利用牛Y染色体重复序列进行早期胚胎性别鉴定的研究

本试验利用Y染色体重复序列作为雄性特异性引物,以肿瘤坏死因子(TNF-α)为内标引物建立多重PCR体系,进行牛早期胚胎性别鉴定。共设计四对引物—Y染色体重复序列外引物和内引物,其大小分别为534bp和480bp;肿瘤坏死因子外引物和内引物大小分别为357bp和272bp。试验结果表明,优化后的多重PCR体系的灵敏度分别达到3个胚胎细胞,准确率100%,可以满足早期胚胎性别鉴定的需要。

Sry基因和Y染色体重复序列在牛早期胚胎性别鉴定中应用效果的比较

本试验以牛Sry基因和Y染色体重复序列作为雄性特异性基因,分别设计引物,建立多重巢式PCR体系,比较二者在牛早期胚胎性别鉴定中的应用效果。试验结果表明,当扩增体系中的模板量为一个胚胎细胞的DNA量时,以Y染色体重复序列构建的扩增体系比Sry基因具有更高的灵敏度和稳定性,更适合用于牛早期胚胎性别鉴定。

Y染色体短串联重复序列微流控芯片复合扩增检测体系研究

目的构建Y染色体短串联重复序列(Y-STR)微流控芯片扩增检测试剂,并进行性能验证,实现Y-STR基因座的快速全集成检测。方法使用Y-STR微流控芯片检测体系,对其灵敏度、成功率和分型准确率、峰平衡性、精准性和准确性、检材适应性、混合物检测能力和抗抑制性进行验证评估。结果DNA标准品9948的模板量≥8 ng,血卡片数≥3片以及口腔拭子刮擦次数≥7次时可获得Y-STR完整分型;165份样本的全集成检测成功率为91.52%,分型准确率为99.74%;不同荧光通道之间的峰高比值为89.81%;10次运行的等位基因分型标准品的片段大小标准差均在0.5 bp以内,20份样本全集成检测的等位基因片段和相应的等位基因标准品之间的片段准确性均在0.5 bp以内;能够对口腔拭子、血卡、唾液卡、烟蒂、血棉签、布片精斑等检材进行准确分型;混合样本中较小贡献者与较大贡献者在1∶3的比例时可获得完整基因分型;在不同浓度的腐殖酸(50~400 mg/L)、靛蓝(20~100 nmol/L)、血红蛋白(100~500μmol/L)等抑制物的干扰下,该体系可获得完整基因分型。结论该体系可应用于国产Quick TargSeq法医DNA现场快速检测系统使用,可在法医学实践中选用。

皖西南地区汉族人群23个Y染色体短串联重复序列基因座遗传多态性

目的对皖西南地区汉族人群23个Y染色体短串联重复序列(Y-STR)基因座遗传多态性进行调查,并获得相关的基础遗传学数据。方法应用Power PlexY23荧光标记复合扩增系统对样本进行扩增,使用Genemapper V3.2软件对皖西南地区汉族646名男性无关个体电泳数据进行分型。结果 23个Y-STR基因座共检出628种单倍型,其中4种单倍型出现2次,检出单倍型最多的是DYS385a/b基因座(54种),其余基因座分别检出4~11种单倍型。23个Y-STR基因座中基因多样性(GD)值最高的为DYS385a/b基因座(0.945 3),最低的为DYS438基因座(0.261 4),其余基因座GD值为0.371 8~0.838 0。结论 23个Y-STR基因座在皖西南地区汉族人群中具有丰富的遗传多态性,为群体遗传学、法医学应用、医学研究提供数据支撑。

河南汉族人群9个Y染色体短串联重复序列单倍型遗传多态性

目的:检测河南汉族人群中DYS456、DYS389Ⅰ、DYS392、DYS389Ⅱ、H4、A7.1、DYS448、DYS393及DYS439等9个Y染色体短串联重复序列(Y-STR)位点构建的单倍型遗传多样性。方法:180名河南汉族健康无关男性个体、50名女性个体及经常染色体STR检测确定的20对真父子和20对非父子为测定对象,应用PCR-聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显带技术分析上述9个Y-STR位点等位基因及单倍型分布情况。结果:180名河南汉族健康无关男性个体中上述9个位点的等位基因检出数目分别为5、5、8、7、5、5、7、5和5个,基因多样性分别为0.6501、0.6330、0.8147、0.7633、0.5858、0.6857、0.7521、0.7019和0.6472,共检测出180种由上述9个Y-STR位点构建的单倍型,单倍型多样性为1。50名女性样本中均未检测到任何扩增产物。在20对真父子样本中,各父子对的9个Y-STR位点检测结果均完全一致。在20组非父子样本中,各非父子对均有至少5个Y-STR位点的检测结果不一致。结论:上述9个Y-STR位点构建的Y-STR单倍型具有较高的遗传多态性。

24个Y-STR基因座在云南苗族人群中的序列多态性

目的研究法医学常用Y-STR基因座在中国云南苗族男性个体中的序列多态性。方法采用M48磁珠提取纯化试剂盒提取样本DNA,使用ForenSeqTM DNA Signature Prep试剂盒制备文库,Miseq FGx平台进行测序,ForenSeq Universal Analysis v1.2.1软件进行数据分析,用Arlequin v3.5软件计算各Y-STR基因座相关的统计学参数,将Y-STR基因座长度多态性与序列多态性进行比较。结果108名云南苗族个体中共检出106种单倍型,总体单倍型多样性(HD)和Y-STR分型系统的分辨能力(DC)分别为0.9993和0.9815。24个Y-STR基因座共检出204个基因,基因多样性(gene diversity,GD)值为0.2177~0.9481,15个Y-STR基因座的GD值大于0.6。DYF387S1、DYS390、DYS389II、DYS437、DYS438、DYS448、DYS612基因座存在长度相同的基因核心序列不同的情况。结论该24个Y-STR基因座在云南苗族男性人群中具有丰富的遗传多态性。研究结果可为Y-STR数据库的建立、群体遗传学和法医学实践提供参考。

宁夏回族群体12个Y染色体短串联重复序列基因座多态性研究

目的获得12个Y染色体短串联重复序列（Y chromosome short tandem repeat，Y-STR）位点（DYSl9、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS385a、DYS385b、DYS437、DYS438、DYS439）在宁夏回族群体的多态性分布。方法应用PowerPlex Y荧光标记复合扩增试剂盒，对宁夏回族群体150名无关健康男性个体基因组DNA进行复合扩增，用ABl377测序仪对扩增产物进行检测，统计12个Y-STRs位点群体遗传学参数。结果12个基因座共检测出75个等位基因，频率分布在0．0067～0．7067之间，基因多样性（gene diversity，GD）分布在0．4446～0．8877之间。在150名无关个体中，共有148种不同的单倍型，其中只有两种单倍型分别为两名个体共有，12个Y-STRs位点联合构成的单倍型多样性为0．9864。结论12个Y-STRs基因座在宁夏回族群体具有较强的个体识别能力，可应用于群体遗传学及法医学研究。

新Y-STR DYS605在山西汉族人群中的多态性分布

为了应用更多的Y染色体特异性STR基因座以用于法医学和人类遗传学研究,用PCR结合PAGE技术检测128例山西汉族无关男性DYS605等位基因分布状况。结果显示:山西地区汉族男性DYS605基因座观察到22,21,20,19,18共5个等位基因,基因频率分别为0.0156.0.1797;0.4531;0.2891;0.0625。等位基因20和19之间的电泳距离在非变性胶上非常接近,要有足够的电泳距离才能区分。测序表明该基因座包括3个串联重复区,其中一个为可变重复区。20例女性DNA未发现扩增产物。

壮族非亲缘男性个体中9个短片段Y-STR基因座遗传多态性的研究

本研究探讨中国最大少数民族壮族Y染色体特异短串联重复序列(Y-STR)单倍型的遗传多态性。采用多重PCR扩增和ABIPrismTM3100基因测序仪荧光检测方法,对85名壮族非亲缘男性个体的9个短片段长度Y-STR基因座,进行基因频率和单倍型频率的调查。结果表明:在85名非亲缘男性个体中,除DYS426基因座多态性较低,其余8个基因座的GD值的分布在0.4387-0.8129之间。9个Y-STR基因座的单倍型共有70种,单倍型多样性达0.9926。结论:壮族非亲缘男性个体Y-STR单倍型的遗传多态性丰富,与我们以往的南方汉族非亲缘男性群体遗传资料相比较,具有显著的差异。

多拷贝基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性分析

目的:研究Y染色体上1个新的多拷贝短串联重复序列基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性。方法:采集248名河南汉族无关男性个体的血标本,提取基因组DNA,PCR法扩增,用中性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物并测序,采用ABI 3130基因自动分析仪和Gene Mapper ID v3.5软件分析结果。结果:DYF399S1基因座为3拷贝,在河南汉族群体继续表现为(GAAA)3N7(GAAA)12-22其模块结构包括1个重复数目变异的核心序列和1个固定的重复序列结构。按其变异模块命名等位基因,共发现11个等位基因。在248名河南汉族无关男性个体中,3个拷贝组成的单体型有94种,其中出现最多的单体型是18/18/18,频率是0.080 6,仅出现1次的单体型有49种,频率是0.004 0;单体型辨别能力(DC)是0.372 5,单体型多样性(HD)和个体识别力(DP)分别为0.865 5和0.862 1。结论:DYF399S1基因座具有高度的多态性,适用于法医学实践和人类进化的研究。

13个快速突变Y-STR复合扩增体系的建立

目的 建立一套包含迄今所知全部13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系,并对其进行性能验证及法医学应用价值评估。方法 采用五色荧光标记技术,通过引物设计、体系调配,构建出包含13个快速突变Y-STR基因座(DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS526、DYS449、DYS518、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626、DYS627)的一套复合扩增体系。根据文献和Sanger法测序,总结了一套快速突变Y-STR基因座的推荐命名方式。对该体系的灵敏度、种属特异性、抗抑制能力等性能及对DNA混合样本的扩增效果进行测试。结果 成功构建了一套快速突变Y-STR检测体系,归纳整理了一套推荐命名方式。经优化,该体系在退火温度为59℃、扩增循环数为28次时扩增效果最佳。体系灵敏度达0.125ng,有良好的种属特异性,对EDTA、血红素、腐殖酸及靛蓝等有较强的抗抑制能力。在高浓度的女性背景下(男女成分比为1∶4000),体系仍能扩增出完整的男性DNA分型。同时,对不同比例的男性DNA混合样本也表现出较好的扩增效果。结论 本文构建的复合扩增检测体系性能良好,可用于男性家系的精细化排查,可作为常见Y-STR检测试剂盒的重要补充。

DYS712在山西汉族人群中遗传多态性分布

目的对DYS712基因座的基因多态性和法医学意义进行研究。方法山西汉族人群中随机筛选110例无关男性,抽取静脉血提取DNA,对其筛选的等位基因测序,构建等位基因分型标准物;按照ISFG(国际法医遗传学会)原则命名各等位基因。结果本研究首次选择了Y染色体基因座DYS712,为4核苷酸复杂重复STR。重复单位为:[AGAT]+[A-GAC]。在110例山西汉族无关男性个体血样中共检出了6个等位基因:20、21、22、23、24和25。基因频率分别为0.0273,0.1909,0.318 2,0.2636,0.1545,0.0455。基因多样性为0.7732,在法医学应用方面,其个人识别能力(DP)和非父排出率(PE)均为0.7732。结论新Y染色体基因座DYS712具有较高的遗传多态性,在法医学及人类遗传学方面具有较高应用价值。

济宁地区汉族人群16个Y-STR基因座遗传多态性

应用Y-fi ler荧光标记复合扩增试剂盒对济宁地区5585名汉族男性个体血样DNA进行分型,统计分析16个Y-STR基因座的遗传学参数,DYS391、DYS389I、DYS439、DYS389II、DYS438、DYS456、DYS458、DYS437、DYS635、DYS448、Y_GATA_H4、DYS19、DYS393、DYS390、DYS392、DYS385a/b基因座分别检出5-13种等位基因,DYS385a/b基因座共检出99个单倍型。基因座频率分布在0.0002-0.7560之间,基因多样性（GD）分布在0.3972-0.9634之间。16个Y-STR基因座在济宁汉族群体具有丰富的遗传多态性,可用于群体遗传学及法医学研究。

潮汕汉族群体27个Y-STR基因座的单倍型及遗传关系分析

目的调查Yfiler~?Plus试剂盒中所包含的27个Y-STR基因座在潮汕汉族男性群体中的单倍型数据,探讨其群体遗传关系及法医学应用价值。方法应用Yfiler~?Plus试剂盒对795名广东潮汕汉族无关男性个体外周血样进行27个Y-STR基因座分型检测,统计分析各基因座的等位基因频率及单倍型多样性,并结合目前国内外已公开发表的其他13个群体相同基因座的单倍型资料,分析潮汕汉族群体的遗传距离和聚类关系。结果 795名无关男性个体中共观察到787种单倍型,其中779种单倍型为唯一单倍型,8种单倍型分别出现两次。单倍型多样性(HD)为0.999975,系统识别能力(DC)达到98.99%。27个Y-STR基因座基因多态性(GD)范围为0.3637(DYS391)~0.9559(DYS385a/b);遗传距离Rst矩阵分析发现,潮汕汉族与广东汉族之间的遗传距离最近(0.0036),与甘肃藏族(0.0935)之间的遗传距离相对较远;基于遗传距离所构建的多维尺度分析MDS图与聚类分析结果基本相符。结论 Yfiler~?Plus试剂盒中包含的27个Y-STR基因座在潮汕汉族群体中具有丰富的遗传多态性,对建立Y染色体数据库,研究群体遗传学和进行法医学应用有重要意义。

贵州壮族人群25个Y-STR基因座遗传多态性

调查贵州黔东南苗族侗族自治州从江县壮族无关男性个体的25个Y-STR基因座的遗传多态性,并探讨与其他12民族群体的遗传关系。采用Y27plex荧光检测试剂盒复合扩增67例样本,采用3130XL遗传分析仪进行毛细管电泳检测,使用Arlequin 3.5、Mega 7.0、SPSS19.0等一系列遗传学软件对基因分型结果进行统计。除2个双拷贝基因座DYS385ab、DYS387S1分别检出8、10个等位基因外,其余23个单拷贝基因座共检出86种等位基因,等位基因个数为2~7不等,等位基因频率为(0.014 9~0.970 1),基因多样性GD值为0.058 8(DYS456)~0.823 6(DYS387S1),25个Y-STR基因座组成的单倍型共检出36种,其中66.7%为唯一单倍型,单倍型多样性HD值为0.957 9。Rst遗传距离矩阵显示:贵州壮族人群父系遗传结构与文献中的福建畲族、内蒙古的蒙古族、山西汉族人群较为相似,与广西壮族、云南哈尼族、新疆维吾尔族、辽宁满族、吉林朝鲜族、萨尔茨堡人群差异明显。而与新疆哈萨克族、安多藏族、西非人群差异显著。25个Y-STR基因座在贵州壮族人群中具有良好的遗传多态性,可应用于父系亲权关系鉴定。

曲阜地区孔姓人群17个Y-STR基因座遗传多态性分析

应用AmpFLSTR~Y-filer^(TM)PCR Amplification Kit荧光标记复合扩增试剂盒(ABI公司),对曲阜地区11 18名孔姓男性个体血样DNA进行PCR,扩增,统计分析17个Y-STR基因座的遗传学参数。实验结果显示,17个基因座除DYS385a/b基因座检出51个单倍型外,其余基因座上分别检出4~11种等位基因,等位基因频率分布在0.0009~0.8265之间。由17个基因座组成的YH单倍型系统共检出206种单倍型。根据Y-STR单倍型推断了Y-SNP单倍群,发现曲阜孔姓有3种高频单倍群:C3、Q1a1和O3,前两者有着明显的单祖先扩散结构,最可能是孔子类型。本实验通过对曲阜地区孔姓人群群体17个Y染色体短串联重复序列基因座遗传多态性的调查,记录、保存孔姓人群遗传学数据。

Y-STR检测技术在侦查破案中的应用研究

强化新技术新手段应用,推动刑侦队伍专业化建设,是实现我国刑侦工作高质量发展的关键。Y-STR检测技术应用于侦查实践具有广泛的理论基础与现实基础,其在家系排查、混合生物检材检验、亲缘鉴定等方面发挥了独特的作用,为侦破命案积案开辟了新的思路。随着Y库建设完善、刑侦队伍综合战斗力不断提高,染色体遗传标记技术联合使用,以及遗传系谱学等新兴手段、领域的深度结合,Y-STR检测技术将会不断优化改进自身战法,在侦查破案工作中展现出恒久的价值。

常规PCR和巢式PCR法鉴定牛早期胚胎性别体系的建立和优化

试验利用牛Y染色体重复序列作为雄性特异性引物,以肿瘤坏死因子(TNFα)为内标引物建立多重PCR和多重巢式PCR体系,进行牛早期胚胎性别鉴定。共设计4对引物—Y染色体重复序列外引物和内引物,其扩增片段大小分别为534bp和480bp,肿瘤坏死因子外引物和内引物,扩增片段大小分别为357bp和272bp。结果表明,4对引物均有很高的特异性和稳定性;多重PCR体系灵敏度为50pg(约8个细胞),多重巢式PCR体系灵敏度为10pg(约2个细胞),故多重巢式PCR体系更适合于牛胚胎性别鉴定。

鲁西地区汉族人群17个Y-STR基因座多态性及法医学应用

目的探讨鲁西地区汉族群体17个Y染色体短串联重复序列(Y chromosomal short repeat,Y-STR)基因座的多态性分布,探讨其法医学应用价值。方法应用AmpFLSTR?Y-filerTMPCR Amplification Kit荧光标记复合扩增试剂盒(ABI公司),对鲁西地区250名无关汉族男性个体血样DNA进行PCR扩增,用ABI3100XL遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳,用GeneMapper v3.2软件进行基因分型,统计分析17个Y-STRs基因座的遗传学参数。结果 17个基因座共检测出140个等位基因,频率分布在0.0040～0.640之间,基因多样性(gene diversity,GD)分布在0.4797(DYS391)至0.9664(DYS385)之间。在250例不同的个体中,由16个基因座组成的YH系统单倍型共检出244种单倍型,其中138种单倍型出现一次,2种出现6次,累计GD值为0.9996。结论 17个Y-STRs基因座在鲁西汉族群体具有较强的个体识别能力,可用于群体遗传学及法医学研究。