荧光定量PCR在药用植物基因表达及鉴别中的应用

实时荧光定量PCR是基于荧光信号的累积在DNA扩增过程中对整个实验进程进行实时监测的一种技术,具有较高的灵敏度与特异性,且定量准确、快速简便,因此在微生物分析、食品科学研究、临床诊断、肿瘤早期研究及遗传病研究等方面具有广泛的应用前景,近年来已逐渐应用于药用植物内参基因筛选、中药合成生物学、中药活性成分生物合成路线研究等领域。该文依据NCBI、国家知识基础设施数据库(CNKI)、中国学术期刊数据库(CSPD)等数据库对近5年实时荧光定量PCR在药用植物基因表达分析中的应用进行综述。

一种基因编辑位点特异性PCR方法的开发和应用

为了对基因组编辑产品进行精准定性和定量检测,以水稻SP1基因的编辑植株为材料,在编辑位点上下游设计通用引物,在编辑位点处设计基因编辑位点特异性TaqMan探针,建立了编辑位点特异性PCR方法。利用该方法可准确鉴定特异基因组编辑产品,检测灵敏度达到5~10拷贝,可在实时荧光PCR(qPCR)和微滴数字PCR(ddPCR)平台上对基因组编辑产品进行定量检测。由于数字PCR的微反应单元可消除野生型DNA对通用引物的竞争性消耗,与qPCR的定量结果相比,ddPCR定量结果具有更高的定量准确性。

鲍曼不动杆菌快速表型药敏检测方法的建立和初步应用

目的利用表面活性剂-叠氮溴化丙锭(propidium monoazide, PMAxx)-qPCR反应体系对鲍曼不动杆菌进行快速表型药敏预测。方法依次对加入反应体系中表面活性剂的种类和最适浓度、叠氮溴化丙锭曝光时间和浓度进行优化;采用qPCR检测鲍曼不动杆菌特异性鉴别基因(blaOXA-51)拷贝数;采用抗菌药物-细菌共反应体系测定鲍曼不动杆菌对抗菌药物的敏感性。结果当表面活性剂月桂酰基甘氨酸钠浓度为0.2%,叠氮溴化丙锭最佳曝光时间和浓度为5 min和20μmol/L时,能有效抑制死细胞DNA扩增,且不影响活细胞。基于此建立的表型药敏预测模型能快速(2 h内)和准确地预测鲍曼不动杆菌对多西环素及左氧氟沙星的敏感性(P<0.01),对头孢哌酮/舒巴坦的敏感性更可靠的预测需超过2 h。结论基于月桂酰基甘氨酸钠-PMAxx-qPCR体系的快速表型药敏预测新方法可在短时间内为鲍曼不动杆菌感染的治疗提供药敏依据,以指导其临床精准用药。