利用cDNA—AFLP技术研究玉米基因的差异表达

利用 c DNA- AFL P技术 ,对玉米强优势组合和弱优势组合及其双亲自交系在苗期和雄穗生长锥伸长期的基因表达进行了分析。结果表明 ,玉米强优势组合和弱优势组合的基因表达有明显差异 ,基因表达有多种类型 ,表现出质和量的差异 ,不仅有增强 ,也有双亲沉默 ,弱优势组合双亲沉默的数量在苗期和雄穗生长锥伸长期均高于强优势组合 。

cDNA—AFLP技术及其在植物与病原菌互作方面的应用

cDNA—AFLP技术是近年来兴起的一种新的分子生物学实验技术,它具有起始材料量少、重复性好、假阳性低、检测率高等优点,在植物与病原菌互作研究中得到了广泛的应用。文章介绍了cDNA—AFLP技术的建立、原理和特点,并概述了该技术在植物与病原菌互作方面的新进展。

利用cDNA-AFLP技术分析旱作促进水稻种子根伸长过程中的基因表达(英文)

短期旱作促进水稻种子根的伸长。利用cDNA AFLP技术分析种子根根尖在旱作条件下差异表达的基因 ,同时比较这些基因在种子根尖、侧根和不定根原基区的表达差异。在 1 6 4 0个片段中 ,70个在种子根根尖中受旱作诱导 ,其中 2 4个被克隆并测序。 2个基因分别编码丙酮酸脱氢酶激酶(PDK)和腺嘌呤转磷酸核糖基酶 (APRT) ,并用电子拼接技术获得水稻的APRT全长cDNA ;另一个经cDNA末端快速扩增法延长后仍无同源序列。Northern杂交验证了这 3个基因的cDNA AFLP表达谱。这是首次报告使用cDNA AFLP技术研究水稻根组织的差异表达基因。

应用cDNA-AFLP技术分离应答BABA诱导的番茄抗病相关基因

应用cDNA-AFLP技术研究番茄根部组织应答BABA(β-Aminobutyric Acid,β-氨基丁酸)诱导后基因转录谱,得到与植物获得性抗性相关的差异表达片段29条,克隆测序后获得10个上调基因片断.经过生物信息学分析和功能预测,其同源基因都是植物体在抗病、抗逆反应中的表达序列标签.根据功能可将其分为5类:第1类是防御反应基因,为病程相关蛋白基因P69家族成员,具有蛋白水解酶功能;第2类是转运蛋白基因,负责细胞内外离子、水和小分子物质的跨膜运输;第3类是信号传导蛋白,是Ca2+信号传导途径上重要的功能蛋白;第4类是分子伴侣蛋白BIF1,协助蛋白质的复性;第5类属功能未知基因.研究表明:BABA诱导植物根部抗病机制涉及植物多方面生理生化反应,由多个功能不同基因共同参与控制.差异表达片段的获得将有助于下一步全长抗病基因的克隆和BABA诱导植物抗性机制的研究.

用cDNA-AFLP技术构建基因组转录图谱

以分离群体mRNA反转录的cDNA为模板进行AFLP分析 ,在保留AFLP多态性丰富、稳定性高、无需了解序列信息等优点的同时 ,集中显示基因组表达序列的多态性差异 ,已逐渐发展成为基因差异表达显示、表达基因遗传连锁作图和基因克隆的常用方法。本文介绍了作图群体组配、总RNA提取与mRNA分离、cDNA合成、AFLP分析、转录图谱多态性分析作图等cDNA AFLP分析的主要技术。

利用cDNA-AFLP技术分析玉米自交系黄早四甘蔗花叶病毒侵染后基因差异表达

本文以国内广泛应用的抗甘蔗花叶病毒玉米自交系黄早四为材料,利用cDNA-AFLP差异显示方法,分析其接种病毒后的基因表达差异模式。用56对引物扩增出203个基因差异显示片段,其中187个是诱导性表达,16个是抑制性表达。经反向Northern确认随机挑选的24个基因差异片段中有11个是病毒侵染后诱导表达的,其中有10个片段在GenBank数据库中可以找到显著同源序列,这些基因差异显示片段分别与玉米磷酸丙糖转移蛋白(TPT)、转录调节因子、G蛋白、锌指结构域、果糖1,6-二磷酸酶、芳烃受体等基因有较高同源性。

利用cDNA-AFLP技术研究茶树花蕾发育基因差异表达片段

利用cDNA-AFLP技术,对茶树花蕾发育期的基因表达进行了分析。结果表明,茶树花蕾在发育早期和晚期基因的表达中有明显差异,共显示1110条带,早期发育花蕾和晚期发育花蕾显示的特异条带分别为35条和87条;选取特异表达的晚期发育花蕾重复性较好的15个TDFs(Transcript Derived Fragment)在GenBank进行序列分析,结果显示,9个分别与氧化还原酶、染色体13、14-3-3蛋白、Amyrel基因、钙网蛋白、ATP硫化酶、接触反应/铁离子结合蛋白及花粉特异蛋白的序列有相似性;2个与假拟蛋白相似,4个在GenBank数据库中未找到相似序列。

利用cDNA-AFLP技术分析小麦应答低磷胁迫的特异表达基因

以磷高效小麦品种石新828为材料,采用cDNA-AFLP技术,鉴定了短期(1～6h)、中期(12～48h)和长期(72～144h)低磷胁迫根系特异上、下调表达基因的表达序列标签(EST)。共有非重复的上调ESTs142个,下调ESTs94个。胁迫下的前者分别含短、中和长期23、53和66个;后者分别含短、中和长期17、39和38个。对其功能比对发现,上调ESTs在功能上归属于信号转导、转录调控、代谢、逆境响应、发育、物质运输、脂类代谢和功能未知等类别,下调EST除上述类别外,还含有蛋白质合成和降解等类别。部分转录因子基因(如水稻OsPTF1和拟南芥ZAT10高度同源的转录因子基因)、促分裂原激酶基因MAPK1a、钙依赖蛋白激酶基因CPK1A和蛋白激酶基因(如serine/threonine kinase)、高亲和磷转运蛋白基因(PHT3和PT2)、过氧化物酶基因(如peroxidase73)和谷胱甘肽-S-转移酶基因(glutathione S-transferase),受到低磷胁迫的特异增强诱导,在改善小麦植株对低磷胁迫的适应能力中可能具有重要作用。研究表明,小麦对低磷胁迫的响应,在分子水平上存在着植株感受低磷胁迫信号和信号转导、进一步在生理生化方面对胁迫信号产生应答等复杂的过程。

cDNA-AFLP技术及其在植物基因表达研究中的应用

cDNA-AFLP技术是一种新的研究基因表达的技术,具有重复性好、稳定、可靠的特点,可对生物体转录组进行全面、系统的分析,广泛应用于基因表达特性研究、植物遗传标记分析和分离植物基因等方面.近年来随着技术的不断进步,设备的不断改进,许多新的研究方法不断的产生,该技术取得了迅速的发展.本文就cDNA-AFLP技术的原理、技术特点及其在植物基因表达研究中的应用进行了综述.

利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子基因差异表达

利用cDNA-AFLP技术分析老化棉花种子的基因差异表达,根据带型可将得到的差异片段分为5个类型,分别回收、克隆7个差异片段并利用BLASTN和BLASTX程序与网上数据库(NCBI,National Center for Biotechnology Information)进行同源性分析。其中一条在对照、老化16周、28周种子共有的片段与欧洲板栗(Castaneasativa)核糖体蛋白L33和拟南芥(Arabidopsis thaliana)核糖体结构组分蛋白具有同源性;对照种子特有的一条片段与拟南芥(Arabidopsis thaliana)中氧化还原酶和水稻(Oryzasativa)2-硝基丙烷双加氧酶相关蛋白具有同源性;在老化36周种子特有的4条片段中:1条与水稻中被公认的三肽基酶Ⅱ蛋白具有同源性,而其它3条的同源序列功能不详;此外,老化16周种子特有的一条片段无明显同源序列。

利用cDNA-AFLP技术分析苦瓜纯雌系统AgNO_3诱导分化完全花的基因差异表达

以苦瓜纯雌系X-黑-d-d为材料,于三叶一心期用300 mg/L AgNO3诱导其分化完全花,并利用cDNA-AFLP技术研究AgNO3处理后72 h内花蕾基因差异表达情况。结果表明:300 mg/L AgNO3能成功诱导苦瓜纯雌系连续性转化为完全花,平均为11.83朵/株;以128对选择性扩增引物扩增对照和处理后不同时期花蕾的cDNA,其中8对引物可获得较多分布均匀的清晰条带,这些条带大部分是组成型表达,少部分是抑制表达或诱导表达的差异条带。

利用cDNA-AFLP技术获得小麦耐盐性相关基因TaVHA-C

【目的】利用cDNA-AFLP技术对耐盐性受主效基因控制的小麦品系98-160盐胁迫前后基因表达的变化进行分析。【方法】对112个克隆的cDNA差异表达片段进行了Blast-x分析。【结果】约有65.2%的片段与已知基因有较高的同源性,从中筛选出18个与小麦耐盐性密切相关的片段,主要包括转录因子、与离子转运有关的蛋白、信号传导相关蛋白、胁迫相关蛋白以及与蛋白-蛋白相互作用有关的蛋白。以94号片段为基础,通过电子延伸和RT-PCR,克隆了小麦液泡膜ATPaseC亚基(TaVHA-C)的全长cDNA,Northern结果表明,在胁迫的早期(0～2h)TaVHA-C基因的表达基本不变,随着胁迫时间的延长(6～12h),TaVHA-C基因的表达逐渐减弱,以后(24～72h)又逐渐增强。低温对TaVHA-C基因的表达有明显的抑制作用。【结论】利用cDNA-AFLP技术分离差异表达片段进行相关基因的研究是可行的。

cDNA-AFLP技术在植物耐盐基因鉴定上的应用

cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术,在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用。在植物耐盐基因鉴定方面,该技术的应用处于新兴初始阶段,但已取得了诸多成效。本文在概述植物耐盐响应机制的基础上,着重对利用cDNA-AFLP技术鉴定的植物耐盐相关基因及其相应作用机制进行了阐述,并对其在植物耐盐分子生物学研究上的应用前景进行了展望。

利用cDNA-AFLP技术筛选菊花开花相关基因

【目的】分析不同光周期诱导下菊花茎尖差异表达的基因,筛选菊花开花相关基因。【方法】将菊花品种‘神马’分别进行长日照(16h/8h,昼/夜)和短日照(8h/16h,昼/夜)处理后,利用cDNA-AFLP技术筛选菊花茎尖差异表达的转录衍生片段(Transcript-derived fragment,TDFs),并对其进行验证、克隆、测序和生物信息学分析。【结果】64对引物组合检测到2 917个cDNA片段,获得差异表达的TDF共835个,其中584个为上调表达,251个为下调表达。对克隆测序成功的50个差异表达TDF进行分析,结果表明,36个TDF可以在NCBI数据库中找到同源序列。其中31个TDF为已知功能的基因(dbEST登录号:JG700127-JG700157),5个TDF未找到同源序列。按照其功能分类,将31个差异表达基因分为7类:信号转导、分化发育、转录调控、蛋白质代谢、能量与代谢、抗病与防御等相关基因、未知或假定蛋白基因及未知基因。对选取的6个与开花相关的TDF进行半定量RT-PCR验证,结果表明,6个基因片段在短日照条件下均特异表达或表达上调,而在长日照下均未见表达或表达下调,这与cDNA-AFLP表达谱结果一致。【结论】利用cDNA-AFLP技术筛选了菊花花芽分化期多个与菊花开花相关的基因片段,这些基因片段可进一步用于功能鉴定和转基因利用。

枣cDNA-AFLP技术体系建立与优化

建立了枣(Ziziphus jujuba Mill.)cDNA-AFLP分析的优化体系和反应程序。提取获得的总RNA以人工合成的Oligo(dT)18为引物,利用鼠源反转录酶(M-MLV RT)合成cDNA第1链,合成双链cDNA后用限制性内切酶EcoRⅠ(识别6个碱基位点)与MseⅠ(识别4个碱基位点)酶切,酶切连接后,使用与接头序列互补的预扩引物对cDNA片段池进行PCR扩增,扩增后的cDNA池定量至1 ng/μL,作为选择性扩增的模板,优化得到的选扩反应体系为:20μL的反应体系中含5μL模板,2μL 10×PCR buffer,2μL MgCl2(25 mmol/L),EcoRⅠ特异性引物(50 ng/μL)1μL,MseⅠ特异性引物(50 ng/μL)1μL,10 mmol/L dNTP0.4μL,5 UTaqDNAPolymer-ase 0.12μL。选扩程序:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,65℃退火30 s(每个循环降0.7℃),72℃延伸1 min,13个循环;94℃变性30 s,56℃退火30 s,72℃延伸1 min,31个循环;72℃7 min。

cDNA-AFLP技术及其在基因表达研究中的应用

cDNA AFLP是一种新的研究基因表达的技术 ,具有重复性好、稳定、可靠的特点 ,可对生物体转录组进行全面、系统的分析。简单介绍了cDNA AFLP的基本原理和技术特点 ,并对其在构建转录连锁图、与EST序列的互相转化、基因表达特性研究及分离特异表达基因等方面的应用进行了概述。

应用cDNA-AFLP技术分离草菇冷诱导表达基因

采用cDNA-AFLP技术筛选获得了5个草菇冷诱导表达基因片段VC1、VC2、VC3、VC4和 VC5。测序结果表明,5个DNA片段大小分别为247bp、219bp、172bp、350bp和171bp。同源性BLAST 搜索结果显示,VC1、VC2、VC3、VC4和VC5片段目前都没有同源的核酸序列;VC1片段翻译的蛋白质序 列与粗糙脉孢菌(Neurosporacrassa)的假拟蛋白具有一定的同源性,VC2片段翻译的蛋白质序列与水稻的 AMP脱氨酶具有一定的同源性,VC3片段翻译的蛋白质序列与Daniorerio的糖原合酶激酶3α具有较高的 同源性,VC4片段翻译的蛋白质序列与Leuconostocmesenteroides的假拟蛋白有一定的同源性,VC5片段翻译 的蛋白质序列没有搜索到同源序列。

利用cDNA-AFLP技术分析白菜核雄性不育两用系的表达差异

利用cDNA AFLP技术 ,对白菜核雄性不育两用系可育株群和不育株群分析显示 :花蕾之间基因表达存在差异 ;莲座期叶片之间、开花期叶片之间和花茎之间基因表达无差异 ;叶片、花茎和花蕾之间基因表达存在差异。对开花期的小蕾、中蕾和大蕾分析显示 :10对引物中 ,1对在可育株中蕾和大蕾中扩增出 1条特异带 ,另 1对扩增出 1条在可育株中蕾中表达丰度高于不育株中蕾的条带 ,其余 8对未发现差异条带。对上述表达丰度有差异的基因进行Northern验证 ,结果与之一致 ,表明cDNA AFLP技术可以用于植物雄性不育基因表达差异的研究。

利用cDNA-AFLP技术分析小麦成株抗条锈性差异基因表达特征

采用cDNA-AFLP技术,对成株抗条锈小麦品种兴资9104在成株期受条锈菌生理小种CY32侵染后5d内9个时间点的基因表达谱进行了分析。共筛选64对引物,产生32320个转录本(TDF);用37对引物检测到2201个(6.81%)差异TDF,其中926个TDF诱导表达,1275个下调表达。经大规模克隆、测序分析,最终获得330个差异TDF,聚类分析得到259个EST(unigenes),命名为aTaPST1至aTaPST259(GenBank登录号为FL645754～FL646011和FL646262)。经Blastx比对和功能分类分析,其中96条EST(37.07%)未找到同源性匹配,68条(26.25%)与未知功能蛋白同源性较高;其余95条ESTs主要涉及能量(11.20%)、基础代谢(4.63%)、转录调控(3.86%)、抗病与防御(3.86%)、蛋白质运输和储存(3.09%)、蛋白质合成和细胞生长(各2.32%)以及信号转导(1.54%)等。选取抗病与防御、转录调控及信号转导类等相关的6个差异基因,qRT-PCR分析结果显示其表达模式符合cDNA-AFLP表达谱。小麦成株抗条锈性分子机制涉及植物多方面生理生化反应,包括抗病与防御、转录调控、蛋白质代谢、信号转导、以及非生物胁迫等多种途径相关基因的协同控制。

聚丙烯酰胺凝胶电泳技术的改进及其在cDNA-AFLP分析中的应用

利用电解质梯度变性聚丙烯酰胺凝胶电泳系统对稻纵卷叶螟取食的水稻叶片进行cDNA-AFLP分析,结果表明产生的cDNA条带比普通变性聚丙烯酰胺凝胶电泳系统大约增加30%,解决了传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳在同一块胶板中大片段DNA条带堆积而小片段DNA条带间距过大,且读带数量有限的问题..