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基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测 被引量:1
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作者 胡梦 李慧敏 +2 位作者 唐轶 王煜 陈鹏辉 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期303-310,共8页
RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双... RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用,对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能,所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法,但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制,提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验,m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比,该方法具有较好的预测性能,并且具有更优的泛化能力,为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。 展开更多
关键词 双向长短时记忆网络 注意力机制 m5c甲基化位点 深度学习
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RNA m^(5)C甲基化修饰在肿瘤中的研究进展 被引量:1
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作者 张安琪 安萌 +3 位作者 姜博 唐文强 潘丽 付波 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2021年第24期1277-1281,共5页
5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m^(5)C)是RNA中重要的甲基化修饰之一,也是近年来的研究热点。随着甲基化测序技术的发展,在编码RNA及非编码RNA中均证实存在大量的m5C甲基化修饰。RNA m^(5)C甲基化修饰受m^(5)C甲基转移酶、去甲基化酶及... 5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m^(5)C)是RNA中重要的甲基化修饰之一,也是近年来的研究热点。随着甲基化测序技术的发展,在编码RNA及非编码RNA中均证实存在大量的m5C甲基化修饰。RNA m^(5)C甲基化修饰受m^(5)C甲基转移酶、去甲基化酶及m5C甲基化结合蛋白的调控。m^(5)C甲基化修饰调节RNA的稳定性、转运、翻译和压力应激等,并参与调节肿瘤的发生发展、侵袭转移、肿瘤耐药等进程。本文对RNA m^(5)C甲基化修饰的调控机制、功能以及在肿瘤中的研究进展进行综述,以期为肿瘤诊治研究提供新思路。 展开更多
关键词 m^(5)c甲基化修饰 编码RNA 非编码RNA 肿瘤
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线粒体tRNA m5C甲基化修饰及与疾病的关联
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作者 谭璐艺 李敏 张文娟 《毒理学杂志》 CAS 2023年第5期438-442,共5页
在真核细胞中,线粒体参与能量生产、细胞凋亡、钙稳态调节和先天免疫应答等关键生命活动^([1])。人类线粒体基因组包含37个基因,编码氧化磷酸化的13个亚基、2个核糖体RNA(rRNA)和22个转运RNA(tRNA)^([2])。RNA甲基化是RNA转录后修饰中... 在真核细胞中,线粒体参与能量生产、细胞凋亡、钙稳态调节和先天免疫应答等关键生命活动^([1])。人类线粒体基因组包含37个基因,编码氧化磷酸化的13个亚基、2个核糖体RNA(rRNA)和22个转运RNA(tRNA)^([2])。RNA甲基化是RNA转录后修饰中主要的表观遗传修饰之一,主要包括5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, m5C)、3-甲基胞嘧啶(3-methylcytosine, m3C). 展开更多
关键词 线粒体 TRNA NSUN m5c甲基化
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基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建多癌种癌症风险预测模型
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作者 胡玉莲 齐健 +4 位作者 王姝洁 洪波 孙晓君 王宏志 聂金福 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第4期597-603,共7页
目的 探究H4聚簇组蛋白6(H4C6)甲基化水平和循环游离DNA(cfDNA)浓度在正常组与肿瘤组之间的差异;基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建癌症风险预测模型并评估模型的预测性能。方法 使用磁珠法提取血液样本中的cfDNA;使用Qubit 4.0荧光定... 目的 探究H4聚簇组蛋白6(H4C6)甲基化水平和循环游离DNA(cfDNA)浓度在正常组与肿瘤组之间的差异;基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建癌症风险预测模型并评估模型的预测性能。方法 使用磁珠法提取血液样本中的cfDNA;使用Qubit 4.0荧光定量仪检测cfDNA浓度;利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测cfDNA的H4C6甲基化水平;使用Logistic回归算法构建H4C6甲基化水平联合cfDNA浓度的癌症风险预测模型;使用受试者工作特征(ROC)曲线和校准曲线评估模型的准确性;使用决策曲线分析(DCA)评估模型的临床效益。结果 联合H4C6甲基化水平与cfDNA浓度构建的模型区分肺癌、肝癌、结直肠癌、胃癌、泛癌与健康组的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.769、0.988、0.934、0.922、0.830;校准曲线的平均绝对误差小于0.05;DCA曲线的净收益大于0。结论 基于H4C6甲基化水平和cfDNA浓度构建的癌症风险预测模型有较好的预测性能,有助于给临床前决策提供合理且有效的建议,最终可能给患者提供有针对性的、个性化的癌症检测与诊断方案。 展开更多
关键词 H4c6甲基水平 cfDNA浓度 癌症风险预测
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粪便miR34b/c基因甲基化检测在结直肠癌早期诊断中的价值 被引量:1
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作者 张丰云 管静芝 +2 位作者 李秋文 肖文华 王慧萍 《感染.炎症.修复》 2013年第1期27-30,共4页
目的:探讨粪便miR34b/c基因甲基化状态的检测在结直肠癌早期诊断中的意义。方法:从98例结直肠癌患者癌组织、癌旁组织、粪便、血中分别提取DNA,采用甲基化特异性PCR结合变性高效液相色谱法检测患者组织、粪便和血中miR34b/c基因甲基化... 目的:探讨粪便miR34b/c基因甲基化状态的检测在结直肠癌早期诊断中的意义。方法:从98例结直肠癌患者癌组织、癌旁组织、粪便、血中分别提取DNA,采用甲基化特异性PCR结合变性高效液相色谱法检测患者组织、粪便和血中miR34b/c基因甲基化状态。结果:结直肠癌癌组织miR34b/c基因的甲基化阳性率为91.8%(90/98例),对应的癌旁正常组织为4.08%(4/98例),两者比较差异有统计学意义(P=0.000 1)。用癌组织、粪便、血标本miR34b/c基因甲基化诊断结直肠癌的敏感度、特异度分别为:组织91.8%(90/98例)和95.9%(94/98例);粪便88.8%(87/98例)和91.7%(66/72例);血83.7%(82/98例)和87.5%(63/72例)。结直肠癌患者粪便miR34b/c基因甲基化检测结果与癌组织检测结果大致相同。结论:miR34b/c甲基化是结直肠癌的重要分子生物学特征,粪便miR34b/c基因甲基化的敏感性和特异性较高,粪便miR34b/c甲基化异常可作为结直肠癌早期诊断的肿瘤标志物。 展开更多
关键词 粪便 miR34b c甲基化 甲基特异性PcR 结直肠癌 诊断
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Netrin-1受体UNC5C广泛甲基化与大肠癌的相关性分析
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作者 孙冬生 贾凤杰 +4 位作者 刘宁 王刚 李海洋 高春艳 王志钢 《现代中西医结合杂志》 CAS 2015年第18期1964-1965,2015,共3页
目的:探讨神经突起生长导向因子( Netrin -1)受体 UNC5C 广泛甲基化与大肠癌发生、发展的相关性。方法使用结合重亚硫酸盐限制性内切酶法( COBRA)检测54例散发性大肠癌组织及其相关正常黏膜组织以及52例大肠腺瘤组织中 UNC5C 启动... 目的:探讨神经突起生长导向因子( Netrin -1)受体 UNC5C 广泛甲基化与大肠癌发生、发展的相关性。方法使用结合重亚硫酸盐限制性内切酶法( COBRA)检测54例散发性大肠癌组织及其相关正常黏膜组织以及52例大肠腺瘤组织中 UNC5C 启动子的2个区域(区域1和区域2)中 UNC5C甲基化情况,分析 UNC5C 甲基化与大肠癌发病的相关性。结果广泛 UNC5C甲基化(区域1和区域2均甲基化)及部分甲基化(区域1或区域2甲基化)在大肠癌组织、腺瘤组织及正常黏膜组织中分别占59%(32/54)和87%(47/54),8%(4/52)和38%(20/52),0%(0/54)和9%(5/54)。无论广泛还是部分 UNC5C 的甲基化率大肠癌组织均明显高于腺瘤组织及正常组织(P均﹤0.05)。UNC5C 基因在Ⅰ~Ⅱ期以及Ⅲ~Ⅳ期的甲基化水平均显著高于未甲基化水平,Ⅰ~Ⅱ期甲基化水平与Ⅲ~Ⅳ期甲基化水平相比差异无统计学意义(P均﹥0.05)。UNC5C甲基化与大肠癌发病呈显著正相关(r=0.856,P ﹤0.05),但广泛甲基化与肿瘤的分期并无明显相关性。结论 Netrin-1受体 UNC5C甲基化及其范围与大肠癌发生具有紧密联系,值得临床重视。 展开更多
关键词 Netrin-1受体 UNc5c甲基化 广泛甲基 部分甲基 大肠癌
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无金属条件下芳基酮与二甲亚砜的α-C(sp^(3))-H亚甲基化反应合成γ-酮亚砜
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作者 肖朵朵 张建涛 +1 位作者 周鹏 刘卫兵 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第11期3900-3906,共7页
芳基酮通过C(sp^(3))-H键官能化与二甲亚砜发生直接的α-C(sp^(3))-H亚甲基化反应生成γ-酮亚砜,该方法适用于各种芳基酮.此外,二甲基亚砜(DMSO)在反应中不仅用作溶剂,而且用作含硫单元.这种转化的实际价值在于γ-酮亚砜的高效和稳健的... 芳基酮通过C(sp^(3))-H键官能化与二甲亚砜发生直接的α-C(sp^(3))-H亚甲基化反应生成γ-酮亚砜,该方法适用于各种芳基酮.此外,二甲基亚砜(DMSO)在反应中不仅用作溶剂,而且用作含硫单元.这种转化的实际价值在于γ-酮亚砜的高效和稳健的一锅合成法,并在初步实验的基础上,提出了一种可能的反应机理. 展开更多
关键词 芳基酮 c(sp^(3))-H亚甲基 无金属 γ-酮亚砜 区域选择性
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Effects of Diazepam,Phenobarbital,Propranolol,and Cimetidine on Diazepam Oxidizing Isoenzymes in Rat Liver Microsomes
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作者 匡唐永 楼雅卿 赵立安 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS 1997年第2期36-42,共7页
Isolation and identification of the liver microsomal cytochrome P 450 isoen zymes responsible for the formation of diazepam main metabolites nordiazepam and temazepam in rats were studied. The effects of P 450 ind... Isolation and identification of the liver microsomal cytochrome P 450 isoen zymes responsible for the formation of diazepam main metabolites nordiazepam and temazepam in rats were studied. The effects of P 450 inducers and inhibitors on the protein contents in SDS poly acrylamide gel electrophoresis and thin layer chromatography to the corresponding diazepam me tabolizing activities of rat liver microsomes were observed. The P 450 contents were dramatically re duced by ip diazepam, cimetidine or propranolol. Diazepam and propranolol inhibited temazepam formation, high dose of propranolol also inhibited nordiazepam formation. Phenobarbital increased the P 450 contents and induced the production of both nordiazepam and temazepam. It also induced proteins with molecular weight (m) of 51 and 59 kDa in SDS PAGE and those with m ranging from 45 to 55 kDa and from 55 to 65 kDa in TLC. Propranolol inhibited both fractions, especially that of m 55~65 kDa, whereas diazepam tended to inhibit the fraction of 45~55 kDa. The protein of m 51 kDa could be mainly involved in diazepam C3 hydroxylation, whereas those of m 59 kDa could be responsible for the N demethylation of diazepam in rats. 展开更多
关键词 DIAZEPAM Nordiazepam TEMAZEPAM Demethylase Hydroxylase cyto chrome P 450 Liver microsomes
全文增补中
NSun2在胃癌中的作用及机制初探
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作者 李春雅 黄凌云 +2 位作者 李思琦 种悦阳 商瑜 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期598-606,共9页
为了探究RNA甲基转移酶NSun2在胃癌发生发展中的生物学功能和作用机制,尝试利用构建的过表达和敲低NSun2的胃癌细胞系,运用蛋白质双向电泳联合质谱的方法,寻找其潜在的下游底物.实验结果显示,在体外NSun2可以促进胃癌细胞的增殖,蛋白质... 为了探究RNA甲基转移酶NSun2在胃癌发生发展中的生物学功能和作用机制,尝试利用构建的过表达和敲低NSun2的胃癌细胞系,运用蛋白质双向电泳联合质谱的方法,寻找其潜在的下游底物.实验结果显示,在体外NSun2可以促进胃癌细胞的增殖,蛋白质组学方法筛选并鉴定出34个差异蛋白,其中蛋白谷胱甘肽S转移酶P(GSTP1-1)和蛋白激酶C抑制蛋白1(KCIP-1)可能是NSun2在胃癌中的潜在作用靶点.这对于认识胃癌发生发展的分子机制具有重要意义. 展开更多
关键词 胃癌 NSun2 m5c甲基化 蛋白质组学
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焦脱镁叶绿酸-a的C(12)-位非甲基化及其叶绿素类二氢卟吩衍生物的合成 被引量:6
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作者 纪建业 殷军港 +3 位作者 张千 刘超 祁彩霞 王进军 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第10期2047-2056,共10页
以叶绿素降解产物脱镁叶绿酸-a甲酯为起始原料,利用空气氧化反应在12-位上引进甲酰基,再通过氧化、还原、Grignard、Knoevenagel、Cannizzaro和1,3-偶极环加成等经典反应进行官能团转换,并对五元外接E-环实施结构改造,在C(12)-位上分别... 以叶绿素降解产物脱镁叶绿酸-a甲酯为起始原料,利用空气氧化反应在12-位上引进甲酰基,再通过氧化、还原、Grignard、Knoevenagel、Cannizzaro和1,3-偶极环加成等经典反应进行官能团转换,并对五元外接E-环实施结构改造,在C(12)-位上分别建立了能与大环色基形成不同共轭程度的酰基、酯基和取代烃基,完成了一系列未见报道的叶绿素类二氢卟吩衍生物的合成,其化学结构均经UV,IR,1H NMR及元素分析予以证实,同时也讨论了C(12)-位非甲基化对叶绿素类四吡咯大环分子所形成的各种影响. 展开更多
关键词 叶绿素-A 二氢卟吩 学修饰 c(12)-非甲基 合成
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计算机模拟咪唑型离子液体电解质:C2位甲基化的作用
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作者 高鹏 李姝 +1 位作者 李艾琳 言天英 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第32期3341-3349,共9页
使用极化分子力场对两种锂盐浓度均为0.32 mol/kg的咪唑型离子液体电解质体系,LiFSI-[EMIM][FSI]和LiFSI-[EMMI][FSI],进行了分子动力学模拟.通过分析Li+离子和emim+/emmi+阳离子的溶剂化层结构,研究发现Li+与阴离子FSI较强的静电作用... 使用极化分子力场对两种锂盐浓度均为0.32 mol/kg的咪唑型离子液体电解质体系,LiFSI-[EMIM][FSI]和LiFSI-[EMMI][FSI],进行了分子动力学模拟.通过分析Li+离子和emim+/emmi+阳离子的溶剂化层结构,研究发现Li+与阴离子FSI较强的静电作用受咪唑阳离子结构变化的扰动微小,C2位甲基化明显改变的是离子液体中离子间的作用结构.结合自相关函数的计算,我们推测C2-H的消失增大了阴离子FSI同时与更多emmi+阳离子作用的倾向,增强了LiFSI-[EMMI][FSI]体系的整体网络结构.这是C2位甲基化造成体系离子电导率降低的主要原因.最后,从Li+的两种传输方式出发,着重分析了微观结构与Li+传输性能间的相互关联. 展开更多
关键词 锂电池 电解质 分子动力学模拟 离子液体 c2位甲基
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Efficient aerobic oxidation of 5-hydroxymethylfurfural to 2,5-furandicarboxylic acid on Ru/C catalysts 被引量:8
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作者 Lufan Zheng Junqi Zhao +2 位作者 Zexue Du Baoning Zong Haichao Liu 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS CSCD 2017年第7期950-957,共8页
2,5-Furandicarboxylic(FDCA) is a potential substitute for petroleum-derived terephthalic acid, and aerobic oxidation of5-hydroxymethylfurfural(HMF) provides an efficient route to synthesis of FDCA. On an activated car... 2,5-Furandicarboxylic(FDCA) is a potential substitute for petroleum-derived terephthalic acid, and aerobic oxidation of5-hydroxymethylfurfural(HMF) provides an efficient route to synthesis of FDCA. On an activated carbon supported ruthenium(Ru/C) catalyst(with 5 wt% Ru loading), HMF was readily oxidized to FDCA in a high yield of 97.3% at 383 K and 1.0 MPa O_2 in the presence of Mg(OH)_2 as base additive. Ru/C was superior to Pt/C and Pd/C and also other supported Ru catalysts with similar sizes of metal nanoparticles(1–2 nm). The Ru/C catalysts were stable and recyclable, and their efficiency in the formation of FDCA increased with Ru loadings examined in the range of 0.5 wt%–5.0 wt%. Based on the kinetic studies including the effects of reaction time, reaction temperature, O_2 pressure, on the oxidation of HMF to FDCA on Ru/C, it was confirmed that the oxidation of HMF to FDCA proceeds involving the primary oxidation of HMF to 2,5-diformylfuran(DFF) intermediate, and its sequential oxidation to 5-formyl-2-furancarboxylic acid(FFCA) and ultimately to FDCA, in which the oxidation of FFCA to FDCA is the rate-determining step and dictates the overall formation rate of FDCA. This study provides directions towards efficient synthesis of FDCA from HMF, for example, by designing novel catalysts more efficient for the involved oxidation step of FFCA to FDCA. 展开更多
关键词 aerobic oxidation 5-hydromethylfurfural 2 5-furandicarboxylic supported Ru catalyst base additives reaction mechanism
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