从小麦EST序列中开发新的SSR引物

小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。

燕麦隐性核不育cSSR标记的开发及其验证

构建燕麦隐性核不育转录组数据库,开发cSSR标记,丰富燕麦分子标记数据库,并对隐性核不育相关cSSR标记进行验证,为充分利用燕麦种质资源及深入研究隐性核不育奠定基础。对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行转录组测序,利用软件对得到的EST序列进行SSR位点查找和分析,开发cSSR引物。并用CAMS1×品燕2号F2代群体对所开发的雄性不育相关的cSSR引物进行验证。通过转录组测序获得的EST序列中6409条存在SSR位点,736条序列中有2个及2个以上SSR位点;在所有SSR位点中三核苷酸、二核苷酸重复序列最多,分别为4340(56.66%)和1768(24.30%)个。三核苷酸重复中,CCG/CGG(26.68%)、AGG/CTT(21.29%)、AGC/CTG(18.48%)出现的频率较多,二核苷酸重复中,以AG/CT(60.63%)和AC/GT(26.24%)出现的频率较高;根据开发的cSSR设计了13344对cSSR引物,选择与雄性不育相关且能设计引物的21条序列合成45对SSR引物。PCR检测表明,32对引物(71%)有扩增产物,其中11对cSSR引物在亲本间的扩增产物具有多态性,7对引物在可育和不育性状池间存在差异。本研究对燕麦雄性不育近等基因系CAMS1进行了转录组测序,根据得到的EST序列开发了13344对cSSR引物,并利用CAMS1×品燕2号F2代群体进行有效性检测,32对引物有扩增产物,7个标记可用于燕麦雄性不育材料的分子检测。

复杂系统建模的ε机理论方法及应用研究

提出一种ε机理论发现复杂系统中隐含模式的新思路。该方法能在对系统内部结构无法知晓的情况下,不需要假设而根据系统自身的特性建模。先对时间序列进行符号化处理,生成符号序列。再采取因果态分割重构法重构ε机,重构后能够显示出原始序列中的隐含信息。通过对工程中配电网系统故障选线的多组实验证明,4个评判指标:熵率、统计复杂度、状态数和相对熵率能够一致地显示出各条线路的隐含信息,在几个关键影响因素改变的情况下均能有效地区分故障线路和非故障线路。从而验证了ε机理论在复杂系统建模中的优越性,为复杂系统建模提供了一种有效途径,也为配电网故障选线提供了一种新的方法。

脆蛇转录组序列的分析和系统发育定位(英文)

脆蛇是一种类似于蛇但是又具有蜥蜴的特征的爬行动物,这些矛盾的特性与脆蛇的系统发育分类学有密切的关系.脆蛇在传统中药中也有很多治疗作用.基于这些方面,本研究利用高通量测序方法对脆蛇胃肠道的转录组序列进行检测,组装和注释.最终获得4.6 Gbp高质量的数据,组装获得58 959个单一的基因,其中35 708(60.56%)个单一基因与数据库的基因相匹配.为了确定脆蛇与蛇和蜥蜴的同源进化关系,对同源基因家族和系统进化树进行了分析,结果显示脆蛇的转录组序列更接近于蛇而不是蜥蜴.除此之外还鉴定了10 613 cSSR标签,其中1 644个标签根据严格的标准能够用至少一个引物获得.本研究第一次揭示了脆蛇胃肠道的转录组序列,确定其在系统发育学上的定位.这些序列和标签为脆蛇的研究提供了重要的资源.