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Novel protein detection method based on proximity- dependent polymerase reaction and aptamers 被引量:3
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作者 YANG XiaoHai WANG Lei WANG KeMin TAN WeiHong TANG HongXing MENG XiangXian GUO QiuPing 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2008年第2期204-208,共5页
In recent years, specific detection of proteins is one of the hot issues about aptamers in proteomics. Here we reported a simple, sensitive and specific proximity-dependent protein assay with dual DNA aptamers. Thromb... In recent years, specific detection of proteins is one of the hot issues about aptamers in proteomics. Here we reported a simple, sensitive and specific proximity-dependent protein assay with dual DNA aptamers. Thrombin was used as the model protein, and two aptamer probes with complementary se- quence at 3′-end were designed for the two distinct epitopes of the protein. Association of the two ap- tamers with thrombin resulted in stable hybrids due to the proximity of 3′-end, then polymerase reac- tion was induced. The amount of obtained dsDNA was indicated using the fluorescence dye Sybr Green I. The results showed that the initial velocity of polymerase reaction had a positive correlation with concentration of thrombin. The advantages of this dual-aptamer-based approach included simple and flexible design of aptamer probes, high selectivity and high sensitivity. The detection limit was 6.9 pmol/L. 展开更多
关键词 核酸 凝血酶 聚合酶反应 蛋白质检测
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基于聚合酶反应和发夹型核酸适体的蛋白质荧光检测新方法 被引量:12
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作者 郭秋平 羊小海 +3 位作者 王柯敏 孟祥贤 李军 谭蔚泓 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第1期37-40,共4页
设计合成了一种发夹型核酸适体(Aptamer),结合聚合酶反应建立了蛋白质荧光分析新方法.该核酸适体同时作为蛋白质配体和聚合反应模板,与靶蛋白特异结合后,其构象发生了变化,启动聚合反应,从而在未直接标记核酸适体的情况下,通... 设计合成了一种发夹型核酸适体(Aptamer),结合聚合酶反应建立了蛋白质荧光分析新方法.该核酸适体同时作为蛋白质配体和聚合反应模板,与靶蛋白特异结合后,其构象发生了变化,启动聚合反应,从而在未直接标记核酸适体的情况下,通过监测聚合反应进程来检测蛋白质的浓度.采用该方法检测凝血酶的线性范围为0.5~8nmoL/L,检测下限为0.5nmoL/L,为蛋白质检测提供了一种简便快速的非直接标记的荧光分析方法,有望在蛋白质组学的研究中得到广泛的应用. 展开更多
关键词 核酸适体 蛋白质检测 聚合酶反应 凝血酶
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双链荧光核酸适体探针用于蛋白质的简便快速检测 被引量:3
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作者 郭秋平 羊小海 +3 位作者 王柯敏 孟祥贤 李军 仲志鸿 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期274-278,共5页
发展了一种基于双链荧光核酸适体(F-Aptamer)探针的简单快速检测蛋白质的分析方法.该双链荧光Aptamer探针由一条带荧光标记的Aptamer探针和带猝灭标记的互补DNA组成,当靶蛋白存在时,能形成比双链荧光Aptamer探针更稳定的F-Aptamer/蛋... 发展了一种基于双链荧光核酸适体(F-Aptamer)探针的简单快速检测蛋白质的分析方法.该双链荧光Aptamer探针由一条带荧光标记的Aptamer探针和带猝灭标记的互补DNA组成,当靶蛋白存在时,能形成比双链荧光Aptamer探针更稳定的F-Aptamer/蛋白质复合物,并发出荧光,从而实现对蛋白质的简便快速检测,检测线性范围为6~100 nmol/L,检出限为6 nmol/L.该方法设计简单,对核酸适体分子的大小和空间结构没有要求,可作为一种通用的基于F-Aptamer识别机理的蛋白质检测方法. 展开更多
关键词 核酸适体 蛋白质检测 凝血酶
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转基因食品的检测方法 被引量:4
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作者 郜莉娜 尤崇革 《中国测试》 CAS 2009年第6期102-105,共4页
随着转基因技术的快速发展,转基因作物的种类在不断增加,对转基因食品的定性、定量检测方法也在逐步完善。目前采用的转基因成分检测方法包括核酸检测和蛋白质检测,前者主要有定性PCR、定量PCR、印迹法和基因芯片技术,后者主要有ELISA和... 随着转基因技术的快速发展,转基因作物的种类在不断增加,对转基因食品的定性、定量检测方法也在逐步完善。目前采用的转基因成分检测方法包括核酸检测和蛋白质检测,前者主要有定性PCR、定量PCR、印迹法和基因芯片技术,后者主要有ELISA和Western杂交。文章就这些检测方法进行综述,同时对其面临的问题及未来发展方向进行初步探讨和展望。 展开更多
关键词 转基因食品 检测方法 核酸 蛋白质 聚合酶链反应
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一种新的基于适体和酶切保护分析的超灵敏蛋白质检测方法 被引量:2
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作者 王先良 王小利 +8 位作者 苏艳华 张迟 张莉君 李芳 李柏生 李晓波 徐淑雷 李媛媛 徐顺清 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期421-426,共6页
以凝血酶适体(aptamer)为例,利用适体和核酸外切酶特性,通过定量PCR扩增建立一种高灵敏的蛋白质检测方法.首先合成3段寡核苷酸序列即凝血酶适体探针,上游连接子和下游连接子.将适体探针与凝血酶温育结合后,再加入核酸外切酶I降解未能结... 以凝血酶适体(aptamer)为例,利用适体和核酸外切酶特性,通过定量PCR扩增建立一种高灵敏的蛋白质检测方法.首先合成3段寡核苷酸序列即凝血酶适体探针,上游连接子和下游连接子.将适体探针与凝血酶温育结合后,再加入核酸外切酶I降解未能结合的探针.接着将保护下来的探针与连接子杂交、连接和对连接产物进行定量PCR .分别建立连接产物标准品浓度与Ct 值的标准曲线和凝血酶浓度与连接产物浓度的标准曲线,通过定量PCR对凝血酶进行定量.结果显示,基于适体的外切酶保护凝血酶检测方法灵敏度较高,连接产物标准品浓度的对数值和Ct 值之间的方程为y =- 2 95x + 33 6 5 (R2 =0. 990 ,P <0 .0 1) ;凝血酶浓度和连接产物浓度对数值之间的方程为y =0 94x - 0 . 2 9(R2 =0 . 998,P <0 . 0 1) ,还对可能影响检测的有关参数举行了探讨. 展开更多
关键词 蛋白质检测 适体 酶切保护分析 实时PCR 凝血酶
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PCR检测蚊体内恶性疟原虫子孢子方法的建立 被引量:2
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作者 吴少庭 高世同 +4 位作者 郭星安 林敏 陈志辉 钟建明 周顺长 《中国寄生虫病防治杂志》 CSCD 2000年第2期98-99,共2页
为建立能检测蚊体内恶性疟原虫的聚合酶链反应技术 ,根据恶性疟原虫 CSP基因序列 ,设计合成 1对引物 ,以 Chelex- 10 0煮沸法制备 DNA模板 ,采用 PCR方法 ,恶性疟原虫子孢子模板预期被扩增出 2 45 bp的 DNA条带 ,并将该法与蚊虫解剖镜... 为建立能检测蚊体内恶性疟原虫的聚合酶链反应技术 ,根据恶性疟原虫 CSP基因序列 ,设计合成 1对引物 ,以 Chelex- 10 0煮沸法制备 DNA模板 ,采用 PCR方法 ,恶性疟原虫子孢子模板预期被扩增出 2 45 bp的 DNA条带 ,并将该法与蚊虫解剖镜检子孢子方法相比较。结果经人工感染恶性疟原虫的 31只大劣按蚊中 14只 PCR阳性 ,被扩增出预期大小的 DNA片段 ,其余 17只 PCR阴性 ;以该技术检测野外捕捉的 98只按蚊 ,结果均为阴性。 PCR法与解剖镜检法相比较 ,检测结果完全符合 ;相当于 1/ 10个阳性蚊子的模板即可满足 PCR检测。该检测体系灵敏、特异 。 展开更多
关键词 恶性疟原虫 环子孢子蛋白基因 蚊虫 检测 PCR
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基于核酸适配体的PCR法检测溶藻弧菌及其灭活菌 被引量:3
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作者 汤学敏 林文燕 +5 位作者 鄢庆枇 刘慧敏 彭英林 赵铨 林旭俊 郑江 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期391-396,共6页
溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)分布广,数量多,发病率高,是水产养殖中常见的条件致病菌,而对溶藻弧菌进行快速准确的识别鉴定是其病害防治的前提和基础。核酸适配体,因为具有较高的亲和特异性,在微生物的识别鉴定方面展现出了巨大的优... 溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)分布广,数量多,发病率高,是水产养殖中常见的条件致病菌,而对溶藻弧菌进行快速准确的识别鉴定是其病害防治的前提和基础。核酸适配体,因为具有较高的亲和特异性,在微生物的识别鉴定方面展现出了巨大的优势。本文利用核酸适配体和适配体筛选产物,通过结合、洗涤、加热分离、PCR扩增以及电泳检测等步骤,对溶藻弧菌进行了检测鉴定。结果表明,适配体和筛选产物都能对溶藻弧菌及其灭活菌进行较好的识别鉴定,适配体筛选产物对溶藻弧菌的检测下限为10~3cfu/mL,而对其灭活菌的检测下限为10~2cfu/mL,适配体对溶藻弧菌及其灭活菌的检测下限都可达到10 cfu/mL。该方法对溶藻弧菌有较好的亲和特异性,并能较好地区分溶藻弧菌与哈维氏弧菌等水产常见病原菌,在水产病害的检测中显示了较好的应用前景。 展开更多
关键词 核酸适配体 溶藻弧菌 PCR 灭活 检测
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BCR-ABL融合基因检测方法的进展 被引量:5
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作者 王春霞 温柏平 《医学综述》 2013年第1期137-141,共5页
BCR-ABL融合基因可编码产生BCR-ABL融合蛋白,是慢性粒细胞白血病的特征性标志,对慢性粒细胞白血病的诊断、治疗具有重要意义。目前临床有多种方法可对其进行检测,主要有细胞遗传学、荧光原位杂交、聚合酶链式反应、Western Blot印迹法... BCR-ABL融合基因可编码产生BCR-ABL融合蛋白,是慢性粒细胞白血病的特征性标志,对慢性粒细胞白血病的诊断、治疗具有重要意义。目前临床有多种方法可对其进行检测,主要有细胞遗传学、荧光原位杂交、聚合酶链式反应、Western Blot印迹法、流式免疫磁珠(CBA)等检测方法。这些检测方法有的费时费力,有的需要专门的实验设备等,故在临床应用中受限。随着对BCR-ABL融合基因检测技术的发展,CBA法对BCR-ABL融合蛋白的检测具有其特有的优越性而得到越来越多的应用。 展开更多
关键词 BCR-ABL融合基因 BCR-ABL融合蛋白 常规染色体检测 聚合酶链式反应 荧光原位杂交法 流式免疫磁珠法 慢性粒细胞白血病
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Association of ALOX5AP and PDE4D with the risk of lacunar infarct in people from Jiangsu Province,China 被引量:2
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作者 Hong Cheng Qingwen Jin +3 位作者 Lixin Li Xinsheng Ding Xinjian Song Yanying Zeng 《Neural Regeneration Research》 SCIE CAS CSCD 2011年第12期935-940,共6页
The genes for 5-1ipoxygenase activating protein (ALOX5AP) and phosphodiesterase 4D (PDE4D) have been demonstrated as susceptibility genes for lacunar in the Icelandic and Pakistani populations, but little is known... The genes for 5-1ipoxygenase activating protein (ALOX5AP) and phosphodiesterase 4D (PDE4D) have been demonstrated as susceptibility genes for lacunar in the Icelandic and Pakistani populations, but little is known about the role of these genes in Chinese populations. The present study utilized polymerase chain reaction and ligase detection reaction to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 280 consecutive stroke patients and 258 unrelated population-based controls from Nanjing, Jiangsu Province, China. The allele frequency, genotypes, and haplotypes of the two SNPs (rs456009 and rs966221) in PDE4D were similar between the two groups. However, A allele frequency of rs4073259 (A/G) and rs4769055 (A/C) in the ALOX5AP gene exhibited differences in two groups, and especially the haplotype of the SNP was significantly different between the two groups. Results suggested that the ALOX5AP gene might be involved in lacunar infarct, while PDE4D gene was not a risk factor for lacunar infarct in individuals from Jiangsu Province, China. 展开更多
关键词 lacunar infarct 5-1ipoxygenase activating protein phosphodiesterase 4D single nucleotide polymorphism polymerase chain reaction ligase detection reaction gene polymorphism
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乌头、白及配伍存在基于CYP3A1/2的相互作用 被引量:11
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作者 金科涛 王宇光 +2 位作者 石苏英 沈建幸 高月 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期598-602,共5页
目的:阐明基于药物代谢酶的乌头、白及配伍产生相互作用的机制。研究二者合用对主要药物代谢酶CYP1A2、CYP2E1、CYP3A1/2在酶活性、mRNA水平和蛋白质水平的影响。方法:采用高效液相色谱法测定CYP1A2、CYP2E1活性;采用紫外-可见分光光度... 目的:阐明基于药物代谢酶的乌头、白及配伍产生相互作用的机制。研究二者合用对主要药物代谢酶CYP1A2、CYP2E1、CYP3A1/2在酶活性、mRNA水平和蛋白质水平的影响。方法:采用高效液相色谱法测定CYP1A2、CYP2E1活性;采用紫外-可见分光光度法测定CYP3A1/2活性;分别采用RT-PCR和WesternBlot方法评价药物对CYP1A2、CYP2E1、CYP3A1、CYP3A2 mRNA及蛋白水平的影响。结果:乌头、白及合用后CYP3A1/2的酶活性明显下降;Western Blot检测显示CYP1A2、CYP3A1、CYP3A2的蛋白质表达水平下降;RT-PCR检测显示CYP1A2、CYP3A1、CYP3A2的mRNA水平均上升。结论:乌头、白及合用后抑制CYP3A1/2的酶活性,乌头、白及配伍存在基于CYP3A1/2的药物相互作用。 展开更多
关键词 细胞色素P450 酶活性 蛋白质免疫印迹 反转录聚合酶链式反应
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基于CRISPR-Cas12a系统的鼠伤寒沙门氏菌可视化检测方法的建立
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作者 林冬媛 谢龙飞 +2 位作者 李芙蓉 梁玮珩 熊文广 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第8期68-76,共9页
为了建立一种特异性强、灵敏度高的鼠伤寒沙门氏菌可视化检测方法,试验将聚合酶链式反应(PCR)与成簇的有规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated, CRISPR-... 为了建立一种特异性强、灵敏度高的鼠伤寒沙门氏菌可视化检测方法,试验将聚合酶链式反应(PCR)与成簇的有规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated, CRISPR-Cas)系统相结合,首先根据鼠伤寒沙门氏菌的spy基因序列3′末端的保守区设计crRNA及靶标序列扩增引物,根据可视化检测原理设计单链DNA(single-stranded DNA, ssDNA)荧光报告探针;然后对靶标序列进行PCR扩增,将扩增产物加入CRISPR-Cas12a系统,在蓝光下通过肉眼观察是否产生绿色荧光实现对靶标的检测;最后进行特异性试验和灵敏度试验。结果表明:建立的方法仅能检测到鼠伤寒沙门氏菌,检测不到除鼠伤寒沙门氏菌外其他血清型的沙门氏菌及大肠杆菌、巴氏杆菌、鸭疫里默氏杆菌,能检测到循环数为14个的PCR产物和0.53 copies/μL的重组质粒,灵敏度优于常规PCR方法和实时荧光定量PCR方法。说明本试验建立的方法可以实现鼠伤寒沙门氏菌的可视化检测,具有特异性强、灵敏度高的特点。 展开更多
关键词 鼠伤寒沙门氏菌 成簇的有规律间隔的短回文重复序列及其相关蛋白12a(CRISPR-Cas12a)系统 可视化 检测方法 聚合酶链式反应(PCR)
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Quantitative detection of Cymbidium mosaic virus by real time PCR 被引量:1
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作者 Aichun LIU Yun ZHAO +1 位作者 Songlin RUAN Guozheng SHEN 《Frontiers in Biology》 CSCD 2009年第3期314-320,共7页
The technique of SYBR Green-based quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction(real-time RT-PCR)was applied to quantitative detect a 764 bp nucleotide sequence containing total coat protein(c... The technique of SYBR Green-based quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction(real-time RT-PCR)was applied to quantitative detect a 764 bp nucleotide sequence containing total coat protein(cp)gene of Cymbidium mosaic virus(CyMV).The plasmid containing the target sequence was constructed to prepare the standard curve and detect the sensitivity.The standard curve was drawn based on the linear relationship between the logarithm(base 10)of the quantity of target sequence and cycle threshold[C(T)].While the concentration of plasmid DNA falling within the range of 2.6×10^(7)to 2.6×10^(2)copies per tube established a regression equation,y=-0.3583x+10.32,and related coefficient:r^(2)=0.995.The real-time RT-PCR assay for CyMV had a minimum detectable quantity of two copies per tube.The naturally infected samples of Phalaenopsis sp.and the artificially inoculated samples of Arachnis sp.with trace CyMV were quantitatively detected using this method.CyMVin the positive samples of Phalaenopsis sp.and Arachnis sp.was confirmed by DNA sequencing and cp gene homeology blast.The results showed that CyMV extracted from the leaves of orchid in Hangzhou,Zhejiang Province,China,could be derived from Kunming city(KM),Yunnan Province,China.This method characterized by high sensitivity,specificity,and precision is suitable for early diagnosis and quantitative detection of CyMV. 展开更多
关键词 Cymbidium mosaic virus(CyMV) coat protein gene quantitative detection real-time reverse transcription polymerase chain reaction(real-time RTPCR) SYBR Green
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外周血白细胞计数、淋巴细胞百分比和C-反应蛋白与呼吸道病毒检出率的相关性 被引量:5
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作者 杨思园 顾红岩 +6 位作者 崔蓉 李辉 李丽 马成杰 汤云霞 于凤婷 王凌航 《中华实验和临床感染病杂志(电子版)》 CAS 2018年第6期565-569,共5页
目的回顾性分析外周血白细胞计数(WBC)、淋巴细胞百分比(LYN%)和C-反应蛋白(CRP)与呼吸道病毒检出率的相关性。方法收集2016年11月至2017年12月首都医科大学附属北京地坛医院收治的103例呼吸道感染者自动巢式多重聚合酶链式反应(PCR)系... 目的回顾性分析外周血白细胞计数(WBC)、淋巴细胞百分比(LYN%)和C-反应蛋白(CRP)与呼吸道病毒检出率的相关性。方法收集2016年11月至2017年12月首都医科大学附属北京地坛医院收治的103例呼吸道感染者自动巢式多重聚合酶链式反应(PCR)系统呼吸道病毒检测结果、一般资料、临床和其他实验室资料,根据患者病毒检出情况分为未检出组和检出组,对两组患者的病原学和WBC、LYN%、CRP进行统计学分析。结果 103份鼻咽拭子标本中呼吸道病毒检出率为62.14%(64/103),其中甲型流感病毒检出阳性率最高,为26.21%(27/103);检出组患者咳嗽例数显著多于未检出组(χ~2=12.898、P<0.001),发病天数少于未检出组(t=-2.727、P=0.008),CRP水平低于未检出组(t=-1.897、P=0.016);根据C-反应蛋白值将患者分为3组:≤10 mg/L组、10~50 mg/L组和>50 mg/L组,各组患者病毒检出率差异有统计学意义(χ~2=10.448、P=0.005),其中C-反应蛋白≤10 mg/L组病毒检出率最高,为77.50%(31/40);受试者工作特征曲线(ROC)分析发现WBC、LYN%和CRP曲线下面积分别为0.565、0.593和0.678,当CRP的Cut-off值为18.2 mg/L时,敏感度和特异度分别为73.3%和64.2%。结论通过自动巢式多重PCR可检出多种呼吸道病毒。当呼吸道感染者早期表现以咳嗽、发热为主,或WBC、LYN%、CRP水平均不高时呼吸道病毒检出的可能性高,可进一步选择自动巢式多重PCR进行呼吸道病毒检测。 展开更多
关键词 外周血白细胞计数 淋巴细胞百分比 C-反应蛋白 自动巢式多重PCR 呼吸道病毒
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