黄金鲈鱼的一种ZP基因的电子克隆与鉴定分析

[目的]克隆分析黄金鲈鱼的一种ZP基因。[方法]利用生物信息学手段克隆了黄金鲈鱼的一种ZP基因的全长cDNA序列,并对其序列进行了分析。[结果]该cDNA序列包含1 653 bp的开放阅读框,编码550个氨基酸。氨基酸序列同源性分析和进化分析表明,黄金鲈鱼的ZP蛋白与半滑舌鳎ZP3b和青鳉ZPC5具有较高的同源性。[结论]所获得的黄金鲈鱼的ZP基因属于ZP3类型。

北京地区近5年来儿童EB病毒感染疾病中BZLF1及其启动区Zp基因特征分析

为了解儿童原发性Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染流行株BZLF1基因及其启动区Zp的基因特征。本文对北京儿童医院2006年至2011年收治的EBV感染传染性单核细胞增多症(EBV-associated infectious mononucleosis,EBV-IM)134例和EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症(EBV-associated hemophagocytic lymphohistiocytosis,EBV-HLH)32例患儿的外周血来源的DNA进行了EBNA3C、BZLF1和Zp基因片段的扩增分析。根据EBNA3C基因片段扩增产物的大小进行EBV-Ⅰ/Ⅱ分型,对BZLF1和Zp基因扩增产物进行直接序列测定,并用BioEdit 7.0.9进行序列分析。实验显示①儿童EBV感染流行株以EBV-I型为主,占97.2%(140/144),EBV-Ⅱ型为2.8%(4/144);②共检测出3种BZLF1基因型,12种亚型(包括6种新发现的亚型)。BZLF1-A型和BZLF1-B型两基因型在两种疾病中的分布无统计学差异(P=0.083)。BZLF1-A1是儿童EBV感染性疾病中的常见基因型。BZLF1-A型第一内含子以3个29bp重复序列为主,而B型以30bp重复序列为主(P=0.000),且重复序列的个数波动于1-13个不等;③共检测出Zp-P、Zp-V3、Zp-V4、Zp-V1四种Zp基因型,并且这四种基因型在EBV-IM和EBV-HLH两种疾病中的检出率无统计学差异(p值分别为0.272、0.252、1.0、1.0);④BZLF1和Zp基因连锁分析显示,BZLF1-A1基因型毒株的Zp基因分型以Zp-V3为主(P=0.000),而BZLF1-B4基因型以Zp-P型为主(P=0.000)。EBV-Ⅰ+BZLF1-A1与Zp分型中Zp-V3高度连锁(P=0.000);EBV-Ⅰ+BZLF1-B4与Zp-P高度连锁(P=0.000)。结果证实:①BZLF1-A1是儿童EBV感染的常见基因型。BZLF1-A型其第一内含子重复序列以29bp为主,而BZLF1-B型则以30bp的重复序列为主。②Zp-P和Zp-V3是儿童EBV感染的常见Zp基因型,二者检出率相似。③BZLF1-A1型的Zp分型以Zp-V3为主,而BZFL1-B4型则以Zp-P分型为主。EBV-Ⅰ+BZLF1-A1与Zp分型中Zp-V3高度连锁,而EBV-Ⅰ+BZLF1-B4与Zp-P高度连锁。

牦牛ZP3基因的克隆及蛋白质结构的预测

本研究对牦牛ZP3基因的编码区进行了克隆,在此基础上对ZP3蛋白的分子结构预测,为研究牦牛受精生物学提供基础。根据GenBank中普通牛的ZP3核苷酸序列设计特异性引物,以牦牛卵巢组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术扩增牦牛ZP3基因cDNA序列(GenBank登录号为GQ856646),利用DNAMAN生物软件进行核苷酸和氨基酸序列分析、蛋白质专家系统ExPASy进行ZP3蛋白质分子结构预测。结果表明,扩增出的牦牛ZP3基因编码序列长1 266 bp,编码421个氨基酸。牦牛与牛、猪、狗、人、鼠和鸡ZP3基因核苷酸相应序列的同源性分别为98.42%、96.73%、79.67%、78.71%、69.15%和56.61%,氨基酸同源性分别为98.10%、83.85%、74.24%、70.26%、62.62%和46.12%,符合物种进化规律。预测的ZP3蛋白二级和三级结构显示它是一个具有22个氨基酸信号肽的亲水性β-桶状跨膜蛋白。牦牛ZP3基因编码区的成功克隆,为进一步研究该基因的结构与功能及其在受精过程中的作用提供了基础。

GnRH-A及其配伍对鲤鱼ZP3基因表达的影响

运用逆转录实时荧光定量酶链反应(RT-FQ-PCR)技术,研究GnRH-A及其配伍对鱼卵成熟、受精相关基因ZP3的调控。结果显示:3种不同药物配伍分别使鲤鱼ZP3基因表达在给药处理后4、6和12 h达到峰值。提示:不同配伍药物对鱼卵成熟、受精产生影响。ZP3基因可作为促繁殖药筛选的重要指标。

人ZP3基因的RT-PCRcDNA克隆

目的:研究人ZP3基因的结构及构建人ZP3基因原核表达系统。方法:从人卵巢组织中分离出mRNA并以此作为模版,通过RT-PCR扩增出人ZP3基因cDNA片段,然后将其克隆在pUC18质粒上,并对克隆片段进行序列分析。结果:共克隆到ZP3-A(1300bp)、ZP3-B(1180bp)、ZP3-C(1200bp)和ZP3-D(1080bp)4种不同长度的人ZP3基因cDNA片段,对其中最长的ZP3-A片段的测序结果表明,它包含了人ZP3基因阅读框内的全部序列,与NCBISequenceViewer中公布的人ZP3mRNA序列(NM-007155)相比较,在1275bp长的编码区内只有一个碱基不同,两者同源性达到99.92%。结论:本研究克隆到的ZP3-AcDNA片段确是人ZP3基因无疑。

密码子植物化的小鼠ZP3蛋白基因人工合成

对小鼠ZP 3蛋白基因cDNA序列进行生物信息学分析,并将其核心区分成两部分进行分部合成。设计了多对特异性的重叠引物,采用多步PCR方法合成了植物化的小鼠ZP 3蛋白基因的不同片段。再经重叠PCR技术将这两段DNA连接在一起,构成完整的ZP 3基因的编码区。DNA序列测定人工合成的基因为植物化的ZP 3基因。

草原兔尾鼠透明带3(lZP3)基因序列同源性比较

透明带3作为精子的初级受体是透明带的一种主要糖蛋白,而抗ZP3抗体能够阻止精卵结合.因此,ZP3被认为是避孕疫苗的候选免疫原.草原兔尾鼠是新疆的重要害鼠,将它的ZP3基因序列与GenBank上已发表的几种鼠的ZP3基因序列进行同源性比较,将有助于哺乳动物受精机理的阐明与免疫不育疫苗的设计,同时也有助于了解这些鼠在系统进化中的相对地位.

海兰褐蛋鸡ZP 3基因结构及其在卵泡中表达规律分析

旨在探讨ZP 3基因在海兰褐蛋鸡中的表达特性,为后期研究ZP3基因在蛋鸡卵泡发育中的作用提供理论支撑。本研究以产蛋期50周龄(50 W)海兰褐蛋鸡为试验对象,利用RACE技术克隆ZP 3基因全长,并对编码区进行生物信息学分析。选择健康、体重相近的海兰褐蛋鸡6只,分别取心、肝、肺、肾、卵巢、胸肌、腿肌和不同等级卵泡构建表达谱。卵巢颗粒细胞经不同浓度(PBS、5 ng·mL^(-1)、10 ng·mL^(-1)、20 ng·mL^(-1))促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSH)处理后,提取总RNA,采用实时荧光定量检测ZP 3基因在各个样品的表达水平。结果表明,鸡ZP 3基因全长1415 bp,其中编码区1341 bp,共编码446个氨基酸,位于10号染色体上,包含9个外显子;其亲缘关系与猪最远;跨膜结构预测表示,其含有一个跨膜结构域和一个信号肽区域;对其亲疏水性进行分析,预测该蛋白为弱的疏水性蛋白,蛋白质结构主要由无规则卷曲构成。组织表达谱显示,ZP 3基因在鸡的卵巢中相对表达量最高。各等级卵泡ZP3表达分析显示,随着卵泡发育,ZP 3基因在成熟卵泡(F1)颗粒细胞层表达量最高;在使用FSH处理等级颗粒细胞后,发现ZP3表达量显著上调(P<0.05),暗示ZP3基因在颗粒细胞中受到FSH激素调节。本试验对ZP 3基因的结构进行了分析并预测该基因存在跨膜结构和信号肽区域。基因表达谱分析结果显示,ZP 3基因在卵泡发育过程中表达量逐渐升高且主要在颗粒细胞中表达,可能受到FSH的调节作用,因此预测,ZP 3基因可能与海兰褐蛋鸡繁殖功能相关。

青鳉的一种PABP基因电子克隆及其鉴定

[目的]克隆分析青鳉的一种PABP基因。[方法]利用生物信息学手段克隆了青鳉的一种PABP基因的全长cDNA序列,并对其序列进行了分析。[结果]该cDNA序列包含780 bp的开放阅读框,编码259个氨基酸。氨基酸序列同源性和进化的分析表明,青鳉的PABP蛋白与半滑舌鳎ePABP2具有较高的同源性。[结论]所获得的青鳉的PABP基因与其他物种的ePABP2基因同源。

一例透明带ZP4基因突变患者辅助生殖助孕临床特征及结局分析

目的探讨透明带ZP4基因(ZP4)突变患者行辅助生殖助孕的临床特征及助孕结局。方法去对行辅助生殖助孕(ART)治疗的1例异常受精率高、透明带异常患者的临床资料进行分析,采用全外显子组测序(WES)筛选致病突变位点,应用Sanger测序进行家系验证;分析ZP4基因突变患者行辅助生殖助孕的临床特征及助孕结局。结果发现该患者ZP4基因1个位点纯合突变(染色体位置Chrl:238045825A/G;核苷酸变化c.T1520C,纯合突变;氨基酸变化p.L507P);对该突变位点进行Sanger测序家系分析,发现其父母为该位点杂合子、其胞弟与胞妹为纯合子,其胞弟及胞妹均正常生育。该患者接受了1个周期体外受精(IVF)助孕、1个周期卵胞质内单精子注射(ICSI)助孕治疗均异常受精率高、未卵裂、无可用胚胎。结论ZP4基因突变患者的不同表型可能与突变位点的差异或蛋白质功能障碍的程度有关,一些ZP4突变患者仍然有成功怀孕的机会。ZP4基因(c.T1520C)位点错义突变是否导致卵子异常尚不明确,但ZP4基因缺陷对女性生育过程中的影响仍有待进一步探讨。

水牛透明带3基因启动子克隆及转录活性检测

为了阐明水牛透明带3基因(ZP3)表达调控机理,通过PCR技术、载体构建和细胞转染等技术,对其转录活性进行了研究。结果表明:成功克隆得到广西本地水牛ZP3基因5'侧翼序列及部分编码区序列(CDS)区序列,共3 081 bp;广西本地水牛ZP3核苷酸序列与河流型水牛、黄牛、绵羊和山羊的相似性分别为99%、96%、92%和92%;在ZP3翻译起始位点上游-147 bp至-196 bp处存在TATA box,启动子区存在GATAs、Foxo3、Nobox、Stat3、Stat4、Stat5a、Stat5b、Stat6和YY1等反式作用因子结合位点,其中Stats家族在ZP3启动子区存在多个结合位点,且同一位点又存在多个Stats结合的情况;水牛ZP3启动子不能启动绿色荧光蛋白(Enhanced green fluorescent protein,EGFP)在HEK-293T细胞中的表达,但能启动其在CHO细胞中的表达,且启动子活性比CMV启动子弱。

ZP4基因单核苷酸多态性与中国四川汉族人群原发性开角型青光眼的相关性

目的探索透明带糖蛋白基因（zona pellucida glycoprotein4，ZP4）单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）位点rs547984、rs540782、rs693421、rs2499601多态与四川地区原发性开角型青光眼（primary open-angle glaucoma，POAG）的关联性。方法应用SNaPshot法对336例POAG患者和768名正常对照者进行基因分型。结果ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421、rs2499601在POAG病例组与对照组的等位基因频率的差异无统计学意义（P〉0．05）；单倍体型分析表明这4个SNPs产生的单倍体型GGAG在对照组与病例组之间的差异有统计学意义（P〈0．05）。结论ZP4基因SNPs位点rs547984、rs540782、rs693421、rs2499601多态可能与四川地区POAG无关联。

ZP1基因复合杂合变异导致卵母细胞透明带缺失而不孕

目的探讨1例原发不孕伴卵母细胞透明带缺失患者的遗传学病因。方法应用全外显子组测序技术对患者及其父母ZP1基因进行变异检测、Sanger测序及生物信息学分析。结果检出患者ZP1基因第5外显子c.874C>T(Gln292*)及第7外显子c.1127_1128delCT(ALa376GlyTer386)的复合杂合变异,母亲携带c.874C>T(p.Gln292*)杂合变异,父亲携带c.1127_1128delCT(p.Ala376GlyTer386)的杂合变异。结论患者者ZP1基因复合杂合变异是导致其卵母细胞透明带缺失的可能遗传学病因。