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Analysis of Bacterial Communities Present in Agaricus bisporus Phase Ⅱ Compost Using Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis(ARDRA)(Ⅱ)——Analysis of Bacterial Communities
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作者 HE Lihong YU Rongli +1 位作者 CHEN Mingjie PAN Yingjie 《食用菌学报》 北大核心 2009年第1期6-10,共5页
Changes in the bacterial communities inhabiting Agaricus bisporus compost during Phase Ⅱ treatment were monitored using amplified rDNA restriction analysis(ARDRA).Sequence analysis data indicated that the bacterial c... Changes in the bacterial communities inhabiting Agaricus bisporus compost during Phase Ⅱ treatment were monitored using amplified rDNA restriction analysis(ARDRA).Sequence analysis data indicated that the bacterial communities associated with the compost samples were far richer in composition when determined by ARDRA compared with traditional methods based on bacterial isolation.Furthermore,the composition of the communities,especially in terms of the dominant bacteria during each of the four treatment stages(beginning of Phase Ⅱ,after pasteurization,5 days aeration,end of Phase Ⅱ,respectively),were very different.Restriction endonuclease digestion of mainly bacterial clones from four 16S rDNA libraries,C1,C3,C6 and C7,previously constructed on the basis of 16S rDNA fragments amplified from the four different stages of the Phase Ⅱ composting process,revealed the presence of unique microbial types.Thermophilic bacteria belonging to the Bacilli,and previously unreported strains of Trichococcus,Planococcus,Caryophanon,and subclass γ-Proteobacteria,were identified among the clones from the compost sampled during the aeration period(C6).Bacteria belonging to Thermus thermophilus and subclass α-Proteobacteria were detected in C1 and C7 composts sampled at the beginning and the end of Phase Ⅱ,respectively.Clones of some uncultured bacteria were also scored. 展开更多
关键词 双孢蘑菇 核糖体 细菌克隆 堆肥
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限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究 被引量:9
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作者 夏月 Sardar Khan +1 位作者 贺纪正 朱永官 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期953-960,共8页
限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性... 限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响. 展开更多
关键词 限制性片段长度多态性分析(ardra) 微生物多样性 16Srdna 重金属污染
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28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用 被引量:31
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作者 马富英 罗信昌 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期201-205,共5页
对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最... 对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9~ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ . 展开更多
关键词 28S Rdna PCR-RFLP分析 侧耳属 系统发育 应用 食用菌 大亚基核糖体dna 聚合酶链式反应 限制性酶切分析
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腾冲热海眼镜泉菌藻席细菌ARDRA指纹图谱分析 被引量:1
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作者 张东华 李沁元 +2 位作者 刘杨 崔小龙 彭谦 《生物学杂志》 CAS CSCD 2004年第3期12-14,4,共4页
对腾冲热海眼镜泉中粉红色丝状菌藻席进行ARDRA指纹图谱分析,获得其细菌多样性的部分信息。直接提取菌藻席总DNA,以之为模板PCR扩增出细菌的16SrDNA,将其克隆、转化进入大肠杆菌,获得120个克隆子。用限制性内切酶(RsaⅠ、HhaⅠ、HapⅡ)... 对腾冲热海眼镜泉中粉红色丝状菌藻席进行ARDRA指纹图谱分析,获得其细菌多样性的部分信息。直接提取菌藻席总DNA,以之为模板PCR扩增出细菌的16SrDNA,将其克隆、转化进入大肠杆菌,获得120个克隆子。用限制性内切酶(RsaⅠ、HhaⅠ、HapⅡ)筛选出了29个16SrDNA插入片段酶切带型差异明显的克隆,表明眼镜泉菌藻席细菌组成丰富。聚类分析显示这29个克隆聚为A、B两个大类,表明该菌藻席可能主要由两个遗传多样性丰富的分类群组成。 展开更多
关键词 菌藻席 ardra(amplified rdna restriction analysis) 细菌多样性 限制性内切酶
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用于微生物多样性分析的棉田土壤总DNA的提取 被引量:2
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作者 张静文 罗明 +1 位作者 徐文修 肖正群 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期34-37,共4页
目的:探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法:采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果:其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但... 目的:探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法:采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果:其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产率和纯度上有明显差异。改良CTAB-SDS法提取的DNA完整性好,得率为24.20μg.g-1干土,纯化后A260/A280和A260/A230为分别为1.80和1.70,纯化回收率可达70.1%,完全适用于后续的PCR分析。结论:采用该法提取棉田土壤总DNA简便而高效。对该法提取获得的棉田土壤微生物总DNA进行ARDRA和DGGE分析,所得图谱能较全面地反映不同处理间微生物多样性及群落结构的差别,为不同栽培体系下棉田土壤微生物的分子生态学研究提供了基础。 展开更多
关键词 棉田 土壤微生物 dna提取 扩增性rdna限制性酶切片段分析(ardra)
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应用ARDRA技术对细菌性阴道病的微生态分析
6
作者 张瑜 杨宇 +3 位作者 师舞阳 蔡净亭 杨立 张怡 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1626-1629,1633,共5页
目的了解细菌性阴道病(BV)患者阴道细菌种群微生态变化。方法采用ARDRA方法对3例BV患者及1例健康妇女阴道分泌物的细菌16S rDNA进行分析。结果3例BV患者分别检测到37、36和31个OTUs,而正常妇女中仅检测到16个;健康妇女阴道的优势菌群为... 目的了解细菌性阴道病(BV)患者阴道细菌种群微生态变化。方法采用ARDRA方法对3例BV患者及1例健康妇女阴道分泌物的细菌16S rDNA进行分析。结果3例BV患者分别检测到37、36和31个OTUs,而正常妇女中仅检测到16个;健康妇女阴道的优势菌群为乳酸杆菌,而BV患者中的优势菌群包括纤毛菌属、普氏菌属、埃氏巨型球菌属等。3例BV患者所检测的11个优势克隆子中,仅2个为已纯培养的细菌,其余9个均为未纯培养细菌。结论细菌性阴道病患者与健康妇女的微生态存在明显差异,DNA限制性分析技术是对阴道菌群微生态进行快速分析的有力工具,可以鉴定出常规培养方法不能鉴定的潜在致病菌。 展开更多
关键词 细菌性阴道病 微生态 dna限制性分析
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藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用 被引量:4
7
作者 袁文勇 汤晓蕙 +1 位作者 周顺平 俞卫东 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期516-519,共4页
目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被... 目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻类 dna 核糖体 第二内转录间隔区 扩增片段长度多态性分析 溺死
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大庆油田聚合物驱后油藏微生物多样性研究 被引量:21
8
作者 张雪梅 佘跃惠 +5 位作者 黄金凤 张凡 王靖 王文军 王洪志 王正良 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期668-672,共5页
从大庆油田4个聚合物驱后的采油井中提取总DNA,扩增其16S rDNA片段,克隆到大肠杆菌,然后用ARDRA法对所得的298个克隆中的插入片段进行分析,建立了16SrDNA克隆文库.采用文库库容值(C)、香农–威纳指数(H)和均匀度指数(E)对文库微生物多... 从大庆油田4个聚合物驱后的采油井中提取总DNA,扩增其16S rDNA片段,克隆到大肠杆菌,然后用ARDRA法对所得的298个克隆中的插入片段进行分析,建立了16SrDNA克隆文库.采用文库库容值(C)、香农–威纳指数(H)和均匀度指数(E)对文库微生物多样性进行了评价.结果表明,4个样品中共得出22个操作分类单元(OTU).其中4个OTU在整个群落中占78.18%,9个OTU只有一个克隆.对22个OTU的代表克隆序列、GenBank数据库比对和系统发育分析表明,聚驱后油井中的细菌基本属于α变形菌纲(24.83%)、γ变形菌纲(23.49%)、δ变形菌纲(35.56%)和未培养微生物(16.78%).与石油烃降解和产生物表面活性剂相关的假单胞菌(Pseudomonas)和不动杆菌(Acinetobacter),在文库中占的比例分别是17.79%和6.02%. 展开更多
关键词 限制性片段长度多态性分析(ardra) 聚驱后油藏 微生物多样性 16S rdna克隆文库
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应用16S rRNA基因文库技术分析土壤细菌群落的多样性 被引量:73
9
作者 刘玮琦 茆振川 +1 位作者 杨宇红 谢丙炎 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1344-1350,共7页
【目的】土壤微生物在菜田生态系统中具有重要的生态功能,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析典型菜田土壤细菌群落结构的组成情况,为揭示典型的菜田土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应之间的关系奠定基础。【方法】采用... 【目的】土壤微生物在菜田生态系统中具有重要的生态功能,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析典型菜田土壤细菌群落结构的组成情况,为揭示典型的菜田土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应之间的关系奠定基础。【方法】采用未培养技术直接从北京和山东两地典型菜田土壤样品中提取微生物总的DNA,分别构建基于通用引物PCR扩增的土壤细菌16S rRNA基因克隆文库,通过HinfⅠ和HaeⅢ限制性内切酶对两地土壤细菌16S rRNA基因文库中的克隆进行ARDRA(Amplified Ribosomal DNA Rstriction Analysis)分析,将所有阳性克隆分为若干个可操作分类单元(OTU)。【目的】通过构建两地细菌克隆文库的系统发育树,并分析主要种群的组成表明:北京和山东菜田土壤细菌克隆文库的优势种群均为γ、β、α变形细菌亚群。两地的细菌种类组成分别包括124个OTUs和92个OTUs。【结论】北京地区和山东地区典型蔬菜地土壤细菌种群中优势种群均为变形细菌,但是土壤细菌多样性降低,这可能与典型菜田的多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。同时,也可能是造成菜田土壤病害普遍发生,土壤退化的一个重要原因。 展开更多
关键词 土壤细菌群落 16SRRNA基因 ardra 系统发育分析
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PCR-酶切技术在石油烃降解菌筛选鉴定中的应用 被引量:6
10
作者 郝旭光 孙寓姣 王红旗 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期449-452,共4页
将以原油驯化所得的纯培养微生物菌株作为模板,采用PCR(聚合酶链式反应)法,用扩增细菌16S rDNA的一对通用引物(8 f,1492 r)对模板扩增,并用限制性内切酶R saI和M spI对PCR产物进行ARDRA多态性分析。聚类去除重复菌株后60株菌株可分为11... 将以原油驯化所得的纯培养微生物菌株作为模板,采用PCR(聚合酶链式反应)法,用扩增细菌16S rDNA的一对通用引物(8 f,1492 r)对模板扩增,并用限制性内切酶R saI和M spI对PCR产物进行ARDRA多态性分析。聚类去除重复菌株后60株菌株可分为11种不同分类操作单元(OTU),同时得出每个分类操作单元的数量。实验结果表明,此方法可快速去除重复菌株并反映出菌株间的系统进化关系;同时实验数据可构建成库,使后续分离菌株的筛选工作只需比对数据即可完成。 展开更多
关键词 聚合酶链式反应(PCR) 限制性内切酶 ardra 石油降解菌 16Srdna
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热带雨林土壤真菌18S rRNA基因多样性分析 被引量:3
11
作者 赵志祥 肖敏 +3 位作者 郑芬 梁延坡 谢丙炎 陈绵才 《安徽农业科学》 CAS 2012年第11期6378-6382,共5页
[目的]探讨热带雨林土壤真菌群落结构,阐释微生物与植物之间的互作关系,以期为开发利用热带雨林这一特殊生态环境中丰富的微生物基因资源提供理论依据。[方法]运用扩增18S rDNA限制性分析(Amplified 18S ribosomal DNA restriction anal... [目的]探讨热带雨林土壤真菌群落结构,阐释微生物与植物之间的互作关系,以期为开发利用热带雨林这一特殊生态环境中丰富的微生物基因资源提供理论依据。[方法]运用扩增18S rDNA限制性分析(Amplified 18S ribosomal DNA restriction analysis,ARDRA)和18S rRNA基因序列分析技术,分析了热带雨林土壤真菌物种丰度、优势种群和进化关系等群落结构特征。试验采用PVPP洗涤-CTAB-溶菌酶-蛋白酶K-SDS热处理等方法,提纯微生物总DNA,构建真菌18S rRNA基因克隆文库,对阳性克隆进行ARDRA分析,选取有代表性的克隆测序,利用DOTUR软件将真菌序列按照97%相似性的标准分成若干个可操作分类单元(Operational taxonomic u-nit,OTU)。[结果]构建的克隆文库包含21个OTU,其中以子囊菌和担子菌为主,各占克隆文库的64.7%和15.5%。子囊菌中以盘菌为主,占到整个克隆文库的47.4%;担子菌中以伞菌为主,占到整个克隆文库的10.4%。接合菌和壶菌均有少量克隆出现在文库中。首次从海南岛热带雨林土壤中发现牛肝菌。研究显示该环境真菌多样性极其丰富,涵盖了真菌主要门的绝大多数。[结论]该研究结果为揭示热带雨林土壤真菌群落结构多样性、挖掘该环境样品的真菌基因资源提供了参考依据。 展开更多
关键词 热带雨林土壤真菌 18S rRNA基因克隆文库 酶切分型 系统进化分析
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湖南岳阳洞庭湖3个样点的表层水体细菌多样性研究 被引量:1
12
作者 杨宇 钱林 +4 位作者 代沁芸 万民熙 黄芝英 师舞阳 邱冠周 《生命科学研究》 CAS CSCD 2008年第4期333-339,共7页
从湖南岳阳南湖、同联药业和城陵矶等3个洞庭湖样点采集表层水样,分别编号为NH、TL和CL.在进行水样元素成分分析的同时,采用扩增rDNA限制性酶切片段分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),对上述水样中的细菌多样性... 从湖南岳阳南湖、同联药业和城陵矶等3个洞庭湖样点采集表层水样,分别编号为NH、TL和CL.在进行水样元素成分分析的同时,采用扩增rDNA限制性酶切片段分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),对上述水样中的细菌多样性进行研究.3个样品共挑出234个克隆子进行酶切,得到135个可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),并对其中14个优势克隆子进行测序.系统发育分析显示洞庭湖岳阳段水样中微生物群落具有丰富的多样性,其中:NH样品中的优势菌是Flavobacteriumsp和Pseudomonas sp,分别占22.4%和11.2%;CL样品中的优势菌为Catellibacterium和Acinetobacter,分别占9.6%和8.2%;而样品TL中的优势菌则为属于β-Proteobacteria的一个新菌株,占11.1%. 展开更多
关键词 洞庭湖 扩增性rdna限制性酶切片段分析 水体细菌 细菌多样性
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油烟污染对土壤假单胞菌种群多样性的影响 被引量:1
13
作者 马艳玲 陈邦 《西北大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1026-1030,共5页
目的确定油烟污染土壤中假单胞菌种群结构的组成情况。方法采用未培养技术直接从长期受油烟污染的土壤样品中提取微生物基因组总DNA,构建基于假单胞菌特异性引物PCR扩增的16S rRNA基因克隆文库,通过HaeⅢ限制性内切酶对基因文库的克隆... 目的确定油烟污染土壤中假单胞菌种群结构的组成情况。方法采用未培养技术直接从长期受油烟污染的土壤样品中提取微生物基因组总DNA,构建基于假单胞菌特异性引物PCR扩增的16S rRNA基因克隆文库,通过HaeⅢ限制性内切酶对基因文库的克隆进行限制性片段多态性分析(ARDRA)。结果随着油烟污染的加剧,油烟污染区土壤中假单胞菌多样性指数显著升高,其优势种群主要是P.putida,P.stuzeri,P.fluorescens和P.aeruginosa。结论在长期污染胁迫下,4种假单胞菌分别得到了不同程度的富集,推测可能与油烟的自然降解有一定的相关性。 展开更多
关键词 油烟污染土壤 假单胞菌 种群多样性 限制性片段多态性分析
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金钗石斛内生细菌的组成及多样性分析 被引量:15
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作者 吴庆珊 雷珣 +3 位作者 雷友梅 蒲星 刘颖 翁庆北 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期79-90,共12页
采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARD... 采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)法对分离的内生细菌进行了多样性分析。结果表明:从3个样地金钗石斛的根、茎和叶中共分离出1 081株内生细菌,隶属2门5科12属40种1亚种,可分成41个OTUs;其中,芽孢杆菌属(Bacillus)和短芽孢杆菌属(Brevibacillus)为优势属,Bacillus subtilis subsp.subtilis和Brevibacillus invocatus为优势种(亚种)。金钗石斛的内生细菌在不同器官中的分布存在差异,根中内生细菌的菌株数量最多(695),且根中内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数(2.20)和Margalef丰富度指数(5.81)均高于茎和叶中内生细菌,而叶中内生细菌的Pielou均匀度指数却最高(0.69);并且,茎和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数最高(0.82),显著高于根和茎间以及根和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数。3个样地金钗石斛内生细菌的共有OTUs有14个,分离菌株数占金钗石斛内生细菌分离菌株总数的96.5%;并且,3个样地金钗石斛内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数差异较小,仅P1样地金钗石斛内生细菌的Margalef丰富度指数明显高于P2和P3样地。NA、TSA、LB、KB、R2A和TB培养基从金钗石斛中分离出的内生细菌菌落数和OTU数量均高于YPD、YT和YG培养基。研究结果显示:金钗石斛体内含有丰富的内生细菌资源,并且,其内生细菌的组成和多样性与分离器官、种植地和培养基密切相关。 展开更多
关键词 金钗石斛 内生细菌 扩增核糖体dna限制性分析(ardra) 组成分析 多样性分析
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刺参消化道中蛭弧菌类的生物多样性分析 被引量:1
15
作者 韩民泳 陈慧黠 +2 位作者 斯晗 刘洋 陈亚东 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第6期44-48,共5页
研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖... 研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。 展开更多
关键词 蛭弧菌类生物 刺参 肠道 核糖体dna扩增片段限制性内切酶分析(ardra) 双酶切 多样性
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金钗石斛提取物对便秘模型小鼠通便功能的影响 被引量:3
16
作者 王微微 范红结 +5 位作者 杨文红 夏开艳 黎华贵 李晓丽 王诗满 张艳 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第20期342-347,共6页
目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采... 目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采集小鼠粪便,提取微生物基因组DNA,采用特异性引物PCR扩增后进行扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)分析乳酸杆菌多样性的变化。结果:金钗石斛提取物可显著地缩短小鼠首次排黑便时间(P<0.01),增加排出粪便颗粒数,显著地增加粪便含水量(P<0.01),高、中剂量组可显著地增加小鼠小肠推进率(P<0.05)。金钗石斛提取物增加了小鼠肠道乳酸杆菌的多样性且高剂量组小鼠肠道中乳酸杆菌均匀度更稳定。结论:金钗石斛提取物通过提高小鼠的粪便含水量,促进肠道蠕动,调节了小鼠肠道中乳酸杆菌,在本实验中表现出对小鼠便秘症状的改善作用。 展开更多
关键词 金钗石斛 便秘 通便功能 乳酸杆菌 扩增核糖体dna 限制性分析
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湖北黄石典型水域超微型真核浮游生物多样性研究 被引量:2
17
作者 于佳骏 段钰涵 +3 位作者 刘科赛 刘细霞 侯建军 李运涛 《生态科学》 CSCD 2019年第1期137-142,共6页
为探讨湖北省黄石市典型水域中超微型真核浮游生物多样性,采用18SrDNA扩增片段限制性酶切技术,结合优势类群测序及相关统计学分析,对2015年夏季湖北黄石境内营养程度不同的典型水域(长江,磁湖,青山湖,青港湖)中超微型真核浮游生物的群... 为探讨湖北省黄石市典型水域中超微型真核浮游生物多样性,采用18SrDNA扩增片段限制性酶切技术,结合优势类群测序及相关统计学分析,对2015年夏季湖北黄石境内营养程度不同的典型水域(长江,磁湖,青山湖,青港湖)中超微型真核浮游生物的群落组成及遗传多样性进行了研究。结果表明,4个水域的超微型真核浮游生物多样性有明显差异,多样性随水域营养化程度的增高而降低。优势克隆的测序结果显示,优势类群藻类包括隐藻、绿藻、甲藻,真菌包括隐真菌和壶菌,此外还有纤毛虫及未分类的浮游生物,隐藻在4个水域中都占优势。不同水域的优势类群差别较大。优势类群的种类随水域营养化程度的增加而减少。群落的多样性与总磷呈极显著的负相关。 展开更多
关键词 超微型真核浮游生物 生物多样性 ardra技术 淡水水域
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Bacterial communities fluctuate in abundance and diversity under simulated oil-contaminated seawater conditions
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作者 LI Xiaohong YOU Cai +3 位作者 QU Liang ZHOU Bin TANG Xuexi XIAO Hui 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期615-627,共13页
Marine bacteria have recently been identified as a potent solution for petroleum hydrocarbon degradation in response to hazardous oceanic oil spills. In this study, a mesocosm experiment simulating a petroleum spill e... Marine bacteria have recently been identified as a potent solution for petroleum hydrocarbon degradation in response to hazardous oceanic oil spills. In this study, a mesocosm experiment simulating a petroleum spill event was performed to investigate changes in the abundance, structure, and productivity of bacterial communities in response to oil pollution. Cultured heterotrophic bacteria and total bacteria showed a consistent trend involving an immediate decrease in abundance, followed by a slight increase, and a steady low-level thereafter. However, the changing trend of bacterial productivity based on bacterial biomass and bacterial volume showed the opposite trend. In addition, the density of oil-degrading bacteria increased initially, then subsequently declined. The change in the bacterial community structure at day 0 and day 28 were also analyzed by amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA), which indicated that the species diversity of the bacterial community changed greatly after oil pollution. Alphaproteobacteria (40.98%) replaced Epsilonproteobacteria (51.10%) as the most abundant class, and Gammaproteobacteria (38.80%) became the second most dominant class in the whole bacterial community. The bacterial communities in oil-contaminated seawater (32 genera) became much more complex than those found in the natural seawater sample (16 genera). The proportion of petroleum-degrading bacteria in the oil-contaminated seawater also increased. In this study, culture-dependent and culture-independent approaches were combined to elucidate changes in both bacterial productivity and community structure. These findings will contribute to a better understanding of the role that bacteria play in material cycling and degradation in response to oil pollution. 展开更多
关键词 petroleum POLLUTION BACTERIAL community BACTERIAL growth amplified ribosomal dna restriction analysis (ardra)
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Succession of Bacterial Community Inhabited Acid Mine Drainage under High Fe(Ⅱ) Concentration
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作者 M.X. Wan Y. Yang +4 位作者 W.M. Zeng J.L. Xia X.D. Liu W.Q. Qin G.Z. Qiu 《Journal of Environmental Science and Engineering》 2010年第8期46-55,共10页
关键词 细菌群落 群落演替 高铁离子 酸性矿山排水 铁浓度 嗜酸氧化亚铁硫杆菌 生物物种 矿物溶解
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ARDRA分型测定刺参养殖环境中蛭弧菌多样性 被引量:3
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作者 韩民泳 陈慧黠 +2 位作者 斯晗 刘洋 陈亚东 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期254-261,共8页
【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段... 【目的】研究刺参养殖环境中蛭弧菌类微生物的多样性及其组成特征。【方法】对刺参养殖用水进行过滤,获得微生物并提取其总DNA,分别采用两对特异性引物Per和Bac扩增蛭弧菌类微生物相应的16S r RNA基因目的片段。通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)方法,使用HaeⅢ和MspⅠ,双酶切各60个目的基因的单克隆,选不同条带克隆进行测序并对测序结果的多重序列分析比对。【结果】确定两对引物分别存在8和9种碱基差异序列,均属于噬菌弧菌属,分属于3个类群中。类群Ⅰ、Ⅱ为优势类群,且均为已知类群,类群Ⅲ为潜在的新类群;Per1(KP214541)和Bac44(KP214551)代表菌株分别为优势种。【结论】刺参养殖环境中蛭弧菌具有较高的多样性,包括已知类型和未知类型的蛭弧菌;可进一步进行蛭弧菌的分离、培养,用于刺参养殖中病害防治研究。 展开更多
关键词 刺参 养殖环境 蛭弧菌类微生物 核糖体dna扩增片段限制性内切酶分析 16S rRNA基因 多样性
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