PTPN11基因突变急性髓系白血病患者临床特征及预后分析

目的 探讨PTPN11基因突变急性髓系白血病(AML)患者的临床特征及预后情况。方法 选取经医院初次诊断、治疗并行二代测序(NGS)检测的成人AML患者115例,收集包括疾病特征、治疗效果、长期预后、免疫细胞亚群以及白血病干细胞等数据,分析PTPN11基因突变AML患者的临床特征及预后情况。结果 初诊成人AML中PTPN11基因突变率为9.57%,突变位点主要发生在3号外显子区域,突变类型均为点突变。与PTPN11基因野生型组相比,PTPN11基因突变组首次诱导治疗期间早期病死率高(18.18%vs 4.00%,P=0.048),完全缓解率低(33.33%vs 67.71%,P=0.039),复发率高(83.33%vs 42.31%,P=0.043),中位总生存时间短(9月vs 20月,P=0.026),效应性T细胞比例低[(1.39±0.12)%vs(3.56±0.46)%,P=0.038],白血病干细胞比例高[(13.82±3.66)%vs(3.87±1.40)%,P=0.021]。结论 PTPN11基因突变是AML的不良预后标志物,该类患者早期病死率高、完全缓解率低、复发率高、中位总生存时间短,且体内效应性T细胞比例低、白血病干细胞比例高。

苦瓜McMLO11基因克隆及其表达模式分析

【目的】克隆苦瓜McMLO11基因并研究其在白粉病和非生物胁迫下的表达规律,为阐明其在逆境调控中的作用提供参考。【方法】从苦瓜叶片中克隆McMLO11基因,利用生物信息学对其分子特征进行分析,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,检测McMLO11基因在苦瓜不同组织(茎、卷须、老叶、嫩叶、根)及白粉菌侵染和盐、干旱胁迫下苦瓜真叶中的表达模式。【结果】苦瓜McMLO11基因含有1个1662 bp的开放阅读框(ORF),共编码553个氨基酸;McMLO11属于MLO基因家族,包含典型的Mlo超家族保守结构域。McMLO11蛋白的相对分子质量为63.83 ku,理论等电点为8.53,含7个跨膜域,无信号肽,属于不稳定蛋白;其二级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。系统进化树分析表明,McMLO11与黄瓜、南瓜、冬瓜等瓜类的MLO同源性较高。qRT-PCR检测发现,Mc-MLO11基因在苦瓜不同组织中的相对表达量依次表现为茎>卷须>老叶>根>嫩叶;与对照相比,白粉菌侵染后苦瓜叶片中的McMLO11表达量升高,至接种24 h达到峰值,推测其在白粉菌侵染苦瓜的早期产生应答反应;与对照相比,在盐胁迫6 h和干旱胁迫12 h时苦瓜叶片中的McMLO11相对表达量达到峰值,分别为对照的56.7和9.07倍,提示McMLO11基因可积极响应干旱和盐诱导。【结论】成功克隆了苦瓜McMLO11基因,其表达具有组织特异性,该基因可能参与白粉菌胁迫和多种非生物胁迫的调控过程。

川黔紫薇LeAGL11基因克隆表达分析及转录自激活检测

【目的】探究转录因子AGL11在紫薇属紫薇自交及川黔紫薇与紫薇杂交过程中不同时间的差异性表达及其在酵母中的转录自激活特性,为研究紫薇远缘杂交结实率低的分子机制奠定基础。【方法】以‘紫韵’紫薇自交授粉和 ‘紫韵’紫薇ב川黔1号’川黔紫薇杂交授粉后 24、48 和72 h的雌蕊为材料,克隆LeAGL11基因,通过生物信息学分析其理化性质等,采用实时荧光定量方法分析该基因在不同授粉方式和不同阶段的相对表达量,通过DNA重组技术构建LeAGL11的酵母表达载体,转化至Y2HGold感受态细胞内进行转录自激活检测。【结果】从川黔紫薇中克隆得到LeAGL11基因,该基因的编码序列长666 bp,编码221个氨基酸,LeAGL11蛋白无信号肽和跨膜结构域,不属于膜蛋白,属于亲水性蛋白。氨基酸序列比对和进化树分析显示其与紫薇、石榴和葡萄的AGL11蛋白都有较高的相似度;蛋白质结构预测和序列分析表明其具有MADS-box基因家族中典型的MADS-box和K-box保守结构域。实时荧光定量试验分析不同阶段的相对表达量表明LeAGL11基因在杂交后呈现出上调的趋势,在自交后呈现出先下调后上调的趋势,在自交授粉24 h时相对表达量最高,自激活检测发现pGBKT7-LeAGL11重组质粒在缺色氨酸的培养基中生长,在SD/-Trp+AbA+X-α-gal培养基中没有发生颜色变化。【结论】LeAGL11基因在紫薇自交过程及川黔紫薇和紫薇杂交过程中的相对表达量具有一定的差异性,且LeAGL11无转录自激活活性,可用于后续试验。

伴PTPN11基因突变的成人急性髓系白血病患者的临床特征分析

目的:探讨成人急性髓系白血病(AML)患者PTPN11基因突变及其伴随基因突变的发生情况及临床特征。方法:应用二代测序技术联合Sanger测序,回顾性分析从2017年1月至2022年7月由江南大学附属医院、常州市第二人民医院、无锡市人民医院以及无锡市第二人民医院收治的初诊成人AML患者51种基因突变,采用多重PCR检测41种常见白血病融合基因。结果:451例初诊成人AML中,共检测出34例患者携带PTPN11基因突变,突变率为7.5%。34例患者中,检测出37个PTPN11突变位点,其受N-SH2(31例)和PTP(6例)结构域内的错义突变影响,且大部分聚集在第3外显子(31例)。伴有PTPN11突变患者的血小板计数为76.5(23.5,119.0)×10^(9)/L,高于野生型患者的41.0(22.0,82.5)×10^(9)/L(P<0.05),而两组性别、年龄、外周血白细胞计数、血红蛋白水平及骨髓原始细胞比例差异均无统计学意义(P>0.05)。PTPN11突变主要表现为M5亚型,其次为M2及M4亚型,较少发生于M3及M6亚型。PTPN11突变型及野生型患者的FAB亚型分布差异无统计学意义(P>0.05)。共有118例AML患者检测到融合基因阳性,其中,伴有PTPN11突变患者的MLL-AF6阳性发生率高于野生型患者(P<0.01)。34例PTPN11基因突变中有97.1%同时伴随其他基因突变,最常见的由高到低依次为NPM1(38.2%)、NRAS(32.4%)、FLT3-ITD(32.4%)、DNMT3A(32.4%)、KRAS(23.5%)等。结论:PTPN11基因突变在AML患者中有一定的发生率,多见于第3号外显子,且均为错义突变。该基因突变多与NPM1基因突变同时存在,FAB分型多表现为M5亚型,具有更高的血小板水平。

伴有MYC基因重排和11q异常的高级别B细胞淋巴瘤的临床病理学分析

目的探讨伴有MYC基因重排和11q异常的高级别B细胞淋巴瘤(high grade B cell lymphoma with concurrent MYC rearrangement and 11q aberrations,HGBCL-MYC-11q)的临床病理特征、分子遗传学特征、治疗及预后。方法收集3例HGBCL-MYC-11q的临床资料,行HE、免疫组化EnVision法染色、EBER原位杂交和FISH检测,并复习相关文献。结果患者均为男性,年龄分别为10、61和74岁。Ann Arbor分期均为Ⅳ期。3例均为活检,分别发生于鼻咽部、上咽部和回盲部。3例形态学相似,肿瘤细胞弥漫浸润性生长,细胞中等大或中等偏大,形态较单一,细胞核圆形到稍不规则,染色质细腻,核分裂象易见;1例局灶可见坏死;1例“星空”现象明显。肿瘤细胞均表达CD20、BCL6和MUM1;2例表达CD10,2例表达BCL2;Ki67增殖指数高(例1、例3近100%,例2约70%);不表达CD3、CD30和TDT;EBER原位杂交检测均为阴性。FISH检测3例均见C-MYC基因重排及11q异常,其中1例仅见11q23.3扩增,1例仅见11q24.3缺失。随访时间1~18个月,1例死亡,2例带病生存。结论HGBCL-MYC-11q少见,形态学类似Burkitt淋巴瘤/高级别B细胞淋巴瘤,但同时伴有MYC基因重排和11q异常,应加强对该疾病的认识,提高对这类疾病的精准诊断及鉴别诊断。

宁夏大学生示指和环指指长比与同源盒A11基因位点多态性的关联性

目的探讨宁夏大学生示指和环指指长比(2D∶4D)与同源盒(HOX)A11基因4个位点(rs6461992、rs6968828、rs7801581、rs17427875)多态性的关联性。方法采用数码相机提取667名宁夏汉族大学生(男性348名,女性319名)手部正面照片,图像分析软件标记解剖点并测量双手示指及环指指长;多重PCR法检测HOXA11基因各位点多态性;统计学软件比较分析2D∶4D和基因多态性在不同性别间的差异及其关联。结果宁夏汉族大学生女性左手和右手2D∶4D均显著高于男性(均P<0.05),右手-左手2D∶4D性别差异不显著;HOXA11基因rs7801581位点基因型、等位基因频率在不同性别间差异显著(均P<0.05),其他位点多态性在性别间的差异均无统计学意义;2D∶4D与HOXA11基因位点多态性关系中,仅女性左手2D∶4D与rs6461992位点基因型显著关联(P<0.05)。结论宁夏汉族大学生2D∶4D性别间差异显著,HOXA11基因rs6461992位点多态性可能与女性2D∶4D的形成有关。

SmZIP11基因过表达增强杨树对重金属的吸收和转运

[目的]利用木本植物修复重金属污染土壤是经济、安全、有效的方法。研究锌铁转运蛋白家族中SmZIP11基因表达对吸收和转运重金属的影响,为重金属污染土壤植物修复提供重要的基因资源。[方法]采用馒头柳(Salix matsudana var. matsudana f. umbraculifera Rehd.)无性系一年生幼苗进行水培试验。幼苗在正常营养液中生长60天后进行重金属胁迫处理,重金属处理包括:200μmol/L ZnSO_(4)、100μmol/L CuSO_(4)和100μmol/L CdSO_(4)。在重金属处理0、1、4、7、14和21天时,取根、茎和叶组织样品提取RNA,利用实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)测定SmZIP11的表达水平。利用叶盘法将提取的SmZIP11基因转入银灰杨(Populus×canescens)中,经卡那霉素抗性筛选共得到8个过表达SmZIP11基因的转化杨树株系(OEs)。选择SmZIP11基因表达水平较高的3个转基因株系和野生型株系(WT)于重金属胁迫营养液中培养14天后,测定根、茎、叶生物量和重金属含量,计算耐受性指数和转移系数。[结果]SmZIP11基因编码区序列长度为1053 bp,编码351个氨基酸,分子量为37.71 kDa,含有9个保守的跨膜结构域,该基因编码的蛋白定位于细胞膜。系统进化树分析结果显示,馒头柳SmZIP11与杨柳科的亲缘关系最近,与大戟科、锦葵科、伞形科植物的ZIP11亲缘关系相对较远。qRT-PCR结果表明,在Zn、Cu和Cd胁迫下,馒头柳茎和叶片中的SmZIP11比对照显著上调;在Cd和Zn胁迫下,根、茎和叶片中该基因的表达量都显著提高。在转基因杨树中,SmZIP11基因显著增强了植株对Zn和Cu的耐受性,促进了Cd从根系向茎中转移,以及Zn向叶片中转移,同时将Cu富集在根部。与WT相比,OE7株系对Zn的耐受指数和地上部Zn的含量及转移系数都显著提高。[结论]馒头柳SmZIP11基因增强了转基因杨树对Cu和Zn的耐受性,并提高了从根系向地上部转移Cd和Zn的能力,为植物修复土壤重金属污染提供了基因资源和理论指导。

伴有色素分化的Xp11易位性肿瘤/“伴有黑色素分化的TFE3基因重排的软组织肿瘤”5例临床病理分析

目的探讨伴有色素分化的Xp11易位性肿瘤/“伴有黑色素分化的TFE3基因重排的软组织肿瘤”的临床病理特征、免疫表型、分子特征及预后。方法收集5例伴有色素分化的Xp11易位性肿瘤/“伴有黑色素分化的TFE3基因重排的软组织肿瘤”的临床病理资料,行免疫组化EnVision法、组织化学染色、FISH、二代测序(NGS)及随访,并进行文献复习。结果5例患者中男性1例,女性4例。发病年龄16~59岁,平均28.2岁。肿瘤最大径3.0~6.0 cm(平均4.7 cm)。发病部位:右侧肾脏3例(其中1例发生胸椎转移),左侧输卵管间质与圆韧带之间1例,盆腔部位1例。组织学上,肿瘤由丰富的纤维血管网分隔成巢状、腺泡状结构,胞质透亮或嗜酸性、颗粒样,胞质内不同程度的出现黑色素聚集;间质内可见淋巴细胞浸润;4例检出肿瘤性坏死;核分裂象<3个/10 HPF;2例检出个别脉管内瘤栓,其余3例均未检出脉管内瘤栓及神经侵犯。免疫表型:5例TFE3均弥漫强阳性,HMB45及Melan A不同程度阳性;CK(AE1/AE3)、CK7、EMA、PAX8、TFEB、S-100、SOX10、SMA、desmin均阴性;Ki67增殖指数<20%。FISH检测:TFE3分离探针显示4例存在明确的TFE3分离信号,1例因信号不典型判读为阴性,经NGS检测证实为RBM10-TFE3基因融合。5例均获得随访:随访时间2~60个月,患者均存活,4例无瘤生存,1例胸椎转移患者情况稳定且未进展。结论伴有色素分化的Xp11易位性肿瘤/“伴有黑色素分化的TFE3基因重排的软组织肿瘤”具有独特的形态学特征、免疫表型及分子遗传学改变,建议作为一种独立的恶性间叶性肿瘤实体进行分类。

KCNJ11基因新发突变导致的TNDM 1例并文献复习

目的报告1例KCNJ11基因突变所致的暂时性新生儿糖尿病(TNDM),为TNDM患儿的早期诊治提供依据。方法对本院2017年11月诊断的一例TNDM患儿的临床特征、相关辅助检查进行分析;对先证者及其父母进行糖尿病相关基因测序。总结既往报道的KCNJ11基因突变致NDM病例的临床资料,分析其临床特点。结果先证者为宫内发育迟缓,在生后发现血糖升高,诊断新生儿糖尿病。口服格列本脲治疗1周后血糖正常,于1岁停药。行糖尿病相关基因检测到KCNJ11基因(NM_000525.3)第1号外显子c.697C>T(p.Glu227Lys)杂合突变,该突变导致胰岛素分泌减少而致病。通过文献复习,NDM患儿除有高血糖,有些还有神经系统表现;早期予磺脲类药物治疗,不仅安全有效,还可预防远期神经系统并发症。结论对出生体重低的新生儿连续监测血糖升高,可疑NDM患儿应早期进行基因检测,早期予磺脲类药物治疗,并需长期随访,警惕复发。

甲状腺激素受体相互作用物11基因变异所致软骨生成不全IA型家系遗传学分析

软骨生成不全IA型是一种罕见的致死性疾病,以常染色体隐性方式遗传,该疾病的发生与人14号染色体上甲状腺激素受体相互作用物11(TRIP11)基因变异有关。本研究采集了1例超声检查疑似致命性骨骼发育不良胎儿的流产皮肤组织及其父母的静脉血,通过提取基因组DNA,应用全外显子组测序技术对胎儿组织及其父母进行平行测序,对疑似致病变异用Sanger测序进行验证;并对以往报道基因检测结果进行文献复习,结合文献复习探讨该病的临床特点。结果发现了胎儿TRIP11检测到复合杂合变异c.790C>T(p.R264*)/c.589-2A>G,两位点分别来自父亲和母亲,符合常染色体隐性遗传。本研究报道的TRIP11基因复合杂合变异尚未见报道,拓宽了软骨生成不全1A型的基因变异谱,为该家庭的遗传咨询及产前诊断提供了重要的分子基础。

清热利湿凉血法治疗ABCB11基因变异的亚急性肝衰竭恢复期患者1例

1病例资料患者,男,19岁,2019年4月30日因“全身皮肤瘙痒1月余,皮肤巩膜黄染3周”入院。患者2019年4月7日于外院查:总胆红素(TBil)438μmol/L,直接胆红素(DBil)292.2μmol/L。入院时症见:遍身瘙痒,皮肤黄染、巩膜黄染、尿黄。查体示腹平软,肝脾肋下未及,脐上轻压痛,无反跳痛,墨菲氏征阴性,麦氏点压痛阴性。双下肢无明显水肿,MRCP显示左右肝管稍粗,左右肝管汇合处可疑局限性狭窄或伪影,脾稍增大。

清热利湿凉血法治疗ABCB11基因变异的亚急性肝衰竭恢复期患者1例

1病例资料患者,男,19岁,2019年4月30日因“全身皮肤瘙痒1月余,皮肤巩膜黄染3周”入院。患者2019年4月7日于外院查胆红素:总胆红素(TBil)438μmol/L,直接胆红素(DBil)292.2μmol/L;肝功能未见异常。入院症见:遍身瘙痒,皮肤黄染、巩膜黄染、尿黄。查体示腹平软,肝脾肋下未及,脐上轻压痛,无反跳痛,墨菲氏征阴性,麦氏点压痛阴性。双下肢无明显水肿,MRCP显示左右肝管稍粗,左右肝管汇合处可疑局限性狭窄或伪影,脾稍增大。上腹部增强MR显示肝右叶小囊肿,脾稍增大。

辣椒CaTPS11基因克隆及非生物胁迫下的表达

本研究以强丰101辣椒品种为材料,分析辣椒CaTPS11基因编码蛋白质的理化性质、蛋白质氨基酸序列及组织特异性表达,利用荧光定量PCR技术分析CaTPS11基因在低温、激素处理过程中的表达量变化。结果表明,CaTPS11基因全长2 805 bp,编码921个氨基酸。与辣椒基因组数据库参考序列比对,CaTPS11基因存在5个单碱基差异和2处内含子保留剪切,启动子区存在植物激素、低温、光等多种响应元件。CaTPS11蛋白相对分子量为1.033 9×10~5,理论等电点8.33;无跨膜结构和信号肽,具有TPS蛋白家族的典型结构域。亚细胞定位分析结果表明CaTPS11蛋白定位于细胞质和叶绿体中。CaTPS11蛋白氨基酸序列与龙葵、马铃薯TPS蛋白氨基酸序列同源关系最近且进化高度保守。CaTPS11基因在成熟果胎座中的表达量最高,为成熟果果肉的26倍。IAA处理抑制CaTPS11基因的表达,低温胁迫、ABA、GA、MeJA处理均诱导该基因的表达。MeJA处理6 h,辣椒CaTPS11基因表达量达到最大,约为对照的9倍。CaTPS11基因存在时空表达差异,推测该基因通过内含子保留的可变剪切模式和MeJA信号通路正向响应非生物胁迫的方式提高自身表达,以应对逆境胁迫。

1例足月小样儿15q11-q13基因缺失变异至Prader-Willi综合征

1病史及临床特征患儿女,10 d,因“反应低下10 d”就诊于湖北医药学院附属十堰市人民医院新生儿科,患儿系第3胎第2产,试管婴儿,孕38+5周剖宫产出生,出生时羊水清亮、量中,1 min及5 min Apgar评分均为10分,无抢救病史,脐带、胎盘、胎膜未见明显异常,出生体重2.43 kg。生后家长发现患儿喂养困难,吸吮力弱,体形瘦小,反应差,少哭少动,于当地妇幼保健院就诊,住院10 d,患儿病情好转不明显,遂转入本院。患儿父母非近亲结婚,均否认家族遗传病史,其母孕期行规律产检,胎动少。

罗氏沼虾Spo11基因克隆、表达及其在卵巢发育中的作用

为研究减数分裂相关基因Spo11(meiotic protein covalently bound to DSB homolog)在罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)卵巢发育中的调控作用,采用RACE技术、荧光定量PCR、原位杂交和RNA干扰等方法,对罗氏沼虾Spo11基因(MrSpo11)及其编码氨基酸的分子特征、MrSpo11基因的组织表达、分布和生物学功能进行了研究。结果表明:MrSpo11基因cDNA序列全长为2298 bp,其中,5′端和3′端非编码区分别为457、701 bp,开放阅读框为1140 bp,共编码379个氨基酸残基;MrSpo11基因在罗氏沼虾鳃中的相对表达量最高,在卵巢、肝胰腺和心脏中表达量较高,在脑、眼和肌肉中微量表达;MrSpo11基因在罗氏沼虾卵巢发育Ⅰ期相对表达量最高,在卵巢发育Ⅲ期次之,在Ⅱ期和Ⅳ期表达量最低;MrSpo11基因在卵黄发生前期、中期、晚期卵母细胞的细胞质,以及卵黄发生早期卵母细胞的细胞质和细胞核中均有表达;注射dsRNA后第2、4天,试验组MrSpo11基因的表达量分别比对照组下降45.8%、11.6%,注射dsRNA后第4天,试验组卵巢发育成熟度略低于对照组。研究表明,MrSpo11基因参与了罗氏沼虾卵巢发育过程,本研究结果可为进一步探究罗氏沼虾卵巢发育分子调控机制提供有益参考。

我国未批准的转基因油菜MS11品系双重数字PCR精准定量检测方法建立

随着转基因产品在农产品国际贸易中的比重不断增加,因混杂少量目的国未批准品系而引发的低水平混杂事件日益凸显。为了应对低含量转基因成分的精准定量检测需求,针对我国未批准、国际上已经商业化种植的转基因油菜MS11品系,建立了双重数字PCR定量检测方法。对5套不同油菜内源基因与MS11品系检测引物探针组合进行筛选,选出相互抑制效应低、反应效率高、内源基因单拷贝、数字PCR阳性微滴单元与阴性微滴单元区分明显的引物探针组合。后对PCR反应退火温度、引物探针浓度等进行优化。在筛选出适宜的引物探针组合,以及优化后的反应条件基础上,对反应体系的特异性、可重复性和定量精密度、灵敏度、定量准确性等进行测试。筛选和优化结果表明,油菜内源基因PEP与MS11品系引物探针组合在退火温度为58℃,引物探针比为1.5∶1.0时,反应效率最高。方法特异于转基因油菜MS11品系检测,在其他转基因作物品系和非转基因作物中无显著扩增。从10拷贝/μL到8000拷贝/μL 3个数量级的DNA模板各重复间测定绝对拷贝数和百分比含量的相对标准偏差均在可接受范围内,可重复性和定量精确度高。方法的检测下限低至2拷贝/μL,定量下限为10拷贝/μL基因组DNA。对10%、2.0%、0.5%和0.1%4个MS11品系成分含量样品定量结果表明,测定值与设定值间的偏差(bias)均在±25%之间,定量准确性高。结论表明,建立的转基因油菜MS11品系双重数字PCR精准定量方法适用于对低含量MS11品系成分的精、准定量,可以满足口岸对低水平混杂问题的应对需求。

Trappc11诱导型基因敲除小鼠模型的构建及鉴定

目的建立转运蛋白颗粒复合物亚基11(Trappc11)诱导型基因敲除小鼠模型。方法和结果在Trappc11基因外显子3~5的两侧分别引入loxP位点,利用CRISPR/Cas9技术获得F0代C57BL/6J小鼠;将通过PCR扩增及测序鉴定阳性的F0代C57BL/6J小鼠与C57BL/6J野生型小鼠交配、繁殖,获得F1代Trappc11flox/+小鼠;再将Trappc11flox/+小鼠与UBC-CreERT2小鼠交配,经过2代繁殖,最终获得Trappc11诱导型全身性基因敲除小鼠模型。结论通过CRISPR/Cas9和Cre-loxP技术成功建立了Trappc11诱导型基因敲除小鼠模型,为揭示Trappc11在多器官系统疾病中的病理生理学作用提供了重要工具。

钙黏蛋白家族成员3及11号染色体开放阅读框30基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效的研究

目的探讨钙黏蛋白家族成员3(CDHR3)及11号染色体开放阅读框30(C11orf30,EMSY)基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效。方法前瞻性选取2020年5月至2021年10月于泰州市第二人民医院就诊的支气管哮喘病儿132例作为易感组。均接受糖皮质激素吸入治疗,并根据疗效分为疗效良好组和疗效不良组。选取同期体检的48例儿童作为对照组,采用倾向性匹配方法对易感组和对照组性别、年龄等基线资料进行匹配;采用PCR检测CDHR3及EMSY基因的单核苷酸多态性,计算其基因型频率和等位基因频率,基因位点的多态性与儿童支气管哮喘易感风险间的关系采用多因素logistic回归分析。对比疗效良好组和疗效不良组不同基因型分布。结果易感组和对照组经倾向性评分匹配后有36组配对成功(每组36例),匹配后基线资料对比差异无统计学意义(P>0.05)。匹配后易感组和对照组CDHR3基因rs6967330位点、EMSY基因rs12278256位点基因型频率及A等位基因频率比较差异有统计学意义(P<0.05)。多因素logistic回归分析显示:EMSY基因rs12278256位点AA基因型[OR=9.91,95%CI:(1.02,96.65)]、CDHR3基因rs6967330位点AA基因型[OR=10.09,95%CI:(1.08,94.02)]是支气管哮喘易感的危险因素(均P<0.05)。治疗12周后,24例(66.67%)为疗效良好组,其余12例(33.33%)归为疗效不佳组,两组CDHR3基因rs6967330位点基因型分布对比差异无统计学意义(P>0.05);两组EMSY基因rs12278256位点基因型分布对比差异有统计学意义(P<0.05),其中疗效良好组AA基因型分布频率[37.50%(9/24)]明显高于疗效不良组[0(0/12)](P<0.05)。结论CDHR3基因rs3847076位点以及EMSY基因rs12278256位点与儿童支气管哮喘易感有关,EMSY基因rs12278256位点与糖皮质激素治疗疗效相关。

信号转导和转录激活因子3和长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11在子痫前期胎盘中的表达及与胎盘螺旋动脉重铸的关系

目的 探究子痫前期(PE)病人胎盘组织中信号转导及转录活化因子3(STAT3)、长链非编码RNA肿瘤易感候选基因11(lncRNA CASC11)表达水平与胎盘螺旋动脉重铸的关系。方法 选取2019年1月至2022年4月于沧州市人民医院行剖宫产分娩的68例PE病人为PE组,并选取同期该院行剖宫产分娩的68例健康孕妇为健康组。比较PE组、健康组一般资料及胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11的相关性;比较健康组与PE组胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积;分析PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度、管腔面积的相关性。结果 PE组病人舒张压、收缩压高于健康组(P<0.05),胎盘组织中STAT3mRNA、lncRNA CASC11表达水平分别为0.40±0.14、0.46±0.15,低于健康组的1.04±0.35、1.01±0.34(P<0.05),胎盘螺旋动脉管壁厚度高于健康组(P<0.05),管腔面积小于健康组(P<0.05);PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA表达水平与lncRNA CASC11,及STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管腔面积均呈正相关(P<0.05),STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平与胎盘螺旋动脉管壁厚度呈负相关(P<0.05)。结论 PE病人胎盘组织中STAT3 mRNA、lncRNA CASC11表达水平均较低,二者均与胎盘螺旋动脉重铸关系密切,可能为临床诊治PE提供新方向。

基于GEO数据库前列腺癌促癌基因NUDT11的筛选及验证

目的:探讨影响前列腺癌进展的差异表达基因,为其诊治提供新思路。方法:⑴采用生物信息学和SVM-RFE机器学习方法筛选出影响前列腺癌进展的差异表达基因(Different Express Genes,DEGs),使用“clusterProfiler”R包对差异表达基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,并筛选关键基因。⑵RT-PCR验证前列腺癌细胞PC3和LNCaP NUDT11 mRNA表达。⑶将前列腺癌细胞LNCaP、PC3分为si-NC组和si-NUDT11组,采用脂质体法进行瞬时转染,转染成功后进行细胞克隆实验、EdU实验和细胞凋亡实验观察NUDT11对细胞增殖及凋亡的影响。⑷构建稳定低表达NUDT11细胞株进行裸鼠皮下成瘤实验,观察NUDT11对前列腺癌细胞成瘤能力的影响。结果:⑴在GEO数据集GSE46602中,共筛选187个DEGs。与正常前列腺组织相比,前列腺癌组织中76个基因表达上调,111个基因表达下调。对差异表达基因进行GO富集分析发现:生物学过程(Biological Process,BP),DEGs主要富集在上皮细胞增殖、上皮细胞增殖的调节、跨膜受体蛋白丝氨酸/苏氨酸、细胞外基质组织、细胞外结构组织、外部封装结构组织、上皮细胞对生长因子刺激反应的调节;细胞学组分(Cytological Components,CC),DEGs主要富集在含胶原的细胞外基质、基底膜、突触囊泡、外囊泡;分子生物学功能(Molecular Biological Functions,MF),DEGs在硫化物结合、肝素结合、细胞外基质结构成分、寡肽结合中富集。对差异表达基因的KEGG富集分析发现DEGs在PI3K-Akt信号转导通路、人乳头瘤病毒感染、癌症中的转录错调、动脉粥样硬化和流体剪切应力、前列腺癌富集。使用SVM-RFE机器学习方法和随机森林(Random forest,RF)特征选择筛选基因,得到共同关键基因为NUDT11和GGTLC1。⑵与前列腺上皮细胞RWPE-1相比,前列腺癌细胞PC3和LNCaP中的NUDT11 mRNA表达量增加。⑶平板克隆实验结果显示与si-NC组相比,si-NUDT11组细胞克隆形成数量均显著下降(P<0.05);EdU实验结果显示:与si-NC组相比,si-NUDT11组细胞EdU阳性细胞数量显著下降(P<0.05);与si-NC组相比,si-NUDT11组细胞凋亡率均显著增加(P<0.05)。⑷与sh-NC组相比,sh-NUDT11组细胞成瘤能力显著下降,瘤体重量变小(P<0.05)。结论:生物信息学和SVM-RFE机器学习方法筛选出与前列腺癌进展相关的基因NUDT11和GGTLC1,NUDT11在前列腺癌细胞系中高表达,干扰NUDT11表达后抑制前列腺癌细胞增殖、促进前列腺癌细胞凋亡,提示NUDT11可调控前列腺癌进展。