大豆孢囊线虫4号生理小种侵染大豆根系诱导表达的cDNA分析

大豆孢囊线虫 (HeteroderaglycinesIchinohe ;SoybeanCystNematode ,SCN)是一种土传的专性内寄生线虫。SCN的二龄幼虫侵入到大豆幼嫩的根组织中 ,导致大豆根内的细胞变形并与之形成“合胞体”。合胞体在形态上和生理上的变化是SCN直接诱导大豆基因表达的结果。本研究以高抗SCN的灰布支黑豆为材料 ,用大豆孢囊线虫二龄幼虫直接接种大豆的根系 ,应用DDRT -PCR技术及RDB (Reversedot-blotting)杂交鉴定 ,获得 6个阳性cDNA克隆 ,分别是SCN侵染后 5天的A32克隆 (GenBank登录号为BI173978) ;侵染后 10天的B12克隆 (GenBank登录号为BI173979)、B71克隆 (GenBank登录号为BI173980 ) ;侵染后 15天的C11克隆 (GenBank登录号为BI173981)、CP12 (GenBank登录号为BI173982 )克隆和CP32克隆 (GenBank登录号为BI173983)。序列的同源比较表明 ,6个cDNA均与Shoemaker构建的大豆基因表达库中的cDNA序列有非常高的同源性 ,证明这些cDNA是大豆基因表达的产物。其中A32克隆的序列与控制拟南芥下胚轴生长的MYB转录因子、营养元素缺失诱导的番茄根的表达文库中的一个cDNA及番茄抗假单胞杆菌表达文库中的一个cDNA有较高的同源性。

基于Linux的cDNA文库序列分析平台的构建与应用

本研究构建了基于Linux的cDNA文库序列分析平台,该分析平台可大批量自动处理测序后的序列,包括载体序列的去除、序列格式的转换、序列的自动拼接、序列对数据库的相似性搜索及全长ORF的预测等,可加速对大规模测序数据的分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析和利用。用该平台对构建的野生大豆盐胁迫全长cDNA文库部分测序结果进行分析,获得了较好的结果,已得到多个具有潜在价值的新基因序列。

生物信息学在新基因全长cDNA序列分析及功能预测中的应用

差异表达基因的检测与分析已成为研究具有差异的生物学表型的常规策略 .对通过实验所获得的差异基因片段进行生物信息学分析 ,主要包括基于国际互联网的序列相似性分析、片段重叠群分析和全长cDNA序列分析 ,以及如何构建局域网并采用本地服务器进行规模化的数据分析 ,从而为研究人员提供可参考的生物信息学数据分析方案 .

水稻抗稻瘟病近等基因系的cDNA微阵列分析

应用cDNA微阵列对来源于中 15 6 /谷梅 2号重组自交系的水稻抗稻瘟病近等基因系G2 0 5和G71的稻瘟病菌胁迫基因表达谱进行了分析 ,发现有 3个cDNA克隆的表达仅在抗病基因系G2 0 5接种病原菌 12h后受到诱导 ,其中两个为功能已知基因 ,另一个为功能未知的新基因。另有 35个差异表达克隆在两个近等基因系中均检测到 ,其中 17个克隆的表达在G2 0 5和G71均受到病原菌的诱导 ,另外 18个克隆的表达则在G2 0 5和G71均受到病原菌的抑制。序列分析表明 ,这些稻瘟病菌应答基因分别与防卫反应、信号传递、逆境胁迫和光合作用及糖代谢等功能相关 ,为植物抗病机制提供了相关信息。另外 ,Northern还证实了编码富含甘氨酸蛋白基因 (GlycinerichproteinGrp)的表达受稻瘟病病原菌的诱导 ,是一个稻瘟病诱导相关基因。

罗非鱼免疫球蛋白(IgM)重链基因全长cDNA序列分析

从已经构建的罗非鱼白细胞cDNA文库中测定获得罗非鱼免疫球蛋白(IgM)重链的cDNA序列,全长1885bp,有一个完整ORF阅读框长1770bp,5′-UTR为29bp,3′-UTR为86bp,编码588个氨基酸。罗非鱼与大黄鱼、斜带石斑鱼、南极鳕鱼、乌鳢、鳜鱼、伯氏豚鰕虎鱼、牙鲆、花狼鱼、硬头鳟的IgM重链氨基酸序列有较高的同源性,最高达到69%,表明已经获得罗非鱼IgM重链基因;对所得氨基酸进行二级结构预测发现,罗非鱼IgM重链基因全长cDNA序列所编码的氨基酸分子量为41453.94 Da。该试验结果为罗非鱼IgM重链基因功能的实验性鉴定工作奠定了基础。

中国南京庚型肝炎病毒部分基因的克隆及cDNA序列分析

采用逆转录聚合酶链反应(RT—PCR)从南京地区某输血后丙型肝炎患者血清中克隆出庚型肝炎病毒(HGV)非结构区部分基因。序列分析结果表明，该序列与国外发表的庚型肝炎病毒HGU 44402，HGU 45966和HGU 36380(GBV-C)对应位置核苷酸序列同源性分别为89．09%，92．12%和87．27%，与已报道的HGV河北株序列同源性为93．94%。对40份输血后丙型肝炎血清和30份非甲非乙非丙非丁非戊型肝炎血清进行了检测，HGV RNA阳性率分别为10．00％和6.67%。

一个在梅山猪×大白猪杂交组合的背最长肌中差异表达的新基因的分离、cDNA序列分析及组织表达谱

为了揭示猪杂种优势的分子机理,用mRNA差异显示技术从梅山猪×大白猪杂交组合的背最长肌中分离到一个差异表达的基因,并用半定量RT—PCR进行鉴定,随后通过cDNA末端快速扩增法(RACE)得到该基因的cDNA全长.经与GenBank进行Blast比较,这个基因与猪的已知的基因没有明显的同源性.基因预测显示这个基因编码一个由188个氨基酸组成的蛋白质,且该蛋白质具有保守的PRA1familyprotein的结构域,同时该蛋白质和人、大鼠、小鼠的PRA1familyprotein3分别具有88%,88%,87%的同源性,因此将这个基因命名为猪的PRA1familyprotein3基因.进化树分析表明猪的PRA1familyprotein3和人的PRA1familyprotein3具有比大鼠、小鼠的PRA1faroilyprotein3更近的亲缘关系.组织表达谱分析显示这个基因在肌肉与脂肪组织中表达丰富,在脾中中等表达,在心、肾、卵巢、肺中少量表达,在肝与小肠中几乎不表达.同时对这个基因的功能及与猪的杂种优势的关系进行了讨论.

cDNA代表性差异分析和抑制性减法杂交技术的比较

本文就cDNA代表性差异分析和抑制性减法杂交这两种技术的主要原理、基本操作过程和优缺点进行了介绍和比较,并展望了这两种技术在海洋生物技术领域的应用前景。

河北毛白杨巯基蛋白酶抑制剂基因cDNA的克隆及序列分析

植物巯基蛋白酶抑制剂（eysteine proteinase inhibitor,CPI）在林木的抗虫基因工程中发挥着越来越重要的作用，分离和克隆植物CPI基因进而研究该基因的功能是CPI基因工程研究的热点。本文应用PCR技术从我国乡土抗天牛树种河北毛白杨形成层中分离和克隆到了一个710bp大小的eDNA片段，同时对序列进行测定和分析。测序和分析结果表明，该eDNA片段含有一个429bp的完整开放阅读框，其编码143个氨基酸残基，具有LARFAVDEHN、QXVXG和YEAKVWVKPW三个典型的植物巯基蛋白酶抑制剂基因家族的高保守区段，同时在GenBank中进行了注册，核苷酸注册号为DQ020096，氨基酸注册号为AAY41807。氨基酸序列同源性分析表明，该基因与其他林木中的巯基蛋白酶抑制剂的同源性差异较大，同源性在48％-97％之间，其中与欧洲山杨的同源性最高，达到97％，与猕猴桃的同源性最低为48％。说明河北毛白杨形成层中存在CPI基因并能够有效表达，这为进一步研究该基因的抗虫功能奠定了良好的基础。

应用cDNA RDA联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的方法学分析

目的探讨采用cDNA代表性差异分析法(representational difference analysis,RDA)联合cDNA阵列点杂交筛查差异表达基因的可行性及局限性。方法将17β雌二醇(E2)干预MG63细胞cDNA分别制备成检测和驱赶扩增子进行消减杂交作为整个cDNARDA的内部质控,以干预组扩增子、对照组扩增子和第4轮双向消减产物为模板,行内对照基因GAPDH的RTPCR进行消减效率分析,Southern杂交证实消减产物来源,快速Northern杂交证实消减产物确实呈差异表达;克隆到pGEMTeasy载体,转化JM109感受态细菌并铺Amp+XgalIPTG琼脂皿得到差异表达文库,随机挑取白色单菌落培养后点成尼龙阵列膜,分别与干预组和对照组扩增子及第4轮消减产物杂交,得到差异表达克隆用于后续研究。结果内部质控结果显示,第3轮消减杂交后,PCR未见差异性产物扩增;cDNARDA共得到3个雌二醇诱导表达上调条带和2个表达下调条带。Southern杂交结果显示在检测扩增子及第1～4轮差异产物中均可见阳性杂交信号,而驱赶扩增子中无杂交信号;快速Northern杂交证实干预组细胞总RNA的两处杂交信号均较对照组强;阵列膜同一克隆两个点对应的杂交信号呈高度相关一致性,共得到120个差异表达克隆(56个表达上调,64个表达下调)。结论cDNA代表性差异分析法联合cDNA阵列点杂交方法能有效快速高通量筛查E2诱导MG63差异表达基因。

嗜热真菌Thermomyces langinosus编码丝/苏氨酸蛋白激酶部分cDNA的克隆及序列分析(英文)

根据几种丝状真菌保守的氨基酸序列,设计了一组简并性的引物,从嗜热真菌Thermomyceslanginosus中提取总RNA,利用RT-PCR的方法,我们得到了一个1243bp的cDNA的片段。片段回收纯化后连接到pGEM-Teasy载体上,PCR扩增重组质粒证实这个长约1200bp片段已经插到载体上。序列分析发现和裂殖酵母的蛋白激酶dis1非常相似,比较两者3'氨基酸序列发现同源性达28%以上。其推断的氨基酸序列上包含有6个丝/苏氨酸蛋白激酶的保守亚区。这些都表明它编码的基因可能是一个新的丝/苏氨酸蛋白激酶。

基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用

基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。

应用多点cDNA阵列分析法研究术前介入化疗对胰腺癌部分肿瘤相关基因表达的影响

目的探讨术前介入化疗对胰腺癌部分肿瘤相关基因表达的影响,进一步了解胰腺癌介入化疗的分子机制。方法 8例行根治性切除术的胰腺癌标本,其中4例术前行介入化疗,另4例术前未行介入治疗作为对照,应用多点cDNA阵列分析法检测标本中9个肿瘤相关基因的表达差异,并通过RT-PCR法验证其中MBDI基因的表达变化,观察术前区域性动脉灌注化疗对胰腺癌部分肿瘤相关基因表达的影响。结果多点cDNA阵列分析结果显示:MBD1、Rb、E2F5、IGF1、TGF2B、CDH-1、RARB和RAB1术前介入组表达明显下降(P<0.05);RT-PCR进一步验证介入化疗使胰腺癌MBD1基因的表达水平明显降低(P<0.01)。结论术前介入化疗能够明显抑制胰腺癌中以MBD1基因为代表的多个肿瘤相关基因的表达,是胰腺癌综合治疗的有效措施,并为深入探讨介入化疗的分子机制提供了新思路。

重组cDNA表达文库血清学分析技术筛选肿瘤抗原的研究进展

1995年Sahin等首先建立了重组cDNA表达文库血清学分析法 (SEREX)以来 ,大量的人类肿瘤抗原被发现和鉴定 ,并建立了SEREX技术合作组及相应的数据库。

滇杨侧芽萌动时表达基因多样性的cDNA-AFLP分析

为探讨滇杨分枝特性差异的分子机理,以采集于四川省和云南省的59个滇杨优树无性系3a苗木为研究对象,采用cDNA-AFLP技术,分析苗木侧芽萌动时表达基因的多样性。研究结果显示,筛选出的7对引物组合共扩增出了577条带,其中差异性条带数为318条,差异性条带比率为55.11%,Nei’s基因多样性指数为0.097 8,Shannon信息指数为0.172 1,基因分化系数为0.016 7,居群间的基因流为29.42,表明居群间的遗传分化程度较低。AMOVA分析显示,居群间的差异占2.13%,居群内差异占97.87%,且居群间和居群内均差异极显著。表明滇杨侧芽萌动时基因表达较复杂,使进一步开展分枝相关基因的研究工作难度较大。聚类分析结果显示,在亚分枝单元或最小分枝单元,无性系能够以分枝性状相聚,说明应用cDNA-AFLP技术进行滇杨分枝性状相关基因的定位、分离及鉴定是可行的。

cDNA代表性差异分析法筛选二羟环氧苯并芘致癌相关基因片段

目的 采用cDNA代表性差异分析法 ,分离二羟环氧苯并芘诱导恶性转化的细胞与对照组细胞之间的差异表达基因。方法 先从细胞中提取mRNA并合成双链cDNA ,双链DNA以Sau3AI内切酶消化 ,连接接头并经PCR扩增。以BPDE诱导恶变细胞的cDNA为“检测子”、以对照组细胞cDNA为“驱赶子”进行消减杂交。结果 经 3轮消减杂交后分离出 5个cDNA片段 ,在琼脂糖凝胶上清晰显示 2 10bp以下的 5条条带 ,这些片段分别与总RNA作Northern印迹杂交证实它们均来自BPDE诱变的细胞。结论 cDNA代表性差异分析法是筛选化学致癌相关基因的有效。

一种从番茄果实中提取总RNA用于cDNA-AFLP分析的方法

番茄果实富含的次生物质严重干扰其总RNA的提取,本试验采用4种方法对番茄果实总RNA进行提取,筛选出一种适合于番茄后续的cDNA-扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分析的高质量RNA提取方法,该方法排除了蛋白、多糖、以及多酚等次生物质的干扰,总RNA得率高、完整性好、纯度高。通过cDNA-AFLP分析方法的检测,得到了一组条带清晰和多态性丰富的图谱。

中国株丙型肝炎病毒(HCV)感染猕猴后5'NTR—C区基因组的cDNA序列分析

从用于接种猕猴的受ＨＣＶ感染的２份献血员的血清，第一代猕猴感染ＨＣＶ１１个月的１＃食蟹猴血清和第二代猕猴受第一代猕猴ＨＣＶ血清感染ＨＣＶ３个月后的１４＃恒河猴血清，提取ＫＮＡ，用自行设计的ＨＣＶ５＇非编码区和核心区（５＇ＮＴＲ—Ｃ区）引物进行逆转录ＰＣＲ，将扩增的７７９ｂｐｃＤＮＡ片段克隆到ｐＵＣ１９质粒上；每一株挑３个克隆用双脱氧链终止法测定其序列并矫正偏差。４株ＨＣＶ的５＇ＮＴＲ—Ｃ区序列，原代人Ａ株（ＣＸ１）ｃＤＮＡ全长７７９ｂｐ，原代人Ｂ株（ＣＸ２）ｃＤＮＡ全长７７８ｂｐ，第一代猕猴株（ＣＸ３）ｃＤＮＡ全长７７６ｂｐ，第二代猕猴株（ＣＸ４）ｃＤＮＡ全长均为７７７ｂｐ，ＣＸ１株和ＣＸ４株均在５＇ＮＴＲｎｔ—２１６有—Ｃ的插入，ＣＸ３和ＣＸ４Ｃ区ｎｔ３８５—３８７处的３个硷基缺失；ＣＸ１株与ＣＸ２、ＣＸ３、ＣＸ４比较，同源性分别为９８．０７％。９６．１５％、９５．２５％：ＣＸ２与ＣＸ３、ＣＸ４的同源性分别为９６．２８％、９５．７６％；ＣＸ３与ＣＸ４的同源性为９７．５６％。由克隆的ＨＣＶＣ区ｃＤＮＡ推导的氨基酸序列，从ＨＣＶ的启始密码起，ＣＸ１株、ＣＸ２株序列全长１６８个氨基酸。

日本血吸虫中国大陆株32ku抗原cDNA的克隆及其核苷酸序列分析

目的 研究日本血吸虫重组疫苗 ,表达和制备血吸 32ku抗原重组疫苗。方法 根据Merckelbach等报道的日本血吸虫中成虫 32ku抗原完整编码序列设计引物 ,以日本血吸虫中国大陆株成虫mRNA为模板 ,采用逆转录 -聚合酶链反应技术 ,扩增其 32ku抗原完整编码区cDNA。将cDNA重组于pGEM Teasy载体上 ,转化大肠杆菌。结果 重组质粒经测序进行鉴定 ,结果与Merckelbach等报道的 32ku抗原编码区cDNA进行比较 ,二者序列一致。结论 32ku抗原在不同的地区异株间的 32ku蛋白进化上存在高度保守性 ,因此 32ku抗原可以作为重组疫苗的候选抗原。

海南五指山猪SLA-DQA基因cDNA全长的克隆分析

猪主要组织相容性复合体（MHC）又称猪白细胞抗原（SLA）复合体。它分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类，其中Ⅰ类和Ⅲ类位于7号染色体的短臂（7p1．1），