基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因序列分析钦州尖鳍鲤的遗传多样性

根据mtDNA D-loop基因对钦州茅尾海尖鳍鲤群体(n=34)的遗传多样性进行了研究.通过PCR技术进行了mtDNA D-loop基因扩增,检测到变异位点共计18个,占全部的1. 97%.其中:3个是颠换位点,14个是转换位点(C-T,A-G),1个转换位点与颠换位点同时存在. 34尾个体分属14种单倍型.尖鳍鲤线粒体DNA (mtDNA)核苷酸多样性(π)为0. 003 01,平均核苷酸差异数(K)为2. 747.单倍型多样度(H)为0. 911,单倍型间平均遗传距离(P)为0. 004.用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由4个支系组成.尖鳍鲤茅尾海种群线粒体(mtDNA)D-loop基因多态性较低,表明该种群遗传多样性相对较低,因此,保护尖鳍鲤种质资源刻不容缓.

海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组测序与结构特征分析

为了解海南尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis)线粒体基因组结构特征及其与鲤科(Cyprinidae)鱼类的进化关系,本文通过二代测序获得海南万泉河口尖鳍鲤线粒体基因组全序列,并对结构特征进行分析,结果显示具有典型的环状闭环双链分子,全长16581bp,碱基组成为A(31.96%)、G(15.69%)、C(27.53%)和T(24.82%),包含13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)、2个r RNA基因、22个tRNA基因和1个可变控制区D环。对碱基含量分析发现尖鳍鲤的碱基组成中具有较高AT含量的偏向性,13个PCGs中有不少的偏好性密码子,如CGA(RSCU>3.506)、CCA(RSCU>2.208)等。除tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNALeu(CUN)、tRNATyr、tRNASer(UCN)、tRNAPro和ND6外,其余基因的排列于H链上。比较海南与广西海域尖鳍鲤线粒体基因组发现,两者PCGs相似性在96%~100%, ND4、COⅡ、Cytb基因在起始位置、长度以及起始密码子存在不同程度的差异。另外,将与尖鳍鲤同属的的鲤(C. carpio)、鲫(C. auratus)的13个PCGs进行两两比较表明, 3种鲤属鱼类的PCGs相似性在85%~99%。通过与其他鲤科鱼类的线粒体基因组序列构建系统发育树,发现尖鳍鲤和鲤亲缘关系最近。本研究结果有助于理解不同鲤科鱼类的亲缘关系,为尖鳍鲤线粒体进化分析和种质资源研究提供参考依据。