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基于bchY的内蒙古2个盐碱湖中不产氧光合细菌多样性的分析
1
作者
宝力德
冀锦华
+1 位作者
刘柯澜
冯福应
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2016年第3期147-154,共8页
为进一步了解和认识APB及其在盐碱湖中的生态功能及其作用机制,通过构建和分析不产氧光合细菌bchY基因克隆文库,揭示其中不产氧光合细菌的多样性、群落结构及其与生存环境的关系。样品采自内蒙古浑善达克沙地盐碱度较高的扎格斯台和达格...
为进一步了解和认识APB及其在盐碱湖中的生态功能及其作用机制,通过构建和分析不产氧光合细菌bchY基因克隆文库,揭示其中不产氧光合细菌的多样性、群落结构及其与生存环境的关系。样品采自内蒙古浑善达克沙地盐碱度较高的扎格斯台和达格淖2个湖的水样,提取了样品总DNA。以bchY作为检测APB的通用标记,用PCR扩增方法构建了其bchY文库,并对扩增产物进行了测序与系统发育分析。结果表明,达格淖湖和扎各斯台湖均为富营养化盐碱湖,且两湖盐度相差很大。利用bchY文库中核酸序列对应的氨基酸序列进行分析,两文库覆盖度均达93.0%以上,代表性较强,共得到108条bchY编码的氨基酸序列,以cutoff=0.03和0.12分别在种和属水平进行同源性和系统发育分析,在cutoff=0.03分为17个OTUs。两湖的多样性指数(Shannon-Weaver和Simpson)和均匀度指数(Evenness)较接近,其种群多样性程度和均匀程度比较相似,但二者的Chao1都不太高,说明两湖APB的多样性较低,种群不丰富。达格淖湖的Margalef指数较高,说明前者物种数目比后者多。两湖的不产氧光合细菌均属Alphaproteobacteria纲,最优势菌群均为Roseibacterium elongatum。同源性及系统发育性分析表明,达格淖湖和扎各斯台湖中不产氧光合细菌的主要类型为AAPB-like类群、多样性低。
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关键词
盐碱湖
不产氧光合细菌(APB)
bchy
基因
CUTOFF值
OTUs
系统发育分析
多样性
基因克隆文库
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职称材料
题名
基于bchY的内蒙古2个盐碱湖中不产氧光合细菌多样性的分析
1
作者
宝力德
冀锦华
刘柯澜
冯福应
机构
内蒙古农业大学生命科学学院
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2016年第3期147-154,共8页
基金
国家自然科学基金项目(30760004)
文摘
为进一步了解和认识APB及其在盐碱湖中的生态功能及其作用机制,通过构建和分析不产氧光合细菌bchY基因克隆文库,揭示其中不产氧光合细菌的多样性、群落结构及其与生存环境的关系。样品采自内蒙古浑善达克沙地盐碱度较高的扎格斯台和达格淖2个湖的水样,提取了样品总DNA。以bchY作为检测APB的通用标记,用PCR扩增方法构建了其bchY文库,并对扩增产物进行了测序与系统发育分析。结果表明,达格淖湖和扎各斯台湖均为富营养化盐碱湖,且两湖盐度相差很大。利用bchY文库中核酸序列对应的氨基酸序列进行分析,两文库覆盖度均达93.0%以上,代表性较强,共得到108条bchY编码的氨基酸序列,以cutoff=0.03和0.12分别在种和属水平进行同源性和系统发育分析,在cutoff=0.03分为17个OTUs。两湖的多样性指数(Shannon-Weaver和Simpson)和均匀度指数(Evenness)较接近,其种群多样性程度和均匀程度比较相似,但二者的Chao1都不太高,说明两湖APB的多样性较低,种群不丰富。达格淖湖的Margalef指数较高,说明前者物种数目比后者多。两湖的不产氧光合细菌均属Alphaproteobacteria纲,最优势菌群均为Roseibacterium elongatum。同源性及系统发育性分析表明,达格淖湖和扎各斯台湖中不产氧光合细菌的主要类型为AAPB-like类群、多样性低。
关键词
盐碱湖
不产氧光合细菌(APB)
bchy
基因
CUTOFF值
OTUs
系统发育分析
多样性
基因克隆文库
Keywords
Haloalkaline lake
Anoxygenic phototrophic bacteria(APB)
bchy gene
Cutoff value
OTUs
Analysis of phylotype composition
Diversity
gene
library
分类号
Q938.1 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于bchY的内蒙古2个盐碱湖中不产氧光合细菌多样性的分析
宝力德
冀锦华
刘柯澜
冯福应
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2016
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