联合应用SSH和cDNA表达谱芯片筛选肝星状细胞早期活化的相关基因

目的利用抑制消减杂交(suppressionsubtractivehybridization,SSH)和cDNA表达谱芯片筛选早期活化的肝星状细胞(hepaticstellatecell,HSC)和大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化组织、重度肝纤维化组织中差异表达的基因。方法从SSH构建的大鼠轻度肝纤维化、重度肝纤维化2个差异cDNA文库中挑选1000条上调显著的基因,与正常大鼠4136条基因克隆制作成一张芯片,筛选早期活化的肝星状细胞相关基因。结果获得与HSC早期活化相关的上调基因有202条,下调基因有80条,其中血清和糖皮质激素调节蛋白激酶(serumandglucocorticoidsensitivekinase,SGK)在正常大鼠基因克隆和2周及8周SSH上调差异基因中均呈上调信号。结论联合应用SSH和cDNA表达谱芯片是筛选和鉴定不同样本中差异表达基因的快速、经济和有效的方法;SGK可能作为多种细胞信号传导通路和细胞磷酸化级联反应的一个功能性交汇点,参与了肝星状细胞的早期活化和信号传导。

应用抑制消减杂交和cDNA表达谱芯片筛选肝星形细胞持续活化的相关基因

目的:利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和cDNA表达谱芯片筛选早期活化的肝星状细胞与大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化组织、重度肝纤维化组织中差异表达的基因。方法:从SSH构建的大鼠轻度和重度肝纤维化中两个差异cDNA文库中挑选1 000条上调显著的基因,与正常大鼠4 136条基因克隆制作成一张芯片,筛选持续期活化的肝星状细胞相关基因。结果:获得与HSC持续活化相关的上调基因633条,下调基因715条,其中血清和糖皮质激素调节蛋白激酶(SGK)在正常大鼠基因克隆和2、8周SSH上调差异基因中均呈上调信号。结论:联合应用SSH和cDNA表达谱芯片是筛选和鉴定不同样本中差异表达基因的快速、经济和有效方法;SGK可能作为多种细胞信号传导通路和细胞磷酸化级联反应的一个功能性交汇点,参与了肝星状细胞的早期活化和信号传导。

RNAi干扰对K562细胞表达谱的影响

目的联合运用RNAi技术和cDNA表达谱芯片研究干扰c-myc对K562细胞表达谱的影响。方法经过RT-PCR和流式细胞仪检测,筛选出干扰效果最好的siRNAs,经LipofectamineTM2000脂质体法转染K562细胞,提取总RNA,逆转录为cDNA,荧光标记后与K562表达谱芯片杂交。结果经扫描、分析杂交结果,有455个基因表达下调,有12个基因表达上调。结论基因芯片和RNAi是分析基因功能的有力工具,也是发现新的肿瘤治疗靶标的有效方法。

日粮锌对大鼠肝脏脂肪酸代谢的影响

本试验主要研究日粮锌对大鼠肝脏脂肪酸代谢的影响并对其机理进行探讨。试验选取100只21日龄SD大鼠随机分为缺锌组(zinc deficiency,ZD,3.20mg/kg)、配饲组(paired-fed,PF,46.39mg/kg)、高锌组(zincover-dose,ZO,234.39mg/kg)和正常锌组(zinc adequacy,ZA,46.39mg/kg),饲养时间为5周。试验结果表明,与PF组相比,ZD组的肝脏和股骨Zn含量与ALP活性均显著降低(P<0.05);与ZA组相比,ZO组的肝脏和股骨Zn含量与ALP活性显著提高(P<0.05)。大鼠肝脏cDNA表达谱芯片筛选分析发现ZD和ZO组有13条参与脂肪酸代谢的基因mRNA水平发生显著改变(P<0.05);经实时荧光RT-PCR检测发现,ZD组的脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FAS)、乙酰辅酶A羧化酶(acetyl-Co A carboxylase,ACC)和硬脂酰辅酶A去饱和酶-1(stearoyl-CoA,desaturase-1,SCD-1)mRNA水平都显著降低(P<0.05),而肉碱棕榈酰基转移酶-1(carnitine palmitoyl-transferase-1,CPT-1)则上升了2.58倍(P<0.05),ZO组ACC和SCD-1mRNA水平均显著升高(P<0.05);ZD组C18:1脂肪酸含量显著降低(P<0.05),而ZO组的C16:0和C18:1脂肪酸含量均显著升高(P<0.05)。结果提示,日粮锌上调FAS、ACC和SCD-1的基因表达,下调CPT-1的基因表达,从而诱导肝脏脂肪酸合成和去饱和过程,但抑制了脂肪酸β-氧化。

淋巴组织中新基因C14ORF44的生物信息学分析

目的研究淋巴瘤和反应性增生淋巴结的基因表达差异。方法将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本的mRNA与表达谱芯片杂交,获得表达差异基因。用生物信息学方法对新基因C14ORF44进行初步分析。结果表达谱芯片共找出了152条差异表达基因。用生物信息学方法分析了C14ORF44的基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位等信息。对C14ORF44蛋白的多物种相似蛋白进行了系统进化分析,基本明确了该基因编码一个在胚胎和肿瘤细胞中高表达、进化中保守的核蛋白。结论生物信息学分析表明,C14ORF44是一个有研究价值的癌相关蛋白。这个蛋白可能参与正常的胚胎发育,但也与肿瘤形成有关。