双重PCR技术检测马铃薯环腐病菌和黑胫病菌方法的建立

【目的】利用双重PCR技术快速检测马铃薯环腐病菌(Clavibacter michiganensis subsp.sepedonicus)和黑胫病菌(Pectobacterium atroseptica)。【方法】根据GenBank上发表的马铃薯环腐病菌pCS1质粒上纤维素酶A基因序列,对比近缘种及马铃薯上几种重要病原菌的核苷酸序列,设计并合成了1对特异性引物CMS1/CMS2,将设计的引物与已发表的PCR检测马铃薯黑胫病菌特异性引物ECA1f/ECA2r结合,经过条件优化后,建立了双重PCR体系。【结果】利用引物CMS1/CMS2扩增出了1条913 bp的马铃薯环腐病菌特异性条带。检测灵敏度在DNA水平上达100 fg.μL-1,在细菌数上达105CFU.mL-1。利用双重PCR体系对马铃薯环腐病菌和黑胫病菌进行扩增,可获得913和690 bp的2条特异性条带。检测灵敏度在DNA水平上达600 fg.μL-1,在细菌数上达5×105 CFU.mL-1。【结论】成功建立了双重PCR检测马铃薯环腐病菌和黑胫病菌技术体系,该技术能够同时快速可靠地检测出马铃薯环腐病菌和黑胫病菌。

马铃薯黑胫病菌的分离、纯化及PCR检测

由Pectobacterium atroseptica引起的马铃薯黑胫病是影响马铃薯生产的重要种薯传播细菌病害,从种薯发芽到生长后期均可发病,严重影响马铃薯的产量和品质。为构建马铃薯黑胫病菌的分离、鉴定技术体系,从广东省惠州市惠东县大水坑马铃薯基地采集了疑似感染马铃薯黑胫病植株,对其进行病原菌分离和纯化,得到7株病菌,利用引物Eca 1 g/Eca 2 g对其进行PCR扩增、将PCR产物测序并将所测定序列递交Gen Bank数据库,使用Blast软件进行比对确定目标菌株。结果表明,其中一株菌株能扩增出长度大约688 bp的特异性条带,其DNA序列符合Eca 3762序列,鉴定为马铃薯黑胫病菌。此方法可以成功地从发病植株中分离出黑胫病菌,成本较低廉,为广东省建立马铃薯种薯质量检测和控制体系提供技术支撑。

欧文氏杆菌铁代谢相关基因的生物信息学分析

利用生物信息学软件对欧文氏杆菌(Erwinia carotovora subsp.atroseptica)基因组中与铁代谢相关的基因进行生物信息学分析。结果表明,共筛选到71个与铁代谢相关的基因,其中,有51个为已知功能基因,20个为推测功能基因。在获得的71个基因中,12个基因参与铁载体合成、27个基因与Fe3+吸收有关、3个基因与Fe2+吸收有关、10个基因与亚铁血红素吸收有关、1个基因与编码贮铁蛋白有关、7个基因与铁吸收调控有关、还有11个基因可能与铁代谢有关。