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基于生物信息学分析YOD1基因在胰腺癌中的作用
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作者 席晓明 赵闻侠 +2 位作者 李杨 张职铄 邵荣光 《中国医药生物技术》 2023年第5期402-414,共13页
目的通过TCGA数据库中胰腺癌的RNAseq,分析YOD1作为胰腺癌预后标志物的潜力及其对肿瘤免疫的影响,为胰腺癌的诊断及预后研究提供参考。方法通过TCGA数据获得RNA数据集;利用R survminer包对数据可视化,survival包分析YOD1对胰腺癌生存期... 目的通过TCGA数据库中胰腺癌的RNAseq,分析YOD1作为胰腺癌预后标志物的潜力及其对肿瘤免疫的影响,为胰腺癌的诊断及预后研究提供参考。方法通过TCGA数据获得RNA数据集;利用R survminer包对数据可视化,survival包分析YOD1对胰腺癌生存期的影响,对于TCGA和GTEx的TPM格式的RNAseq数据,利用ggplot2包可视化数据,pROC包对数据进行分析并绘制ROC曲线;使用linkedomics在线网站对差异基因进行GO和KEGG分析。通过miRWalk、TargetScan、miRDB、miRtarBase共同分析可能调节YOD1表达的miRNA。采用R-project中的GSVA包对数据进行可视化处理,采用免疫浸润算法ssGSEA分析YOD1对免疫细胞的影响;利用TIMER2.0在线数据库分析YOD1对免疫细胞浸润的影响。通过EdU和transwell实验验证YOD1对胰腺腺癌细胞增殖和迁移的影响。通过MTT实验验证YOD1对巨噬细胞增殖的影响。通过Western blot实验验证YOD1对巨噬细胞极化的影响。结果差异分析发现YOD1在胰腺癌中高表达;YOD1高表达患者的总生存期(P=0.028,HR=1.59)和无病生存期(P=0.036,HR=1.52)明显低于YOD1低表达患者;ROC曲线证明YOD1具有成为胰腺癌诊断标志的潜力(AUC=0.953,95%CI=0.931~0.975);通过不同网站预测发现,存在31种miRNAs对YOD1的表达起负性调控作用。KEGG富集分析发现,上述31种miRNAs主要富集在影响癌症进展、p53信号通路和胰腺癌进展;PPI网络分析,预测YOD1主要与VCP、UBC、UBB、UBP4、RPS27A、UBXN6、UFD1L、NPLOC4、FAF2、PLAA发生蛋白-蛋白相互作用;免疫相关分析发现YOD1与Th2免疫细胞在PAAD组织的浸润呈正相关(P<0.05),与TFH细胞的浸润呈负相关(P<0.05);体外实验验证YOD1能够促进胰腺癌细胞迁移、增殖,抑制巨噬细胞的增殖并逆转巨噬细胞由M2型向M1型极化。结论YOD1作为一种去泛素酶,可能通过影响肿瘤微环境来促进胰腺腺癌的发生发展,进而影响胰腺腺癌患者的预后。YOD1有潜力成为胰腺癌诊断和治疗的分子标志物。 展开更多
关键词 胰腺癌 yod1 生物信息学 肿瘤分子标志物
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LncRNA OCPAT1通过调控miR-320d/YOD1信号通路促进卵巢癌的发生及发展 被引量:1
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作者 黄晔 赖蔚菁 +1 位作者 黄如 刘佳华 《中国现代医生》 2021年第33期41-44,F0003,共5页
目的研究lncRNA OCPAT1调控miR-320d/YOD1信号通路在卵巢癌发生发展中的作用及机制。方法2019年1月至2020年12月应用TCGA和GTEX数据库筛选,通过qRT-PCR检测确认lncRNA AC007405.3(OCPAT1)在卵巢癌组织和细胞中的表达;在ES-2细胞中敲减OC... 目的研究lncRNA OCPAT1调控miR-320d/YOD1信号通路在卵巢癌发生发展中的作用及机制。方法2019年1月至2020年12月应用TCGA和GTEX数据库筛选,通过qRT-PCR检测确认lncRNA AC007405.3(OCPAT1)在卵巢癌组织和细胞中的表达;在ES-2细胞中敲减OCPAT1,通过实验验证,OCPAT1与miR-320d/YOD1的靶向调控关系。结果通过GTEX和TCGA数据库及qRT-PCR检测,确认OCPAT1高表达;敲低OCPAT1后,MTT增殖显示敲减后细胞增殖减低,EdU细胞增殖显示,敲减后处于复制期的细胞减少,流式细胞周期显示敲减后细胞停滞在G0/G1期,流式周期显示敲减后细胞凋亡增加,Transwell migration实验显示,敲减后抑制卵巢癌细胞ES-2的迁移能力,Matrigel invasion实验显示敲减后抑制卵巢癌细胞ES-2的侵袭能力。双荧光素酶报告基因实验证实,OCPAT1可以靶向作用于miR-320d。结论lncRNA OCPAT1可能通过靶向调控miR-320d/YOD1信号通路调控卵巢癌细胞增殖、迁移及侵袭,进而促进卵巢癌的发生及发展。 展开更多
关键词 LncRNA OCPAT1 miR-320d/yod1信号通路 卵巢癌 增殖 迁移 侵袭
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BYOD引领的教学模式变革你准备好了吗? 被引量:11
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作者 马燕 邓巧妹 郝明君 《数字教育》 2016年第5期1-6,共6页
BYOD是新兴的一个概念,BYOD引入课堂后颠覆了传统的教学模式,使学生在课堂上可以自主、交互地学习,激发学生的学习兴趣,优化教学效果。目前,BYOD应用于教育教学在我国还处于探索阶段。本文对BYOD教学模式的起源、发展、作用效果、限制... BYOD是新兴的一个概念,BYOD引入课堂后颠覆了传统的教学模式,使学生在课堂上可以自主、交互地学习,激发学生的学习兴趣,优化教学效果。目前,BYOD应用于教育教学在我国还处于探索阶段。本文对BYOD教学模式的起源、发展、作用效果、限制条件与面临的挑战、如何发展及未来发展等几方面进行阐述,指出BYOD教学模式在我国未来发展的方向及其对未来现代教育技术发展带来的挑战,以及在我国的教学应用中,如何更好地发挥BYOD的教学优势,实现其教学价值。 展开更多
关键词 Byod 教学模式 现代教育技术
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Overexpression of YOD1 Promotes the Migration of Human Oral Keratinocytes by Enhancing TGF-β3 Signaling
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作者 JU Qiang LI Meng Xue +6 位作者 CHEN Gang WANG Heng Xue SHI Qiao Mei GE Xing DING Zhen WANG Qi XU Li Chun 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2018年第7期499-506,共8页
Objective To investigate the effects of YOD1 overexpression on the proliferation and migration of human oral keratinocytes(HOKs), and to clarify whether the mechanisms involve transforming growth factor-β(TGF-β)... Objective To investigate the effects of YOD1 overexpression on the proliferation and migration of human oral keratinocytes(HOKs), and to clarify whether the mechanisms involve transforming growth factor-β(TGF-β) signaling. Methods HOKs were transfected with the plasmid p EGFP-N3-YOD1 containing YOD1. The mR NA levels of YOD1 and TGF-β were determined by q PCR. The protein expressions of YOD1, TGF-β, Smad2/3, Smad4, and phospho-Smad2/3 were determined by western blotting. Cell proliferation and migration were evaluated by Cell Counting Kit-8 assay and wound healing assay, respectively. Results The m RNA and protein levels of YOD1 were higher in HOKs transfected with YOD1. YOD1 overexpression significantly enhanced the migration of HOKs. The mR NA and protein levels of TGF-β3 were increased by YOD1 overexpression. HOKs transfected with YOD1 exhibited increased phospho-Smad2/3 levels. Conclusion YOD1 overexpression enhances cell migration by promoting TGF-β3 signaling which may play an important role in lip and palate formation. YOD1 mutation may contribute to aberrant TGF-β3 signaling associated with decreased cell migration resulting in NSCLP. 展开更多
关键词 Non-syndromic cleft lip and palate De-ubiquitinating enzyme yod1 Transforming growthfactor-β SMADS Cell migration
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去泛素化酶YOD1调控肝脏脂代谢的初步研究
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作者 周子欣 杨旭乐 +1 位作者 张许 李仲 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1735-1740,共6页
目的:探索去泛素化酶YOD1在肝脏营养代谢中发挥的作用。方法:通过Q-PCR检测高脂饮食C57BL/6小鼠、db/db小鼠肝脏中以及油酸(oleic acid,OA)处理后的Hepa1-6细胞内,YOD1的表达情况。在C57BL/6小鼠中,通过Q-PCR法检测YOD1的组织分布及不... 目的:探索去泛素化酶YOD1在肝脏营养代谢中发挥的作用。方法:通过Q-PCR检测高脂饮食C57BL/6小鼠、db/db小鼠肝脏中以及油酸(oleic acid,OA)处理后的Hepa1-6细胞内,YOD1的表达情况。在C57BL/6小鼠中,通过Q-PCR法检测YOD1的组织分布及不同营养状态下的表达情况。对Hepa1-6细胞中给予OA处理,通过甘油三酯试剂盒检测细胞内甘油三脂含量,并利用油红染色观察细胞内脂滴。经Q-PCR和蛋白免疫印迹法检测细胞内相关基因的m RNA及蛋白水平。结果:短期高脂饮食后,肝脏中YOD1的mRNA水平显著下降。而与对照组db/+小鼠相比,db/db小鼠肝脏中YOD1的mRNA水平无变化。但是,经OA处理后,Hepa1-6细胞内的YOD1的mRNA水平明显减少。另外,YOD1主要表达于肝脏中。小鼠禁食后,肝脏YOD1的mRNA水平显著增加,而再喂食后显著下降。此外,过表达YOD1的Hepa1-6细胞中OA诱导的脂质堆积明显减少,且SREBP-1c的剪切被抑制。结论:本研究初步发现,去泛素化酶YOD1的表达水平受营养状态调控,并通过抑制SREBP-1c的剪切影响肝细胞的脂代谢。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪肝 yod1 脂代谢 SREBP-1c剪切
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Blockade of deubiquitinase YOD1 degrades oncogenic PML/RARα and eradicates acute promyelocytic leukemia cells 被引量:2
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作者 Xuejing Shao Yingqian Chen +9 位作者 Wei Wang Wenxin Du Xingya Zhang Minyi Cai Shaowei Bing Ji Cao Xiaojun Xu Bo Yang Qiaojun He Meidan Ying 《Acta Pharmaceutica Sinica B》 SCIE CAS CSCD 2022年第4期1856-1870,共15页
In most acute promyelocytic leukemia(APL)cells,promyelocytic leukemia(PML)fuses to retinoic acid receptor α (RARα)due to chromosomal translocation,thus generating PML/RARαoncoprotein,which is a relatively stable on... In most acute promyelocytic leukemia(APL)cells,promyelocytic leukemia(PML)fuses to retinoic acid receptor α (RARα)due to chromosomal translocation,thus generating PML/RARαoncoprotein,which is a relatively stable oncoprotein for degradation in APL.Elucidating the mechanism regulating the stability of PML/RARαmay help to degrade PML/RARαand eradicate APL cells.Here,we describe a deubiquitinase(DUB)-involved regulatory mechanism for the maintenance of PML/RARαstability and develop a novel pharmacological approach to degrading PML/RARαby inhibiting DUB.We utilized a DUB siRNA library to identify the ovarian tumor protease(OTU)family member deubiquitinase YOD1 as a critical DUB of PML/RARα.Suppression of YOD1 promoted the degradation of PML/RARα,thus inhibiting APL cells and prolonging the survival time of APL cell-bearing mice.Subsequent phenotypic screening of small molecules allowed us to identify ubiquitin isopeptidase inhibitor I(G5)as the first YOD1 pharmacological inhibitor.As expected,G5 notably degraded PML/RARαprotein and eradicated APL,particularly drug-resistant APL cells.Importantly,G5 also showed a strong killing effect on primary patient-derived APL blasts.Overall,our study not only reveals the DUB-involved regulatory mechanism on PML/RARαstability and validates YOD1 as a potential therapeutic target for APL,but also identifies G5 as a YOD1 inhibitor and a promising candidate for APL,particularly drug-resistant APL treatment. 展开更多
关键词 Acute promyelocytic leukemia PML/RARa Deubiquitinase yod1 DEGRADATION Drug resistance INHIBITOR THERAPY
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应用CRISPR/Cas9技术构建YOD1基因敲除小鼠 被引量:1
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作者 戴红苗 付业胜 张令强 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期52-57,共6页
目的:应用CRISPR/Cas9技术构建去泛素化酶YOD1基因敲除小鼠。方法:针对YOD1基因设计单链向导RNA(sg RNA)识别序列,构建sg RNA质粒,与Cas9质粒体外转录、纯化后注射入受精卵,通过PCR和测序验证得到F0代阳性小鼠。配繁两代后,取同窝... 目的:应用CRISPR/Cas9技术构建去泛素化酶YOD1基因敲除小鼠。方法:针对YOD1基因设计单链向导RNA(sg RNA)识别序列,构建sg RNA质粒,与Cas9质粒体外转录、纯化后注射入受精卵,通过PCR和测序验证得到F0代阳性小鼠。配繁两代后,取同窝对照的野生型(WT)和敲除(KO)小鼠的主要组织器官研磨,使用免疫印迹(WB)技术检测各组织YOD1蛋白的表达,确证YOD1敲除小鼠模型是否成功建立。统计YOD1杂合子(HET)自交存活后代各基因型比例,分析是否有胚胎致死表型。解剖小鼠分析主要组织器官的表型,进一步利用H.E.染色分析KO小鼠是否存在自发的病理改变。通过血糖耐受实验(GTT)分析KO小鼠的血糖调控能力。结果:基因组测序和WB检测结果显示KO小鼠中YOD1被明显敲除,YOD1敲除小鼠模型成功建立。YOD1杂合子自交后代各基因型比例符合孟德尔定律,提示KO小鼠非胚胎致死。YOD1敲除小鼠肝脏显著小于WT小鼠。GTT结果表明敲除YOD1不影响小鼠的血糖稳态。结论:应用CRISPR/Cas9技术成功构建YOD1基因敲除小鼠。KO小鼠正常出生,无任何胚胎发育缺陷。与WT小鼠相比,KO小鼠肝脏显著减小,但无显著的自发病理变化,KO小鼠血糖控制亦无显著差异。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 yod1 基因敲除小鼠
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交互式数字电视系统的故障分析及处理
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作者 费宝堂 刘志恩 《辽宁广播电视技术》 2011年第3期51-53,共3页
本文简要介绍了交互式数字电视系统的工作流程及常见故障处理方法,为维护管理人员处理交互式数字电视相关问题提供了一些简单明了的解决方案,从而快速地判断故障原因并迅速解决问题。
关键词 yod STB IP_QAM PID
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17世纪白利·顿悦杰与西藏各宗派间的关系考述 被引量:1
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作者 泽仁曲措 《中国藏学》 CSSCI 北大核心 2022年第3期125-132,215-216,共10页
以讨伐佛教之敌为名,战胜康区的白利·顿悦杰地方势力,是格鲁派与和硕特蒙古在谋求西藏地方统治地位过程中的关键一步。五世达赖喇嘛始终将顿悦杰描述成与佛教为敌的苯教徒,其后的格鲁派著作相沿成习,三百年来有关这场纷争一直受到... 以讨伐佛教之敌为名,战胜康区的白利·顿悦杰地方势力,是格鲁派与和硕特蒙古在谋求西藏地方统治地位过程中的关键一步。五世达赖喇嘛始终将顿悦杰描述成与佛教为敌的苯教徒,其后的格鲁派著作相沿成习,三百年来有关这场纷争一直受到格鲁派历史叙事的影响,把他描述为影响佛教发展的阻扰,都是意识形态建构,属于斗争的一部分。仅仅从顿悦杰的个人宗派支持去理解格鲁派与顿悦杰的矛盾可能偏离了历史的真相,笔者新发现的地方性史料和文物唐卡,给我们展示了一个多元信仰的顿悦杰形象。格鲁派与顿悦杰的冲突根源也并非全因宗派差异导致,而是有深层次的经济和政治利益之争。文章试图利用在昌都多地和囊谦县新发现的史料,就顿悦杰与西藏各宗派的关系略作探讨,目的在于对传统的顿悦杰为苯教徒之说提出质疑,还原其作为一个政治人物对待宗教势力的工具化考量,将有关格鲁派与顿悦杰冲突原因的讨论引向深入。 展开更多
关键词 白利·顿悦杰 康区历史 清代西藏 历史叙事
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蒙古文典籍《本义必用经》之藏文来源考
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作者 格格其 孙鹏浩 《中央民族大学学报(哲学社会科学版)》 2024年第4期134-142,共9页
自1837年得到东方学学界关注以来,蒙古文典籍《本义必用经》(Ciqula kereglegci tegus udqatu neretu sastir,约1587—1620年间成书)的材料来源一直困扰着学界。或曰其为基于八思巴所撰《彰所知论》的译本,或曰译者利用多部藏文经典自... 自1837年得到东方学学界关注以来,蒙古文典籍《本义必用经》(Ciqula kereglegci tegus udqatu neretu sastir,约1587—1620年间成书)的材料来源一直困扰着学界。或曰其为基于八思巴所撰《彰所知论》的译本,或曰译者利用多部藏文经典自行编纂而成。本文通过语文学的分析和比对,首次认定这部蒙古文典籍的来源是1371年的藏文作品《必备论:见即获益》(Nyer mkho mthong ba don yod)。这一发现不仅为研究该典籍的翻译策略提供了必要的文本,也为研究这一时期的蒙藏史学史提供了新资料。 展开更多
关键词 《本义必用经》 《必备论:见即获益》 锡勒图·固什 帕竹(伯木古鲁)
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