丝瓜高密度bin标记遗传图谱构建与果长QTL定位

为探究丝瓜高密度遗传图谱构建、挖掘果长变异遗传位点,以果长差异显著的有棱丝瓜自交系盛优长丝瓜和普通丝瓜自交系苹果丝瓜为亲本,构建包含67个植株的BC 1群体,利用全基因组重测序进行bin标记基因分型并构建丝瓜高密度种间遗传图谱。该图谱总共包含9299个bin标记,分布于14个连锁群上,总遗传距离为2956.57 cM(约覆盖普通丝瓜80.47%基因组区域),平均遗传距离为0.32 cM。结合该遗传图谱,运用MapQTL 6软件中MQM模型进行丝瓜果长QTL检测,在连锁群Scaf 1的标记scaf1-bin33(19.76 cM)和scaf1-bin359(92.84 cM)之间定位到1个丝瓜果长性状的QTL位点qFL1.1,其LOD值为4.21,贡献率为28.90%,加性效应为6.04。研究结果为基于丝瓜种间遗传图谱的性状遗传挖掘提供理论依据。

基于高密度遗传图谱定位新的水稻抽穗期QTLs

【目的】挖掘新的控制水稻抽穗期的QTLs,为水稻花期调控的遗传机理研究和分子育种提供新的基因资源。【方法】以籼稻品种特籼占空间诱变突变体CHA-1和籼稻航恢7号空间诱变突变体H335为亲本进行杂交,构建包含275个株系的重组自交系(RIL)作图群体,利用由两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序所构建的高密度遗传图谱,在2个环境下进行水稻抽穗期QTL定位。【结果】经两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序,构建了包含2498个Bin标记的高密度遗传图谱。该图谱覆盖水稻12条染色体,各染色体标记数平均208.17,标记间平均遗传距离为0.95 cM。在2个环境下共定位到4个影响抽穗期的QTLs,分布于第3、第6和第8号染色体,其中qHD-6和qHD-8-1位于前人已报道定位的区域并被克隆,另外2个QTLs(qHD-3和qHD-8-2)尚未见报道,并且qHD-8-2能在2个环境中被重复检测到,贡献率分别为8.30%和10.89%。【结论】通过构建的高密度遗传图谱在2个环境中共检测到4个影响抽穗期的QTLs,其中qHD-3和qHD-8-2是新的抽穗期QTL位点,可用于后续抽穗期调控基因的精细定位及克隆研究,也可用于水稻抽穗期的分子调控机理研究与育种。

利用高密度遗传图谱发掘水稻抽穗期新位点

水稻抽穗期是决定水稻种植地区及其季节适应性的关键因素,发掘控制水稻抽穗期相关的新主效QTL至关重要。利用包含527个bin标记的高密度遗传连锁图谱,通过靶向测序基因型检测技术对水稻"空育131/小白粳子"衍生的RIL群体进行抽穗期基因型分析。通过对双亲和RIL群体的基本统计分析发现,双亲抽穗期呈极显著差异,表型处于RIL群体范围内,RIL群体有明显的超亲分离现象,符合正态分布。利用IciMapping 4.2软件的完备区间作图法,在水稻第1、3和7号染色体上共检测到4个QTL,其中3个QTL区间内分别含有与抽穗期相关的已知基因Os GI、Hd6和Ghd7,而qHD-3-1是控制水稻抽穗期的新位点。