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AnalysisofdifferencesofgeneexpressionsinkeloidandnormalskinwiththeaidofcDNAmicroarray
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作者 Department of Basic Research,Burn Institute,304th Hospital,Beijing 100037,People’s Republic of China Chen Wei,Fu Xiaobing,Sun Xiaoqing,Sun Tongzhu,Zhao Zhili,Yang Yinhui,Sheng Zhiyong 《感染.炎症.修复》 2003年第1期4-12,共9页
Background:Microarray analysis is a popular tool to investigate the function of genes that are responsi-ble for the phenotype of the disease.Keloid is a intricate lesion which is probably modulated by interplay of man... Background:Microarray analysis is a popular tool to investigate the function of genes that are responsi-ble for the phenotype of the disease.Keloid is a intricate lesion which is probably modulated by interplay of manygenes.We ventured to study the differences of gene expressions between keloids and normal skins with the aid ofcDNA microarray in order to explore the molecular mechanism underlying keloid formation.Methods:The PCRproducts of 8400 human genes were spotted on a chip in array.The DNAs were t... 展开更多
关键词 cdna microarray keloid skin tissue gene expression
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cDNA芯片技术筛选斑马鱼皮肤免疫相关差异表达基因 被引量:3
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作者 吕爱军 胡秀彩 +2 位作者 薛军 王艺 李槿年 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1226-1233,共8页
研究旨在筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,试图解释鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制。采用斑马鱼(Danio rerio)基因cDNA芯片(affymetrix),以葡萄球菌(Staphylococcus sp.)感染诱导的成体斑马鱼为实验动物模型,从斑马鱼皮肤组织中提取... 研究旨在筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,试图解释鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制。采用斑马鱼(Danio rerio)基因cDNA芯片(affymetrix),以葡萄球菌(Staphylococcus sp.)感染诱导的成体斑马鱼为实验动物模型,从斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的基因芯片杂交,对斑马鱼皮肤组织中基因表达谱进行初步分析。在斑马鱼皮肤组织中共检测出175个差异表达基因,其中有150个上调表达基因(ratio>2.0)和25个下调表达基因(ratio>0.5);在皮肤组织150个上调基因中,91个为已知功能基因,59个为未知功能基因。根据基因文库同源功能基因(GO)分析,将175个差异表达基因分为13个主要的生物功能与代谢通路,其中参与免疫应答相关基因包括鱼主要组织相容性复合体(MHC)I类基因区的基因(UEA,UFA)、补体(C1q,C7-1)、凝集素(HBL3,LGALS1L3)、应急反应生长基因(EGR-1)、肿瘤坏死因子超家族基因(TNFSF10L4)、凝血因子(F5)、转铁蛋白基因(TF-a)和一些蛋白酶等。结果证实,MHC I类分子、补体、凝集素和蛋白酶等参与鱼类皮肤的抗葡萄球菌感染免疫应答,为将来以斑马鱼感染模型研究皮肤局部与细菌的互作机制提供了科学参考;同时表明采用基因芯片方法初探斑马鱼皮肤免疫系统是基本可行的。 展开更多
关键词 斑马鱼 皮肤 基因表达 基因芯片
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Development of gene microarray in screening differently expressed genes in keloid and normal-control skin 被引量:18
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作者 陈伟 付小兵 +4 位作者 葛世丽 孙晓庆 周岗 赵志力 盛志勇 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2004年第6期877-881,共5页
Background Keloid is an intricate lesion that is probably regulated by many genes. In this study,the authors used the technique of complementary DNA (cDNA) microarray to analyse abnormal gene expression in keloids and... Background Keloid is an intricate lesion that is probably regulated by many genes. In this study,the authors used the technique of complementary DNA (cDNA) microarray to analyse abnormal gene expression in keloids and normal control skins. Methods The polymerase chain reaction (PCR) products of 8400 genes were spotted in an array on chemical-material-coated-glass plates. The DNAs were fixed on the glass plates. The total RNAs were isolated from freshly excised human keloid and normal control skins,and the mRNAs were then purified. The mRNA from both keloid and normal control skins were reversely transcribed to cDNAs,with the incorporation of fluorescent dUTP,for preparing the hybridisation probes. The mixed probes were then hybridised to the cDNA microarray. After thorough washing,the cDNA microarray was scanned for differing fluorescent signals from two types of tissues. Gene expression of tissue growth factor-β_1 (TGF-β_1) and of c-myc was detected with both RT-PCR and Northern blot hybridisation to confirm the effectiveness of cDNA microarray. Results Among the 8400 human genes,402 were detected with different expression levels between keloid and normal control skins. Two hundred and fifty genes,including TGF-β_1 and c-myc,were up-regulated and 152 genes were down-regulated. Higher expressions of TGF-β_1 and c-myc in keloid were also revealed using RT-PCR and Northern blot methods. Conclusion cDNA microarray analysis provides a powerful tool for investigating differential gene expression in keloid and normal control skins. Keloid is a complicated lesion with many genes involved. 展开更多
关键词 cdna microarray·keloid·skin·gene
原文传递
瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究 被引量:14
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作者 胡振富 高建华 +2 位作者 李薇 宋艳斌 李朝龙 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期308-312,共5页
目的应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因,探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与... 目的应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因,探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个,其中上调163个、下调114个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控;差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。 展开更多
关键词 瘢痕 皮肤 基因表达 基因芯片
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弗氏柠檬酸杆菌感染诱导斑马鱼皮肤免疫相关基因的差异表达 被引量:16
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作者 吕爱军 胡秀彩 +3 位作者 朱静榕 薛军 王艺 程超 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期359-366,共8页
从草鱼肠道中分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特征和16S rDNA序列分析等鉴定为弗氏柠檬酸杆菌,动物试验结果表明,该菌对斑马鱼有致病性;从感染诱导的斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的斑马... 从草鱼肠道中分离到1株细菌,通过形态学观察、生理生化特征和16S rDNA序列分析等鉴定为弗氏柠檬酸杆菌,动物试验结果表明,该菌对斑马鱼有致病性;从感染诱导的斑马鱼皮肤组织中提取总RNA,经Biotin荧光标记与拥有15 617个cDNA片段的斑马鱼基因芯片(affymetrix)杂交筛选分析,获得斑马鱼皮肤免疫相关差异表达基因88个,其中有74个上调表达基因和14个下调表达基因;进一步根据基因功能聚类(GO)分析,初步将88个差异表达基因分为8个生物学功能,其中主要参与补体激活、急性期反应、应激防御反应、细胞凋亡、抗原加工提呈、细胞迁移粘附、凝血因子和血小板激活等免疫应答过程;同时进行信号通路(pathway)分析,结果表明MAPK(hsp70、daxx、nfkbiab)、JAK/STAT(ifn1)和TGF-β(thbs1)等信号通路参与斑马鱼皮肤抗弗氏柠檬酸杆菌感染免疫应答。采用基因芯片方法筛选与鱼类皮肤免疫相关的功能基因,为将来以斑马鱼为模型研究鱼类皮肤局部免疫应答的分子机制提供科学依据。 展开更多
关键词 弗氏柠檬酸杆菌 斑马鱼 皮肤 免疫相关基因 表达 基因芯片
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瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因表达的变化 被引量:4
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作者 陈伟 付小兵 +3 位作者 葛世丽 周岗 孙同柱 盛志勇 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第8期655-657,共3页
目的 应用基因表达谱芯片筛选瘢痕疙瘩发生相关基因 ,并对部分基因的功能进行初步分析。方法 按微阵列排列 ,将84 0 0种人类基因PCR产物制成微阵矩表达谱芯片 ;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA ,并纯化mRNA。将等量的两种组织的mRNA分... 目的 应用基因表达谱芯片筛选瘢痕疙瘩发生相关基因 ,并对部分基因的功能进行初步分析。方法 按微阵列排列 ,将84 0 0种人类基因PCR产物制成微阵矩表达谱芯片 ;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA ,并纯化mRNA。将等量的两种组织的mRNA分别进行逆转录 ,合成荧光分子(Cy5或Cy3)掺入的cDNA作为探针 ,芯片杂交和严格洗片后 ,扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析比较两种组织中差异表达的基因。通过RT PCR方法检测NGF、TGF β1和c myc基因在不同组织中的表达变化。结果 在所检测的 3对临床标本中 ,瘢痕疙瘩和正常皮肤间存在差异表达的基因有 4 0 2条(4 75 % ) ,主要涉及胞外基质、运输蛋白、细胞信号和传导蛋白、细胞骨架和运动相关蛋白的基因等。这些差异表达基因与瘢痕疙瘩的发生可能存在相关性。RT PCR研究发现 ,瘢痕疙瘩内NGF、TGF β1和c myc的基因表达水平均明显高于正常皮肤。结论 多种基因参与调控瘢痕疙瘩的发生 ,对相关基因群的研究有助于认识瘢痕疙瘩的形成机制。NGF、TGF β1和c myc在瘢痕疙瘩形成过程中可能起着重要的调节作用。 展开更多
关键词 基因芯片 瘢痕疙瘩 皮肤组织 基因表达
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家族遗传与非家族遗传性病理性瘢痕的基因芯片谱研究 被引量:5
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作者 王国胜 李正天 +1 位作者 姜涛 田茂霖 《哈尔滨医科大学学报》 CAS 北大核心 2010年第2期142-147,共6页
目的应用cDNA微阵列(基因芯片)技术和生物信息学分析对家族遗传与非遗传性病理性瘢痕基因表达差异进行分析和研究。方法采集临床的遗传性与非遗传性病理性瘢痕样品各5例,将480种人类基因PCR产物制成微阵列表达谱芯片;提取瘢痕疙瘩和正... 目的应用cDNA微阵列(基因芯片)技术和生物信息学分析对家族遗传与非遗传性病理性瘢痕基因表达差异进行分析和研究。方法采集临床的遗传性与非遗传性病理性瘢痕样品各5例,将480种人类基因PCR产物制成微阵列表达谱芯片;提取瘢痕疙瘩和正常皮肤的总RNA,并纯化mRNA。等量的两种瘢痕组织的mRNA分别进行标记,合成,杂交,洗膜后,计算机扫描分析比较两种组织中差异表达的基因,并利用生物学数据库进行分析。结果遗传性瘢痕组织与非遗传性瘢痕组织相比,显著差异表达基因有65个,最后通过生物信息学分析确定29个差异表达基因,构成遗传性瘢痕与非遗传性瘢痕的差异表达谱。结论遗传性瘢痕的形成是复杂的病理生理过程,受多基因表达调控。进一步的研究将有助于揭示遗传性瘢痕形成机制以及针对遗传性瘢痕的治疗。 展开更多
关键词 瘢痕 基因表达 基因芯片 皮肤组织
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