系统的基因突变问题不容忽视。

云南泸西汉族17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查云南泸西县汉族群体17个Y-STR基因座的多态性分布,探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用AmpFSTRYfiler荧光标记复合扩增系统扩增156名汉族无关男性个体的17个Y-STR基因座,用ABI3100遗传分析仪进行基因检测,计算等位基因及单倍型频率,并结合已公开发表的国内外其他16个群体的遗传学资料,分析各群体间的遗传距离。云南泸西汉族男性群体中,共观察到154种单倍型,其中152种为仅观察到1次的单倍型,2种单倍型观察到2次,单倍型多样性(HD)值为0.9998,基因多样性(GD)值在0.3901(DYS437)—0.9632(DYS385a/b)。17个群体遗传距离分析提示,国内人群云南泸西汉族与湖南汉族的遗传距离最小(0.005),与闽南汉族的遗传距离最大(0.035);在中国周边群体中,云南泸西汉族与新加坡华人的遗传距离最小(0.015),与日本人和马来西亚印度人群的遗传距离最大(0.060)。结果表明,17个Y-STR基因座在云南泸西汉族中具有较高的遗传多态性,适用当地的法医学应用。与其他民族群体的遗传多样性比较,对了解各群体的起源、迁徙及相互关系有重要意义。

Y-STR遗传标记在大家系中的突变

目的调查大家系中Y-STR基因座在减数分裂等位基因传递过程中的突变现象。方法收集一个林姓父系家系的163个男性个体口腔拭子样本,采用AGCU Y24荧光检测试剂盒(AGCU Y24体系)进行22个Y-STR遗传标记分型。AGCU Y24体系包含YfilerTM复合扩增试剂盒(Yfiler体系)的全部16个YSTR遗传标记。比较该家系内男性个体两两之间的Y-STR分型差异。结果该林姓家系163个男性个体在Yfiler和AGCU Y24体系分别获得20和30种单倍型,男性个体两两之间单倍型差异率分别为0.9105和0.922 7,平均遗传标记差异数目分别为6.582 1个和9.824 8个。男性个体两两之间的单倍型差异率随着减数分裂次数增多而增加。结论 Y-STR突变会使同一父系男性个体的Y-STR基因分型产生差异,随着减数分裂次数增多差异增加。

9个Y-STR基因座荧光复合扩增系统的法医学应用

目的建立9个Y-STR基因座的复合扩增系统,提高Y-STR的法医学检测效能。方法6-FAM标记DYS434、Y-GATA-A10、DYS438、DYS439,HEX标记DYS531、DYS557、DYS448,TAMRA标记DYS456、DYS444引物,PCR复合扩增,毛细管电泳得到结果,考察扩增系统的个体识别能力、灵敏度、特异性、组织同一性。结果所建立的9个Y-STR复合扩增系统分型清晰,单倍型多样性达0.9968,特异性好,灵敏度高(0.5ngDNA),并且在男女混合斑检验上较常染色体STR分型更有优势。结论9个Y-STR复合扩增系统具有较高的识别能力,对建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传学和进行法医学混合斑物证鉴定有重要意义。

Y-STR基因座分型缺失分析

目的分析Y-STR基因座等位基因分型缺失数据,为法医学提供应用参考。方法收集浙江汉族4477名无关男性个体血样,自动工作站磁珠法提取DNA,Y-filer^(TM)试剂盒进行复合扩增,GeneMapper ID v3.2分析软件分析Y-STR数据,统计出现基因分型缺失的概率。结果在4477名无关个体的Y-STR数据中,有来自23种单倍型的26个样本Y-STR分型各有1个短片段基因座的基因分型缺失,而其它长片段基因座的分型均完全正常。基因分型缺失的发生频率为0.518%。结论Y-STR基因座分型缺失具有一定的发生率,在日常检案中应注意防止误判。

武汉汉族群体3个多拷贝Y-STR基因座的遗传多态性

目的提供DYS385、DYS459和DYS464基因座的群体遗传学资料。方法用荧光标记引物及ABI 3100型基因分析仪对武汉地区176名汉族男性无关个体的DYS385、DYS459和DYS464 3个多拷贝Y-STR基因座进行分型。结果在DYS385和DYS459基因座的个体,可观察到1～2个不同长度的扩增产物;DYS464基因座个体,可观察到1～4个不同长度的扩增产物。DYS385基因座检出14个等位基因及47种单倍型,DYS459检出4个等位基因及7种单倍型,DYS464检出9个等位基因及51种单倍型,其单倍型多样性分别为0.9591、0.6047和0.9560。3个基因座构成的联合单倍型共有133种,其多样性值达0.9909。结论3个多拷贝Y-STR基因座均为高多态性的遗传标记,联合应用具有较高的个体分辨能力。

陕西渭南地区汉族人群17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查陕西渭南地区汉族群体17个Y-STR基因座的多态性，探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用Y-filer荧光标记复合扩增系统，对413名陕西渭南地区汉族无关男性个体17个Y-STR基因座进行复合扩增，用AB13130遗传分析仪进行基因分型，计算各基因座的群体遗传学参数，并结合已经发表的其他lO个群体相应基因座的单倍型资料，分析各群体间的遗传距离。413名陕西渭南汉族个体共检出405种单倍型，其中397种单倍型仅出现1次，单倍型多样性达0．9999，基因多样性（GD）为0．4130（DYS391）～0．9734（DYS385a／b），累计GD值为0．9999。遗传距离分析提示，陕西渭南汉族与辽宁满族的遗传距离最小（0．00110），与青海藏族的遗传距离最大f0．22333）。结果表明，17个Y-STR基因座在陕西渭南汉族群体中具有丰富的遗传多态性和较高的非父排除能力，在法医学和人类群体遗传学研究中具有重要价值。

河南汉族14个Y-STR基因位点单倍型的遗传多态性

目的:检测河南汉族群体14个Y-STR位点单倍型的遗传多样性,探讨其在法医物证学中的应用价值。方法:应用PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带技术,分析DYS713、DYS720、DYS635、DYS456、DYS389Ⅰ、DYS390、DYS389Ⅱ、H4、DYS460(A7.1)、DYS391、DYS448、DYS393、DYS439及DYS392等14个Y-STR位点单倍型在203名河南汉族无关个体中的分布,并用于2例法医物证检案的判定。结果:203例样本中共检出203种单倍型,单倍型多样性高达1,个体识别率为0.999976。应用于2例法医物证检案,得到准确判断。结论:构建的Y-STR复合体系具有较高单倍型遗传多态性和个体识别力。

湖北地区汉族人群24个Y-STR基因座遗传多态性研究

目的 对湖北汉族人群24个Y-STR基因座多态性进行调查,并获得相关的基础遗传学数据.方法 应用AGCU Y24 STR荧光标记复合直接扩增系统及3130XL型DNA测序仪,对湖北地区320对已确定父子关系的640个男性个体血样进行24个Y-STR检测分型.结果 在320名父亲男性个体中,在DYS391、DYS389工、DYS439、DYS389Ⅱ、DYS438、DYS449、DYS456、DYS458、DYS437、DYS635、DYS448、Y-GATA-H4、DYS447、DYS19、DYS392、DYS522、DYS393、DYS388、DYS390、DYS444基因座在湖北地区汉族人群分别检出4～17个等位基因,DYS527a/b检出45个等位基因组,DYS385a/b检出57个等位基因组,各基因座基因多样性最低为0.3838,最高为0.9650;并检出320种单倍型.比对320对父子Y-STR分型,在7680次基因遗传传递中,在DYS449、DYS527、DYS444、DYS389Ⅱ、DYS447、DYS522、DYS385、Y-GATA-H4等10个基因座中检出16个突变,突变率为1.5625‰～1.5653％,平均突变率为2.0833‰;等位基因增加突变与等位基因减少突变比为1∶1.结论 24个基因座单倍型在湖北地区汉族人群中具有丰富的遗传多态性,其数据对法医学应用、Y-STR数据库建设和群体遗传学等研究应用具有重要意义.

Y-STR单倍型在大家系中的差异研究

目的研究三种不同的Y-STR分型体系(Yfiler,Yfiler~?Plus和快速突变Y-STRs)在家系遗传过程中所展现出的变异程度。方法选取一遗传关系清晰的汉族家系,利用Yfiler~?Plus复合扩增系统和包含7个快速突变Y-STR基因座的复合扩增系统,得到所采男性样本32个Y-STR基因座的分型数据,统计分析Y-STR单倍型在世代遗传中的变化程度。结果同一家系不同男性个体的Y-STR单倍型具有一定的多样性,并且与Y-STR单倍型包含的基因座数量和基因座突变率有关;当家系中两名男性个体相隔10次减数分裂时,其Yfiler单倍型不一致的概率为7.35%,Yfiler Plus单倍型不一致的概率是91.2%,快速突变Y-STR单倍型不一致的概率则为100%。结论包含不同Y-STR基因座组合的Y-STR单倍型在世代遗传过程中的变化程度差异较大,在亲权鉴定和家系排查过程中特别是当Y-STR分型体系包含快速突变Y-STR基因座时应留心关注。本研究对Y-STR数据库建设中的采样规则和基因座选择也有参考价值。