ZNF7基因在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物信息学分析

目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。

人工锌指蛋白真核表达载体的构建及表达

目的构建人工锌指蛋白ZFP基因的真核表达载体,检测其在真核细胞的表达情况,从而探讨人工锌指蛋白作为人工转录因子DNA结合域的可能性。方法全基因合成人工锌指蛋白(putative zinc finger protein,ZFP)的核酸序列并克隆入pEGFP-N1及pIRES2-EGFP真核表达载体中,构建重组质粒pEGFP-N1/ZFP及pIRES2-EGFP/ZFP-Flag,通过酶切、菌落PCR及测序来鉴定重组载体的正确性。脂质体DOTAP体外转染重组质粒于COS-7细胞中,用荧光显微镜、RT-PCR、Western blot方法鉴定ZFP在该细胞中的表达。结果正确构建了pEGFP-N1/ZFP、pIRES2-EGFP/ZFP-flag重组表达质粒,并且在COS-7细胞中成功进行了人工锌指蛋白ZFP的表达。结论采用生物信息学手段获得的假定的锌指蛋白基因序列可以在真核细胞内正常表达。

特异性结合于HBV X基因启动子的人工锌指蛋白真核表达载体的构建及表达

目的:构建人工锌指蛋白(Putative zinc finger protein,ZFP)基因的真核表达载体,验证其在真核细胞内的表达情况,为进一步构建人工转录因子(Artificial transcription domain factor,ATF)所需的DNA结合结构域寻找合适的ZFP。方法:合成ZFP的全基因核酸序列并载入pEGFP-N1真核表达载体中,构建重组质粒pEGFP-N1/ZFP及pEGFP-N1/ZFP-Flag,通过菌液PCR、酶切和测序来鉴定重组质粒的正确性。脂质体Lipofectamine 2000将重组质粒转染于COS-7细胞中,使用RT-PCR、荧光显微镜、Western blot方法鉴定ZFP在该细胞中的表达。结果:成功构建了pEGFP-N1/ZFP及pEGFP-N1/ZFP-Flag重组质粒,并且在COS-7细胞中进行了ZFP的表达。结论:通过生物信息学工具获取的ZFP氨基酸序列,经过密码子优化得到的基因序列能够在真核细胞内成功表达。

miR-10a通过FBXW7-ZEB2轴调控非小细胞肺癌肿瘤化疗耐药的动物实验研究

目的:通过动物实验,具体探讨微小RNA(mi R-10a)通过含F-框WD重复域蛋白7(FBXW7)-E盒锌指结合蛋白2(ZEB2)轴调控非小细胞肺癌的肿瘤化疗耐药作用。方法:非小细胞肺癌模型小鼠(n=42)随机平分为三组-模型组、mi R-10a组与环磷酰胺组,模型组给予生理盐水0.2 m L腹腔注射,环磷酰胺组给予环磷酰胺20 mg/kg腹腔注射,mi R-10a组给hsa-miR-10a mimics15 mg/kg联合环磷酰胺20 mg/kg腹腔注射,1次/d,持续给药14 d。结果:mi R-10a组与环磷酰胺组治疗第7 d与第14 d的肿瘤体积低于模型组,mi R-10a组低于环磷酰胺组(P<0.05)。mi R-10a组与环磷酰胺组治疗第14 d与第28 d的瘤体质量低于模型组,抑瘤率高于模型组,mi R-10a组与环磷酰胺组对比差异也有统计学意义(P<0.05)。mi R-10a组与环磷酰胺组治疗第14 d与第28 d的肿瘤细胞凋亡指数高于模型组,mi R-10a组高于环磷酰胺组(P<0.05)。mi R-10a组与环磷酰胺组治疗第14 d与第28 d的血清FBXW7、ZEB2含量低于模型组,mi R-10a组低于环磷酰胺组(P<0.05)。mi R-10a组与环磷酰胺组治疗第14 d与第28 d的FBXW7、ZEB2 m RNA与蛋白相对表达水平低于模型组,mi R-10a组低于环磷酰胺组(P<0.05)。结论:过表达mi R-10a能抑制非小细胞肺癌小鼠的FBXW7-ZEB2轴的激活,抑制血清FBXW7、ZEB2的表达,从而促进肿瘤细胞凋亡,改善肿瘤化疗耐药性,促进缩小肿瘤体积。