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陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
被引量:
5
1
作者
张经博
李波
+4 位作者
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1177-1187,共11页
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数...
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数据分析CAD基因在棉纤维发育各时期的表达。对比观察拟南芥cad5突变体和野生型根毛表型。【结果】同源性高的CAD基因复制对之间有相似的基因结构;片段重复和串联重复是CAD基因扩增的主要方式。进化分析可知,CAD基因可分为七个亚组,且功能相近的基因聚类在相同亚组。利用深度测序表达数据分析可知,CAD基因在棉纤维各个发育时期均有表达。对比拟南芥cad5突变体和野生型根毛发现,突变体相比于野生型有更长的根毛。【结论】CAD基因参与了棉纤维的发育的过程,并对棉花纤维发育起到一定的调控作用。
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关键词
棉纤维
cad
基因家族
系统进化分析
表达分析
cad5突变体
根毛
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职称材料
题名
陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
被引量:
5
1
作者
张经博
李波
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
机构
新疆师范大学生命科学学院
新疆农业科学院核技术生物技术研究所
出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1177-1187,共11页
基金
新疆维吾尔自治区高技术项目"棉花纤维品质分子改良技术创新研究"(201111116)
国家自然科学基金项目"棉花Gh CAD6基因在棉花纤维发育中的功能及调控机制"(31460386)~~
文摘
【目的】对陆地棉CAD基因家族成员进行进化和表达分析,了解其在棉纤维发育中的作用。【方法】应用生物信息学方法,从棉花基因组中筛选出21个CAD基因,并对CAD的基因结构、染色体分布、基因倍增模式以及系统进化进行分析。利用深度表达数据分析CAD基因在棉纤维发育各时期的表达。对比观察拟南芥cad5突变体和野生型根毛表型。【结果】同源性高的CAD基因复制对之间有相似的基因结构;片段重复和串联重复是CAD基因扩增的主要方式。进化分析可知,CAD基因可分为七个亚组,且功能相近的基因聚类在相同亚组。利用深度测序表达数据分析可知,CAD基因在棉纤维各个发育时期均有表达。对比拟南芥cad5突变体和野生型根毛发现,突变体相比于野生型有更长的根毛。【结论】CAD基因参与了棉纤维的发育的过程,并对棉花纤维发育起到一定的调控作用。
关键词
棉纤维
cad
基因家族
系统进化分析
表达分析
cad5突变体
根毛
Keywords
cotton fiber
cad
gene family
phylogenic analysis
expression pattern
cad
5
mutant
root hair
分类号
S562 [农业科学—作物学]
S188 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉CAD基因家族的进化和表达分析
张经博
李波
杨洋
胡文冉
陈方圆
谢丽霞
范玲
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
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