基于ITS和ycf1序列的白及遗传多样性分析

在白及资源调查和收集过程中,发现白及花型、花色、花期、叶片形态等多个性状变异程度较大。本研究收集了来源于四川和云南的白及资源30份,克隆并分析其nrDNA ITS和叶绿体ycf1基因差异,发现ycf1基因差异小,ITS基因差异较大,根据ITS序列差异,将白及聚类为3个支系,结合白及的表观性状,发现白及ITS序列与其花期和叶型有相关性,与花型、花色等其他性状无明显相关,本研究为白及种质资源收集整理和开发利用提供了理论基础。

榛属ycf1基因生物信息学分析

为研究ycf1基因家族成员在榛属(Corylus)中的生理功能,利用榛属叶绿体基因组数据库,经过生物信息学分析,获得榛属ycf1基因家族成员的基因结构、定位和编码蛋白,经过多重序列比对进行进化和分类分析。结果表明,榛属叶绿体基因组中的ycf1基因家族成员不含有内含子;TMHMM跨膜区结构分析显示,榛属YCF1蛋白均不含有跨膜区;MEME保守结构域分析显示,榛属YCF1蛋白均含有3个保守结构域。研究结果对解析榛属YCF1蛋白的生物学功能提供重要的线索。

PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母

目的建立PCR-RFLP法鉴别浙贝母及其混淆品湖北贝母。方法对比两者叶绿体ycfl基因,选择湖北贝母的特异性酶切位点EcoRI设计引物,优化反应条件,并进行方法学考察。结果退火温度58℃、循环数35时,湖北贝母或掺有湖北贝母的浙贝母经特异性引物扩增后能被EcoRI酶酶切,200~400bp处检出2条单一DNA条带,而浙贝母无此条带,检出限达3%。结论该方法方便快捷、灵敏度高,可用于浙贝母、湖北贝母及前者掺混后者的快速检测,为浙贝母质量控制提供参考。

基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析

目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力。方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用Bio Edit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树。结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物。结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定。

酿酒酵母中的谷氨酰转肽酶研究进展

介绍谷氨酰转肽酶(γ-GT)的研究概况,重点综述酿酒酵母中谷氨酰转肽酶的结构以及催化机制。酿酒酵母γ-GT在细胞中与谷胱甘肽水平的高低有密切关系,并在酵母细胞解毒或抗外界胁迫及液泡氨基酸转运的过程起着重要作用。目前,γ-GT在临床医学和工农业中有着重要的地位,并对细胞内解毒重要物质——谷胱甘肽的含量有着重要的影响。

白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用

为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力。结果显示,白及属物种nrDNAITS和ycf1序列的种间变异（0.022-0.106和0.017-0.106）明显大于种内变异（0-0.012和0-0.015）,NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNAITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上＂巨茎白及＂的nrDNAITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽＂巨茎白及＂归为白及属白及植物。

基于叶绿体基因的药用梅群体遗传学研究

目的 对药用梅Prunusmume开展群体遗传学研究,揭示其遗传变异情况、单倍型地理分布格局,推测其起源和多样化中心。方法 采用叶绿体基因片段(psb A-trn H、rps16、trn S-trnG、ycf1b)对我国23个地区的药用梅野生群体进行测序,开展群体遗传多样性、遗传结构和历史动态分析。结果 药用梅共检测出20个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.790,核苷酸多样性(π)为0.001 71。AMOVA分析显示,药用梅在cp DNA水平上的遗传变异主要发生在群体间,表明该物种具有明显的谱系地理结构,群体间基因流主要以花粉流为主。中性检验和失配分布分析表明药用梅群体历史是基本稳定的,没有经历明显的快速扩张事件。单倍型中H2是分布最广泛的共享单倍型,H1、H15位于单倍型网络图中心位置。结论 药用梅具有明显的谱系地理结构,群体遗传性较高,四川、福建作为药用梅主产区,也是其起源和多样化中心。

云南草果种质资源DNA条形码序列分析

目的筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf15条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处理,并对草果多样性及其鉴定进行分析。结果引物ITS5和ITS4对草果的扩增片段长度大约为520 bp;rbcLa-F和rbcLa-R对草果的扩增片段长度大约为498 bp;引物ycf1-bF和ycf1-bR对草果的扩增片段长度大约为800 bp;引物psb A-trn H-1F和psbA-trnH-1R对草果的扩增片段长度大约为400 bp;引物matK-2F和matK-2R对草果的扩增片段长度大约为470 bp。扩增及测序的成功率均较高,结果大多可用。通过对草果ITS、psb A-trnH、matK和ycf1序列的扩增结果进行分析,草果与其他豆蔻属植物都可以被清晰地区分开;ITS序列所有样本分为MG5白花草果居群和其他居群;psb A-trn H序列所有样本分为MG5白花草果居群,MG6黄花草果居群和其他居群;matK序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果样本扩增失败;ycf1序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果居群与其他22个草果居群聚为一支;rbcL序列对所有样本的扩增均一致。结论ITS、matK、psb A-trn H及ycf1序列均能将草果与其他同属植物进行准确区分;MG6的matK、psbA-trnH及ycf1序列发现了序列位点的变异,为草果品种的选育做出贡献。ITS和psb A-trn H序列可将黄花和白花草果序列区分开;草果白花黄花所有样本rbcL序列无任何变异,且用rbcL序列无法鉴别草果与其他同属植物,可将其舍去。