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马铃薯ARM基因家族的全基因组鉴定及表达分析
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作者 刘震 陈丽敏 +8 位作者 李志涛 朱金勇 王玮璐 齐喆颖 姚攀锋 毕真真 孙超 白江平 刘玉汇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1451-1466,共16页
ARM蛋白重复序列(Armadillo repeats)广泛存在于高等植物中,它们参与多种细胞过程,如信号转导、核转运以及对多种生物/非生物胁迫的响应。本研究在马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平下鉴定出了54个马铃薯ARM基因家族成员(StARM... ARM蛋白重复序列(Armadillo repeats)广泛存在于高等植物中,它们参与多种细胞过程,如信号转导、核转运以及对多种生物/非生物胁迫的响应。本研究在马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平下鉴定出了54个马铃薯ARM基因家族成员(StARMs),它们不均匀的分布在12条染色体上。根据其蛋白结构和系统发育特征,将54个StARMs分为3个亚家族。片段重复事件在马铃薯ARM基因家族的扩展中起主要作用。共线性分析发现,StARMs与番茄(Solanum lycopersicum)、拟南芥(Arabidopsis)、甘蓝(Brassica oleracea)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)分别有51对、17对、25对、6对和10对直系同源基因,这些基因均在纯化选择下进化。RNA-seq数据分析发现,4个StARM基因在匍匐茎中特异表达,2个StARM基因在根和心皮中特异表达,1个StARM基因在块茎中特异表,还有一些StARM基因参与了马铃薯对生物/非生物胁迫的响应。此外,本研究对3个不同颜色马铃薯块茎组织(薯皮和薯肉)进行了RNA-seq测序,分析了54个StARMs在不同颜色马铃薯块茎组织中的表达模式,并利用qPCR分析了StARMs在3个不同颜色块茎杂交子代薯肉中的相对表达量,筛选出了4个可能参与马铃薯块茎花色素苷生物合成的候选基因。本研究为进一步了解StARM基因家族的特征,深入分析StARM基因在马铃薯抵御生物/非生物胁迫和调控块茎花色素苷生物合成中的功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 马铃薯 arm基因家族 生物/非生物胁迫 花色素苷生物合成 表达分析
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基于ARMS-PCR技术检测SLC39A13基因核苷酸多态性方法的建立
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作者 郭冰茜 李萌钰 +3 位作者 王瑞 王树松 冯惠勇 李天明 《河北科技大学学报》 CAS 北大核心 2024年第5期497-507,共11页
为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性... 为了实现核苷酸多态性(SNP)的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A(PPIA)的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性对照质粒;最后,以基因分型精确度为指标,优化引物探针组合,以及检测试剂的PCR反应体系和反应条件。结果表明:野生型最优引物探针组合为WF1、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5,突变型最优引物探针组合为FMF3、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5;每个检测样品的最优反应体系为SLC39A13基因上下游引物探针各0.1μL,内标上下游引物探针各0.1μL,10μL PerfectStart^(■)ⅡProbe qPCR SuperMix UDG,5.4μL纯水,4μL样品基因组。重复性实验和70个样品的检测验证,确认了检测体系的可行性,为研发SLC39A13基因rs755555位点多态性检测试剂盒提供了技术基础。 展开更多
关键词 分子生物学 人SLC39A13基因 armS-PCR 核苷酸多态性检测 实时荧光定量PCR
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基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测KRAS基因突变方法的建立
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作者 林树洪 吴伟浩 +2 位作者 万瑜 邓辉 吴湛彬 《现代消化及介入诊疗》 2024年第8期937-942,共6页
一种新型的基于Taqman荧光的ARMS-PCR检测技术用于人石蜡包埋组织样本KRAS基因突变的技术已成功构建,该方法有望为临床用药提供参考依据。针对KRAS基因,研究人员设计了两种特异性引物以及探针,分别针对KRAS的常见突变位点序列和内参基因... 一种新型的基于Taqman荧光的ARMS-PCR检测技术用于人石蜡包埋组织样本KRAS基因突变的技术已成功构建,该方法有望为临床用药提供参考依据。针对KRAS基因,研究人员设计了两种特异性引物以及探针,分别针对KRAS的常见突变位点序列和内参基因(GAPDH)的保守序列。随后,他们构建了KRAS Taqman荧光ARMS-PCR检测体系以及测序体系。对200例结直肠癌(colorectal cancer,CRC)病人体组织样本进行石蜡包埋的检测,并与金标准sanger测序进行对比,以验证结果的统计分析,探讨KRAS基因突变在两种检测方法中的表现。结果显示,该方法能够准确检测石蜡包埋组织样本中的KRAS基因突变,该检测方法的准确度高达100%,与传统的Sanger测序结果完全一致。本研究基于Taqman荧光ARMS-PCR技术构建的检测方法,具有简便、高效、精确的特点,能够有效识别KRAS基因突变。此外,该方法在临床应用方面具有较高的参考价值,适用于推广使用。 展开更多
关键词 armS-PCR KRAS 突变 Sanger测序
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不同来源革兰阴性菌armA基因分布与氨基糖苷类抗生素耐药性 被引量:5
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作者 龚林 李娟 +4 位作者 袁敏 陈霞 卢金星 梁建生 罗成旺 《中国感染控制杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期380-384,共5页
目的调查不同来源的革兰阴性菌中16S rRNA甲基化酶armA的分布及其与耐药性的关系。方法采用常规药敏试验对953株不同来源的革兰阴性菌进行分析,荧光定量PCR方法检测armA基因,分析armA基因携带与氨基糖苷类抗生素敏感性之间的关系。结果... 目的调查不同来源的革兰阴性菌中16S rRNA甲基化酶armA的分布及其与耐药性的关系。方法采用常规药敏试验对953株不同来源的革兰阴性菌进行分析,荧光定量PCR方法检测armA基因,分析armA基因携带与氨基糖苷类抗生素敏感性之间的关系。结果共收集846株临床来源革兰阴性菌和107株养殖场来源克雷伯菌属菌株,其中不动杆菌属对阿米卡星和庆大霉素耐药率分别达到86.4%(152/176)和89.8%(158/176)。不动杆菌属携带armA基因的比率也最高,达66.5%。养殖场来源的107株克雷伯菌属菌株对阿米卡星、庆大霉素的耐药率以及armA基因携带率均比临床来源高,分别达到74.8%,79.4%和65.4%。256株携带armA基因的菌株对阿米卡星和庆大霉素耐药率分别高达95.7%和98.4%。结论不同种属革兰阴性菌对氨基糖苷类抗生素的敏感性和armA基因的携带率不同,但均表现出armA基因的携带与氨基糖苷类耐药表型具有很高的一致性,提示在革兰阴性菌中armA的检测结果可以预测菌株对氨基糖苷类抗生素的敏感情况。 展开更多
关键词 革兰阴性菌 氨基糖苷类 arm A基因 耐药性 抗药性 微生物
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以测序法为准比较HRM法、ADx-ARMS法和TaqMan探针法检测肺腺癌EGFR基因突变的敏感性 被引量:3
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作者 顾页 黎相照 +2 位作者 薛小磊 丁彦青 林洁 《诊断病理学杂志》 CSCD 2016年第1期65-69,共5页
目的采用高分辨率熔解曲线法(HRM法)、Adx-ARMS法、Taq Man探针法和直接测序法检测肺腺癌组织中表皮生长因子受体基因(EGFR)的突变情况,并比较各方法的检测效率和敏感性。方法收集20例肺腺癌石蜡包埋肿瘤组织,其中18例为手术切除标本,2... 目的采用高分辨率熔解曲线法(HRM法)、Adx-ARMS法、Taq Man探针法和直接测序法检测肺腺癌组织中表皮生长因子受体基因(EGFR)的突变情况,并比较各方法的检测效率和敏感性。方法收集20例肺腺癌石蜡包埋肿瘤组织,其中18例为手术切除标本,2例为穿刺小标本,应用HRM法、ARMS法和Taq Man探针法分别检测EGFR基因突变,对检测结果不一致的样本采用测序法加以验证。结果 20例肺腺癌组织样本中,HRM法、ARMS法和Taq Man法分别在13例、10例和8例组织中检测到EGFR基因突变,差异不显著(P>0.05)。差异标本经测序验证后发现,HRM法可检测未知突变,而ARMS法和Taq Man探针法只能检测已知突变。对于2例穿刺小标本,HRM法和ARMS法均检测到突变,而Taq Man探针法未检测出突变,HRM法和ARMs法的检测敏感性高于Taq Man探针法。结论 HRM法、ARMS法、Taq Man探针法和测序法各有优缺点,HRM法敏感性最高,且能检测到少见突变与未知突变,因此HRM法结合测序法能更全面的检测出各种突变类型。 展开更多
关键词 armS EGFR HRM TAQMAN 测序法 非小细胞肺癌
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双错配碱基ARMS结合RE法快速检测FGFR3基因的突变超热点 被引量:5
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作者 郭奕斌 潘宏达 +3 位作者 郭春苗 潘敬新 赵燕 杜传书 《分子诊断与治疗杂志》 2010年第1期5-8,共4页
目的建立快速简便、特异灵敏的鉴定FGFR3基因c.1138G>A突变超热点的基因诊断方法,为软骨发育不全(ACH)的产前基因诊断或植入前遗传学诊断(PGD)创造条件。方法针对突变率高达95%以上的FGFR3基因的突变热点c.1138G>A,设计双错配碱基... 目的建立快速简便、特异灵敏的鉴定FGFR3基因c.1138G>A突变超热点的基因诊断方法,为软骨发育不全(ACH)的产前基因诊断或植入前遗传学诊断(PGD)创造条件。方法针对突变率高达95%以上的FGFR3基因的突变热点c.1138G>A,设计双错配碱基的ARMS特异引物,对已经临床确诊的先证者家系及正常对照和非c.1138G>A突变的患者对照,分别用普通引物和特异引物进行PCR扩增和直接鉴定,然后对扩增产物进行DNA序列分析及SfcI酶切鉴定。结果用普通引物扩增,对照组和先证者均扩增阳性。SfcI酶切后,对照组仍为一条513bp的带,而患者切出205bp、308bp和513bp三条带;而用ARMS特异引物扩增,则先证者扩增阳性,而对照组扩增阴性,阳性者酶切后产生27bp和418bp两条带。这一切都与预期的结果完全吻合。结论该法快速、特异、准确性高,结合DNA序列分析和酶切鉴定(RE),可用于ACH高危胎儿的快速产前诊断。 展开更多
关键词 软骨发育不全 FGFR3基因 突变热点 armS法 基因诊断
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采用四引物ARMS-PCR方法检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性 被引量:1
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作者 段晓宇 吕贺 +3 位作者 杨洋 矫洪涛 侯晓明 林叶 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第10期3023-3028,共6页
试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1(diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1)乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6... 试验旨在快速有效地检测泌乳奶牛的二酰甘油转酰基酶1(diacylgycerol acyltransferase 1,DGAT1)乳脂量性状的优势等位基因K232A单核苷酸多态性,确定DGAT1基因型进而确定泌乳性状,为中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择提供技术支持。选取6头泌乳初期(3头为高乳产量牛,3头为低乳产量牛)中国北方荷斯坦奶牛为研究对象,提取乳腺组织基因组DNA,分别设计1对外引物和1对内引物,建立一种四引物ARMS-PCR体系快速检测奶牛乳腺组织DGAT1基因单核苷酸多态性。结果发现,外引物扩增片段长度为512 bp,为PCR反应的阳性对照,基因型为232K扩增片段长度为369 bp,基因型为232A扩增片段长度为181 bp。PCR结果显示,6头牛的乳腺组织样本均由外部引物扩增出长度为512 bp的片段,泌乳期高乳产量奶牛和泌乳期低乳产量奶牛乳腺组织的特异性扩增片段长度均为181 bp。表明本研究选取的6头奶牛样本DGAT1基因K232A多态性均为232A型。提示该PCR鉴定方法能够快速有效地鉴定奶牛DGAT1基因型,可用于中国荷斯坦奶牛分子标记辅助选择。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 DGAT1基因 armS-PCR 基因分型
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应用ADx-ARMS法对大肠癌组织中K-ras基因突变的检测
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作者 高颖 昌红 +2 位作者 沈兵 石峰 张建英 《中国医药导报》 CAS 2013年第14期101-103,共3页
目的探讨ADx-ARMS法对大肠癌组织中K-ras基因突变的检测情况。方法选择首都医科大学附属北京世纪坛医院2012年4~8月的大肠癌石蜡标本40例。应用ADx-ARMS法检测大肠癌石蜡标本中的K-ras基因7个热点突变,分析与年龄、性别、组织学分型以... 目的探讨ADx-ARMS法对大肠癌组织中K-ras基因突变的检测情况。方法选择首都医科大学附属北京世纪坛医院2012年4~8月的大肠癌石蜡标本40例。应用ADx-ARMS法检测大肠癌石蜡标本中的K-ras基因7个热点突变,分析与年龄、性别、组织学分型以及病理分化程度的关系。结果 40例大肠癌样本中共发现K-ras基因突变14例,突变率约为35.0%。K-ras基因突变与年龄及组织学分型无关(P>0.05),与患者性别(P<0.05)及腺癌分化程度(P<0.01)有关。结论 ADx-ARMS法检测大肠癌组织中K-ras基因突变效果满意,值得临床应用。 展开更多
关键词 大肠癌 K—ras基因 ADx—armS法 基因突变检测
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ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较 被引量:3
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作者 薛小磊 赵亮 +2 位作者 潘志华 黎相照 丁彦青 《诊断病理学杂志》 2018年第2期99-103,共5页
目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程... 目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度。结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和Sanger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8%(54/113)和34.5%(39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2%(39/54)。ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P<0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P>0.05)。其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT>GAT(G12D)和GGC>GAC(G13D)双突变。结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致。ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多。综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率。 展开更多
关键词 armS法 Sanger测序法 结肠癌 KRAS基因
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应用ARMS- PCR法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变及其临床意义 被引量:2
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作者 周怡 陆明洋 +2 位作者 王琦 郑晓 孙青 《标记免疫分析与临床》 CAS 2020年第7期1166-1168,共3页
目的探讨依据ARMS法原理,采用实时荧光定量PCR法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的可行性并分析检测的临床意义。方法收集苏州大学附属第三医院2010年9月至2011年12月确诊为NSCLC患者标本64例,DNA提取后,采用ARMS-PCR法对标本进行EGFR基... 目的探讨依据ARMS法原理,采用实时荧光定量PCR法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的可行性并分析检测的临床意义。方法收集苏州大学附属第三医院2010年9月至2011年12月确诊为NSCLC患者标本64例,DNA提取后,采用ARMS-PCR法对标本进行EGFR基因突变检测并分析EGFR基因突变与患者临床病理参数的关系。结果本研究发现64例NSCLC患者的EGFR总突变率为23.4%,均为19号外显子缺失(19-Del)和21号外显子(L858R)突变;女性EGFR突变率高于男性,腺癌高于鳞状细胞癌。结论 EGFR基因突变检测有助于规范表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)在NSCLC患者中的临床应用。 展开更多
关键词 表皮生长因子受体 基因突变 肺癌 表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂 探针扩增阻碍突变系统PCR法
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ARMS法检测非小细胞肺癌表皮生长因子受体基因突变及临床意义 被引量:4
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作者 徐慧英 洪炜龙 +4 位作者 谢双双 潘晓东 白永恒 林向阳 陈必成 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 2014年第2期158-160,共3页
目的:探讨应用突变特异性扩增系统法(ARMS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的特点。方法:收集220例浙江南部地区NSCLC患者肿瘤样本,分别采用ARMS法和测序法检测EGFR基因18、19、20、21号外显子突变情况,并分析E... 目的:探讨应用突变特异性扩增系统法(ARMS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的特点。方法:收集220例浙江南部地区NSCLC患者肿瘤样本,分别采用ARMS法和测序法检测EGFR基因18、19、20、21号外显子突变情况,并分析EGFR突变与病理类型、突变种类、患者年龄和性别的关系。结果:两方法比较,相符率为86.81%(158/182,Kappa=0.732,P<0.01)。总突变率为47.27%(104/220),其中腺癌的突变率明显高于鳞癌(52.46%vs 17.14%;P<0.01)。肺腺癌中,女性患者EGFR突变率明显高于男性(65.56%vs 39.78%;P<0.01)。突变样本中,21外显子错义突变(L858R)所占比例最高(62.5%,65/104),19外显子缺失(19Del)其次(43.27%,45/104),其中两者同时突变占5.77%(6/104);但腺癌女性与男性患者L858R突变率(64.41%vs 56.76%)不存在显著性差别。结论:采用ARMS法检测EGFR基因突变较测序法敏感,突变主要发生在女性肺腺癌患者,以L858R突变为主。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EGFR 基因突变 armS
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Scorpions-ARMS法检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR基因突变及其临床预测价值的研究 被引量:3
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作者 陆华东 王斌 +1 位作者 冯学仁 崔恩海 《中国现代医生》 2013年第14期1-2,6,共3页
目的应用蝎形扩增阻滞突变系统(Scorpions-ARMS)检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR基因突变及其临床预测价值的研究。方法应用蝎型扩增阻滞突变系统(Scorpions-ARMS)检测非小细胞肺癌外周血中EGFR基因第18、19、20及21外显子突变,统计分析... 目的应用蝎形扩增阻滞突变系统(Scorpions-ARMS)检测非小细胞肺癌患者外周血EGFR基因突变及其临床预测价值的研究。方法应用蝎型扩增阻滞突变系统(Scorpions-ARMS)检测非小细胞肺癌外周血中EGFR基因第18、19、20及21外显子突变,统计分析EGFR基因突变的相关因素。结果 50例非小细胞肺癌患者中,EGFR基因的突变率为30%(15/50)。结果 EGFR基因的突变率47.4%(女性)明显高于19.4%(男性)。非吸烟患者EGFR突变率45.5%高于吸烟患者17.9%,差异有统计学意义(P=0.035)。在非小细胞肺癌患者中,腺癌患者EGFR突变率40.6%明显高于非腺癌患者11.1%,差异有统计学意义(P=0.029)。结论 Scorpions-ARMS是检测血清游离DNA中EGFR基因突变的可靠有效方法。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 基因突变 表皮生长因子受体 蝎形扩增阻滞突变系统
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TaqMan-ARMS法快速检测人MTHFR基因多态性 被引量:1
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作者 程力维 刘绪 何龙 《临床检验杂志》 CAS CSCD 2018年第5期324-329,共6页
目的利用PCR引物的错配扩增和荧光定量PCR技术,建立一种针对人亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene tetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因多态性的快速荧光扩增检测方法。方法收集已经测序验证的MTHFR基因C677T,A1 298C位点的野生型、杂... 目的利用PCR引物的错配扩增和荧光定量PCR技术,建立一种针对人亚甲基四氢叶酸还原酶(methylene tetrahydrofolate reductase,MTHFR)基因多态性的快速荧光扩增检测方法。方法收集已经测序验证的MTHFR基因C677T,A1 298C位点的野生型、杂合型和突变型样本,并据此构建野生型和突变型质粒;根据野生型MTHFR基因序列设计ARMS(扩增阻碍突变系统)引物和Taq Man探针并筛选出最合适的突变检测体系,与已知突变信息的214例样本进行比较,以验证该检测体系的可行性。结果建立的Taq Man-ARMS法性能评估优异,样本的最低检测限为10 copies/μL,样本间交叉检测无核酸扩增,体系检测阴性对照无核酸扩增;重复性及实验室内精密度结果良好,MTHFR-667位点和1 298位点重复性检测的标准差介于0.11~0.44,纯合和杂合样本的变异系数(CV)均<4.52%。214例临床样本用该法检测结果与测序法的一致性为100%。结论基于Taq Man-ARMS法检测MTHFR的基因多态性方法简单,快捷,精确,适合用于临床样本快速诊断。 展开更多
关键词 人亚甲基四氢叶酸还原酶基因 TaqMan-armS法 基因多态性
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利用ARMS-Tm-shift-qPCR技术检测水稻低直链淀粉含量基因Wx-mq 被引量:1
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作者 陈峰 徐建第 +5 位作者 姜明松 张全芳 朱文银 李广贤 周学标 杨连群 《山东农业科学》 2017年第10期15-19,共5页
Wx-mq基因是水稻低直链淀粉性状控制基因,与米饭食味品质密切相关。本研究根据水稻控制低直链淀粉含量Wx-mq基因第497位存在的G>A单核苷酸变异,将基于SYBR GreenⅠ的ARMS和Tmshift的两种实时PCR基因分型方法相结合,建立了可准确区分W... Wx-mq基因是水稻低直链淀粉性状控制基因,与米饭食味品质密切相关。本研究根据水稻控制低直链淀粉含量Wx-mq基因第497位存在的G>A单核苷酸变异,将基于SYBR GreenⅠ的ARMS和Tmshift的两种实时PCR基因分型方法相结合,建立了可准确区分Wx-mq基因第497位的GG纯合、AA纯合及GA杂合三种类型的实时荧光定量PCR体系。试验表明这种基于SYBR GreenⅠ的ARMS-Tm-shift实时PCR基因分型方法无需合成探针,试验设计简单,是一种快速、简便、特异性好的基因分型方法,可用于Wxmq基因分子标记辅助育种中基因的高通量分型。 展开更多
关键词 水稻 Wx-mq基因 低直链淀粉含量 armS-Tm-shift-qPCR
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ARMS实时PCR和MALDI-TOF-MS进行K-ras基因分型 被引量:1
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作者 刘忠臣 郑薇薇 李庆阁 《中国肿瘤》 CAS 2005年第4期256-260,共5页
[目的]建立K-ras基因12位密码子第一、二位点基因分型的研究模型。[方法]采用ARMS实时PCR和MALDI-TOF-MS两种方法,以自行构建的质粒DNA为模板,建立K-ras基因12位密码子第一、二位点基因分型的研究模型。[结果]在相同的扩增条件下,采用A... [目的]建立K-ras基因12位密码子第一、二位点基因分型的研究模型。[方法]采用ARMS实时PCR和MALDI-TOF-MS两种方法,以自行构建的质粒DNA为模板,建立K-ras基因12位密码子第一、二位点基因分型的研究模型。[结果]在相同的扩增条件下,采用ARMS实时PCR方法,第一个位点的野生型和突变型的ΔCt值至少为,但第8二个位点野生型和突变型的ΔCt值仅为1~2左右。第二个位点改用MALDI鄄TOF-MS分型方法,采用一条公用引物和dATP,ddTTP,ddCTP和ddGTP的混和物,12密码子第二位点基因分型可以准确检测。[结论]ARMS实时PCR方法分析速度快,操作简便,但它需要合适的反应条件及高质量模板。MALDI-TOF-MS分型方法虽然步骤较多,但准确度高,反应体系稳定并具有高通量潜力。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸飞行时间质谱 扩增阻碍突变系统方法 实时PCR 基因分型 K-RAS基因 基因突变
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基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立 被引量:1
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作者 朱小亚 黄志文 蒋析文 《分子诊断与治疗杂志》 2020年第1期22-26,43,共6页
目的建立一种基于Taqman荧光的ARMS-PCR技术检测人外周全血样本CYP3A5*3(rs776746)基因多态性的新方法。方法根据CYP3A5和内参基因的保守序列分别设计特异性引物及探针,建立CYP3A5*1和CYP3A5*3 Taqman荧光ARMS-PCR检测体系及其测序体系... 目的建立一种基于Taqman荧光的ARMS-PCR技术检测人外周全血样本CYP3A5*3(rs776746)基因多态性的新方法。方法根据CYP3A5和内参基因的保守序列分别设计特异性引物及探针,建立CYP3A5*1和CYP3A5*3 Taqman荧光ARMS-PCR检测体系及其测序体系,并对200例人外周全血样本进行检测及金标准测序对比验证,分析2种检测方法的一致性,并统计分析CYP3A5*3基因多态性的分布。结果该方法可检测人外周全血样本CYP3A5*3(rs776746)基因多态性,其检测结果与sanger测序一致性为100%。200例外周血样本CYP3A5*3基因型分布:*1/*1型19例(9.5%),*1/*3型为62例(31.0%),*3/*3型为119例(59.5%)。结论本研究建立的基于Taqman荧光ARMS-PCR技术的检测方法能够简单、快速、准确地检测CYP3A5*3基因型,适用于临床推广。 展开更多
关键词 armS-PCR CYP3A5 基因多态性
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ARMS与NGS对比检测NSCLC患者标本EGFR、KRAS、BRAF、EML4-ALK融合等基因探索 被引量:2
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作者 何培景 夏淮玲 +2 位作者 符萌 冷再君 操乐杰 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2017年第10期1553-1558,共6页
目的探讨突变扩增阻滞系统(ARMS)法和下一代测序(NGS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本多驱动基因改变上的差异,指导临床个体化治疗。方法51例NSCLC患者标本首先采用ARMS法,对所有样本进行表皮生长因子受体(EGFR)、鼠类肉瘤病毒癌基因... 目的探讨突变扩增阻滞系统(ARMS)法和下一代测序(NGS)法检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者标本多驱动基因改变上的差异,指导临床个体化治疗。方法51例NSCLC患者标本首先采用ARMS法,对所有样本进行表皮生长因子受体(EGFR)、鼠类肉瘤病毒癌基因(KRAS)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌基因同源体B1(BRAF)、棘皮动物微管相关类蛋白4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)等基因检测,随后采用NGS对上述标本进行高通量检测对比,收集临床资料,定期随访。结果51例NSCLC样本应用ARMS法与NGS检测EGFR、KRAS、EML4-ALK突变阳性率(48.9%vs53.3%、11.1%vs 8.9%、13.7%vs 5.9%)差异无统计学意义。两种方法检测出的EGFR-19del突变组比EGFR-L858R突变组靶向治疗生存期较长,差异有统计学意义(P=0.010),但两组在性别、年龄、靶向治疗阶段等方面差异无统计学意义。NGS法检测出EGFR-19del、L858R突变患者肿瘤特有基因平均数量分别为7.1、4.6个,EGFR-L858R多为抑癌基因突变(91%)。2例EGFR/KRAS双突变患者较EG-FR单突变患者预后差。结论ARMS法和NGS均适用于NSCLC患者突变驱动基因检测。对于DNA点突变检测,NGS不仅显示ARMS检测的遗漏,还显示突变丰度、伴随突变及非常规突变等,对ARMS检测有补充作用。EGFR-19del患者靶向治疗生存期比EGFR-L858R突变患者长,EGFR-L858R主要为抑癌基因突变。EGFR合并KRAS双突变患者预后较差,但仍需进一步研究证实。 展开更多
关键词 基因突变 非小细胞肺癌 armS NGS
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运用ARMS法检测非小细胞肺癌表皮生长因子受体基因突变
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作者 钟芳芳 唐喜玉 +2 位作者 王璟 沈丽娟 周炜根 《昆明医科大学学报》 CAS 2015年第9期24-26,35,共4页
目的探讨应用突变特异性扩增系统法(ARMS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体(EGFR)基因突变.方法收集20例芜湖中医院2014年1月至12月NSCLC患者肿瘤样本,采用ARMS法检测EGFR基因18、19、20、21号外显子突变情况.结果在20例NSCLC... 目的探讨应用突变特异性扩增系统法(ARMS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体(EGFR)基因突变.方法收集20例芜湖中医院2014年1月至12月NSCLC患者肿瘤样本,采用ARMS法检测EGFR基因18、19、20、21号外显子突变情况.结果在20例NSCLC患者中,18例ARMS法检测成功;ARMS法检测本群患者EGFR突变率为44.4%(8/18).在所有突变类型中,19外显子缺失突变3例,20外显子1例插入突变(S768I),20号外显子T790M错义突变2例,21号外显子错义突变(L858R)3例,其中1例同时出现20号外显子T790M突变及21号外显子(L858R)突变.结论 ARMS法检测EGFR基因突变敏感,整个实验过程小于3 h,操作简单,能够满足临床快速检测的要求,易于普及,而且ARMS可以检测到1%含量的突变DNA,敏感性高.特别是对于小标本及肿瘤组织含量少的标本有明显的优势. 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EGFR 基因突变 armS
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河南豫东地区661例非小细胞肺癌常见驱动基因突变分析 被引量:1
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作者 王延 贺雅静 +1 位作者 黄立娜 张玉文 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第1期38-42,共5页
目的分析河南豫东地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancers,NSCLC)患者常见驱动基因的突变情况。方法回顾性分析2022年3月至2023年7月就诊于商丘市第一人民医院的661例NSCLC患者,入组病例均采用了5种基因突变检测试剂盒(荧光PCR法... 目的分析河南豫东地区非小细胞肺癌(non-small cell lung cancers,NSCLC)患者常见驱动基因的突变情况。方法回顾性分析2022年3月至2023年7月就诊于商丘市第一人民医院的661例NSCLC患者,入组病例均采用了5种基因突变检测试剂盒(荧光PCR法)进行检测。应用统计学方法分析其临床特征与各驱动基因状态之间的关系。结果661例NSCLC中EGFR、KRAS、ALK、ROS1、PIK3CA、BRAF、HER2、RET、MET14和NRAS的突变率分别为47.35%、9.68%、5.45%、1.82%、2.87%、1.82%、1.21%、0.91%、0.61%和0%。EGFR、ROS1和HER2的突变更易发生在在女性患者中(P<0.05),而KRAS突变常发生于男性患者(P<0.05)。EGFR、KRAS和ALK突变在腺癌中的突变率显著高于鳞癌和非小细胞肺癌非特指型(NSCLC.NOS)(P<0.05),PIK3CA在NSCLC.NOS中的突变率最高。KRAS基因在Ⅰ+Ⅱ期的突变率显著高于Ⅲ+Ⅳ期(P<0.05),其他基因与临床分期无明显相关性。与吸烟者相比,非吸烟者的总驱动基因突变率明显较高(P<0.05),EGFR、ALK、PIK3CA、ROS1、BRAF和HER2常发生于非吸烟患者中(P<0.05),而KRAS基因更易发生于吸烟患者中(P<0.05)。沉渣细胞块标本10种驱动基因突变率78.67%,检出率显著高于其他类型标本(P<0.05)。结论EGFR、KRAS、ALK等常见驱动基因与患者性别、病理类型、临床分期以及吸烟具有一定的相关性。质控合格的沉渣细胞块标本用于基因检测的优势明显,可以在有条件的患者中广泛推广;ARMS-PCR法联合检测10种基因可作为初诊初治NSCLC患者的首选基因检测方法。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 驱动基因 多基因检测 armS-PCR法
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不同标本类型在非小细胞肺癌基因检测中的应用及意义
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作者 朱启淦 孟加榕 +3 位作者 魁国菊 张小红 黄江宾 禹乐 《西部医学》 2024年第4期512-517,共6页
目的研究分析不同标本类型在非小细胞肺癌(NSCLC)患者的驱动基因检出率,并分析表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、C-ros原癌基因1-受体酪氨酸激酶(ROS1)、Kristen鼠肉瘤病毒原癌基因同源体(KRAS)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致... 目的研究分析不同标本类型在非小细胞肺癌(NSCLC)患者的驱动基因检出率,并分析表皮生长因子受体(EGFR)、间变性淋巴瘤激酶(ALK)、C-ros原癌基因1-受体酪氨酸激酶(ROS1)、Kristen鼠肉瘤病毒原癌基因同源体(KRAS)、鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌基因同源体B(BRAF)等驱动基因异常情况及与临床病理特征关系。方法收集2021年1月—2021年12月我院病理科明确诊断为NSCLC样本180例,包括手术切除标本25例,肺活检标本80例,恶性胸腔积液细胞蜡块标本29例,转移病灶标本46例,采用扩增阻滞突变系统(ARMS)法检测驱动基因突变状态。结果5种驱动基因的总突变率为53.33%(96/180),驱动基因突变可在不同标本类型中检出,不同标本间突变率比较差异无统计学意义(P>0.05)。EGFR基因突变率40.56%(73/180),性别及组织类型突变率比较差异有统计学意义(P<0.05),年龄类型突变率比较差异无统计学意义(P>0.05);KRAS基因突变率6.11%(11/180),其中性别类型突变率比较差异有统计学意义(P<0.05),年龄与组织类型突变率比较差异无统计学意义(P>0.05);ALK融合基因突变率4.44/%(8/180),年龄、性别及组织类型突变率比较差异无统计学意义(P>0.05);BRAF基因突变率1.11%(2/180),ROS1融合基因突变率1.11%(2/180)。结论不同标本类型均可检出驱动基因,增加了临床基因检测的取样途径。NSCLC患者EGFR基因突变率明显高于其他驱动基因,EGFR基因突变与患者性别及组织类型有差异,KRAS基因突变与患者性别有差异;ALK、ROS1、BRAF基因突变率较低,但指导NSCLC治疗有重要意义。多基因联合检测可一次获取更多驱动基因突变信息,能够更快、更全面地指导临床治疗。 展开更多
关键词 扩增阻滞突变系统 非小细胞肺癌 驱动基因 基因突变
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