鸡8个功能基因5′-侧翼区与内含子的SNP多样性比较

本研究旨在探讨鸡功能基因5′-侧翼区的单核苷酸多态性(SNP)水平。作者以白来航鸡、隐性白洛克鸡、杏花鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、红色原鸡为材料,扩增了GH、DDBC1、RIKEN、RASGRP3、IGF1、THRSP、VIP及PRL共8个基因的5′-侧翼区DNA序列。扩增序列全长为8,399bp,SNP的总数为161个,平均每52bp出现一个SNP。8个功能基因5′-侧翼区核苷酸多样性的θ均值和π均值分别为0.00620±0.00110和0.00559±0.00100。比较检验表明,5′-侧翼区的SNP多样性显著低于内含子区域。5′-侧翼区是基因表达的一个重要调控区域,在分子进化和系统发生过程中承受着比内含子区域更大的选择压,其较低的SNP多样性是适应性较好的表现。Tajima检验与Fu和Li检验表明,与鸡繁殖性状显著关联的VIP基因和PRL基因很可能是人工选择或自然选择的目的基因。

京海黄鸡白介素8基因5′调控区单核苷酸多态性及其与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性

【目的】研究白介素8(IL-8)基因5′调控区单核苷酸突变对鸡柔嫩艾美耳球虫(E. tenella)抗性指标的影响。【方法】本试验利用DNA直接测序技术,检测京海黄鸡IL-8基因5′调控区单核苷酸多态性(SNPs),并对5′调控区的SNPs突变前后的转录因子进行预测,然后分析SNPs与柔嫩艾美耳球虫抗性指标的关联性。【结果】测序结果表明:IL-8基因5′调控区共检测到3个突变位点(T-550C、G-398T和T-360C),均形成了3种基因型,杂合度在0.436~0.471,PIC值在0.25~0.50,均属于中度多态,且3个突变位点均处于哈代-温伯格平衡状态。生物信息学分析表明:3个突变位点均改变了其原有的转录因子结合位点。关联分析显示:T-550C突变位点的TC型个体的IL-8表达量与TT型差异显著,TC型GSH-PX、CAT、IL-2、IL-6、IFN-γ指标均高于其他2种基因型,但差异不显著。G-398T突变位点的TT型个体SOD活性和GT型个体CAT活性均显著高于GG型;TT型个体NO含量与GG型差异极显著,与GT型差异显著;TT型IL-2表达量显著高于GT型。T-360C突变位点的TT型和TC型个体SOD活性与CC型差异极显著或差异显著;TT型和TC型个体的NO含量均显著高于CC型;TT型个体的IL-2、IL-8表达量均显著高于CC型。【结论】G-398T和T-360C突变位点的TT型个体球虫抗性优于其他基因型个体,T-550C突变位点的杂合型个体球虫抗性优于纯合型个体,表明IL-8基因5′调控区的突变对球虫抗性指标有显著的调控作用,可作为球虫病抗性鸡新品种或新品系的育种参考依据。

褪黑激素受体MTNR1B5′调控区多态性及其与鸡产蛋性状的关联分析

用直接测序法检测了434只寿光鸡MTNR1B 5'调控区的SNPs,并与寿光鸡的产蛋性状进行关联分析。结果发现,在5'调控区有13个SNPs位点,9个位点中度多态,4个位点低度多态,所有位点处于哈代温伯格平衡状态。-836位点(C→T),-778位点(G→A)和-629位点(G→A)完全连锁,群体中有CGA和TAG两种单倍型。CGA使产蛋数增加,在前期、中期、后期和总产蛋数上,加性效应值分别为1.0,2.5,1.4,4.9枚。在中期、后期和总产蛋数上2种单倍型存在正向互作效应,显性效应分别达到了2.7,2.3,5.6枚。构建的包含TAG、CGA和TGG 3种单倍型启动活性试验表明,-778位点突变是单倍型效应差异的关键。综上所述,MTNR1B的5'调控区有丰富的SNPs位点,-836、-778和-629位点SNPs及单倍型对寿光鸡的产蛋量有显著影响,可作为寿光鸡产蛋量辅助选择的具有潜在应用价值的分子遗传标记。