橡胶树冷应答转录组cDNA-AFLP分析

以橡胶树11个抗寒无性系和12个不抗寒无性系为研究对象,利用cDNA-AFLP技术对23个橡胶树无性系低温处理前后的基因表达谱进行差异分析。结果表明:通过100对引物组合的扩增筛选,共获得12条在2组材料中表现一致的差异片段(GenBank登录号:GO269543-GO269554);BLASTn和BLASTx比对分析显示,TDF7-8,TDF5-15,TDF16-103条片段分别与植物抗逆相关的ABC转运蛋白、3-脱氧-D-阿拉伯庚酮糖-7-磷酸合成酶(DAHPS)、WRKY基因有较高相似性,其余9条片段在GenBank未比对到同源序列。

利用cDNA-AFLP技术分析玉米自交系黄早四甘蔗花叶病毒侵染后基因差异表达

本文以国内广泛应用的抗甘蔗花叶病毒玉米自交系黄早四为材料,利用cDNA-AFLP差异显示方法,分析其接种病毒后的基因表达差异模式。用56对引物扩增出203个基因差异显示片段,其中187个是诱导性表达,16个是抑制性表达。经反向Northern确认随机挑选的24个基因差异片段中有11个是病毒侵染后诱导表达的,其中有10个片段在GenBank数据库中可以找到显著同源序列,这些基因差异显示片段分别与玉米磷酸丙糖转移蛋白(TPT)、转录调节因子、G蛋白、锌指结构域、果糖1,6-二磷酸酶、芳烃受体等基因有较高同源性。

利用cDNA-AFLP技术研究茶树花蕾发育基因差异表达片段

利用cDNA-AFLP技术,对茶树花蕾发育期的基因表达进行了分析。结果表明,茶树花蕾在发育早期和晚期基因的表达中有明显差异,共显示1110条带,早期发育花蕾和晚期发育花蕾显示的特异条带分别为35条和87条;选取特异表达的晚期发育花蕾重复性较好的15个TDFs(Transcript Derived Fragment)在GenBank进行序列分析,结果显示,9个分别与氧化还原酶、染色体13、14-3-3蛋白、Amyrel基因、钙网蛋白、ATP硫化酶、接触反应/铁离子结合蛋白及花粉特异蛋白的序列有相似性;2个与假拟蛋白相似,4个在GenBank数据库中未找到相似序列。

利用cDNA-AFLP技术分析小麦应答低磷胁迫的特异表达基因

以磷高效小麦品种石新828为材料,采用cDNA-AFLP技术,鉴定了短期(1～6h)、中期(12～48h)和长期(72～144h)低磷胁迫根系特异上、下调表达基因的表达序列标签(EST)。共有非重复的上调ESTs142个,下调ESTs94个。胁迫下的前者分别含短、中和长期23、53和66个;后者分别含短、中和长期17、39和38个。对其功能比对发现,上调ESTs在功能上归属于信号转导、转录调控、代谢、逆境响应、发育、物质运输、脂类代谢和功能未知等类别,下调EST除上述类别外,还含有蛋白质合成和降解等类别。部分转录因子基因(如水稻OsPTF1和拟南芥ZAT10高度同源的转录因子基因)、促分裂原激酶基因MAPK1a、钙依赖蛋白激酶基因CPK1A和蛋白激酶基因(如serine/threonine kinase)、高亲和磷转运蛋白基因(PHT3和PT2)、过氧化物酶基因(如peroxidase73)和谷胱甘肽-S-转移酶基因(glutathione S-transferase),受到低磷胁迫的特异增强诱导,在改善小麦植株对低磷胁迫的适应能力中可能具有重要作用。研究表明,小麦对低磷胁迫的响应,在分子水平上存在着植株感受低磷胁迫信号和信号转导、进一步在生理生化方面对胁迫信号产生应答等复杂的过程。

利用cDNA-AFLP技术分析白菜核雄性不育两用系的表达差异

利用cDNA AFLP技术 ,对白菜核雄性不育两用系可育株群和不育株群分析显示 :花蕾之间基因表达存在差异 ;莲座期叶片之间、开花期叶片之间和花茎之间基因表达无差异 ;叶片、花茎和花蕾之间基因表达存在差异。对开花期的小蕾、中蕾和大蕾分析显示 :10对引物中 ,1对在可育株中蕾和大蕾中扩增出 1条特异带 ,另 1对扩增出 1条在可育株中蕾中表达丰度高于不育株中蕾的条带 ,其余 8对未发现差异条带。对上述表达丰度有差异的基因进行Northern验证 ,结果与之一致 ,表明cDNA AFLP技术可以用于植物雄性不育基因表达差异的研究。

白菜抽薹性状相关基因的cDNA-AFLP分析

先期抽薹严重制约着我国春大白菜及高原或高海拔地区的春夏白菜栽培,给生产造成重大损失,因而研究白菜作物低温春化途径抽薹和开花的相关基因对白菜育种具有重要意义。文章选取极早抽薹株系DH-54和极晚抽薹株系DH-43为材料,利用256对引物组合进行cDNA-AFLP分析,筛选到与抽薹开花相关的差异表达的转录衍生片段(Transcript-derived fragment,TDF)191条,对其中82个TDF进行克隆测序。结果表明:52个TDF与NCBI或TIGR已有序列同源,功能涉及代谢、胁迫及逆境应答、信号转导、转录调控等等;22个TDF在NCBI或TIGR找到同源序列,但功能未知;有8个TDF在NCBI或TIGR找不到同源序列,可能是一些新基因。

珠眉海棠cDNA-AFLP分析体系的建立

以珠眉海棠(Malus zumiMats)为研究材料,对cDNA-AFLP反应体系的关键因素(酶切时间、预扩增体系、选择性扩增体系)进行探索,建立了重复性好的cDNA-AFLP分析体系。结果表明,EcoRI和MseI的组合4h可将ds-cDNA酶切完全,与相应接头连接过夜后产物直接用于预扩增,1μl稀释20倍的预扩增产物作为模板用于选择性扩增,可以获得带型丰富且重复性好的结果。珠眉海棠cDNA-AFLP反应体系的建立为进一步的分子生物学研究建立了平台。

利用cDNA-AFLP技术获得小麦耐盐性相关基因TaVHA-C

【目的】利用cDNA-AFLP技术对耐盐性受主效基因控制的小麦品系98-160盐胁迫前后基因表达的变化进行分析。【方法】对112个克隆的cDNA差异表达片段进行了Blast-x分析。【结果】约有65.2%的片段与已知基因有较高的同源性,从中筛选出18个与小麦耐盐性密切相关的片段,主要包括转录因子、与离子转运有关的蛋白、信号传导相关蛋白、胁迫相关蛋白以及与蛋白-蛋白相互作用有关的蛋白。以94号片段为基础,通过电子延伸和RT-PCR,克隆了小麦液泡膜ATPaseC亚基(TaVHA-C)的全长cDNA,Northern结果表明,在胁迫的早期(0～2h)TaVHA-C基因的表达基本不变,随着胁迫时间的延长(6～12h),TaVHA-C基因的表达逐渐减弱,以后(24～72h)又逐渐增强。低温对TaVHA-C基因的表达有明显的抑制作用。【结论】利用cDNA-AFLP技术分离差异表达片段进行相关基因的研究是可行的。

利用cDNA-AFLP技术分析小麦成株抗条锈性差异基因表达特征

采用cDNA-AFLP技术,对成株抗条锈小麦品种兴资9104在成株期受条锈菌生理小种CY32侵染后5d内9个时间点的基因表达谱进行了分析。共筛选64对引物,产生32320个转录本(TDF);用37对引物检测到2201个(6.81%)差异TDF,其中926个TDF诱导表达,1275个下调表达。经大规模克隆、测序分析,最终获得330个差异TDF,聚类分析得到259个EST(unigenes),命名为aTaPST1至aTaPST259(GenBank登录号为FL645754～FL646011和FL646262)。经Blastx比对和功能分类分析,其中96条EST(37.07%)未找到同源性匹配,68条(26.25%)与未知功能蛋白同源性较高;其余95条ESTs主要涉及能量(11.20%)、基础代谢(4.63%)、转录调控(3.86%)、抗病与防御(3.86%)、蛋白质运输和储存(3.09%)、蛋白质合成和细胞生长(各2.32%)以及信号转导(1.54%)等。选取抗病与防御、转录调控及信号转导类等相关的6个差异基因,qRT-PCR分析结果显示其表达模式符合cDNA-AFLP表达谱。小麦成株抗条锈性分子机制涉及植物多方面生理生化反应,包括抗病与防御、转录调控、蛋白质代谢、信号转导、以及非生物胁迫等多种途径相关基因的协同控制。

白桦雄花突变体早期发育差异表达基因的cDNA-AFLP分析

白桦是雌雄同株的单性花树种,已发现的天然的雄花序突变体,其结构和生殖发育均不同于正常雄花序,显示出明显的雄性不育特征。为揭示该雄花突变体的发育机制,采用cDNA-AFLP分子标记技术,分析白桦雄花突变体发育早期的差异基因表达谱,共获得81个ESTs,51个ESTs与GenBank中的基因相似性较低,视为新基因,30个ESTs与已知蛋白具有较高同源性。GO和KEGG对其功能的注释表明,这些蛋白参与催化活性、结合活性、生物调节信号转导、生物合成以及基因编码转录因子和花发育等过程。选择5个与白桦花发育有关的ESTs,分别为MAP激酶、泛素结合酶、纤维素合成酶、热激蛋白和细胞色素P450,应用Real-time RT-PCR检测它们在白桦雄花突变植株的不同组织和雄花发育过程的转录表达,结果表明,这些基因在白桦突变植株中表达水平发生不同程度的上调或下调表达,推测它们参与白桦营养生长和生殖发育,并与雄花的迟缓发育、花药和花粉发育异常等雄性不育特征有关。

利用cDNA—AFLP技术研究玉米基因的差异表达

利用 c DNA- AFL P技术 ,对玉米强优势组合和弱优势组合及其双亲自交系在苗期和雄穗生长锥伸长期的基因表达进行了分析。结果表明 ,玉米强优势组合和弱优势组合的基因表达有明显差异 ,基因表达有多种类型 ,表现出质和量的差异 ,不仅有增强 ,也有双亲沉默 ,弱优势组合双亲沉默的数量在苗期和雄穗生长锥伸长期均高于强优势组合 。

利用cDNA-AFLP技术筛选菊花开花相关基因

【目的】分析不同光周期诱导下菊花茎尖差异表达的基因,筛选菊花开花相关基因。【方法】将菊花品种‘神马’分别进行长日照(16h/8h,昼/夜)和短日照(8h/16h,昼/夜)处理后,利用cDNA-AFLP技术筛选菊花茎尖差异表达的转录衍生片段(Transcript-derived fragment,TDFs),并对其进行验证、克隆、测序和生物信息学分析。【结果】64对引物组合检测到2 917个cDNA片段,获得差异表达的TDF共835个,其中584个为上调表达,251个为下调表达。对克隆测序成功的50个差异表达TDF进行分析,结果表明,36个TDF可以在NCBI数据库中找到同源序列。其中31个TDF为已知功能的基因(dbEST登录号:JG700127-JG700157),5个TDF未找到同源序列。按照其功能分类,将31个差异表达基因分为7类:信号转导、分化发育、转录调控、蛋白质代谢、能量与代谢、抗病与防御等相关基因、未知或假定蛋白基因及未知基因。对选取的6个与开花相关的TDF进行半定量RT-PCR验证,结果表明,6个基因片段在短日照条件下均特异表达或表达上调,而在长日照下均未见表达或表达下调,这与cDNA-AFLP表达谱结果一致。【结论】利用cDNA-AFLP技术筛选了菊花花芽分化期多个与菊花开花相关的基因片段,这些基因片段可进一步用于功能鉴定和转基因利用。

YS型小麦温敏不育系育性转换基因的cDNA-AFLP分析

对YS型小麦温敏雄性不育系A3017不育与可育条件下不同发育时期的幼穗提取mRNA,进行cDNA- AFLP表达差异分析,64对引物组合获得差异片段1160个。统计分析表明,单核期表达的差异片段数最多,认为这一时期是育性转换的关键时期。对其中12个在不育或可育条件下表达的差异片段进行同收、克隆、测序,经 BLAST序列比对分析表明,可育条件下的4个EST与物质转运和能量代谢过程的铁转运蛋白1和ATP合酶α亚基,基因表达调控的反转录转座子跳跃多聚蛋白和转座子相似序列同源。不育条件下有5个EST与细胞内信号传导的ZCCT转录因子和光敏色素蛋白,基因表达调控的转座酶、染色体浓缩因子和亮氨酸富集蛋白的编码基因同源。结果表明YS型小麦温敏雄性不育系A3017的育性转换与细胞内基因表达调控、物质和能量代谢及信号传导过程有关。

利用cDNA-AFLP检测甘蓝雄性不育相关基因的时序性表达

通过cDNA-AFLP技术分别对4种具有不同败育时期特征的甘蓝雄性不育材料和遗传背景一致的可育材料进行分析,揭示了4种不育类型育性相关基因的时序性表达特征,并对4种育性相关基因分别选取1个转录表达片段(TDFs)克隆测序。结果表明,获得的113条不同表达方式TDFs可分为12种模式:其中按照不同雄性不育败育顺序表达中断的有A、B、C、D4种模式,分别代表造孢细胞期、花粉母细胞期、四分体前期和四分体后期发育中断的育性相关基因。这4种表达模式包括76条TDFs,占总TDFs的67·25%。结合发育中断模型和序列分析结果,推测糖基水解酶家族基因、具有VQ结构域的基因、富含甘氨酸蛋白和促进游离小孢子解离的果胶裂解酶基因可能分别参与上述花药发育4个时期雄性育性的建成。

黄瓜cDNA-AFLP分析体系的建立

以黄瓜为研究材料,研究了影响cDNA-AFLP反应体系的几个关键因素,建立了适宜黄瓜的cDNA-AFLP分析体系,并得到了较为清晰可辨的cDNA-AFLP指纹图谱。结果表明,适用于黄瓜dscDNA的酶切组合为TaqI和VspI,dscDNA酶切用量为300 ng,用作预扩增模板的连接产物稀释倍数为1倍,作为选择性扩增模板的预扩增反应产物的适宜稀释倍数为30倍。

利用cDNA-AFLP技术分析旱作促进水稻种子根伸长过程中的基因表达(英文)

短期旱作促进水稻种子根的伸长。利用cDNA AFLP技术分析种子根根尖在旱作条件下差异表达的基因 ,同时比较这些基因在种子根尖、侧根和不定根原基区的表达差异。在 1 6 4 0个片段中 ,70个在种子根根尖中受旱作诱导 ,其中 2 4个被克隆并测序。 2个基因分别编码丙酮酸脱氢酶激酶(PDK)和腺嘌呤转磷酸核糖基酶 (APRT) ,并用电子拼接技术获得水稻的APRT全长cDNA ;另一个经cDNA末端快速扩增法延长后仍无同源序列。Northern杂交验证了这 3个基因的cDNA AFLP表达谱。这是首次报告使用cDNA AFLP技术研究水稻根组织的差异表达基因。

糜子抗旱及复水相关基因的cDNA-AFLP差异显示

以糜子抗旱种质为实验材料,采用cDNA-AFLP技术分析四叶期糜子幼苗叶片在干旱、复水与对照等条件下的基因表达差异。选取了36个引物组合(6个荧光标记TaqⅠ引物×6个非荧光标记MseⅠ引物)进行选择性扩增,结果表明,这些引物组合都有很好的扩增效果,在三种处理之间均能扩增出表达模式不同的差异片段。随机选取了8个干旱特有和4个复水特有的差异片段进行了克隆测序。利用NCBI的Blastn进行序列的dbEST比对结果表明,12个EST序列中有2个分别与小麦、玉米的EST序列有较高的相似性,其余10个与已知EST序列的同源性都很低,可能为新的糜子抗旱相关基因。用Blastx与Genebank的非冗余蛋白数据库进行比较结果表明,其中的一个序列(DR007245)与N-乙酰葡萄糖胺-N-乙酰胞壁酸五肽(UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(Pentapeptide))的同源性较高,两个序列(DR007249,DR007250)与水稻的反转录转座子蛋白具有较高的同源性,反转录转座蛋白在植物抗旱、耐盐等抗逆境方面有重要作用。另外还有两个序列(DR007251,DR007252)与两种假定蛋白同源性较高。

适于cDNA-AFLP的黄瓜幼叶总RNA快速高效提取方法

为了快速高效地提取黄瓜幼叶总RNA，满足于cDNA-AFLP实验的要求。对Trizol试剂提取总RNA的方法进行了改进，所提RNA经琼脂糖电泳检测，其28S、18S、5S3条带清晰，完整性好，每0．1g幼叶可获得RNA100～150μg，产率高；经反转录、双链cDNA合成和cDNA-AFLP检测，证实提取的RNA能满足反转录和cDNA-AFLP对RNA质量和数量的要求。

应用cDNA-AFLP技术分离草菇冷诱导表达基因

采用cDNA-AFLP技术筛选获得了5个草菇冷诱导表达基因片段VC1、VC2、VC3、VC4和 VC5。测序结果表明,5个DNA片段大小分别为247bp、219bp、172bp、350bp和171bp。同源性BLAST 搜索结果显示,VC1、VC2、VC3、VC4和VC5片段目前都没有同源的核酸序列;VC1片段翻译的蛋白质序 列与粗糙脉孢菌(Neurosporacrassa)的假拟蛋白具有一定的同源性,VC2片段翻译的蛋白质序列与水稻的 AMP脱氨酶具有一定的同源性,VC3片段翻译的蛋白质序列与Daniorerio的糖原合酶激酶3α具有较高的 同源性,VC4片段翻译的蛋白质序列与Leuconostocmesenteroides的假拟蛋白有一定的同源性,VC5片段翻译 的蛋白质序列没有搜索到同源序列。

小麦叶片cDNA-AFLP扩增反应体系的优化

【目的】建立并优化小麦叶片cDNA-AFLP扩增反应体系,进行cDNA-AFLP分析,挖掘新春6号相关抗旱基因。【方法】在盆栽小麦苗期水分胁迫下叶片cDNA-AFLP的试验中,分别对20μL预扩增和选择性扩增反应体系中的4种反应条件影响因子进行不同梯度优化的研究,包括引物、dNTP、Mg2+及TaqDNA聚合酶的用量。【结果】PCR预扩增20μL反应体系中,引物(40 mM)1.0μLd、NTP(2.5 mM)1.8μL、Mg2+(25 mM)2.2μL、TaqDNA聚合酶(5U)0.5μL时预扩增效果较好;PCR选择性扩增20μL反应体系中,引物(40 mM)0.6μL、dNTP(2.5 mM)2.0μL、Mg2+(25 mM)1.6μL、TaqDNA聚合酶(5U)0.4μL时,可得到更多清晰可辨的TDFs(transcriptderived fragments)。【结论】试验通过对引物、dNTP、Mg2+、TapDNA聚合酶用量等因子进行筛选,获得较为理想的预扩增和选择性扩增体系,得到了更多有效的条带,为利用cDNA-AFLP研究小麦抗旱相关基因的分离及其克隆奠定了良好的基础。