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Synthesis,Characterization and Structure of Chiral Amino Acids and Their Corresponding Amino Alcohols with Camphoric Backbone
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作者 QIAN Hui-Fen HUANG Wei +1 位作者 LI Hui-Hui YAO Cheng 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1243-1249,共7页
Chiral amino acids and their corresponding amino alcohols bearing camphoric backbone were prepared from D-(+)-camphoric imide and characterized by infrared, elemental analysis, ESI-MS, and NMR measurements. Among t... Chiral amino acids and their corresponding amino alcohols bearing camphoric backbone were prepared from D-(+)-camphoric imide and characterized by infrared, elemental analysis, ESI-MS, and NMR measurements. Among them, one intermediate (1S,3R)-3-amino-2,2,3- trimethyl cyclopentane-1-carboxylic acid hydrochloride 3 was structurally elucidated by X-ray diffraction techniques. Versatile intermolecular hydrogen bonding interactions observed in its packing structure result in a two-dimensional framework. 展开更多
关键词 chiral amino acids and amino alcohols (1S 3R)-3-amino-2 2 3-trimethyl-cyclopentane-1-carboxylic acid hydrochloride hydrogen-bonding interactions crystal structures
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[Co(tren) (aminoacidato N ,O) ]X_2·nH_2O在溶液中的NMR研究(英文) 被引量:1
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作者 邵伟艳 钟世舟 +1 位作者 胡小鹏 蔡继文 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期149-157,共9页
报道了配合物 [Co (tren) (DL phenylalaninato) ] (ClO4 ) 2 (Ⅰ )、Co (tren) (L prolinato) ]I2 ·H2 O (Ⅱ )、[Co (tren) (L valinato) ]I2 ·1 / 3H2 O (Ⅲ )、[Co (tren) (L isoleucinato) ]I2 (Ⅳ )、[Co (tren) (L leu... 报道了配合物 [Co (tren) (DL phenylalaninato) ] (ClO4 ) 2 (Ⅰ )、Co (tren) (L prolinato) ]I2 ·H2 O (Ⅱ )、[Co (tren) (L valinato) ]I2 ·1 / 3H2 O (Ⅲ )、[Co (tren) (L isoleucinato) ]I2 (Ⅳ )、[Co (tren) (L leucinato) ]I2 (Ⅴ )在溶液中的NMR研究 .通过同核和异核二维核磁共振实验归属了配合物的1H和13CNMR ,发现在配合物的空间结构中 ,四齿配体 (tren)的 3个螯合臂中有两个构象稳定 ,而另一个构象不稳定 ,这与晶体学数据吻合 .通过变温实验和溶剂效应实验 ,发现在配合物Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ中存在分子内氢键 ,而在晶体结构中 ,所有配合物都存在分子间氢键 .配合物Ⅰ。 展开更多
关键词 [Co(tren)(amino acidato-N O)]X2·nH2O 溶液 Co(Ⅲ)配合物 氨基酸配体 四齿配体 氢键 NMR 钴配合物 核磁共振 波谱分析
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Preparation and Characterization of Composite Chiral Liquid Crystal Containing L-amino Acid Derivatives 被引量:2
3
作者 Shan Daqing, Tang Hongding, Zhang Xianliangt(College of Chemistry, Wuhan University,Wuhan 430072, China) 《Wuhan University Journal of Natural Sciences》 EI CAS 1998年第2期251-252,共2页
A new composite chiral liquid crystal containing L-amino acid derivatives was prepared and their liquid crystal properties were investigated. Results show that they could exhibit liquid crystal through hydrogen bonding.
关键词 Key words liquid crystal L amino acid hydrogen bonding
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Synthesis and Structure Analysis of a Tripeptide Containing N-methyl Group Amino Acid 被引量:2
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作者 甄小丽 马振杰 +3 位作者 田霞 李营 韩建荣 刘守信 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2016年第5期718-724,共7页
A convenient method of synthesizing a tripeptide-containing N-methyl group amino acid was developed using O-benzotriazole-N,N,N',N'-tetramethyluronium-hexafluorophosphate as the condensing agent. The crystals of tri... A convenient method of synthesizing a tripeptide-containing N-methyl group amino acid was developed using O-benzotriazole-N,N,N',N'-tetramethyluronium-hexafluorophosphate as the condensing agent. The crystals of tripeptide had white needles belonging to the orthorhombic space group P2_12_12_1. The conformational preference for homochiral tripeptides with one N-methylated amide bond was also investigated. Crystal-structure analysis showed that homochiral tripeptides with an internal N-methylated amide bond preferred a trans-amide form, thereby giving the peptide β-fold characteristics. Intermolecular C-H···O and N-H···O hydrogen bonds linked the molecules into a one-dimensional chain and stabilized the structure. 展开更多
关键词 tripeptide N-methyl amino acid synthesis crystal structure hydrogen bond
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应用ABEEM极化力场研究核酸碱基和氨基酸侧链的相互作用
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作者 卢丽男 杨忠志 赵东霞 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2023年第1期56-63,共8页
对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很... 对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很好体现了体系极化效应.在碱基和氨基酸之间的相互作用中氢键起到了很重要的关键作用.ABEEMPFF通过氢键拟合函数对氢键相互作用区域进行特殊的考虑和处理.研究结果表明,应用ABEEM电荷模型计算得到4个碱基模型、5个氨基酸侧链模型和20个相互作用模型的电荷分布以及偶极矩,计算结果与量子力学方法(QM)相媲美.应用ABEEMPFF对29个模型分子进行结构的优化得到稳定结构,与QM计算的结果以及实验的构象有很好的一致性.应用ABEEMPFF和QM方法计算20个碱基和氨基酸相互作用模型的相互作用能,计算结果表明带电的氨基酸侧链与碱基的相互作用能大于不带电氨基酸侧链.氨基酸侧链与碱基的相互作用能的顺序为:Lys>Asp/Glu>Arg>Asn/Gln>Ser/Thr.ABEEMPFF研究碱基和氨基酸侧链的相互作用,为研究和揭示蛋白质和核酸的相互识别机理奠定了良好的基础. 展开更多
关键词 ABEEM极化力场 电荷分布 氢键 碱基和氨基酸侧链相互作用
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基于太赫兹光谱的氨基酸检测 被引量:7
6
作者 唐忠锋 林海涛 +1 位作者 陈晓伟 张增芳 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第9期2351-2356,共6页
太赫兹是指频率从0.1到2.0 THz之间的远红外波。与傅里叶红外相比,太赫兹时域光谱能量低,信躁比高,并且无辐射损伤。氨基酸分子的低频振动模式(扭转,集体振动模式和氢键)处在THz波段。氨基酸是一类重要的生物分子,是组成蛋白质最基本的... 太赫兹是指频率从0.1到2.0 THz之间的远红外波。与傅里叶红外相比,太赫兹时域光谱能量低,信躁比高,并且无辐射损伤。氨基酸分子的低频振动模式(扭转,集体振动模式和氢键)处在THz波段。氨基酸是一类重要的生物分子,是组成蛋白质最基本的物质。氨基酸分子以分子间氢键相互连接构成晶体。氨基酸在THz波段比在红外波段体现更多独特吸收特征。到目前为止,已经获得了20种氨基酸分子的太赫兹吸收谱,包括利用太赫兹技术对部分氨基酸的定量分析。氨基酸的太赫兹光谱研究,有利于深层次理解蛋白质/DNA的低频振动模式及相关生物反应和活性。文章综述了20种氨基酸分子的太赫兹吸收光谱并建立了吸收光谱数据库。总结了太赫兹技术在氨基酸应用方面存在的问题,并对未来发展方向进行展望。 展开更多
关键词 太赫兹 氨基酸 氢键 振动模式 定量分析
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氨基酸离子液体的理论研究:结构、分子间相互作用及碱性 被引量:6
7
作者 刘飞 吴蔚闳 +2 位作者 卢运祥 彭昌军 刘洪来 《华东理工大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期587-593,652,共8页
利用密度泛函理论,对6种氨基酸阴离子和不同链长咪唑阳离子形成的离子液体的结构、阴阳离子间相互作用以及碱性进行理论研究。优化得到5种稳定构型,并且阴阳离子间存在2种氢键。利用分子中的原子理论(AIM)、非共价键相互作用理论(NCI)... 利用密度泛函理论,对6种氨基酸阴离子和不同链长咪唑阳离子形成的离子液体的结构、阴阳离子间相互作用以及碱性进行理论研究。优化得到5种稳定构型,并且阴阳离子间存在2种氢键。利用分子中的原子理论(AIM)、非共价键相互作用理论(NCI)及自然键轨道理论(NBO)进行分析,结果显示阴离子羰基中的O与H(C2)能形成更强的氢键且具有一定的共价性质。利用最负表面静电势(V_(s.ming))和平均局部离域化能(I_(s.ming)),在微观水平上对氨基酸离子液体的碱性进行分析,发现当引入氨基或羟基到阴离子中时,离子液体的碱性变强。 展开更多
关键词 氨基酸离子液体 氢键 碱性 静电
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二联苯和氨基酸构建的大环化合物自组装研究 被引量:3
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作者 郭炜 米学玲 +2 位作者 王璟 何家骐 程津培 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第6期1086-1089,共4页
以二联苯作为模板,设计并合成了3个二联苯和氨基酸构建的大环化合物.晶体结构结果研究发现,在固态,这些大环化合物分别组装成了管状、三维网状和链状的超分子结构,其中,C—H…O氢键在维持这些大环的组装方面发挥了重要作用.这将有助于... 以二联苯作为模板,设计并合成了3个二联苯和氨基酸构建的大环化合物.晶体结构结果研究发现,在固态,这些大环化合物分别组装成了管状、三维网状和链状的超分子结构,其中,C—H…O氢键在维持这些大环的组装方面发挥了重要作用.这将有助于进一步增加对分子自组装、分子识别以及生物大分子的稳定性方面的理解. 展开更多
关键词 大环化合物 二联苯 氨基酸 自组装 C—H…O氢键
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蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析 被引量:3
9
作者 吴建盛 胡栋 +3 位作者 晏善成 马昕 谢建明 孙啸 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期778-783,共6页
为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密... 为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白质发生相互作用时对氨基酸残基的偏好性和双链RNA分子差异不显著;氨基酸的极性大小及方向在决定其是否与核酸分子形成范德华力作用具有重要贡献,氨基酸侧链形成的空间位阻会阻碍其与核酸分子形成氢键作用;蛋白质-DNA复合物结构氢键/范德华力作用位点上残基间空间协同作用时对氨基酸类型的选择与蛋白质-RNA复合物结构间存在显著差异. 展开更多
关键词 蛋白质-核酸复合物 氢键作用位点 范德华力作用位点 偏好性 氨基酸极性 协同作用
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天然氨基酸中氢键的量子化学研究 被引量:6
10
作者 唐明生 李晓飞 《郑州大学学报(理学版)》 CAS 2004年第3期59-63,共5页
用从头计算法优化了 2 0种天然氨基酸正、负、偶极离子 .计算结果表明 ,α- NH2 上的氮原子可以和羧基氧原子形成氢键 ,通过 N1— H2… O3氢键的生成 ,原子 N1、H3、O4、C4、C5形成了五元环 .从正离子、负离子到偶极离子 ,氢键强度逐渐... 用从头计算法优化了 2 0种天然氨基酸正、负、偶极离子 .计算结果表明 ,α- NH2 上的氮原子可以和羧基氧原子形成氢键 ,通过 N1— H2… O3氢键的生成 ,原子 N1、H3、O4、C4、C5形成了五元环 .从正离子、负离子到偶极离子 ,氢键强度逐渐减小 .侧链原子对氢键也有影响 :正离子的侧链除苏氨酸和丝氨酸外 ,其它氨基酸不对氢键构成影响 ;负离子氢键受侧链的影响较大 ;而偶极离子中氢键基本不受侧链的影响 . 展开更多
关键词 天然氨基酸 氢键 量子化学 从头计算法 立体结构
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碱基与氨基酸二肽间的氢键相互作用 被引量:4
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作者 杨忠志 王越 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第2期200-204,共5页
对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同... 对于碱基-蛋白质之间的相互作用,氢键的形成及断裂起着重要的作用.选取7种氨基酸二肽和3种碱基,以它们之间形成单根氢键的体系为研究对象,在ab initioB3LYP/6-311++G(d,p)水平下进行结构优化,MP2/6-311++G(d,p)水平下进行能量的计算.同时应用ABEEMσπ/MM方法优化结构和计算能量.通过改变氢键相互作用区域的静电相互作用参数kH-bond和形成氢键的氢原子与其受体原子的孤对电子之间距离Rlp,H来拟合函数kH-bond(Rlp,H).用所得函数对选取的复合物进行结合能计算,其结果与ab initio方法所得的结果符合的很好. 展开更多
关键词 氢键 碱基 氨基酸二肽 氢键拟合函数 ab INITIO ABEEMΣΠ/MM
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嗜热酶的耐热机理 被引量:5
12
作者 沈嘉澍 沈标 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2010年第2期80-85,共6页
酶蛋白在高温下的不稳定性是影响其广泛应用的主要瓶颈,嗜热酶因为独特的性质而被作为热稳定研究的极好材料。了解嗜热酶的热稳定性机制,对于采用酶工程定向设计、改造酶具有重要的意义。嗜热酶的热稳定性并不是由单一因素决定的,氨基... 酶蛋白在高温下的不稳定性是影响其广泛应用的主要瓶颈,嗜热酶因为独特的性质而被作为热稳定研究的极好材料。了解嗜热酶的热稳定性机制,对于采用酶工程定向设计、改造酶具有重要的意义。嗜热酶的热稳定性并不是由单一因素决定的,氨基酸组成、氢键、离子对、二硫键等都是影响嗜热酶热稳定性的重要因素。相对于嗜温酶,嗜热酶更多地采用寡聚体的形式。 展开更多
关键词 嗜热酶 氨基酸组成 氢键 离子对 二硫键 寡聚体
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5-(2-羧基苯基)-10,15,20-三苯基卟啉-氨基酸酯之间的氢键-UV-Vis和~1H-NMR研究 被引量:1
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作者 彭小彬 黄锦汪 计亮年 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1999年第6期884-885,共2页
本文通过分析5-(2-羧基苯基)-10,15,20-三苯基卟啉(o-TPPCO2H)和苯丙氨酸乙酯的紫外-可见光谱(UV-Vis)滴定曲线以及1 H-NMR数据, 证实了o-TPPCO2H
关键词 苯丙氨酸乙酯 卟啉 氨基酸酯 氢键 分子识别
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苯甲酰化壳聚糖和氨基酸在选择性溶剂中的自组装行为
14
作者 杨雪慧 胡晓兰 +4 位作者 申丙星 李燕杰 陈丹梅 曾尓曼 董炎明 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期686-691,共6页
研究了苯甲酰化壳聚糖(DBC)和天然生物分子氨基酸在选择性溶剂N,N-二甲苯甲酰胺(DMF)和水中的自组装行为.在超声波作用下,透明的混合溶液出现蓝白色乳光,同时紫外-可见光谱呈现透光率的突变,体系完成了自组装.自组装是通过两... 研究了苯甲酰化壳聚糖(DBC)和天然生物分子氨基酸在选择性溶剂N,N-二甲苯甲酰胺(DMF)和水中的自组装行为.在超声波作用下,透明的混合溶液出现蓝白色乳光,同时紫外-可见光谱呈现透光率的突变,体系完成了自组装.自组装是通过两组分之间的氢键作用产生的.用动态光散射(DLS)和透射电镜(TEM)分别研究了自组装粒子的尺寸和形态.实验结果表明,苯甲酰化壳聚糖和氨基酸可以形成纳米尺寸或亚微米尺寸的自组装微粒,形成的微粒为球形或椭球形,微粒的尺寸为60-720nm.粒子的尺寸显著受pH值和氨基酸种类的影响,因而可以利用pH值和氨基酸的种类控制自组装粒子的尺寸. 展开更多
关键词 氢键作用 自组装粒子 苯甲酰化壳聚糖 氨基酸
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腺嘌呤与氨基酸残基的极化力场 被引量:1
15
作者 刘翠 王洋 +2 位作者 杜雪 姚玉莹 许炎 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第4期486-492,共7页
修复酶如何准确地判断碱基位点是目前研究的重要方向.极化力场能真实地模拟生物分子的极化效应.发展腺嘌呤与氨基酸残基的极化力场,对修复酶相应残基和腺嘌呤之间的氢键作用进行研究.将分子的几何结构、电荷及氢键能与高等从头算方法的... 修复酶如何准确地判断碱基位点是目前研究的重要方向.极化力场能真实地模拟生物分子的极化效应.发展腺嘌呤与氨基酸残基的极化力场,对修复酶相应残基和腺嘌呤之间的氢键作用进行研究.将分子的几何结构、电荷及氢键能与高等从头算方法的结果进行对比分析,并以其结果为基准调节模型参数,建立模型.与现有力场结果相比,模型模拟的结果能更准确地描述分子结构和能量,可应用于酶与DNA作用体系的动力学模拟. 展开更多
关键词 腺嘌呤 氨基酸残基 电荷分布 氢键 极化力场
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蛋白质-核酸复合物中氢键和范德华力作用位点偏好性分析
16
作者 吴建盛 晏善成 +1 位作者 武灵芝 汤丽华 《南京邮电大学学报(自然科学版)》 2011年第4期138-144,共7页
对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析。发现:(1)在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢... 对蛋白质-核酸复合物结构中氢键/范德华力作用位点氨基酸与核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析。发现:(1)在蛋白质-DNA复合物结构中,范德华力作用对与氢键数量相当;而在蛋白质-RNA复合物结构中,范德华力作用对数量要远多于氢键;(2)复合物结构中氢键和范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异显著;(3)氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与DNA/RNA分子形成氢键/范德华力相互作用时起到重要的作用。 展开更多
关键词 蛋白质-核酸复合物 氢键 范德华力 偏好性 氨基酸极性
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碱基对AT/GC与组氨酸/天冬酰胺侧链间氢键作用的优势位点
17
作者 李书实 李赫 +1 位作者 王萌 黄翠英 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第3期354-362,共9页
采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到18个由组氨酸(His)/天冬酰胺(Asp)侧链分别与2种Watson-Crick碱基对(AT/GC)形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计... 采用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化得到18个由组氨酸(His)/天冬酰胺(Asp)侧链分别与2种Watson-Crick碱基对(AT/GC)形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计算方法加上极化连续介质(PCM)模型计算得到氢键复合物在水相中的结合能.结果表明,碱基对AT与组氨酸侧链/天冬酰胺侧链氢键作用的较稳定作用位点是site1与site3;碱基对GC的较稳定作用位点是site1与site4.分子中原子(AIM)与自然键轨道(NBO)分析计算所得的结果与结合能强弱顺序一致. 展开更多
关键词 碱基对 氨基酸侧链 氢键复合物 结合能 作用位点
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氢气对辣根过氧化物酶活性的影响及其作用机制的研究 被引量:4
18
作者 仪杨 张晓康 +6 位作者 郭博远 谢飞 张昭 马胜男 赵鹏翔 李英贤 马雪梅 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期811-819,共9页
氢气具有广泛的生物学功能,但氢气发挥生物学效应的靶点仍存在争论。我们前期发现,氢气可以与乙酰胆碱酯酶(AChE)直接作用并提高其活性,提示酶分子可能是氢气的潜在作用靶点。除AChE外,氢气是否还可与其它酶分子相互作用目前尚未见报道... 氢气具有广泛的生物学功能,但氢气发挥生物学效应的靶点仍存在争论。我们前期发现,氢气可以与乙酰胆碱酯酶(AChE)直接作用并提高其活性,提示酶分子可能是氢气的潜在作用靶点。除AChE外,氢气是否还可与其它酶分子相互作用目前尚未见报道。本研究目的是探索氢气对辣根过氧化物酶(HRP)活性的影响。采用荧光光谱和紫外光谱方法检测氢气对HRP活性的影响,并对氢分子作用机制进行了深入探索。研究结果表明,当氢气浓度在饱和状态(800μmol/L)和半饱和状态(400μmol/L)下,HRP酶活性分别提高了18.42%和5.44%;荧光光谱检测表明,氢气使HRP内源性氨基酸荧光强度增强了4.15%,色氨酸到血红素中心的距离由2.85 m缩短至2.69 nm,荧光量子产率由72.8%增加至73.4%;紫外光谱检测表明,氢气可使HRP转化为高价铁的HRP I状态速率降低,同时在间歇性紫外照射后,波长在红移至HRP I状态后存在蓝移现象。以上结果提示,氢气可能改变了HRP中的组氨酸、色氨酸及天冬氨酸的微环境,导致氢键网络重构,从而使反应过程中向血红素中心传递能量的效率增加,His42-Asn70之间氢键增强,酶活增强;同时,氢气可使“H 2 O-H2O2”为桥梁的氢键网络式催化发生变化,降低HRP I的形成速率。本研究不仅进一步证实了酶分子可能是氢分子发挥生物学作用的潜在靶点,同时对氢分子调节HRP酶活性机制的探索,为氢分子作用机制研究提供了更多的线索。 展开更多
关键词 氢气 血红素 辣根过氧化物酶 内源性氨基酸 氢键
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水溶液中氨基酸侧链对G∶C碱基对间氢键影响的理论研究 被引量:2
19
作者 赵健 都京 +3 位作者 刘硕 杨忠志 赵东霞 刘翠 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1686-1693,共8页
利用量子化学方法研究了气相和水溶液下,氨基酸侧链与鸟嘌呤和胞嘧啶间的氢键作用.应用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化复合物几何结构,使用MP2/aug-cc-p VDZ方法进行复合物能量、自然键轨道(NBO)电荷和二阶稳定化能的计算.结果表明,水... 利用量子化学方法研究了气相和水溶液下,氨基酸侧链与鸟嘌呤和胞嘧啶间的氢键作用.应用B3LYP/6-31+G(d,p)方法优化复合物几何结构,使用MP2/aug-cc-p VDZ方法进行复合物能量、自然键轨道(NBO)电荷和二阶稳定化能的计算.结果表明,水溶液可使氨基酸侧链与碱基或碱基对之间氢键键能显著减小;带电复合物气相和水溶液氢键键能之差范围为50.63-146.48 kJ/mol,中性为0.17-24.94 kJ/mol;电荷的转移量与氢键键能成正比,电荷转移量越多,复合物越稳定;二阶稳定化能与氢键键长成反比,与电荷转移量成正比,且气相与水溶液氢键二阶稳定化能之比约为两相的电荷转移量之比.水溶液对该类体系中氢键作用具有明显影响. 展开更多
关键词 氨基酸侧链 鸟嘌呤 胞嘧啶 氢键 自然键轨道电荷
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鸟嘌呤与氨基酸残基体系的极化力场 被引量:1
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作者 许炎 刘翠 +4 位作者 韩成娟 潘明玉 孙照琦 韩冰玉 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期288-297,共10页
发展了应用于鸟嘌呤G和氨基酸残基体系的浮动电荷力场,该力场明确定义了孤对电子和键的电荷和位置,通过电荷随着环境的浮动来体现极化效应;通过氢键拟合函数kHB描绘了氢键键能.应用量子化学方法,对G与氨基酸残基体系从氢键、几何结构及... 发展了应用于鸟嘌呤G和氨基酸残基体系的浮动电荷力场,该力场明确定义了孤对电子和键的电荷和位置,通过电荷随着环境的浮动来体现极化效应;通过氢键拟合函数kHB描绘了氢键键能.应用量子化学方法,对G与氨基酸残基体系从氢键、几何结构及电荷分布3个方面展开计算及分析,并以其为基准,确定参数发展了适用于G与氨基酸残基氢键体系的ABEEMσπPFF.采用3种不同力场模拟目标分子的结构和性质.模拟结果表明,发展的ABEEMσπPFF与量子化学方法具有最好的一致性,可用于模拟生物大分子体系. 展开更多
关键词 极化力场 氢键 碱基 氨基酸残基
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