miR-141-5p/ZNF705A对慢性粒细胞白血病细胞源外泌体调控骨髓间充质干细胞黏附作用的机制

目的探讨慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)细胞源外泌体(exosome,Exo)中miR-141-5p/ZNF705A对骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)黏附作用的影响。方法电镜和NTA粒径分析检测CML患者外周血和K562细胞中的Exo形态大小;qRT-PCR和Western blot检测转染前后K562细胞的Exo、BMSCs标记分子及黏附蛋白的表达情况;细胞黏附实验检测BMSCs的黏附能力;CCK-8法检测BMSCs活性、萤光素酶实验检测miR-141-5p与ZNF705A结合情况等。结果qRT-PCR结果显示,miR-141-5p表达在CML患者和K562细胞源Exo中均明显降低;qRT-PCR和Western blot等结果表明,CML患者中BMSCs的黏附蛋白CD44和CXCL12表达明显降低,且能够吞噬K562细胞源Exo。进一步发现,与CD34^(+)细胞相比,K562源性Exo能够降低Exo促进的BMSCs中CD44和CXCL12表达和黏附作用;同时,双萤光素酶基因报告等验证miR-141-5p与ZNF705A靶向结合;最后发现通过上调K562细胞源Exo中miR-141-5p的表达,靶向抑制ZNF705A,进而促进BMSCs的活性和黏附功能。结论K562细胞下调Exo中miR-141-5p表达,减少对ZNF705A的靶向抑制,进而抑制BMSCs的黏附功能,从而调控CML患者的骨髓造血功能。

绵羊ZNF521基因多态性与生长性状的关联性分析

锌指蛋白521(Zincfinger Protein521,ZNF521)属于C2H2锌指蛋白家族,是生长板软骨形成和软骨内骨化的重要调节因子,影响骨的纵向生长。本研究旨在通过研究ZNF521基因g.31731118 A>G位点多态性与绵羊生长性状的关联性,筛选与绵羊生长性状相关的潜在分子标记位点。试验采用Illumina OvineSNP 600K BeadChip和Illumina OvineSNP 50K BeadChip芯片检测技术分别对乌珠穆沁羊(n=269)和湖羊群体(n=997)ZNF521基因g.31731118A>G位点进行基因型检测,并分别与2个群体生长性状进行关联性分析。ZNF521基因遗传特征分析发现,g.31731118 A>G位点在乌珠穆沁羊和湖羊中均检测出3种基因型:AA、GA和GG,且在2个群体中均处于中度多态(0.25<PIC<0.50),并符合哈代-温伯格平衡。关联分析结果表明,ZNF521基因g.31731118A>G位点与乌珠穆沁羊4月龄胸围显著相关,与湖羊6月龄体重和体斜长显著相关。此外,6月龄乌珠穆沁羊体斜长、湖羊管围和十字部高GA基因型均优于GG和AA基因型。综上所述,ZNF521基因与绵羊生长发育相关,g.31731118A>G位点可作为绵羊生长性状的潜在分子标记。

锌指蛋白ZNF23在非小细胞肺癌中表达的研究

目的 探讨ZNF23非小细胞肺癌中的表达、对肺癌生物学行为的影响及相关作用机制。方法 免疫组化检测非小细胞肺癌组织中ZNF23表达,Western Blot及realtime PCR方法检测ZNF23在癌与癌旁组织中蛋白及mRNA表达,siRNA转染及细胞周期实验检测ZNF23在调节细胞周期进展中发挥的作用。结果 与癌旁正常组织相比,ZNF23在非小细胞肺癌临床石蜡切片中表达降低,并与组织类型、分化程度、TNM分期、淋巴结转移相关;Western Blot及realtime PCR结果显示ZNF23的蛋白及mRNA水平在癌旁正常组织中多于癌组织。流式细胞仪结果显示ZNF23干扰细胞周期进展较快,多在S/G2期。结论 ZNF23在非小细胞肺癌组织中的表达低于癌旁正常组织,是一个癌症抑制因子,并且可以通过阻滞细胞周期进展而抑制细胞增殖,从而发挥肿瘤抑制作用。

circ_HIPK3靶向miR-381-3p/ZNF217轴调控Aβ诱导的海马神经元功能和形态

目的分析环状RNA同源结构域相互作用蛋白激酶3(circ_HIPK3)靶向miR-381-3p/锌指蛋白217 ZNF217)轴对β淀粉样蛋白(Aβ)诱导的海马神经元功能和形态的影响。方法制备新生大鼠海马神经元,分为对照组、Aβ组、si NC1组、si HIPK3组、si HIPK3+inhibitor NC组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si NC2组、si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组,除对照组外其余组均通过40μmol/L Aβ1~42诱导。qRT-PCR法测定海马神经元circ_HIPK3、miR-381-3p、ZNF217 mRNA表达,透射电镜观察细胞形态,CCK-8法测定海马神经元存活率,Hochesst 33342法测定海马神经元凋亡,流式细胞仪检测海马神经元内Ca^(2+)荧光强度,Western blot法测定海马神经元磷酸化Tau蛋白(P-Tau)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、胱天蛋白酶-3(Caspase-3)、ZNF217蛋白表达,双萤光素酶报告基因分析miR-381-3p与circ_HIPK3、ZNF217靶向关系。结果对照组海马神经元结构正常,胞核形态正常,线粒体、内质网无病理改变;Aβ组海马神经元呈退行性改变,核形态异常,膜内陷,可见大量线粒体肿胀,胞浆内含大量脂滴空泡;与Aβ组相比,si HIPK3组海马神经元结构部分恢复;与si HIPK3组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组海马神经元结构损伤严重;与si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组海马神经元结构损伤减轻。与对照组相比,Aβ组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca^(2+)荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达升高,miR-381-3p表达、存活率、Bcl-2蛋白表达降低(P<0.05);与Aβ组相比,si HIPK3组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca^(2+)荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达降低,miR-381-3p表达、存活率、Bcl-2蛋白表达升高(P<0.05);与si HIPK3组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组海马神经元circ_HIPK3、ZNF217 mRNA和蛋白表达、凋亡率、Ca^(2+)荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达升高,miR-381-3p水平、存活率、Bcl-2蛋白表达降低(P<0.05);与si HIPK3+miR-381-3p inhibitor组相比,si HIPK3+miR-381-3p inhibitor+si ZNF217组海马神经元ZNF217 mRNA和蛋白表达水平、凋亡率、Ca^(2+)荧光强度、P-Tau、Bax、Caspase-3蛋白表达降低,存活率、Bcl-2蛋白表达升高(P<0.05);miR-381-3p与circ_HIPK3、ZNF217均靶向结合。结论circ_HIPK3沉默可能通过调控miR-381-3p/ZNF217轴改善Aβ诱导的海马神经元结构功能损伤。

ZNF268在肝细胞癌中的表达及临床诊断价值探讨

目的:分析ZNF268在肝细胞癌(HCC)与正常肝脏中的表达差异,探讨ZNF268在HCC中的临床诊断价值。方法:实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)分别检测人肝癌细胞株HepG2、Huh7与人正常肝细胞株LO2中ZNF268 mRNA的表达情况;免疫组织化学技术(IHC)检测64例HCC及其癌旁对照组织中ZNF268的表达情况。结果:人肝癌细胞株HepG2、Huh7中ZNF268 mRNA的表达均明显低于人正常肝细胞株LO2 (P < 0.0001, P < 0.0001);HCC组织中ZNF268的表达明显低于癌旁组织(P < 0.05)。结论:ZNF268在HCC中的表达低于正常肝脏,ZNF268有望作为HCC鉴别诊断和治疗的潜在生物标志物。

pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒的构建与鉴定

目的构建pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒靶向敲低ZNF703。方法根据人和鼠ZNF703基因序列中的外显子区在RNA干扰平台上(broadinstitute.org)设计shRNA的靶向序列,并根据pLKO.1中Age I和EcoR I酶切位点序列设计并合成ZNF703 shRNA的引物;对引物进行退火;将pLKO.1质粒进行酶切、胶回收;用T4酶进行连接、转化、涂板,对阳性克隆菌落PCR鉴定和测序鉴定;将构建好的质粒利用慢病毒包装并转染HCT-116细胞系,Q-PCR检测ZNF703的敲低效率。结果成功构建pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒,并且利用病毒包装体系构建ZNF703 shRNAHCT-116细胞系,RT-PCR结果显示设计并构建的pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒可用于有效敲低ZNF703。结论成功构建可用于有效敲低人或鼠源细胞系中ZNF703的pLKO.1-ZNF703 shRNA质粒。

The Role of ZNF207 in Liver Hepatocellular Carcinoma:Expression Analysis and Prognostic Implications

Objective:To analyze the expression and clinical significance of the zinc finger protein ZNF207 gene in liver hepatocellular carcinoma(LIHC)based on The Cancer Genome Atlas(TCGA)database.Methods:The mRNA sequencing data of 371 cases of primary liver cancer,50 cases of normal tissues,and 3 cases of recurrent liver cancer were downloaded from the TCGA database.The corresponding clinical information of the 371 cases of hepatocellular carcinoma was subsequently analyzed.The difference in ZNF207 expression between normal and tumor tissues was analyzed using the UALCAN online database.The impact of ZNF207 expression on survival prognosis was assessed using the Kaplan-Meier method in R software.The GO and KEGG pathways of ZNF207 were analyzed.The Cox proportional hazards model was used to evaluate the prognostic factors of patients with LIHC.RT-qPCR was employed to verify the expression of ZNF207 in LIHC cells.Results:ZNF207 was highly expressed in LIHC tissues and HepG2 cells,with a significant difference(P<0.05).Multivariate Cox regression analysis revealed that patients with high ZNF207 expression had a significantly shorter overall survival time compared to those with low ZNF207 expression(HR=1.466,95%CI:1.011-2.126,P<0.05).GO enrichment analysis suggested that ZNF207 may influence the onset and progression of hepatocellular carcinoma by regulating mRNA splicing and mRNA transcription processing through the spliceosome.KEGG pathway enrichment analysis indicated that ZNF207 might affect the onset and progression of hepatocellular carcinoma through mitophagy,mRNA surveillance,homologous recombination,spliceosome,and nuclear-cytoplasmic transport.Conclusion:The expression of ZNF207 may be an independent predictor of the prognosis of patients with LIHC and could influence the development of hepatocellular carcinoma through various gene functions and pathways.It has the potential to serve as a novel molecular marker for predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma.

ZNF384调控GCLM对肝细胞癌转移的机制研究

目的探讨ZNF384通过调控GCLM对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)增殖和转移的影响及具体调控机制。方法分别在HCC细胞系HepG2和HuH7中转染si-ZNF384和pcDNA-GCLM。Western blot检测ZNF384和GCLM蛋白表达以及上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)标志物Ncadherin、Vimentin、E-cadherin的表达,CCK-8检测细胞增殖活力,Transwell检测细胞迁移。双荧光素酶报告基因实验验证ZNF384和GCLM结合关系。荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术检测ZNF384和GCLM在HepG2细胞中的定位。结果ZNF384和GCLM在HepG2和HuH7细胞中表达升高(P<0.05),敲降ZNF384抑制HepG2和HuH7细胞增殖(P<0.001)、迁移(P<0.001)以及间质标志物N-cadherin(P<0.01)和Vimentin(P<0.01)的表达,促进上皮标志物E-cadherin的表达(P<0.01)。数据库以及双荧光素酶实验证实ZNF384与GCLM启动子结合。过表达GCLM逆转敲降ZNF384对HepG2和HuH7细胞增殖、迁移以及EMT的抑制作用(P<0.05)。结论敲降ZNF384通过抑制GCLM,抑制HCC细胞增殖和转移。

“磨玻璃影”特征的早期肺腺癌中MPP成分的突变特征分析及ZNF469基因的探索

背景与目的目前,肺癌依然是我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤。而在早期肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)中,微乳头(micropapillary,MPP)成分尤其常见,且通常表现出高侵袭性,其与早期转移、淋巴浸润的风险以及患者的5年生存率显著相关。本研究旨在探究以磨玻璃影(ground-glass opacities,GGOs)为特征的早期LUAD中MPP成分和非MPP成分的异同,寻找MPP成分所特有的突变特征,并分析锌指蛋白家族的ZNF469基因与早期LUAD预后以及免疫浸润的关系。方法收集31例LUAD恶性肺结节,采用显微解剖法将其分为成对的MPP和非MPP成分。对早期恶性肺结节组分进行全外显子组测序(whole-exome sequencing,WES),利用maftools、非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)法、Sigminer等方法进行突变特征分析,以揭示侵袭性LUAD中MPP组分相比于其他肿瘤组织所特有的基因组突变特征。利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的LUAD数据库中ZNF469的表达情况,探讨其与肺癌预后的关系;利用GeneMANIA数据库以及基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析探索LUAD中与ZNF469相关基因的互作网络及信号通路;利用TIMER和TISIDB数据库分析ZNF469表达与LUAD中免疫细胞浸润水平的相关性。结果MPP成分具有较多的基因组变异,相比于非MPP成分的肿瘤组织,癌症体细胞突变目录(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,COSMIC)的13号突变特征(胞苷脱氨酶家族,APOBEC)是MPP成分所特有的,这提示其参与了MPP成分对LUAD早期侵袭过程的促进作用;并且APOBEC特征高的MPP样本具有更高的肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB),提示这些患者更能从免疫治疗中获益。LUAD中突变ZNF469的表达高于正常组织,与LUAD患者的不良预后有关。基因互作网络分析以及GO和KEGG富集分析发现,COL6A1、COL1A1、COL1A2、TGFB2、MMP2、COL8A2、C2CD4C等与ZNF469具有相互作用,且主要与编码胶原蛋白、参与细胞外基质构成有关。ZNF469表达与肿瘤的免疫浸润呈正相关。结论本研究揭示了中国人群侵袭性LUAD中MPP成分的特有突变特征,并发现突变ZNF469的高表达影响LUAD预后与免疫浸润,推测ZNF469可作为LUAD潜在的诊断及预后生物标志物。

LncRNA NORAD通过miR-199a-3p调控ZNF217对非小细胞肺癌细胞增殖、凋亡及化疗敏感性的影响

背景与目的针对非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的治疗和诊断仍然是医学界的难题,而探究NSCLC发生发展的分子机制是当前研究的热点。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)NORAD在多种癌细胞中高表达,可能是促进NSCLC发生的分子靶点。探讨LncRNA NORAD通过miR-199a-3p调控锌指蛋白217(zinc finger protein 217,ZNF217)对NSCLC细胞增殖、凋亡及化疗敏感性的影响。方法实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)法检测正常肺上皮细胞BEAS-2B、肺癌H460细胞和顺铂(Cisplatin,DDP)耐药细胞株H460/DDP细胞中NORAD、miR-199a-3p、ZNF217基因表达;将H460/DDP细胞分为control组、si-NC组、si-NORAD组、miR-NC组、miR-199a-3p mimic组、si-NORAD+inhibitor NC组、si-NORAD+miR-199a-3p inhibitor组。检测细胞增殖、细胞凋亡情况,各组细胞NORAD、miR-199a-3p、ZNF217基因表达,Ki-67、caspase-9、ZNF217蛋白表达量;验证miR-199a-3p与NORAD和ZNF217的关系。结果与BEAS-2B细胞相比,H460和H460/DDP细胞中NORAD、ZNF217 mRNA表达显著升高(P<0.05),miR-199a-3p表达显著降低(P<0.05)。与H460细胞相比,H460/DDP细胞中NORAD、ZNF217 mRNA表达显著升高(P<0.05),miR-199a-3p表达显著降低(P<0.05)。与control组和si-NC组相比,si-NORAD组H460/DDP细胞增殖率、NORAD、ZNF217 mRNA表达、Ki-67、ZNF217蛋白表达显著降低(P<0.05),凋亡率、miR-199a-3p表达、caspase-9表达显著升高(P<0.05)。与miR-NC组相比,miR-199a-3p mimic组H460/DDP细胞增殖率、NORAD、ZNF217 mRNA表达、Ki-67、ZNF217蛋白表达显著降低(P<0.05),凋亡率、miR-199a-3p、caspase-9表达显著升高(P<0.05)。与si-NORAD+inhibitor NC组相比,si-NORAD+miR-199a-3p inhibitor组H460/DDP细胞增殖率、ZNF217 mRNA表达、Ki-67、ZNF217蛋白表达显著升高,凋亡率、miR-199a-3p表达、caspase-9表达显著降低(P<0.05)。结论下调NORAD表达可增强miR-199a-3p表达并抑制ZNF217表达,进而抑制H460/DDP细胞增殖,促进其凋亡,增强其DDP化疗敏感性。

血浆中ZNF582甲基化在结直肠癌早期诊断中的可行性研究

目的:探讨血浆锌指蛋白582(zinc finger protein 582,ZNF582)基因甲基化检测用于结直肠癌早期诊断的可行性。方法:选择2021年1月至2022年6月在昆山市中医医院就诊的结直肠癌患者78例(直肠癌组)、结直肠息肉患者62例(结直肠息肉组)为研究对象,另选83例结肠镜检查正常者作为正常对照组。采用甲基化特异性荧光定量PCR检测血浆中ZNF582的甲基化状态,并进行统计学分析。结果:ZNF582在结直肠癌组患者血浆中的甲基化水平显著高于结直肠息肉组和正常对照组(P<0.0001)。ROC曲线分析显示,ZNF582甲基化用于诊断结直肠癌的AUC为0.879(95%CI 0.818~0.925)。ZNF582甲基化对结直肠息肉和结直肠癌的检测灵敏度分别为37.1%、73.1%,对结直肠病变的诊断特异性为90.4%。ZNF582甲基化对不同性别、分期、分化程度以及肿瘤大小的结直肠癌检测灵敏度无显著差异。结论:血浆ZNF582可以作为一种潜在的操作简便的、非侵入性结直肠癌早期诊断替代方案。

Trim26/ZNF173条件性基因敲除小鼠的制备

目的:制备Trim26/ZNF173条件性基因敲除小鼠,为研究Trim26基因在肝癌发生中的作用及其机制提供动物模型。方法:设计基因敲除策略,Trim26的外显子5~7缺失引起的移码突变会破坏蛋白结构域,进而导致Trim26蛋白功能丧失。为此,我们拟删除Trim26基因的外显子5~7,以借助Cre/lox P系统构建Trim26基因条件性敲除的小鼠。简单地说,先获得嵌合体小鼠,选择高嵌合率小鼠与B6/N小鼠交配获得F1代Trim26fl/wt基因型的杂合子小鼠。F1代杂合子小鼠自交得到F2代Trim26fl/fl基因型的纯合小鼠和对照野生型小鼠。提取鼠尾基因组DNA并行PCR鉴定基因型,在DNA水平确定小鼠的基因型。结果:成功构建了打靶载体,打靶载体经限制性内切酶线性化后,成功电转导入了B6/BLU ES 细胞中,ES克隆经过LR-PCR初筛及Southern blot进一步验证,确定得到了3株中靶ES细胞(即3D、6A和10F),将中靶ES细胞扩增后进行囊胚注射,获得了12只Trim26的嵌合体小鼠(嵌合率不小于50%)。选择性成熟后的高嵌合率小鼠与B6/N小鼠交配繁育,得到F1代小鼠,PCR鉴定基因型确认获得了Trim26fl/wt基因型的F1代杂合子小鼠。性成熟后的F1代杂合子小鼠合笼交配后得到F2代小鼠,PCR鉴定基因型确认获得了纯合的Trim26条件性基因敲除小鼠(基因型为Trim26fl/fl)。结论:成功制备了Trim26条件性基因敲除小鼠,为进一步解析Trim26在肝癌发生中的作用及机制打下了良好基础。

ZNF205通过靶向RIG-I正调控RLR抗病毒信号通路

目的探究ZNF205(zinc finger protein 205)对RIG-I(retinoic acid-inducible gene I)介导的RLR(RIG-I like receptors,RLRs)抗病毒信号通路的影响。方法采用免疫共沉淀、免疫印迹、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、双荧光素酶报告基因实验、实时荧光定量PCR、病毒空斑等实验探索ZNF205在RLRs信号通路中的作用。结果ZNF205与RIG-I相互作用。过表达ZNF205促进了SeV诱导的IRF3(interferon regulatory factor 3)的二聚化,也增强了RIG-I-N(aa1-284)介导或SeV诱导的IFN-β(interferon beta)启动子的活性,同时还增强了SeV诱导的IFN-β的转录。病毒空斑实验结果显示过表达ZNF205能够抑制病毒的复制。研究结果还表明,ZNF205促进RIG-I的泛素化修饰以及RIG-I的K63泛素化修饰。结论ZNF205在RLR抗病毒先天免疫信号通路中起正调控作用。

ZNF638/NP220同源蛋白及其生物学作用的研究进展

一些具有锌指结构域的蛋白质可以识别特定的靶RNA分子并与之结合,在细胞中参与或介导重要的生物学作用,这一发现拓展了人们对锌指蛋白专职转录调控并且高度依赖于特异结合靶DNA序列的认知。ZNF638/NP220及其同源蛋白Matrin3和RBM20是一类在生物进化中相当保守的特殊锌指蛋白,定位于细胞核基质的核斑中,含有特殊的蛋白结构域,可以特定靶向RNA分子,在细胞的转录调控和RNA加工的不同阶段发挥作用,特别是RNA转录和剪接事件的偶联以及改变RNA分子的成熟和稳定性等方面。本文将对近年来有关ZNF638同源蛋白成员的发现、结构、分子机制及其在细胞分化、胚胎发育、病毒的感染等生命过程中调控作用的研究进展进行总结讨论。

ZNF460激活ZDHHC7转录和STAT3磷酸化促进肝细胞癌进展

背景:ZNF460为锌指蛋白家族成员,具有转录因子活性,参与调节多种细胞功能。研究显示其与多种消化系统恶性肿瘤密切相关。目的:分析ZNF460在肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨其对HCC增殖能力的影响和可能的作用机制。方法:对含76例HCC组织和相应癌旁组织的组织芯片进行免疫组化染色,分析ZNF460表达水平及其与TNM分期的相关性。以CCK-8实验和克隆形成实验评估ZNF460对HCC细胞增殖的影响。通过LinkedOmics数据库筛选HCC中与ZNF460表达呈正相关的基因并进行KEGG和GSEA通路富集分析,结合过表达或敲低ZNF460以及双荧光素酶报告基因实验等对HCC中ZNF460可能的下游分子进行探究和验证。结果:ZNF460在HCC中高表达且与不良TNM分期相关。ZNF460可促进HCC细胞增殖,可能的机制为ZNF460激活棕榈酰转移酶DHHC7编码基因ZDHHC7转录,促进STAT3棕榈酰化,从而上调其磷酸化水平。结论:ZNF460在HCC中高表达,可通过激活STAT3促进癌细胞增殖和肿瘤进展,有望成为HCC新的分子标志物和治疗靶点。

ZNF165基因在食管癌中的表达及其临床意义

目的探索ZNF165在食管癌中的表达,分析ZNF165表达与食管癌患者临床病理学特征和预后的相关性。方法通过TCGA和GEO数据库分析ZNF165在食管癌中的表达情况。利用Logistic回归分析ZNF165表达与食管癌患者临床病理特征的相关性。接着利用Kaplan-Meier分析、ROC曲线、Cox回归分析ZNF165在食管癌患者中的预后价值。通过TCGA数据库寻找ZNF165共表达基因,进行GO生物功能及KEGG通路富集分析。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Evaluation Resource,TIMER)数据库分析ZNF165与食管癌免疫浸润的相关性。最后,通过qRT-PCR验证ZNF165在人食管癌细胞系和食管癌组织标本中的表达。结果TCGA和GEO数据集分析表明,食管癌组织样本中ZNF165表达显著高于非肿瘤组织(P<0.05),qRT-PCR进一步证实了这一点。高表达ZNF165的食管癌患者总生存期明显短于ZNF165低表达患者(P=0.024)。Cox回归分析提示,ZNF165是食管癌患者总生存期的独立预测指标(P=0.005)。基于TNM分期、组织学分级、年龄和ZNF165表达的预测模型能有效预测食管癌患者1年、3年及5年总生存率。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,ZNF165主要参与抗菌体液反应、脂肪消化和吸收、溶质-钠离子共转运活性等生物学过程。免疫相关性分析提示,ZNF165表达与嗜酸性粒细胞、NK-CD56 bright、Th17等24个免疫细胞具有相关性,与多种免疫细胞表面标志物显著相关。结论ZNF165表达与食管癌患者预后及免疫浸润具有相关性,有可能作为食管癌诊断及预后预测的重要生物学靶点。

基于生物信息学分析ZNF217在低级别胶质瘤中表达的临床意义

目的利用生物信息学分析ZNF217在低级别胶质瘤(LGG)中表达的临床意义。方法通过GEPIA、HPA、UALCAN、CGGA、TIMER2.0、cBioPortal和LinkedOmics等数据库对低级别胶质瘤患者ZNF217的差异表达、临床病理特征、预后价值、免疫细胞浸润、基因突变和启动子甲基化水平进行分析。结果LGG组织中ZNF217 mRNA和蛋白表达水平较正常组织上调(P<0.05),ZNF217 mRNA表达水平与患者的肿瘤分级、免疫细胞浸润及相关标志物呈正相关(P<0.05),与患者总生存期和无病生存期呈负相关(P<0.05)。ZNF217发生基因突变和启动子低甲基化(P<0.05),进而导致LGG患者预后不良(P<0.05)。结论ZNF217在LGG中表达上调,其高表达与LGG患者预后不良有关,ZNF217可能成为LGG预后生物标志物和潜在的治疗靶点。

plenti-Crispr V2 ZNF703 sgRNA质粒的构建与鉴定

目的 构建plenti-Crispr V2 ZNF703 sgRNA质粒。方法 根据人和鼠ZNF703基因序列中的外显子区设计sgRNA的靶向序列,并在靶序列的两端加上plenti-Crispr V2质粒构建所要求的黏性末端,得到并合成ZNF703sgRNA的引物;对合成的引物进行退火得到ZNF703 sgRNA双链寡核苷酸片段;将plenti-V2质粒进行BsmB I酶切、胶回收;将ZNF703 sgRNA双链寡核苷酸片段和酶切后胶回收的plenti-Crispr V2骨架片段(12 988 bp)进行连接、转化感受态细胞、挑取阳性克隆、菌落PCR鉴定和酶切鉴定,并进行测序验证。结果 成功构建plenti-Crispr V2ZNF703 sgRNA质粒,并利用plenti-Crispr V2 ZNF703 sgRNA成功构建了ZNF703敲除的结肠癌细胞系HCT-116。结论 构建了plenti-Crispr V2 ZNF703 sgRNA质粒,并在HCT-116细胞系中验证其敲除效果,为在人源肿瘤细胞中、鼠源细胞系中敲除ZNF703,以及为深入研究ZNF703的生物功能打下基础。

A 314-bp SINE insertion in the ZNF2 promoter region may act as a repressor related to regulation of fat deposition in pigs

Retrotransposons,a type of DNA fragment that can mobilize itself on genome,can generate genetic variations and develop for molecular markers based on the insertion polymorphism.Zinc finger proteins(ZNFs)are among the most abundant proteins in eukaryotic animals,and their functions are extraordinarily diverse and particularly important in gene regulation.In the current study,bioinformatic prediction was performed to screen for retrotransposon insertion polymorphisms(RIPs)in six ZNF genes(ZNF2,ZNF3,ZNF7,ZNF8,ZNF10 and ZNF12).Six RIPs in these ZNFs,including one short interspersed nuclear element(SINE)RIP in intron 1 and one long interspersed nuclear element 1(L1)RIP in intron 3 of ZNF2,one SINE RIP in 5′flanking region and one SINE RIP in intron 2 of ZNF3,one SINE RIP in 3′UTR of ZNF7 and one L1 RIP in intron 2 of ZNF12,were discovered and their presence was confirmed by PCR.The impact of the SINE RIP in the first intron of ZNF2,which is close to the core promoter of ZNF2,on the gene activity was investigated by dual-luciferase assay in three cell lines.Our results showed that the SINE insertion in the intron 1 of ZNF2 repressed the core promoter activity extremely significantly(P<0.01)in cervical cancer cells and porcine primary embryonic fibroblasts(HeLa and PEF),thus SINE may act as a repressor.This SINE RIP also significantly(P<0.05)affected the corrected back fat thickness in Yorkshire pigs.The corrected back fat thickness of individuals with SINE insertion in the first intron of ZNF2 was significantly(P<0.05)higher than that of individuals without SINE insertion.In summary,our data suggested that RIPs play important roles in the genetic variations of these ZNF genes and SINE RIP in the intron 1 of ZNF2 may provide a useful molecular marker for the screening of fat deposition in the pig breeding.

ZNF384融合亚型急性白血病的发病机制及预后研究进展

由染色体易位引起的融合基因已成为白血病的主要致病因素。锌指蛋白384(zinc finger protein 384,ZNF384)融合作为急性白血病(acute leukemia,AL)中的非典型融合亚型,在不同的年龄群体中广泛发生。ZNF384具有丰富的融合伴侣,其中E1A结合蛋白p300(E1A binding protein p300,EP300)、转录因子3(transcription factor 3,TCF3)、TATA-box binding protein associated factor 15(TAF15)的融合频率最高。这些融合蛋白均保留了完整的ZNF384结构,但融合伴侣则有不同程度的缺失,说明不同的ZNF384融合亚型之间具有相似的致AL发生发展机制。现有研究主要认为ZNF384融合蛋白通过染色质重塑调控下游蛋白的转录表达,在造血干细胞的分化、癌细胞的增殖凋亡和基因组修复中发挥潜在作用。ZNF384融合患者同时表达淋系和髓系特有的抗原,在疾病的进展中具有谱系转化特性,丰富的免疫表型给治疗方式带来了不确定性,并与融合亚型、发病年龄一起影响患者的临床结局。该文通过对近10年已发表的案例和大型队列研究进行统计归纳分析,进一步确认了ZNF384融合及其各亚型AL在现有研究背景下的发生频率,总结了已有的机制信息,并对不同治疗方式下ZNF384融合患者的预后作了简要分析,以期为后续针对这一独特亚型AL的诊疗和研究提供参考。