文库构建与基因簇靶向筛选驱动的微生物天然产物高效发现

微生物天然产物作为小分子药物的主要来源,已被广泛应用于医药与农业等领域。随着全球抗生素耐药性与其他公共健康问题的加剧,新结构、新靶点微生物天然产物发现迫在眉睫。大规模(宏)基因组测序揭示微生物蕴含了巨大的生物合成潜力,相继催生了多种不同类型的天然产物挖掘策略。然而,目前仍然缺乏将天然产物合成基因簇与编码产物快速关联的高效方案。近年来,(宏)基因组文库构建在获取批量天然产物合成基因簇方面展现出明显优势,结合高效的基因簇靶向筛选方法,显著加速了新结构天然产物系统发现。本文综述了三类基于(宏)基因组文库构建与靶向筛选驱动天然产物创新发现的策略,主要从克隆载体类型、文库构建方式、基因簇靶向筛选方法等角度进行了阐述,并对Cosmid/Fosmid文库、BAC/PAC文库、FAC/YAC文库等不同文库类型的优缺点及应用范围进行了对比,最后对这些策略的发展前景进行了展望。未来,基于文库构建与基因簇靶向筛选策略将极大驱动不同生境微生物来源的活性天然产物挖掘,预期大量新靶点、新结构天然产物将不断涌现。

PCR方法筛选淡紫灰链霉菌海南变种基因组粘粒文库

以中生菌素产生菌淡紫灰链霉菌海南变种（Streptomyces lavendulae var.hainanensis）B-7菌株为材料,利用pOJ446作为载体构建了B-7菌株的基因组粘粒文库,文库效价达到4.21×10^6CFU/ml。随机挑取12个克隆提取质粒,经BamHI酶切电泳分析,插入片段大小约为30-40kb,符合建库要求的理论值。利用建立的基于96深孔板PCR技术的文库筛选改良方法,成功快速地筛选到含有目标基因片段的阳性菌株。