Attenuation of Virulent Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Strain CH-1a and Genetic Variation of ORF5 Gene

To develop a modified live vaccine （MLV） against porcine reproductive and respiratory syndrome virus （PRRSV）, virulent CH-Ia strain was attenuated by serial passages up to 130 passage （P130） in Marc-145 cells. The virulence and immune efficacy of the attenuated CH-1 a were evaluated in pigs. The results showed that animals inoculated with P130 did not develop any clinical sign of the disease, but produced rapid and effective humoral immune responses against PRRSV challenge, indicating that attenuated CH-1 a P 130 is the candidate as the effective vaccine against PRRSV. To define the potential mutations in the attenuated CH-la genome, we sequenced and analyzed the ORF5 gene of CH-la strain of different passages （P39, P55, P65, P70, P85, P100, P115, P120, P125, and P130） and found that three mutations （C5Y, H38Q and L146Q） which may be related with the attenuation of CH-la. In addition, we also found a unique restriction enzyme site （TspEI） in the ORF5 gene of attenuated CH-la, which can be used as a genetic marker to distinguish original and attenuated CH- 1 a.

2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株、NADC34-like株)上,12株分布在谱系3(GM2-like株、QYYZ-like株)上,7株分布在谱系5(VR2332-like株、BJ-4-like株)上,21株分布在谱系8(JXA1-like株、CH-1a-like株)上。对核苷酸和氨基酸序列的同源性进行分析,结果显示,80株PRRSV ORF5基因编码的核苷酸序列同源性为81.2%~100%,氨基酸序列同源性为78.6%~100%。33株PRRSV ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在中和表位区第39氨基酸残基处存在变异。【结论】2020—2022年闽粤赣地区PRRSV流行株以谱系1为主(50.00%),并存在谱系1、3、5、8的混合流行。

中国部分地区2005-2007年猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因和Nsp2基因遗传变异分析

【目的】为分析2005-2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005-2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型PRRSV,ORF5基因全长均为603bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSVNsp2基因全长为2940bp,21株PRRSVNsp2基因全长为2850bp;发生Nsp2缺失的PRRSV在Nsp2基因第481位、532～560位发生了不连续缺失,共缺失30个氨基酸。与GeneBank中收录的14个PRRSVORF5、Nsp2基因进行核苷酸及氨基酸序列比较和分析,系统进化关系显示,除B02-2005株可能与疫苗株有关外,多数现地分离株与Ch-1a株遗传距离较近,不同年份分离到的毒株与早期PRRSV分离株的同源性逐年降低。【结论】根据氨基酸变异情况对PRRSV现地分离株进行亚群聚类分析,发现36株现地分离株分别归属于以VR-2332为代表的4亚群,以BJ-4为代表的1亚群和以Ch-1a为代表的2亚群。进化关系表明PRRSVORF5、Nsp2基因及其推导的氨基酸序列均发生了较大变异,不同地区PRRSV分离株的遗传关系存在交叉现象,地域特征不明显。

广西壮族自治区1株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP5基因的遗传变异分析

[目的]了解广西壮族自治区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子流行病学特征并揭示其遗传变异情况。[方法]利用PRRSV实时荧光RT-PCR试剂盒(通用型)对采集自广西壮族自治区某猪场临床发病猪只的肺脏组织样本进行PRRSV检测;利用PRRSV美洲型经典株与类NADC30 PRRSV毒株双重实时荧光RT-PCR试剂盒对样本进行进一步鉴定;采用PCR法扩增GP5基因,将测序获得的核苷酸序列与GenBank数据库中下载的国内外PRRSV参考株GP5基因核苷酸序列进行同源性比对,并构建系统遗传进化树;对GP5基因推导的氨基酸序列进行比对分析。[结果]经鉴定,该份样本呈类NADC30 PRRSV阳性,命名为GXYL株;GP5基因核苷酸序列同源性分析显示,GXYL株与国内外PRRSV参考株同源性为61.9%~93.2%,与美国NADC30毒株的同源性最高,与欧洲型LV毒株的同源性最低;遗传进化树分析显示,GXYL株与美国NADC30毒株以及中国类NADC30毒株位于同一分支,亲缘关系较近,与其他美洲型毒株同处一个大的分支;GP5基因推导的氨基酸比对分析显示,GXYL株共有7个位点发生变异,其中,2个突变位点位于A表位处,1个突变位点位于B表位处,4个突变位点位于信号肽区域,未发现有氨基酸的插入及缺失。[结论]GXYL株为类NADC30 PRRSV毒株,提示该地区应加强对PRRSV流行及变异情况的监控。

2010年-2011年广东地区PRRSV Nsp2和ORF5基因的遗传变异分析

为了解2010年-2011年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法扩增所分离的16株PRRSV的Nsp2和ORF5的基因,应用DNA Star、ClustalX2和MEGA5等对所得序列进行比对及遗传变异分析。16株PRRSV的Nsp2和ORF5基因的推导氨基酸序列同源性分别为75.3%～100%和87.5%～100%,与国内高致病性PRRSV代表毒株JXA1的氨基酸同源性分别为74.2%～98.2%和87.5%～99%。Nsp2遗传进化分析显示,这16株PRRSV均属于美洲型毒株,其中15株病毒与以JXA1为代表的国内流行毒株处于同一分支,属美洲亚群Ⅰ;另外1株病毒与VR-2332和疫苗株MLV处在同一分支,属美洲亚群Ⅱ。2010年-2011年广东地区流行毒株仍为高致病性PRRSV,且存在经典疫苗毒株MLV。

2016-2017年江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析

为了解近年来江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)分子流行病学和其遗传变异情况,本次调查于2016-2017年从江西省各地区规模化猪场采集453份疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的病料,采用RT-PCR方法对所有病料进行检测。结果发现,其中321份病料为PRRSV阳性,阳性率为70.86%,各地区的阳性率在19.15%~84.85%之间。挑选14份阳性样品测序后,经ORF5基因序列分析,江西地区各PRRSV毒株ORF5基因的核苷酸同源性为83%~100%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性在59.9%~98.5%之间。基于ORF5基因的进化树分析表明,14个测序毒株均为美洲型毒株,其中有4株为基因亚型Ⅰ,即高致病性毒株(HP-PRRSV);3株为基因亚型Ⅱ,即经典毒株;3株为基因亚型Ⅲ,即NADC30-like毒株;4株为新出现的基因亚型Ⅳ。氨基酸序列比对分析表明,基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ毒株ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸在3个表位及2个重要的抗原相关区域存在较大变异,其中以NADC30毒株为代表的基因亚型Ⅲ毒株和以GD1404毒株为代表的基因亚型Ⅳ毒株均表现出独有的氨基酸变异,这些变异可能会影响GP5蛋白的免疫原性。本次调查结果表明,2016-2017年江西地区PRRSV流行出现了新形势,美洲型毒株出现了多基因亚型共同存在的局面,以高致病性毒株(HP-PRRSV)为主,NADC30-like毒株和新基因亚型等新毒株的比例较高,同时还存在经典毒株;持续实时监测PRRSV的毒株流行和变异情况,可为临床诊断、药物和疫苗开发及PRRS的科学防控提供依据。

2016～2017年四川地区PRRS病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传进化情况,本试验对2016～2017年四川地区的12份PRRSV阳性样本的ORF5基因进行了测序及遗传进化分析。结果显示:12个样本毒株的ORF5基因的核苷酸序列同源性为82.3%～99.8%,推导的氨基酸同源性为81.1%～99.5%,与美洲型和欧洲型代表毒株的核苷酸序列同源性分别为82.8%～99.5%和61.4%～64.6%。氨基酸序列比对结果表明在抗原表位区域存在氨基酸变异;进化分析表明12个毒株均属于美洲型,其中10株属于JXA1-like亚群,1株属于NADC30亚群、1株属于QYYZ亚群。

2018年四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的分子流行病学调查研究

为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF 5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF 5基因序列分析结果显示,ORF 5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF 5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF 5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。

2007-2009年部分猪群PRRSV ORF5和Nsp2基因的克隆与序列分析

【目的】了解2007-2009年部分猪群中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)株的遗传演化规律。【方法】按常规方法,从2007-2009年收集的疑似蓝耳病猪群组织样品中分离PRRSV,应用RT-PCR方法,对分离的10株PRRSV的ORF5和Nsp2基因进行扩增,测序后与19个PRRSV参考毒株的ORF5、Nsp2基因进行核苷酸、氨基酸序列比较及遗传进化分析。【结果】分离到的SDWF5、SDCX1、LN3、LN8、LN12、SD2、SD5、SD14、ZB1、ZB2共10株PRRSV均属于美洲型PRRSV变异株,其ORF5基因全长均为603bp,编码约200个氨基酸,其推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;SDWF5、SDCX1、LN3、LN12、SD2、SD5、SD14、ZB2等8个分离株的Nsp2基因全长为2845bp,编码950个氨基酸,与代表毒株VR-2332相比,8个分离株在Nsp2基因推导氨基酸序列的480和532～560位发生了不连续的30个氨基酸缺失。与19个PRRSV参考毒株的ORF5、Nsp2序列进行比较后发现,10个分离株的ORF5、Nsp2基因核苷酸序列及其推导氨基酸序列均发生了较大变异。遗传进化分析发现,10个分离株与以CH-1a为代表的国内流行毒株处于同一分支,与JXA1等变异毒株的遗传距离较近。【结论】来源于不同猪群的10个PRRSV分离株的遗传关系存在交叉,没有明显的地域特征,但可能具有相同的始祖Ch-1a。

2012年-2014年闽西地区PRRSV流行株ORF5基因遗传变异分析

为了研究2012年-2014年闽西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的分子生物学特性和变异规律，对分离自闽西多个地区25份疑似PRRS病料的10个PRRSV分离株，应用RT—PCR对其中ORF5基因进行扩增及序列分析，从而了解闽西地区PRRSV的遗传变异性。结果表明，10个毒株均为美洲型PRRSV，9株PRRSVORF5基因全长为603bp（FJ05为600bp），10个毒株ORF5基因之间的核苷酸同源性为88．4％～99．3％；与VR-2332、MLV和CH-1a毒株的核苷酸同源性为88．3％～98．8％，与我国高致病性代表毒株JXA1、WUH1、HUN4等的同源性为88．9％～99．0％，与欧洲型毒株代表毒株LV的同源性为63．8％～65．09／6。ORF5基因推导氨基酸序列变异主要发生在9—40位和58—62位，10株PRRSVoRF5氨基酸同源性为88．5％～99．5％；与VR-2332、MLV和CH-1a的氨基酸同源性为87．5％～98．5％，与我国高致病性代表毒株JXA1、WUH1、HUN4等的同源性为88．0％～99．5％，与欧洲型毒株代表毒株LV的同源性为56．6％～59．2％。遗传进化树表明，闽西地区PRRSV可以分为疫苗株（1株，10％）、中等毒力PRRSV（1株，10％）和HP—PRRSV（8株，809／6）3个亚群，其中以HP—PRRSV为主，表明闽西地区PRRSV流行毒株呈现遗传变异多样性。

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传变异分析

【目的】监测2021年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV)的分子流行动态,为PRRSV综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同地区PRRSV检测为阳性的37个规模猪场采集521份患病猪组织样本进行PRRSV检测。对样本进行ORF5基因测序,采用DNAStar分析ORF5核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用Mega7.0构建基于ORF5基因的系统遗传进化树。【结果】从37个猪场采集的样品PRRSV阳性率为24.4%,猪场阳性率为45.9%。通过测序分析获得17株来自不同猪场的PRRSV ORF5基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株(PRRSV 2),其中有5株属于Lineage 8(JXA1-like和CH-1a-like)谱系,9株属于Lineage 1(NADC30-like和NADC34-like)谱系,3株属于Lineage 3(QYYZ-like)谱系,没有监测到Lineage 5(VR2332-like)谱系的毒株。17株PRRSV毒株的ORF5基因之间核苷酸序列同源性为81.3%~99.5%,推导的氨基酸序列同源性为80.0%~98.3%。【结论】2021年广东省PRRSV流行株以Lineage 1(NADC30-like和NADC34-like)和Lineage 8(JXA1-like和CH-1a-like)谱系为主,占比分别为52.94%和29.41%,Lineage 3(QYYZ-like)谱系降为次要流行株,占比为17.65%。

河北邢台及周边地区PRRSV流行情况调查及ORF5基因变异分析

为初步了解河北邢台及周边地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行情况,本试验于2021年3—10月在邢台及周边地区采集217份疑似PRRSV感染病料,应用荧光定量PCR (qPCR)技术检测PRRSV流行情况,同时对部分类NADC30毒株ORF5基因序列进行扩增和分析。结果显示,该地区PRRSV平均检出率为48.39%(105/217),不同地区检出率介于29.85%~75.0%;进一步基因分型发现,类NADC30毒株、HP-PRRSV毒株和经典型PRRSV毒株所占比例分别为60.95%、31.43%和9.52%;8个毒株ORF5基因序列均与类NADC30毒株HeN1同源性最高,为99.0%~99.5%,与其他毒株对应序列同源性相对较低;进一步遗传进化分析结果显示,8个毒株与类NADC30毒株聚为同一分支。结果表明,PRRSV在河北邢台及周边地区流行情况十分严重,其中类NADC30毒株为优势流行株,提示猪场应更加注重生物安全防控,加强对PRRSV流行及变异情况的监测工作。

2021―2022年川渝部分地区PRRSV分子流行病学及ORF5遗传特征分析

为了解我国川渝地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况及分子特征,本试验以RT-PCR方法对2021―2022年间收集的来自川渝地区的临床样本进行PRRSV检测,并进一步对阳性样本的ORF5基因进行测序分析,探究其流行现状以及遗传变异情况。结果显示,川渝两地PRRSV阳性率为20.5%(40/195),其中四川PRRSV阳性率为18.1%(15/83),重庆为22.3%(25/112)。对其中23份阳性样本的ORF5基因分析显示,所获PRRSV均为基因Ⅱ型,包含谱系1、3、5和8,以NADC30类毒株为主;其中四川地区毒株与上海、辽宁、湖南等地区毒株存在较近的亲缘关系,重庆地区与当地毒株的同源性较高;与目前临床中使用的疫苗毒株比较,发现23株临床样本ORF5序列中有3个B细胞表位和1个T细胞表位与疫苗株存在较大差异。本试验结果表明PRRSV感染在川渝部分地区仍较为严重,美洲型NADC30类毒株是当前流行的优势毒株,且与疫苗株存在一定的变异,该结果对川渝地区PRRSV的防控具有借鉴意义。

福建地区PRRSV分离株Nsp2基因新变异序列鉴定

为了解福建省2009年以来猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株的现状、分子生物学特征和遗传演化规律,本研究收集了福建省不同地区的14株PRRSV分离株,并对其Nsp2基因进行遗传变异分析。结果表明与参考病毒株VR-2332相比共有4种类型氨基酸的缺失和1种类型的氨基酸插入,3株分离株在472位～520位和533位～561位发生了不连续的78个氨基酸缺失;2株分离株472位～520位、533位～561位和593位～595位发生了不连续的81个氨基酸缺失;1株分离株在593位～595位发生了3个氨基酸的缺失;其余8个分离株的Nsp2蛋白存在第481位和533位～561位共30个氨基酸的不连续缺失,其中有1个分离株在599位～603位插入了5个氨基酸,同时又在481位和533位～561位发生了不连续的30个氨基酸的缺失,这是国内首次发现有氨基酸插入的病毒株。这些新的缺失和插入与PRRSV致病性及其与生物学特性的关系有待于进一步研究。

猪生殖-呼吸道综合征病毒(PRRSV)CH-la株糖蛋白基因的遗传变异分析

新近发现的猪生殖 -呼吸道综合征病毒 (PRRSV)是单股RNA病毒 ,属于不久前成立的动脉炎病毒科。为了比较国内分离的CH la株与国外毒株的分子遗传学关系 ,扩增并克隆了PRRSVCH la株糖蛋白基因ORF2～ 5 ,测定了其核苷酸序列。用序列分析软件分析了其编码产物的分子量、等电点、疏水性、抗原性和有关位点 ,并与国外毒株进行了序列比较和系统发育进化分析。结果表明 :CH la株与VR 2 332株尽管密切相关 ,但二者之间也有较大的变异 ,且ORF3和ORF4重叠区存在一个高变区。这提示CH la株和VR 2 332株可能是北美洲型中的两个不同亚型。

2005年-2010年我国部分地区PRRSV流行毒株的遗传变异分析

为了掌握高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的变异情况,揭示该病的发生规律,根据GenBank登录的PRRSV基因序列设计引物,采用RT-PCR法对2005年-2010年间送检的282份病料进行了PRRSV核酸检测,对其中9份阳性样品进行了ORF5-7基因片段扩增和测序,所得序列与GenBank下载的PRRSV CH-1a、VR2332、HB-2、LV株的ORF5序列进行同源性比较,并与国内已发表的27株PRRSV ORF5序列进行遗传进化树分析,对GP5蛋白潜在糖基化位点和数目进行预测与分析。结果表明,病料PRRSV核酸阳性检出率为18.8%（53/282）;9个流行毒株同属于一个基因亚群,其ORF5序列同源性为95.0%-99.2%,氨基酸序列同源性为92.0%-99.0%;与4个参考毒株的ORF5序列同源性依次为93.4%-95.5%、87.6%-89.4%、91.2%-92.7%和63.0%-64.0%,氨基酸序列的同源性依次为91.0%-94.0%、85.6%-88.6%、89.6%-92.0%和54.7%-58.2%;GP5糖基化位点分析表明,5个糖基化位点有3株,4个糖基化位点有5株,3个糖基化位点有1株;这些糖基化位点分布在第30位-第55位氨基酸之间,以第44、55位点保守,另3个位点存在变异。我国猪群中PRRSV流行毒株变异幅度较大,GP5糖基化位点不同可能与毒力存在一定联系。

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株分型鉴定

了解新疆南疆PRRSV毒株类型,为新疆南疆PRRS防制疫苗的选择和防制措施的制定提供理论依据。本实验利用可同时扩增PRRSV欧洲型和美洲型毒株的ORF7基因特异性引物,进行RT-PCR、克隆、测序及序列分析。结果显示:本研究获得的14个ORF7基因片段不存在类似欧洲型代表株LV的9个核苷酸缺失,进化树显示均与国内外的美洲型代表株在同一分支内,其中XJNJ-5-2和XJNJ-5-3株与高致病性代表株JXA1在同一个小的分支内。结论为本实验未检测到欧洲型毒株,获得了14个美洲型毒株,其中有2株属于高致病性毒株。利用新疆南疆PRRSV分子流行病学调查结果,对新疆南疆PRRS的防制具有现实意义。

猪繁殖与呼吸综合征病毒TS株结构蛋白基因的克隆与变异分析

从河北唐山分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),接种Marc-145细胞,经2代盲传后出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为TS株。利用RT-PCR扩增出TS株各基因的cDNA片段,然后克隆入pMD19-T载体并测序。应用DNAStar软件,结合其它河北毒株与多株GenBank中已发表的PRRSV毒株相应基因进行序列比较。结果表明:PRRSV TS株与VR-2332同源性为88.9%-94.7%,与河北省2007年以来发现的8个毒株同源性很强,为98.0%-99.7%;与LV株的亲缘关系较远,同源性为61.2%-69.0%,属于美洲型。遗传进化树表明国内美洲型分离株明显分为2个亚群,所有河北省流行毒株属于同一亚群,且TS株与高致病性代表毒株JXA1关系非常近。本研究将为河北省预防和控制PRRS提供重要的理论数据。

1株类NADC30与类JXA1重组的猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组遗传特征分析

旨在分析本实验室2017年从临床病料中分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子遗传特征,测定了其全基因组序列,并运用生物信息学软件对其遗传特点进行了分析。结果显示,该毒株基因组全长15054 bp,与代表性毒株VR-2332、NADC30、CH-1a、JXA1和QYYZ的核苷酸相似性分别为84.5%、93.4%、84.2%、83.9%和82.1%。系统进化树分析显示,该毒株与NADC30-like毒株处于同一进化分支,属于lineage 1。基于GP5和Nsp2蛋白的氨基酸序列分析显示,分离株GP5蛋白糖基化位点位于34位、44位和51位;在37—45 aa的线性表位区较为保守,在27—30 aa和37—45 aa的线性表位区存在特异的氨基酸位点变异;Nsp2蛋白存在NADC30-lke毒株特征性的131个(323—433位、483位、504—522位)不连续氨基酸的缺失。基因重组分析显示,该毒株以类NADC30为主要亲本、以类JXA1为次要亲本,在Nsp2的氨基端(1340—2082 nt)发生了基因重组。本研究成功绘制了1株NADC30-like毒株的基因组遗传特征,确定了其在Nsp2区域发生了基因重组,提示PRRSV通过基因重组在不断发生遗传演化,开展持续的PRRSV流行及遗传变异监测对于该病的防控具有重要意义。