米槠叶绿体基因组密码子偏好性分析

利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP分析米槠叶绿体基因组密码子的偏好性,并将筛选出的50条叶绿体基因组基因分成7类。结果显示,米槠叶绿体基因组密码子第3位GC平均含量为29.03%,有31个密码子RSCU值大于1,其中29个以A或U为结尾,表明该物种密码子偏好以A或U结尾。ENC范围为38.42~56.53,平均值为48.05,CAI平均值为0.168,说明密码子使用偏好性低。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析均表明,选择压力是影响密码子偏好性的主要因素。有12个最优密码子被筛选出来,其中9个以U或A结尾。利用CDS序列构建的系统演化树和用RSCU值构建的聚类树状图有部分一致,表明密码子偏好性与物种进化关系有关。