应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。

cDNA微矩阵筛选卵巢癌相关基因的研究

背景与目的:导致卵巢癌发生、发展的分子机制目前还不完全清楚,有研究者认为癌发生可能是许多基因表达水平的改变导致细胞内出现一系列分子变化的结果。本研究的目的是应用cDNA微矩阵方法对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究,筛选卵巢癌的相关基因。方法:将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上,制成表达谱芯片;分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA,通过逆转录PCR方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,通过计算机应用ImaGene3.0软件分析和处理数据。结果:对正常卵巢组织和卵巢癌组织的癌基因和抑癌基因表达谱分析,在3例或3例以上组织有共表达差异性的基因有38个,其中在卵巢癌组织中下调的基因有23个,上调的基因有15个。结论:应用cDNA微矩阵技术研究卵巢癌的基因表达谱,初步筛选出了肿瘤相关基因。

cDNA微矩阵分离胃癌组织差异表达cDNA序列研究

背景与目的:许多研究表明,一些与胃癌相关的基因未被识别。本研究拟分离和鉴定胃癌差异表达cDNA序列,进一步克隆胃癌相关基因。方法:采用包含4892条cDNA序列的微阵列分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的差异,利用生物信息学分析差异表达cDNA序列,RT-PCR(reversetranscriptionpolymerasechainreaction)验证cDNA微阵列结果。结果:癌旁正常胃粘膜和胃癌组织相比,二倍以上的差异表达cDNA序列33个,其中在胃癌中表达上调18个,表达下调15个。生物信息学分析表明,MDSCBC11克隆为代表新基因的cDNA序列且位于1p35-36,RT-PCR证实其在43%(13/30)胃癌中存在表达下调。结论:通过分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的变化,发现一些与胃癌相关的新的cDNA序列,为进一步寻找和克隆胃癌新的相关基因提供重要研究线索。

用cDNA微矩阵研究肝纤维化基因表达的变化

目的 筛选在肝纤维化过程中发生异常表达的基因。方法 建立四氯化碳诱导肝纤维化大鼠模型 ;选取正常和造模大鼠肝脏各 1只进行cDNA微矩阵 (microarray)研究 ;从cDNA微矩阵研究结果中选取一个在造模大鼠肝脏中表达明显异常的基因 (smurf 2 ) ,用半定量RT PCR检测此基因在不同实验阶段 (第 1、2、4、8周 )两组大鼠中的表达变化。结果 通过cDNA微矩阵发现在肝纤维化过程中 ,smurf 2、PTAFR、CYP2D6、FGG等许多和炎症、代谢有关的基因表达均上调。通过半定量RT PCR研究发现经四氯化碳处理第 1周时smurf 2基因在造模大鼠肝脏中表达与正常大鼠表达无明显变化 ,第 2周时表达下调 ,第 4周时表达明显上调 ,第 8周时该基因表达又趋于下降。结论 smurf 2基因转录水平的变化 ,影响smad TGFβ信号传导的调控 ,可能参与了四氯化碳诱导大鼠肝纤维化的形成过程。

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的:探讨cDNA微矩阵(基因芯片)研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法:采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片,检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织(cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA)的基因表达谱。结果:两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高(上调趋势)66个,基因表达降低(下调趋势)97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。结论:应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱,发现差异表达基因及其基因功能分类。

利用抑制消减杂交技术(SSH)研究与Ty21a免疫相关的基因

目的:利用抑制消减杂交技术（SSH）筛选与Ty21a免疫相关的新基因。方法:以Ty21a免疫小鼠的肠细胞为tester,以正常小鼠的肠细胞为diver,提取mRNA,反转录构建cDNA文库,利用SSH技术筛选Ty21a免疫相关的新基因。结果:通过SSH技术和cDNA微矩阵技术,发现了7条与GenBank中已公布的表达序列标签（expressed sequence tag,EST）片段没有明显同源性,可能为Ty21a免疫相关的新基因。其中3条正在用RACE-PCR法进行获得全长cDNA的工作。结论:SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法,Ty21a可诱导多种免疫相关新基因的表达。

绞股蓝总皂苷对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响

目的:探讨绞股蓝总皂苷对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析绞股蓝总皂苷对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法:应用基因芯片技术比较绞股蓝总皂苷治疗组与糖尿病肾病模型组基因表达谱差异。结果:绞股蓝总皂苷治疗组与糖尿病肾病模型组间差异表达的基因有135条,上调基因31条,下调基因104条。结论:绞股蓝总皂苷能减少糖尿病肾病小鼠的蛋白尿、保护肾功能的机制可能与其抑制晚期糖基化终末产物的作用有关。

大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响

目的 研究大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析大黄对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法 20只雄性SD大鼠随机分为4组:正常对照组、用STZ诱导的糖尿病肾病组、糖尿病肾病大鼠给予大黄提取物治疗的大黄治疗组和糖尿病肾病大鼠给予安慰剂的阴性对照组。从4组SD大鼠的肾皮质中抽提mRNA,分别用Cy3、Cy5荧光标记,经反转录分别合成正常对照组与糖尿病组、大黄治疗组和阴性对照组动物来源的cDNA探针;同时将Cy3、Cy5荧光标记的cDNA探针等量地与BioDoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 正常对照组与糖尿病肾病组之问差异表达的基因有335条,占芯片基因总数的8.4％,其中12条基因在糖尿病肾病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿病肾病时表达量明显上升。大黄治疗组与阴性对照组之间差异表达的基因有128条,占芯片基因总数的3.3％,其中有8条基因在大黄治疗以后明显上升,而120条基因在大黄治疗以后明显下降。并且,在糖尿病肾病中部分基因的表达变化在大黄治疗后可被逆转。结论 大黄能上调或下调部分差异表达的基因,并在一定程度上能逆转STZ诱导的基因表达谱。