YTH结构域家族蛋白2和叉头蛋白转录因子3在肺腺癌中的表达关系研究

目的 分析YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)及叉头蛋白转录因子3(FOXO3)在肺腺癌病人中的表达及与预后的关系。方法 收集2020年1月至2021年5月在郑州大学第一附属医院行手术治疗的肺腺癌病人癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织5 cm以上)80对,收集病人临床病理资料;利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库查询YTHDF2、FOXO3基因在肺腺癌中的表达水平;采用免疫组织化学法检测YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的表达情况;分析YTHDF2、FOXO3蛋白水平与肺腺癌病人临床病理资料的关系;分析肺腺癌中YTHDF2与FOXO3基因表达水平的相关性;对病人进行为期3年的随访,分析病人3年累积生存率。结果 YTHDF2、FOXO3蛋白在肺腺癌组织中的高表达率分别为34.00%、26.00%,明显低于癌旁正常组织中79.48%、61.54%(P<0.05)。YTHDF2蛋白表达情况与肺腺癌病人年龄、淋巴结转移和分化程度相关(P<0.05);与TNM分期、性别无关(P>0.05);FOXO3蛋白表达情况与肺腺癌病人性别和分化程度相关(P<0.05);肺腺癌组织中YTHDF2蛋白高表达组和低表达组病人3年累积生存率分别为53.30%、14.00%,经log-rank比较,差异有统计学意义(P<0.05);FOXO3蛋白高表达组和低表达组病人3年累积生存率分别为64.50%、12.20%,经Log-Rank比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 YTHDF2、FOXO3在肺腺癌组织中均低表达,与病人肿瘤分化程度及3年累积生存率有关,有望成为评估肺腺癌病人预后的生物标志物。

沉默YTH结构域家族蛋白2改善血管紧张素Ⅱ诱导的大鼠原代心肌细胞肥大与凋亡

目的探讨YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)对血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的新生大鼠原代心肌细胞肥大和凋亡的影响。方法为探讨AngⅡ刺激下YTHDF2的表达水平,将细胞分为正常组和AngⅡ组。为探讨沉默YTHDF2对心肌细胞肥大与凋亡的影响,将细胞分为4组,空白组[转染阴性对照小干扰RNA(siRNA)+PBS]、siYTHDF2组[转染YTHDF2 siRNA(siYTHDF2)+PBS]、模型组(siRNA+AngⅡ)和实验组(siYTHDF2+AngⅡ)。用Western blot和逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测YTHDF2基因表达水平,RT-qPCR检测心肌肥厚相关基因心房钠尿肽(ANP)、B型钠尿肽(BNP)和β肌球蛋白重链(β-MHC)及心肌细胞凋亡相关基因Bax、B淋巴细胞瘤2基因(Bcl-2)mRNA的表达水平,免疫荧光染色观察心肌细胞表面积,原位末端标记法染色观察心肌细胞凋亡情况,免疫沉淀反应验证YTHDF2和Bcl-2的结合关系。结果AngⅡ组YTHDF2蛋白表达及mRNA水平显著高于正常组(1.49±0.03 vs 0.97±0.09,1.50±0.08 vs 1.00±0.07,P<0.05)。与空白组比较,模型组心肌细胞表面积增大,细胞凋亡率升高,ANP、BNP、β-MHC、Bax mRNA表达明显升高,Bcl-2 mRNA表达明显降低(P<0.05)。与模型组比较,实验组心肌细胞表面积减小,细胞凋亡率降低,ANP、BNP、β-MHC、Bax mRNA表达明显降低,Bcl-2 mRNA表达明显升高(P<0.05)。结论沉默YTHDF2可以缓解AngⅡ诱导的大鼠原代心肌细胞肥大与凋亡,YTHDF2通过与Bcl-2相结合抑制其表达水平。

N^(6)-甲基腺苷结合蛋白YTHDC2在肿瘤中的研究进展

N^(6)-甲基腺苷(N^(6)-methyladenosine,m^(6)A)是真核生物RNA上最常见的可逆甲基化修饰,可影响相应RNA的加工和降解过程,进而调控细胞的生长、发育、分化和死亡等多种病理生理过程[1]。研究已明确,m^(6)A修饰是由甲基转移酶、去甲基转移酶和甲基结合蛋白(又称“redear”)共同调控的可逆修饰,其中甲基结合蛋白是m^(6)A修饰发挥生物学功能最重要的介导者[2]。

敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)抑制宫颈癌细胞增殖并促进其凋亡

目的探讨敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)对人宫颈癌细胞增殖、周期和凋亡的影响。方法利用人蛋白图谱(Human Protein Atlas)数据库分析YTHDF2在宫颈癌中表达及与生存时间的关系。收集宫颈癌和正常宫颈组织各31例,采用免疫组织化学法检测YTHDF2的蛋白表达差异;利用敲低YTHDF2的短发夹RNA(shRNA)及空载质粒包装慢病毒,并感染至宫颈癌HeLa细胞和SiHa细胞,实时荧光定量PCR及Western blot法检测YTHDF2的mRNA及蛋白水平,敲低YTHDF2后,采用CCK-8法检测细胞增殖活性,集落形成实验检测细胞集落形成能力;流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡情况。结果检测数据库发现YTHDF2在宫颈癌中表达越高生存时间越短,与正常宫颈组织相比,YTHDF2在宫颈癌组织高表达。敲低YTHDF2后,抑制宫颈癌细胞增殖,促进细胞凋亡,使细胞阻滞于S期。结论YTHDF2在宫颈癌组织中高表达,敲低后抑制宫颈癌细胞增殖并促进其凋亡。

直肠癌组织中YTHDF2、lncRNA TUSC7表达与上皮间质转化的关系及预后意义

目的研究直肠癌组织中YTH结构域N6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白2(YTHDF2)、长链非编码RNA抑癌候选基因7(lncRNA TUSC7)表达与上皮间质转化(EMT)的关系及临床预后意义。方法选取该院自2018年5月至2020年5月诊治的98例直肠癌患者。采用实时荧光定量PCR检测直肠癌组织和癌旁组织中YTHDF2、lncRNA TUSC7表达及EMT相关指标β-连环素(β-catenin)、E-钙黏蛋白(E-cad)、N-钙黏蛋白(N-cad)mRNA的表达。采用Pearson法分析YTHDF2 mRNA、lncRNA TUSC7与EMT相关指标的相关性。采用Kaplan-Meier曲线分析YTHDF2、lncRNA TUSC7表达对直肠癌无瘤生存预后的影响。采用多因素COX回归分析直肠癌无瘤生存预后的影响因素。结果直肠癌组织中YTHDF2、β-catenin、N-cad mRNA相对表达水平高于癌旁组织,而lncRNA TUSC7、E-cad mRNA相对表达水平低于癌旁组织(均P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA与β-catenin、N-cad mRNA表达呈正相关(均P<0.05),与E-cad mRNA表达呈负相关(均P<0.05);lncRNA TUSC7与β-catenin、N-cad mRNA表达呈负相关(均P<0.05),与E-cad mRNA表达呈正相关(均P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA与lncRNA TUSC7表达呈负相关(P<0.05)。直肠癌组织中YTHDF2 mRNA、lncRNA TUSC7与TNM分期Ⅲ期、肿瘤分化程度及淋巴结转移有关(均P<0.05)。YTHDF2高、低表达组3年无瘤生存率分别为59.57%(28/47)、88.24%(45/51)。lncRNA TUSC7高、低表达组3年无瘤生存率分别为88.00%(44/50)、60.42%(29/48)。YTHDF2高表达组3年累积无瘤生存率低于YTHDF2低表达组(Log Rankχ^(2)=11.370,P=0.001)。lncRNA TUSC7高表达组3年累积无瘤生存率高于lncRNA TUSC7低表达组(Log Rankχ^(2)=11.880,P=0.001)。TNM分期Ⅲ期、低分化程度、合并淋巴结转移、YTHDF2高表达、lncRNA TUSC7低表达是直肠癌患者无瘤生存预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论直肠癌组织中YTHDF2表达上调,lncRNA TUSC7表达下调,二者与不良临床病理特征及EMT有关,是新的评估直肠癌患者预后的标志物。

脑胶质瘤组织中YTHDF2,UBXN1的表达及其对预后的评估价值

目的研究脑胶质瘤组织中YTH结构域N6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白2(YTH domain N6-methyladenine RNA binding protein 2,YTHDF2),UBX结构域蛋白1(UBX domain protein 1,UBXN1)的表达及预后评估价值。方法选取2017年2月~2018年2月青岛市胶州中心医院诊治的92例脑胶质瘤患者。免疫组织化学检测组织YTHDF2,UBXN1表达。相关性采用Spearman秩相关分析。Kaplan-Meier曲线分析YTHDF2,UBXN1表达与脑胶质瘤患者预后的影响。COX分析脑胶质瘤患者预后影响因素。结果相比于癌旁组织,脑胶质瘤中YTHDF2(65.22%vs 15.22%)阳性率较高,UBXN1(26.09%vs 73.91%)的阳性率较低,差异具有统计学意义(χ^(2)=47.831,42.087,均P<0.05)。Spearman秩相关分析,脑胶质瘤中YTHDF2与UBXN1表达呈负相关(r=-0.712,P<0.05)。相比于肿瘤直径<3cm,WHO分级Ⅰ~Ⅱ级,肿瘤直径≥3cm和WHO分级Ⅲ级脑胶质瘤组织中YTHDF2(75.47%vs 51.28%,65.22%vs 50.00%)阳性率较高,而UBXN1(15.09%vs 41.03%,11.11%vs 47.37%)阳性率较低,差异具有统计学意义(χ^(2)=5.795,6.609;7.835,15.207,均P<0.05)。YTHDF2阳性组五年总生存率低于阴性组[28.33%(17/60)vs 62.50%(20/32)],UBXN1阳性组五年总生存率高于阴性组[66.67%(16/24)vs 30.88%(21/68)],差异具有统计学意义(Log-Rankχ^(2)=12.870,7.665,均P<0.05)。YTHDF2阳性(HR=2.427,95%CI:1.426~4.569)、UBXN1阴性(HR=1.740,95%CI:1.121~2.568)、WHO分级Ⅲ级(HR=2.671,95%CI:1.160~6.012)及肿瘤直径≥3cm(HR=1.628,95%CI:1.017~2.592)是胶质瘤患者不良预后的危险因素。结论脑胶质瘤组织中YTHDF2升高,UBXN1降低,两者与WHO分级及肿瘤直径有关。YTHDF2和UBXN1是评估脑胶质瘤患者预后的独立因素。

m6A甲基化修饰结合蛋白YTHDF2在食管癌组织中的表达及其对食管癌细胞增殖和迁移的影响

目的:探讨N6-甲基腺嘌呤(m6A)甲基化修饰结合蛋白YTH结构域连接蛋白2(YTHDF2)在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中表达及其对食管癌细胞生物学行为的影响,阐明其可能的作用机制。方法:免疫组织化学法检测113例ESCC组织和95例癌旁正常食管上皮组织中YTHDF2蛋白表达情况,分析YTHDF2蛋白表达与ESCC患者临床病理特征和预后的关系。将体外培养的食管癌Eca109和EC9706细胞分为对照组(转染si-NC)和si-YTHDF2组(分别转染si-YTHDF2#1和si-YTHDF2#2)。Western blotting法检测各组细胞中YTHDF2蛋白表达水平,CCK-8法检测各组细胞增殖能力,平板克隆实验检测各组细胞克隆形成数,Transwell小室实验检测各组细胞中迁移细胞数。结果:YTHDF2蛋白主要表达于ESCC细胞的细胞质,少量表达于细胞核,其在ESCC组织中的表达强度明显高于癌旁正常食管上皮组织(P<0.01)。不同发病年龄和TNM分期ESCC患者间YTHDF2蛋白表达强度比较差异有统计学意义(P=0.008,P=0.041)。Kaplan-Meier生存分析,与YTHDF2低表达组比较,YTHDF2高表达组ESCC患者生存率明显降低(P=0.035)。CCK-8法和平板克隆实验,与对照组比较,si-YTHDF2#1组和si-YTHDF2#2组食管癌细胞的增殖活性明显降低(P<0.05),克隆形成数明显减少(P<0.01)。Transwell小室实验,与对照组比较,si-YTHDF2#1组和si-YTHDF2#2组食管癌细胞中迁移细胞数明显减少(P<0.01)。结论:YTHDF2在ESCC组织中的表达强度明显高于正常食管上皮组织,敲低YTHDF2表达可抑制食管癌细胞的增殖、克隆形成和迁移。

基于CRISPR-Cas9系统敲除YTHDF2对子宫颈癌HeLa细胞生物学行为影响的研究

目的:探讨使用CRISPR-Cas9系统敲除YTH结构域m6A RNA结合蛋白2(YTHDF2)后对子宫颈癌HeLa细胞生物学行为的影响。方法:培养子宫颈癌HeLa细胞,使用CRISPR-Cas9系统构建YTHDF2敲除细胞系;分为对照组、敲除1组和敲除2组,行克隆形成实验、CCK8实验、裸鼠移植瘤模型分析YTHDF2在体内、体外增殖中的作用,RNA测序探讨作用机制。结果:双sgRNA片段敲除策略成功敲除YTHDF2,敲除1组、敲除2组增殖曲线明显低于对照组,表现为时间依赖性,与对照组相比,敲除1组、敲除2组的HeLa细胞增殖能力显著下降,细胞克隆形成数明显降低,皮下移植瘤质量明显减小,差异均有统计学意义(P<0.001);RNA水平负调控细胞周期G2/M期转换的基因集上调,细胞黏附分子基因集下调,Ras和Wnt信号通路下调,差异均有统计学意义(FDR<0.05)。结论:敲除YTHDF2通过上调负调控细胞周期G2/M期转换的基因,抑制子宫颈癌细胞增殖、克隆形成及皮下成瘤能力。

敲低MGC-803胃癌细胞YTHDF2抑制其增殖并促进其凋亡

目的研究敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)对MGC-803人胃癌细胞的增殖、细胞周期和细胞凋亡的影响。方法用UCSC Cancer Browser下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛查YTHDF2 mRNA在胃癌中的表达情况。设计并构建能够靶向敲低YTHDF2的短发夹RNA(shRNA)病毒载体;病毒感染MGC-803细胞,敲低YTHDF2水平后,实时荧光定量PCR检测YTHDF2 mRNA水平,Western blot法检测YTHDF2蛋白水平,CCK-8法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡。结果通过TCGA数据库查询发现YTHDF2在胃癌组织中高表达。成功构建YTHDF2敲低的稳定转染MGC-803细胞。与对照组相比,YTHDF2敲低后,明显抑制细胞增殖;G1期细胞明显增加,S期细胞明显减少;细胞凋亡率升高。结论敲低MGC-803胃癌细胞YTHDF2水平,抑制胃癌细胞增殖并促进其凋亡。

YTH结构域家族蛋白2在肝癌组织的表达及其临床意义

目的 观察YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)在肝癌组织的表达和其患者预后的关系及其对肝癌细胞增殖和侵袭迁移的影响。方法 采用生物信息学方法和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)以及免疫组织化学检测配对肝癌组织及癌旁组织中YTHDF2的表达,分析其与患者临床特征的关系。敲除肝癌细胞中的YTHDF2,使用细胞计数试剂盒(CCK-8)实验检测细胞增殖能力,Transwell和细胞划痕实验检测细胞的侵袭转移能力,使用Western blot分析上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白,E-钙黏蛋白(E-cadherin)和N-钙黏蛋白(N-cadherin)的表达量变化。结果 生物信息学分析表明YTHDF2在肝癌组织中高表达且与患者预后相关。YTHDF2在肝癌组织中的表达水平较癌旁组织高(18.23±3.51比13.21±2.73,P<0.01),其表达水平与肿瘤的巴塞罗那分期,TNM分期和有无门静脉癌栓(PVTT)相关(P均<0.01)。CCK-8实验显示敲除YTHDF2后24 h测得波长450 nm处吸光度值较对照组降低,HepG2中测得为(1.129±0.178比1.571±0.226,P<0.01),Huh7为(1.227±0.251比1.815±0.302,P<0.05)。Transwell实验显示敲除YTHDF2后穿过小室的细胞数减少,细胞划痕实验显示敲除YTHDF2后细胞划痕愈合度降低。敲除YTHDF2后,E-cadherin相对表达量较对照组显著升高(1.780±0.319比0.916±0.173,P<0.05),而N-cadherin的相对表达量明显降低(0.821±0.217比4.697±0.398,P<0.01)。结论 YTHDF2在肝癌中高表达,可促进肝癌的发生发展以及增强肝癌细胞的增殖和侵袭迁移能力。

m6A结合蛋白YTHDC2对人骨髓间充质干细胞分化的影响

目的研究N6-腺苷酸甲基化(N6-methyladenosine,m6A)结合蛋白YTH结构域蛋白2(YTH domaincontaining protein 2,YTHDC2)对人骨髓间充质干细胞(human bone marrow mesenchymal stem cells,hBMSCs)成骨及成脂分化的调控。方法通过小干扰RNA(siRNA)体外对hBMSCs进行YTHDC2基因表达的敲降,并进行成骨及成脂诱导分化,以研究YTHDC2敲降后hBMSCs分化表型的改变。利用碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)染色和茜素红染色鉴定成骨活性和钙结节形成,尼罗红染色检测脂滴形成。利用荧光定量PCR(RT-qPCR)检测成骨和成脂相关基因的表达。通过RNA测序(RNA-seq)分析YTHDC2敲降后的转录组变化,探索YTHDC2调控hBMSCs分化的潜在机制。结果敲降YTHDC2促进hBMSCs成骨分化中的ALP活性及钙结节形成,并显著上调成骨相关基因表达;同时降低了hBMSCs在成脂分化中的脂滴形成能力,并显著下调成脂相关基因表达。RNA-seq的基因富集分析显示YTHDC2与核糖体功能及mRNA翻译有关信号通路显著相关。结论敲降YTHDC2可促进hBMSCs成骨分化,抑制成脂分化。敲降YTHDC2可能造成核糖体功能改变。

安胃汤对慢性萎缩性胃炎大鼠YTHDF1和YTHDF2表达的影响

目的探讨安胃汤对慢性萎缩性胃炎(CAG)大鼠中m6A甲基化相关识别蛋白[YTH结构域N6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白1(YTHDF1)、YTH结构域N6-甲基腺嘌呤RNA结合蛋白2(YTHDF2)]表达的影响。方法采用脱氧胆酸钠和氨水联合饥饱失常饮食控制法建立CAG大鼠模型,造模成功后随机分为阴性对照组,安胃汤高、中、低剂量组和阳性对照组;正常组正常饲养。安胃汤高、中、低剂量组给药剂量分别为20.6 g/kg、10.3 g/kg、5.15 g/kg,阳性对照组给予剂量为4.43 g/kg的胃复春混悬液,正常组与阴性对照组给予等体积的蒸馏水。采用HE染色法观察大鼠胃组织病理变化情况,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测YTHDF1、YTHDF2 mRNA表达,Western blot检测YTHDF1、YTHDF2蛋白表达。结果与正常组比较,阴性对照组大鼠胃组织YTHDF1、YTHDF2 mRNA和蛋白表达明显升高(P<0.05),大鼠胃组织发生炎性病变。与阴性对照组比较,高剂量组YTHDF1、YTHDF2 mRNA和蛋白表达明显降低(P<0.05),大鼠胃组织病理学改善,且各项指标变化与安胃汤剂量呈依赖性。结论安胃汤能够修复CAG大鼠胃黏膜损伤,改善胃功能,抑制病理进展,可能与调节YTHDF1、YTHDF2表达有关。

YTHDF2蛋白富集早期胃癌血浆中m6A修饰28S rRNA检测分析

目的 通过YTHDF2蛋白富集血浆中m6A修饰28S rRNA,分析m6A修饰28S rRNA水平差异在早期胃癌肿瘤标志物筛选中的潜在应用价值。方法 基于YTHDF2蛋白特异性结合m6A修饰RNA的特性,采用结合重组蛋白YTHDF2磁球富集血浆中m6A修饰28S rRNA,通过逆转录实时定量PCR(qRT-PCR)方法分析早期胃癌患者和健康者血浆样本中m6A修饰28S rRNA的水平。结果与结论 YTHDF2重组蛋白可富集m6A修饰28S rRNA,qRTPCR检测表明早期胃癌血浆中m6A修饰28S rRNA的水平高于健康者。该研究结果为筛选获得基于m6A修饰RNA分子的胃癌早期诊断标志物分子提供了基础。

YTHDF2与恶性肿瘤关系的研究进展

N~6-甲基腺苷(m~6A)是哺乳动物细胞中最广泛的mRNA修饰,其过程也是可逆的。YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)作为m~6A的阅读器之一,主要负责识别和结合含m~6A的RNA,通过执行不同的功能来确定m~6A修饰RNA的代谢途径。YTHDF2上游和下游靶点在不同的恶性肿瘤类型中相继出现,并且YTHDF2几乎参与恶性肿瘤进展的各个方面。本文综述近年来YTHDF2与恶性肿瘤关系的研究进展,并为未来鉴定其他RNA修饰的阅读子蛋白提供参考,为恶性肿瘤的靶向治疗提供新思路。